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H PHE 119 CD2 104 1 Y 1 H PHE 112 ? CE1 ? H PHE 119 CE1 105 1 Y 1 H PHE 112 ? CE2 ? H PHE 119 CE2 106 1 Y 1 H PHE 112 ? CZ ? H PHE 119 CZ 107 1 Y 1 H GLN 116 ? CG ? H GLN 123 CG 108 1 Y 1 H GLN 116 ? CD ? H GLN 123 CD 109 1 Y 1 H GLN 116 ? OE1 ? H GLN 123 OE1 110 1 Y 1 H GLN 116 ? NE2 ? H GLN 123 NE2 111 1 Y 1 H VAL 117 ? CG1 ? H VAL 124 CG1 112 1 Y 1 H VAL 117 ? CG2 ? H VAL 124 CG2 113 1 Y 1 H THR 127 ? OG1 ? H THR 134 OG1 114 1 Y 1 H THR 127 ? CG2 ? H THR 134 CG2 115 1 Y 1 H GLN 130 ? CG ? H GLN 137 CG 116 1 Y 1 H GLN 130 ? CD ? H GLN 137 CD 117 1 Y 1 H GLN 130 ? OE1 ? H GLN 137 OE1 118 1 Y 1 H GLN 130 ? NE2 ? H GLN 137 NE2 119 1 Y 1 H MET 141 ? CG ? H MET 148 CG 120 1 Y 1 H MET 141 ? SD ? H MET 148 SD 121 1 Y 1 H MET 141 ? CE ? H MET 148 CE 122 1 Y 1 H LEU 143 ? CG ? H LEU 150 CG 123 1 Y 1 H LEU 143 ? CD1 ? H LEU 150 CD1 124 1 Y 1 H LEU 143 ? CD2 ? H LEU 150 CD2 125 1 Y 1 H PHE 144 ? CG ? H PHE 151 CG 126 1 Y 1 H PHE 144 ? CD1 ? H PHE 151 CD1 127 1 Y 1 H PHE 144 ? CD2 ? 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H MET 233 CE 152 1 Y 1 H GLN 239 ? CG ? H GLN 246 CG 153 1 Y 1 H GLN 239 ? CD ? H GLN 246 CD 154 1 Y 1 H GLN 239 ? OE1 ? H GLN 246 OE1 155 1 Y 1 H GLN 239 ? NE2 ? H GLN 246 NE2 156 1 Y 1 H ARG 242 ? CG ? H ARG 249 CG 157 1 Y 1 H ARG 242 ? CD ? H ARG 249 CD 158 1 Y 1 H ARG 242 ? NE ? H ARG 249 NE 159 1 Y 1 H ARG 242 ? CZ ? H ARG 249 CZ 160 1 Y 1 H ARG 242 ? NH1 ? H ARG 249 NH1 161 1 Y 1 H ARG 242 ? NH2 ? H ARG 249 NH2 162 1 Y 1 H GLU 243 ? CG ? H GLU 250 CG 163 1 Y 1 H GLU 243 ? CD ? H GLU 250 CD 164 1 Y 1 H GLU 243 ? OE1 ? H GLU 250 OE1 165 1 Y 1 H GLU 243 ? OE2 ? H GLU 250 OE2 166 1 Y 1 H TYR 291 ? CG ? H TYR 298 CG 167 1 Y 1 H TYR 291 ? CD1 ? H TYR 298 CD1 168 1 Y 1 H TYR 291 ? CD2 ? H TYR 298 CD2 169 1 Y 1 H TYR 291 ? CE1 ? H TYR 298 CE1 170 1 Y 1 H TYR 291 ? CE2 ? H TYR 298 CE2 171 1 Y 1 H TYR 291 ? CZ ? H TYR 298 CZ 172 1 Y 1 H TYR 291 ? OH ? H TYR 298 OH 173 1 Y 1 H ARG 292 ? CG ? H ARG 299 CG 174 1 Y 1 H ARG 292 ? CD ? H ARG 299 CD 175 1 Y 1 H ARG 292 ? NE ? 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H ARG 589 CD 200 1 Y 1 H ARG 582 ? NE ? H ARG 589 NE 201 1 Y 1 H ARG 582 ? CZ ? H ARG 589 CZ 202 1 Y 1 H ARG 582 ? NH1 ? H ARG 589 NH1 203 1 Y 1 H ARG 582 ? NH2 ? H ARG 589 NH2 204 1 Y 1 H ARG 664 ? CG ? H ARG 671 CG 205 1 Y 1 H ARG 664 ? CD ? H ARG 671 CD 206 1 Y 1 H ARG 664 ? NE ? H ARG 671 NE 207 1 Y 1 H ARG 664 ? CZ ? H ARG 671 CZ 208 1 Y 1 H ARG 664 ? NH1 ? H ARG 671 NH1 209 1 Y 1 H ARG 664 ? NH2 ? H ARG 671 NH2 210 1 Y 1 H ARG 728 ? CG ? H ARG 735 CG 211 1 Y 1 H ARG 728 ? CD ? H ARG 735 CD 212 1 Y 1 H ARG 728 ? NE ? H ARG 735 NE 213 1 Y 1 H ARG 728 ? CZ ? H ARG 735 CZ 214 1 Y 1 H ARG 728 ? NH1 ? H ARG 735 NH1 215 1 Y 1 H ARG 728 ? NH2 ? 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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 5 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9F11 9F11 ? 1 ? 1 2 PDB 9F11 9F11 ? 2 ? 1 3 UNP IHFA_ECOLI P0A6X7 ? 3 ;MALTKAEMSEYLFDKLGLSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFGNFDLRDKNQRPGRNPKTGEDIPITARRVVT FRPGQKLKSRVENASPKDE ; 1 4 UNP IHFB_ECOLI P0A6Y1 ? 4 ;MTKSELIERLATQQSHIPAKTVEDAVKEMLEHMASTLAQGERIEIRGFGSFSLHYRAPRTGRNPKTGDKVELEGKYVPHF KPGKELRDRANIYG ; 1 5 UNP TRAY1_ECOLI P06627 ? 5 ;MKRFGTRSATGKMVKLKLPVDVESLLIEASNRSGRSRSFEAVIRLKDHLHRYPKFNRAGNIYGKSLVKYLTMRLDDETNQ LLIAAKNRSGWCKTDEAADRVIDHLIKFPDFYNSEIFREADKEEDITFNTL ; 1 6 UNP TRAI1_ECOLI P14565 ? 6 ;MMSIAQVRSAGSAGNYYTDKDNYYVLGSMGERWAGRGAEQLGLQGSVDKDVFTRLLEGRLPDGADLSRMQDGSNRHRPGY DLTFSAPKSVSMMAMLGGDKRLIDAHNQAVDFAVRQVEALASTRVMTDGQSETVLTGNLVMALFNHDTSRDQEPQLHTHA VVANVTQHNGEWKTLSSDKVGKTGFIENVYANQIAFGRLYREKLKEQVEALGYETEVVGKHGMWEMPGVPVEAFSGRSQT IREAVGEDASLKSRDVAALDTRKSKQHVDPEIKMAEWMQTLKETGFDIRAYRDAADQRADLRTLTPGPASQDGPDVQQAV TQAIAGLSERKVQFTYTDVLARTVGILPPENGVIERARAGIDEAISREQLIPLDREKGLFTSGIHVLDELSVRALSRDIM KQNRVTVHPEKSVPRTAGYSDAVSVLAQDRPSLAIVSGQGGAAGQRERVAELVMMAREQGREVQIIAADRRSQMNMKQDE RLSGELITGRRQLLEGMAFTPGSTVIVDQGEKLSLKETLTLLDGAARHNVQVLITDSGQRTGTGSALMAMKDAGVNTYRW QGGEQRPATIISEPDRNVRYARLAGDFAASVKAGEESVAQVSGVREQAILTQAIRSELKTQGVLGLPEVTMTALSPVWLD SRSRYLRDMYRPGMVMEQWNPETRSHDRYVIDRVTAQSHSLTLRDAQGETQVVRISSLDSSWSLFRPEKMPVADGERLRV TGKIPGLRVSGGDRLQVASVSEDAMTVVVPGRAEPATLPVSDSPFTALKLENGWVETPGHSVSDSATVFASVTQMAMDNA TLNGLARSGRDVRLYSSLDETRTAEKLARHPSFTVVSEQIKTRAGETSLETAISHQKSALHTPAQQAIHLALPVVESKKL AFSMVDLLTEAKSFAAEGTGFTELGGEINAQIKRGDLLYVDVAKGYGTGLLVSRASYEAEKSILRHILEGKEAVMPLMER VPGELMEKLTSGQRAATRMILETSDRFTVVQGYAGVGKTTQFRAVMSAVNMLPESERPRVVGLGPTHRAVGEMRSAGVDA QTLASFLHDTQLQQRSGETPDFSNTLFLLDESSMVGNTDMARAYALIAAGGGRAVASGDTDQLQAIAPGQPFRLQQTRSA ADVAIMKEIVRQTPELREAVYSLINRDVERALSGLESVKPSQVPRQEGAWAPEHSVTEFSHSQEAKLAEAQQKAMLKGEA FPDVPMTLYEAIVRDYTGRTPEAREQTLIVTHLNEDRRVLNSMIHDVREKAGELGKEQVMVPVLNTANIRDGELRRLSTW ETHRDALVLVDNVYHRIAGISKDDGLITLQDAEGNTRLISPREAVAEGVTLYTPDTIRVGTGDRMRFTKSDRERGYVANS VWTVTAVSGDSVTLSDGQQTREIRPGQEQAEQHIDLAYAITAHGAQGASETFAIALEGTEGNRKLMAGFESAYVALSRMK QHVQVYTDNRQGWTDAINNAVQKGTAHDVFEPKPDREVMNAERLFSTARELRDVAAGRAVLRQAGLAGGDSPARFIAPGR KYPQPYVALPAFDRNGKSAGIWLNPLTTDDGNGLRGFSGEGRVKGSGDAQFVALQGSRNGESLLADNMQDGVRIARDNPD SGVVVRIAGEGRPWNPGAITGGRVWGDIPDNSVQPGAGNGEPVTAEVLAQRQAEEAIRRETERRADEIVRKMAENKPDLP DGKTEQAVREIAGQERDRAAITEREAALPEGVLREPQRVREAVREIARENLLQERLQQMERDMVRDLQKEKTLGGD ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9F11 A 1 ? 170 ? 9F11 143 ? -27 ? 143 -27 2 2 9F11 B 1 ? 140 ? 9F11 4 ? 143 ? 4 143 3 3 9F11 C 1 ? 99 ? 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UNP P14565 ? ? 'expression tag' -1 6 8 9F11 THR H 7 ? UNP P14565 ? ? 'expression tag' 0 7 8 9F11 PHE H 23 ? UNP P14565 TYR 16 'engineered mutation' 16 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' 'not applicable' 2 1 'gel filtration' ? 3 1 cross-linking ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR C 4 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # _pdbx_struct_conn_angle.id 1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id OP1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id DG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id 144 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id DG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id -1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id I _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id . _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id H _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id 1801 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id "O3'" _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id DT _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id 143 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id DT _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id 1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.value 57.5 _pdbx_struct_conn_angle.value_esd ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? 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'1, 2, 3, 4, 5, 6' 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Heteroduplex OriT DNA containing the nic site' 'Prepared by annealing of chemically synthesised oligos' ? ? '1, 2' 3 1 RECOMBINANT COMPLEX 'IHF heterodimer' ? ? ? '3, 4' 4 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Train of three TraY proteins' ? ? ? 5 5 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Relaxase/helicase protein TraI' ? ? ? 6 6 1 RECOMBINANT COMPLEX 'TraM tetramer' 'Used for complex formation, but density was excluded from the local refinement. TraM is therefore not present in the model' ? ? ? # _em_imaging.entry_id 9F11 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.mode OTHER _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 900 _em_imaging.nominal_defocus_max 2400 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9F11 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9F11 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A DC 143 ? A DC 1 2 1 Y 1 A DC 142 ? A DC 2 3 1 Y 1 A DT 141 ? A DT 3 4 1 Y 1 A DA 140 ? A DA 4 5 1 Y 1 A DC 139 ? A DC 5 6 1 Y 1 A DA 138 ? A DA 6 7 1 Y 1 A DA 137 ? A DA 7 8 1 Y 1 A DA 136 ? A DA 8 9 1 Y 1 A DA 135 ? A DA 9 10 1 Y 1 A DC 134 ? A DC 10 11 1 Y 1 A DG 133 ? A DG 11 12 1 Y 1 A DG 132 ? A DG 12 13 1 Y 1 A DT 131 ? A DT 13 14 1 Y 1 A DG 130 ? A DG 14 15 1 Y 1 A DT 129 ? A DT 15 16 1 Y 1 A DC 128 ? A DC 16 17 1 Y 1 A DG 127 ? A DG 17 18 1 Y 1 A DG 126 ? A DG 18 19 1 Y 1 A DC 125 ? A DC 19 20 1 Y 1 A DG 124 ? A DG 20 21 1 Y 1 A DC 123 ? A DC 21 22 1 Y 1 A DG 122 ? A DG 22 23 1 Y 1 A DT 121 ? A DT 23 24 1 Y 1 A DT 120 ? A DT 24 25 1 Y 1 A DG 119 ? A DG 25 26 1 Y 1 A DT 118 ? A DT 26 27 1 Y 1 A DT 117 ? A DT 27 28 1 Y 1 A DG 116 ? A DG 28 29 1 Y 1 A DT 115 ? A DT 29 30 1 Y 1 A DA 114 ? A DA 30 31 1 Y 1 A DG 113 ? A DG 31 32 1 Y 1 A DC 112 ? A DC 32 33 1 Y 1 A DC 111 ? A DC 33 34 1 Y 1 A DG 110 ? A DG 34 35 1 Y 1 A DC 109 ? A DC 35 36 1 Y 1 A DG 108 ? A DG 36 37 1 Y 1 A DC 107 ? 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A DC 168 73 1 Y 1 A DA -26 ? A DA 169 74 1 Y 1 A DA -27 ? A DA 170 75 1 Y 1 B DC 4 ? B DC 1 76 1 Y 1 B DC 5 ? B DC 2 77 1 Y 1 B DC 6 ? B DC 3 78 1 Y 1 B DC 7 ? B DC 4 79 1 Y 1 B DA 8 ? B DA 5 80 1 Y 1 B DC 9 ? B DC 6 81 1 Y 1 B DA 95 ? B DA 92 82 1 Y 1 B DA 96 ? B DA 93 83 1 Y 1 B DA 97 ? B DA 94 84 1 Y 1 B DG 98 ? B DG 95 85 1 Y 1 B DC 99 ? B DC 96 86 1 Y 1 B DG 100 ? B DG 97 87 1 Y 1 B DG 101 ? B DG 98 88 1 Y 1 B DT 102 ? B DT 99 89 1 Y 1 B DG 103 ? B DG 100 90 1 Y 1 B DT 104 ? B DT 101 91 1 Y 1 B DC 105 ? B DC 102 92 1 Y 1 B DG 106 ? B DG 103 93 1 Y 1 B DG 107 ? B DG 104 94 1 Y 1 B DC 108 ? B DC 105 95 1 Y 1 B DG 109 ? B DG 106 96 1 Y 1 B DC 110 ? B DC 107 97 1 Y 1 B DG 111 ? B DG 108 98 1 Y 1 B DG 112 ? B DG 109 99 1 Y 1 B DC 113 ? B DC 110 100 1 Y 1 B DT 114 ? B DT 111 101 1 Y 1 B DA 115 ? B DA 112 102 1 Y 1 B DC 116 ? B DC 113 103 1 Y 1 B DA 117 ? B DA 114 104 1 Y 1 B DA 118 ? B DA 115 105 1 Y 1 B DC 119 ? B DC 116 106 1 Y 1 B DA 120 ? B DA 117 107 1 Y 1 B DA 121 ? 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E GLU 119 140 1 Y 1 E ALA 120 ? E ALA 120 141 1 Y 1 E ASP 121 ? E ASP 121 142 1 Y 1 E LYS 122 ? E LYS 122 143 1 Y 1 E GLU 123 ? E GLU 123 144 1 Y 1 E GLU 124 ? E GLU 124 145 1 Y 1 E ASP 125 ? E ASP 125 146 1 Y 1 E ILE 126 ? E ILE 126 147 1 Y 1 E THR 127 ? E THR 127 148 1 Y 1 E PHE 128 ? E PHE 128 149 1 Y 1 E ASN 129 ? E ASN 129 150 1 Y 1 E THR 130 ? E THR 130 151 1 Y 1 E LEU 131 ? E LEU 131 152 1 Y 1 F GLU 119 ? F GLU 119 153 1 Y 1 F ALA 120 ? F ALA 120 154 1 Y 1 F ASP 121 ? F ASP 121 155 1 Y 1 F LYS 122 ? F LYS 122 156 1 Y 1 F GLU 123 ? F GLU 123 157 1 Y 1 F GLU 124 ? F GLU 124 158 1 Y 1 F ASP 125 ? F ASP 125 159 1 Y 1 F ILE 126 ? F ILE 126 160 1 Y 1 F THR 127 ? F THR 127 161 1 Y 1 F PHE 128 ? F PHE 128 162 1 Y 1 F ASN 129 ? F ASN 129 163 1 Y 1 F THR 130 ? F THR 130 164 1 Y 1 F LEU 131 ? F LEU 131 165 1 Y 1 G MET 1 ? G MET 1 166 1 Y 1 G LYS 2 ? G LYS 2 167 1 Y 1 G ARG 3 ? G ARG 3 168 1 Y 1 G PHE 4 ? G PHE 4 169 1 Y 1 G GLY 5 ? G GLY 5 170 1 Y 1 G THR 6 ? G THR 6 171 1 Y 1 G ARG 7 ? G ARG 7 172 1 Y 1 G SER 8 ? G SER 8 173 1 Y 1 G ALA 9 ? G ALA 9 174 1 Y 1 G THR 10 ? G THR 10 175 1 Y 1 G GLY 11 ? G GLY 11 176 1 Y 1 G ALA 58 ? G ALA 58 177 1 Y 1 G GLY 59 ? G GLY 59 178 1 Y 1 G ASN 60 ? G ASN 60 179 1 Y 1 G ILE 61 ? G ILE 61 180 1 Y 1 G ALA 120 ? G ALA 120 181 1 Y 1 G ASP 121 ? G ASP 121 182 1 Y 1 G LYS 122 ? G LYS 122 183 1 Y 1 G GLU 123 ? G GLU 123 184 1 Y 1 G GLU 124 ? G GLU 124 185 1 Y 1 G ASP 125 ? G ASP 125 186 1 Y 1 G ILE 126 ? G ILE 126 187 1 Y 1 G THR 127 ? G THR 127 188 1 Y 1 G PHE 128 ? G PHE 128 189 1 Y 1 G ASN 129 ? G ASN 129 190 1 Y 1 G THR 130 ? G THR 130 191 1 Y 1 G LEU 131 ? G LEU 131 192 1 Y 1 H MET -6 ? H MET 1 193 1 Y 1 H GLU -5 ? H GLU 2 194 1 Y 1 H PHE -4 ? H PHE 3 195 1 Y 1 H GLU -3 ? H GLU 4 196 1 Y 1 H LEU -2 ? H LEU 5 197 1 Y 1 H GLY -1 ? H GLY 6 198 1 Y 1 H THR 0 ? H THR 7 199 1 Y 1 H LYS 20 ? H LYS 27 200 1 Y 1 H ASP 21 ? H ASP 28 201 1 Y 1 H ASN 22 ? H ASN 29 202 1 Y 1 H TYR 23 ? H TYR 30 203 1 Y 1 H TYR 24 ? H TYR 31 204 1 Y 1 H VAL 25 ? H VAL 32 205 1 Y 1 H LEU 26 ? H LEU 33 206 1 Y 1 H GLY 27 ? H GLY 34 207 1 Y 1 H SER 28 ? H SER 35 208 1 Y 1 H ARG 150 ? H ARG 157 209 1 Y 1 H ASP 151 ? H ASP 158 210 1 Y 1 H PRO 230 ? H PRO 237 211 1 Y 1 H GLU 247 ? H GLU 254 212 1 Y 1 H ASP 248 ? H ASP 255 213 1 Y 1 H ALA 249 ? H ALA 256 214 1 Y 1 H LYS 263 ? H LYS 270 215 1 Y 1 H SER 264 ? H SER 271 216 1 Y 1 H LYS 265 ? H LYS 272 217 1 Y 1 H GLN 266 ? H GLN 273 218 1 Y 1 H HIS 267 ? H HIS 274 219 1 Y 1 H VAL 268 ? H VAL 275 220 1 Y 1 H ASP 269 ? H ASP 276 221 1 Y 1 H LEU 301 ? H LEU 308 222 1 Y 1 H ARG 302 ? H ARG 309 223 1 Y 1 H THR 303 ? H THR 310 224 1 Y 1 H LEU 304 ? H LEU 311 225 1 Y 1 H THR 305 ? H THR 312 226 1 Y 1 H PRO 306 ? H PRO 313 227 1 Y 1 H GLY 307 ? H GLY 314 228 1 Y 1 H PRO 308 ? H PRO 315 229 1 Y 1 H ALA 309 ? H ALA 316 230 1 Y 1 H SER 310 ? H SER 317 231 1 Y 1 H GLN 311 ? H GLN 318 232 1 Y 1 H ASP 312 ? H ASP 319 233 1 Y 1 H GLY 313 ? H GLY 320 234 1 Y 1 H PRO 314 ? 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_em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 9F11 _em_admin.last_update 2025-07-09 _em_admin.map_release_date 2025-06-04 _em_admin.title ;CryoEM map of the F plasmid relaxosome with oriT DNA ss-27_+3ds+4_+143 and TraI in its TE mode. ss-27_+3ds+4_+143-R Locally-refined 3.68 A Map. ; # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.organelle 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_em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.details 'Movies were collected in counting mode fractionated over 50 frames' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 7055608 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? ? ? 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RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'The complex after assembly and gel filtration was subjected to glutaraldehyde cross-linking' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9F11 'double helix' 9F11 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A DT 50 1_555 B DA 91 1_555 -0.112 -0.115 0.260 0.891 1.297 -1.910 1 A_DT94:DA94_B A 94 ? 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