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EMDB EMD-47949 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-02-04 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-02-04 ? 3 Image 1 0 2026-02-04 ? 4 'Primary map' 1 0 2026-02-04 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 Image repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9EDT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-11-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Tubulin cofactors D,E,G bound to tubulin dimer' EMD-47949 'associated EM volume' EMDB . 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Density for the LRR and CAP-Gly domains is weaker and discontinuous, consistent with flexibility of this portion of the protein in the complex. Therefore, residues in these regions are modeled as poly-alanine to represent the backbone trace and overall topology only (listed as UNK in the entry). Side-chain identities are not asserted in these low-density regions. The sequence register is anchored by the well-resolved C-terminal domain and supported by the AlphaFold prediction. ; 7 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 443.201 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 2 'Chromosome instability protein 4' 3 'Alpha-tubulin 1,Tubulin alpha-1 chain' 4 Beta-tubulin # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MHHHHHHNNIRALLDSIQSGVQTVSPEKHQQTIAAINKFQDDPALLDTILPRCVPLLTKSFFCMSQRDQKLVAELFYNLD KISHSKVLKSLDTSIFRLNEILNYLQDRASPSSFSDVLCVYLNLSWLSVILLSPYAFKDKFNKTLQVSSRFENYPICIPP INKIKAVLYFKNFTDAFDQLPEREQANVPFLNQFLKLFIQSSEKANYYFSNENLRHLQQVALSNDGIKLLPKLFQISFNH GSHDILDAIVEFFHDHLSSNSTDTRFQLAHSFAKIAKFLHQADPASFIELIDYTIENTVSLLQAPCDSIDSNELHTSLLI 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UNP P40987 ? ? 'expression tag' -1 5 1 9EDT HIS D 6 ? UNP P40987 ? ? 'expression tag' 0 6 1 9EDT HIS D 7 ? UNP P40987 ? ? 'expression tag' 1 7 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 10 ? THR A 23 ? ILE D 4 THR D 17 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 25 ? PHE A 39 ? SER D 19 PHE D 33 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 42 ? THR A 48 ? ASP D 36 THR D 42 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 AA4 ILE A 49 ? SER A 60 ? ILE D 43 SER D 54 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 65 ? LEU A 91 ? SER D 59 LEU D 85 1 ? 27 HELX_P HELX_P6 AA6 PHE A 96 ? ARG A 108 ? PHE D 90 ARG D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 113 ? LEU A 131 ? SER D 107 LEU D 125 1 ? 19 HELX_P HELX_P8 AA8 PHE A 137 ? PHE A 151 ? PHE D 131 PHE D 145 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 AA9 GLU A 152 ? TYR A 154 ? GLU D 146 TYR D 148 5 ? 3 HELX_P HELX_P10 AB1 CYS A 157 ? PHE A 173 ? CYS D 151 PHE D 167 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA A 176 ? LEU A 180 ? ALA D 170 LEU D 174 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 PRO A 181 ? ASN A 187 ? PRO D 175 ASN D 181 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN A 187 ? SER A 201 ? ASN D 181 SER D 195 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 SER A 201 ? PHE A 209 ? SER D 195 PHE D 203 1 ? 9 HELX_P HELX_P15 AB6 SER A 210 ? ASN A 224 ? SER D 204 ASN D 218 1 ? 15 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY A 226 ? LYS A 228 ? GLY D 220 LYS D 222 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU A 229 ? GLY A 241 ? LEU D 223 GLY D 235 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 SER A 242 ? HIS A 256 ? SER D 236 HIS D 250 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 LEU A 257 ? SER A 259 ? LEU D 251 SER D 253 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 AC2 SER A 261 ? ASP A 283 ? SER D 255 ASP D 277 1 ? 23 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP A 283 ? ALA A 304 ? ASP D 277 ALA D 298 1 ? 22 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP A 310 ? ALA A 327 ? ASP D 304 ALA D 321 1 ? 18 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO A 331 ? ILE A 342 ? PRO D 325 ILE D 336 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 ILE A 342 ? HIS A 348 ? ILE D 336 HIS D 342 1 ? 7 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY A 359 ? ASN A 377 ? GLY D 353 ASN D 371 1 ? 19 HELX_P HELX_P26 AC8 SER A 383 ? ASP A 401 ? SER D 377 ASP D 395 1 ? 19 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU A 403 ? SER A 421 ? GLU D 397 SER D 415 1 ? 19 HELX_P HELX_P28 AD1 SER A 421 ? ALA A 426 ? SER D 415 ALA D 420 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN A 428 ? ALA A 438 ? ASN D 422 ALA D 432 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP A 442 ? ASN A 459 ? ASP D 436 ASN D 453 1 ? 18 HELX_P HELX_P31 AD4 SER A 464 ? ASN A 480 ? SER D 458 ASN D 474 1 ? 17 HELX_P HELX_P32 AD5 ASN A 480 ? GLU A 485 ? ASN D 474 GLU D 479 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 HIS A 488 ? ASN A 499 ? HIS D 482 ASN D 493 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN A 499 ? SER A 506 ? ASN D 493 SER D 500 1 ? 8 HELX_P HELX_P35 AD8 SER A 510 ? ALA A 521 ? SER D 504 ALA D 515 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 AD9 SER A 524 ? ASN A 541 ? SER D 518 ASN D 535 1 ? 18 HELX_P HELX_P37 AE1 LYS A 547 ? LYS A 559 ? LYS D 541 LYS D 553 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 SER A 576 ? GLY A 593 ? SER D 570 GLY D 587 1 ? 18 HELX_P HELX_P39 AE3 ASN A 598 ? SER A 610 ? ASN D 592 SER D 604 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 LEU A 615 ? CYS A 632 ? LEU D 609 CYS D 626 1 ? 18 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN A 636 ? SER A 646 ? ASN D 630 SER D 640 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 AE6 ASN A 648 ? ILE A 655 ? ASN D 642 ILE D 649 1 ? 8 HELX_P HELX_P43 AE7 CYS A 656 ? MET A 658 ? CYS D 650 MET D 652 5 ? 3 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP A 660 ? LEU A 675 ? ASP D 654 LEU D 669 1 ? 16 HELX_P HELX_P45 AE9 SER A 676 ? TRP A 691 ? SER D 670 TRP D 685 1 ? 16 HELX_P HELX_P46 AF1 ARG A 694 ? LEU A 698 ? ARG D 688 LEU D 692 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 PRO A 699 ? LEU A 714 ? PRO D 693 LEU D 708 1 ? 16 HELX_P HELX_P48 AF3 VAL A 725 ? HIS A 740 ? VAL D 719 HIS D 734 1 ? 16 HELX_P HELX_P49 AF4 PRO A 741 ? ASP A 747 ? PRO D 735 ASP D 741 1 ? 7 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP A 747 ? GLU A 761 ? ASP D 741 GLU D 755 1 ? 15 HELX_P HELX_P51 AF6 VAL A 763 ? SER A 776 ? VAL D 757 SER D 770 1 ? 14 HELX_P HELX_P52 AF7 SER A 785 ? GLY A 797 ? SER D 779 GLY D 791 1 ? 13 HELX_P HELX_P53 AF8 GLU A 800 ? GLY A 811 ? GLU D 794 GLY D 805 1 ? 12 HELX_P HELX_P54 AF9 THR A 816 ? LEU A 834 ? THR D 810 LEU D 828 1 ? 19 HELX_P HELX_P55 AG1 SER A 835 ? ILE A 850 ? SER D 829 ILE D 844 1 ? 16 HELX_P HELX_P56 AG2 SER A 852 ? ARG A 860 ? SER D 846 ARG D 854 1 ? 9 HELX_P HELX_P57 AG3 ILE A 861 ? LYS A 866 ? 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