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D ASP 1299 OD1 1328 1 Y 1 A ASP 1299 ? OD2 ? D ASP 1299 OD2 1329 1 Y 1 A ARG 1303 ? CD ? D ARG 1303 CD 1330 1 Y 1 A ARG 1303 ? NE ? D ARG 1303 NE 1331 1 Y 1 A ARG 1303 ? CZ ? D ARG 1303 CZ 1332 1 Y 1 A ARG 1303 ? NH1 ? D ARG 1303 NH1 1333 1 Y 1 A ARG 1303 ? NH2 ? D ARG 1303 NH2 1334 1 Y 1 A GLU 1307 ? CD ? D GLU 1307 CD 1335 1 Y 1 A GLU 1307 ? OE1 ? D GLU 1307 OE1 1336 1 Y 1 A GLU 1307 ? OE2 ? D GLU 1307 OE2 1337 1 Y 1 A LYS 1325 ? CE ? D LYS 1325 CE 1338 1 Y 1 A LYS 1325 ? NZ ? D LYS 1325 NZ 1339 1 Y 1 A LYS 1340 ? CG ? D LYS 1340 CG 1340 1 Y 1 A LYS 1340 ? CD ? D LYS 1340 CD 1341 1 Y 1 A LYS 1340 ? CE ? D LYS 1340 CE 1342 1 Y 1 A LYS 1340 ? NZ ? D LYS 1340 NZ 1343 1 Y 1 A GLU 1341 ? CD ? D GLU 1341 CD 1344 1 Y 1 A GLU 1341 ? OE1 ? D GLU 1341 OE1 1345 1 Y 1 A GLU 1341 ? OE2 ? D GLU 1341 OE2 1346 1 Y 1 A ASP 1361 ? CG ? D ASP 1361 CG 1347 1 Y 1 A ASP 1361 ? OD1 ? D ASP 1361 OD1 1348 1 Y 1 A ASP 1361 ? OD2 ? D ASP 1361 OD2 1349 1 Y 1 A SER 1363 ? OG ? D SER 1363 OG 1350 1 Y 1 A GLN 1364 ? CG ? D GLN 1364 CG 1351 1 Y 1 A GLN 1364 ? CD ? D GLN 1364 CD 1352 1 Y 1 A GLN 1364 ? OE1 ? D GLN 1364 OE1 1353 1 Y 1 A GLN 1364 ? NE2 ? D GLN 1364 NE2 1354 1 Y 1 A LEU 1365 ? CG ? D LEU 1365 CG 1355 1 Y 1 A LEU 1365 ? CD1 ? D LEU 1365 CD1 1356 1 Y 1 A LEU 1365 ? CD2 ? D LEU 1365 CD2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9EAK _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9EAK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9EAK _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9EAK _struct.title 'SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State I - pre-activation)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9EAK _struct_keywords.text 'CRISPR-associated endonuclease, DNA BINDING PROTEIN, Hydrolase-DNA-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords Hydrolase/DNA/RNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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Q99ZW2 1 ? 1368 ? 1 1368 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU D 60 ? 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C 36 ? ? 1 1 A G 2 1_555 B DG 35 1_555 -2.309 -1.791 -0.668 11.968 14.557 110.851 2 B_G5:DG35_C B 5 ? C 35 ? 6 3 1 A A 3 1_555 B DT 34 1_555 0.122 -0.021 0.036 -6.917 -11.601 -5.890 3 B_A6:DT34_C B 6 ? C 34 ? 20 1 1 A U 4 1_555 B DA 33 1_555 -0.230 -0.095 0.394 -2.436 -11.774 -2.890 4 B_U7:DA33_C B 7 ? C 33 ? 20 1 1 A A 5 1_555 B DT 32 1_555 0.094 -0.085 0.183 -6.836 -6.468 1.528 5 B_A8:DT32_C B 8 ? C 32 ? 20 1 1 A A 6 1_555 B DT 31 1_555 0.066 -0.154 0.112 -4.732 -9.305 -4.711 6 B_A9:DT31_C B 9 ? C 31 ? 20 1 1 A A 7 1_555 B DT 30 1_555 0.135 -0.060 -0.191 -6.579 -1.483 -3.850 7 B_A10:DT30_C B 10 ? C 30 ? 20 1 1 A G 8 1_555 B DC 29 1_555 -0.161 -0.149 -0.296 -3.879 -0.573 0.433 8 B_G11:DC29_C B 11 ? C 29 ? 19 1 1 A A 9 1_555 B DT 28 1_555 0.109 -0.122 -0.210 -5.025 -0.839 1.043 9 B_A12:DT28_C B 12 ? C 28 ? 20 1 1 A U 10 1_555 B DA 27 1_555 -0.012 -0.076 -0.077 0.522 1.277 4.146 10 B_U13:DA27_C B 13 ? 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B 36 ? ? ? 1 A A 49 1_555 A G 59 1_555 -7.957 -5.170 -0.130 -20.455 14.804 -49.365 29 B_A52:G62_B B 52 ? B 62 ? ? ? 1 A G 50 1_555 A C 58 1_555 -0.232 -0.164 -0.213 -2.050 -3.602 1.517 30 B_G53:C61_B B 53 ? B 61 ? 19 1 1 A G 51 1_555 A C 57 1_555 0.404 -0.289 -0.499 -10.174 -3.502 -4.290 31 B_G54:C60_B B 54 ? B 60 ? 19 1 1 A C 52 1_555 A G 55 1_555 0.246 -0.152 0.277 7.761 6.954 4.041 32 B_C55:G58_B B 55 ? B 58 ? 19 1 1 A A 65 1_555 A G 78 1_555 0.230 2.092 -0.602 0.910 17.501 -55.886 33 B_A68:G81_B B 68 ? B 81 ? ? ? 1 A A 66 1_555 A U 77 1_555 -0.460 0.142 -0.007 27.401 -19.519 -6.848 34 B_A69:U80_B B 69 ? B 80 ? 20 1 1 A C 67 1_555 A G 76 1_555 -0.669 -4.788 -0.444 34.659 1.468 77.249 35 B_C70:G79_B B 70 ? B 79 ? ? ? 1 A U 68 1_555 A A 75 1_555 -0.110 -0.063 -0.019 -4.505 2.539 -1.712 36 B_U71:A78_B B 71 ? B 78 ? 20 1 1 A U 69 1_555 A A 74 1_555 -0.056 -0.104 0.145 -0.194 9.875 1.301 37 B_U72:A77_B B 72 ? 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