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C ALA 217 CB # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9EAD _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9EAD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9EAD _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9EAD _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 5602 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.615 ? 7667 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.530 ? 751 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 837 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 992 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9EAD _struct.title 'Seneca valley virus Empty rotated particle at physiological condition (ER-particle[P])' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9EAD _struct_keywords.text ;SVV, Capsid, Physiological condition, Virus, Non-enterovirus, A-particle, Altered particle, genome release, capsid uncoating, Seneca Valley virus, Senecavirus, Oncolytic virus ; _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP POLG_SVV1 Q155Z9 ? 1 ;SNHTNVKFLFDRSRLLNVIKVLEKDAVFPRPFPTQEGAQQDDGYFCLLTPRPTVASRPATRFGLYANPSGSGVLANTSLD FNFYSLACFTYFRSDLEVTVVSLEPDLEFAVGWFPSGSEYQASSFVYDQLHVPFHFTGRTPRAFASKGGKVSFVLPWNSV SSVLPVRWGGASKLSSATRGLPAHADWGTIYAFVPRPNEKKSTAVKHVAVYIRYKNARAWCPSMLPFRSYK ; 701 2 UNP POLG_SVV1 Q155Z9 ? 2 ;GPIPTAPRENSLMFLSTLPDDTVPAYGNVRTPPVNYLPGEITDLLQLARIPTLMAFERVPEPVPASDTYVPYVAVPTQFD DRPLISFPITLSDPVYQNTLVGAISSNFANYRGCIQITLTFCGPMMARGKFLLSYSPPNGTQPQTLSEAMQCTYSIWDIG LNSSWTFVVPYISPSDYRETRAITNSVYSADGWFSLHKLTKITLPPDCPQSPCILFFASAGEDYTLRLPVDCNPSYVF ; 435 3 UNP POLG_SVV1 Q155Z9 ? 3 ;RWYTGRLNSWTKAVKTFSFQAVPLPGAFLSRQGGLNGGAFTATLHRHFLMKCGWQVQVQCNLTQFHQGALLVAMVPETTL DVKPDGKAKSLQELNEEQWVEMSDDYRTGKNMPFQSLGTYYRPPNWTWGPNFINPYQVTVFPHQILNARTSTSVDINVPY IGETPTQSSETQNSWTLLVMVLVPLDYKEGATTDPEITFSVRPTSPYFNGLRNRYTAG ; 212 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9EAD A 1 ? 231 ? Q155Z9 701 ? 931 ? 28 258 2 2 9EAD B 1 ? 238 ? Q155Z9 435 ? 672 ? 1 238 3 3 9EAD C 1 ? 218 ? Q155Z9 212 ? 429 ? 62 279 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 180-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 180 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression ;1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56,57,58,59,60 ; _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? -0.809017 -0.500000 0.309017 490.43262 -0.500000 0.309017 -0.809017 488.86738 0.309017 -0.809017 -0.500000 487.90000 3 'point symmetry operation' ? ? 0.000000 1.000000 -0.000000 0.00000 -0.000000 -0.000000 -1.000000 488.60000 -1.000000 -0.000000 0.000000 488.60000 4 'point symmetry operation' ? ? 0.809017 -0.500000 -0.309017 244.56738 -0.500000 -0.309017 -0.809017 640.28570 0.309017 0.809017 -0.500000 91.48167 5 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 0.309017 -0.809017 243.86738 -0.309017 -0.809017 -0.500000 640.71833 -0.809017 0.500000 -0.309017 394.58570 6 'point symmetry operation' ? ? -0.309017 -0.809017 -0.500000 640.71833 -0.809017 0.500000 -0.309017 395.98570 0.500000 0.309017 -0.809017 242.46738 7 'point symmetry operation' ? ? -0.809017 0.500000 -0.309017 395.98570 0.500000 0.309017 -0.809017 243.86738 -0.309017 -0.809017 -0.500000 639.31833 8 'point symmetry operation' ? ? -0.809017 -0.500000 -0.309017 640.98570 0.500000 -0.309017 -0.809017 395.28570 0.309017 -0.809017 0.500000 244.30000 9 'point symmetry operation' ? ? -0.309017 0.809017 -0.500000 244.30000 -0.809017 -0.500000 -0.309017 640.98570 -0.500000 0.309017 0.809017 93.31430 10 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 -0.309017 -0.809017 395.28570 -0.309017 0.809017 -0.500000 244.30000 0.809017 0.500000 0.309017 -152.38570 11 'point symmetry operation' ? ? -0.000000 -0.000000 -1.000000 488.60000 -1.000000 0.000000 -0.000000 490.00000 0.000000 1.000000 -0.000000 -1.40000 12 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 -0.309017 -0.809017 640.28570 0.309017 0.809017 -0.500000 92.88167 0.809017 -0.500000 -0.309017 243.16738 13 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 0.309017 -0.809017 488.86738 0.309017 -0.809017 -0.500000 489.30000 -0.809017 -0.500000 0.309017 489.03262 14 'point symmetry operation' ? ? -0.309017 -0.809017 -0.500000 640.71833 0.809017 -0.500000 0.309017 94.01430 -0.500000 -0.309017 0.809017 244.73262 15 'point symmetry operation' ? ? -0.809017 0.500000 -0.309017 395.98570 -0.500000 -0.309017 0.809017 246.13262 0.309017 0.809017 0.500000 -152.11833 16 'point symmetry operation' ? 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? -0.309017 0.809017 -0.500000 244.30000 0.809017 0.500000 0.309017 -150.98570 0.500000 -0.309017 -0.809017 393.88570 24 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 -0.309017 -0.809017 395.28570 0.309017 -0.809017 0.500000 245.70000 -0.809017 -0.500000 -0.309017 639.58570 25 'point symmetry operation' ? ? -0.809017 -0.500000 -0.309017 640.98570 -0.500000 0.309017 0.809017 94.71430 -0.309017 0.809017 -0.500000 242.90000 26 'point symmetry operation' ? ? -0.309017 -0.809017 0.500000 397.11833 -0.809017 0.500000 0.309017 245.43262 -0.500000 -0.309017 -0.809017 638.88570 27 'point symmetry operation' ? ? -0.309017 0.809017 0.500000 0.70000 0.809017 0.500000 -0.309017 -0.43262 -0.500000 0.309017 -0.809017 487.46738 28 'point symmetry operation' ? ? 1.000000 -0.000000 -0.000000 0.00000 -0.000000 -1.000000 -0.000000 490.00000 -0.000000 -0.000000 -1.000000 487.20000 29 'point symmetry operation' ? ? 0.309017 0.809017 -0.500000 92.88167 0.809017 -0.500000 -0.309017 244.56738 -0.500000 -0.309017 -0.809017 638.88570 30 'point symmetry operation' ? ? 0.309017 -0.809017 -0.500000 489.30000 -0.809017 -0.500000 0.309017 490.43262 -0.500000 0.309017 -0.809017 487.46738 31 'point symmetry operation' ? ? -1.000000 -0.000000 -0.000000 490.00000 -0.000000 1.000000 -0.000000 0.00000 -0.000000 -0.000000 -1.000000 487.20000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.809017 0.500000 -0.309017 -0.43262 -0.500000 0.309017 -0.809017 488.86738 -0.309017 0.809017 0.500000 -0.70000 33 'point symmetry operation' ? ? -0.000000 -1.000000 -0.000000 490.00000 0.000000 -0.000000 -1.000000 488.60000 1.000000 0.000000 0.000000 -1.40000 34 'point symmetry operation' ? ? -0.809017 0.500000 0.309017 245.43262 -0.500000 -0.309017 -0.809017 640.28570 -0.309017 -0.809017 0.500000 395.71833 35 'point symmetry operation' ? ? -0.500000 -0.309017 0.809017 246.13262 -0.309017 -0.809017 -0.500000 640.71833 0.809017 -0.500000 0.309017 92.61430 36 'point symmetry operation' ? ? 0.309017 0.809017 0.500000 -150.71833 -0.809017 0.500000 -0.309017 395.98570 -0.500000 -0.309017 0.809017 244.73262 37 'point symmetry operation' ? 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ASN C 195 PHE C 202 5 ? 8 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 32 A . ? PHE 59 A PRO 33 A ? PRO 60 A 1 -5.78 2 LEU 24 C . ? LEU 85 C PRO 25 C ? PRO 86 C 1 -3.25 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? 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