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_refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.485 ? 29530 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.642 ? 2980 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 3435 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3810 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9FTG _struct.title 'Closed conformation of the pentameric ligand-gated ion channel, DeCLIC at pH 5 with 10 mM Ca2+' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9FTG _struct_keywords.text 'Pentameric ligand-gated ion channel, bacterial ion channel, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code V4JF97_9BACT _struct_ref.pdbx_db_accession V4JF97 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;TEGRVQHFTGYIEDGRGIFYSLPDMKQGDIIYASMQNTGGNLDPLVGIMAEEIDPAVSLGQVLEKALASENDLISELTAV ADRIFLGWDDDGGKGYSASLEFTIPRDGTYHIFAGSTITNQRLDKFQPTYTTGSFQLILGLNAPQVISGEGEPEGEVFAS LASLEIKPEAHVQELEIRLDKDTRYLTQHTRNLQPGDTFHALVEPIGEAPLPRLRLTDSGGKPLAFGLIDQPGESVELNY TCDQDICELVVHVDGTDGQKDSGEAVYRLLVGINAPNLRESGQTPVGSSVFLESDLVTVGLAVDQIVGVDQRSENFSVVG TLKLSWHDPKLGFSPDQCGCTVKSFEDASIRAVAGEINLPLPSFSFYNQQGNRWSQNQVIFVTPDGRASYFERFTVTLQA PDFDFLAYPFDRQKFSIKVDLAVPTNMFIFNEIERFQQVVGDQLGEEEWVVTSYSQEITEVPFERGSTNSRFTTTLLVKR NLEYYILRIFVPLFLIISVSWVIFFLKDYGRQLEVASGNLLVFVAFNFTISGDLPRLGYLTVLDRFMIVSFCLTAIVVLI SVCQKRLGAVGKQAVAAQIDTWVLVIYPLVYSLYIIWVYLRFFTDHIGW ; _struct_ref.pdbx_align_begin 34 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9FTG A 1 ? 609 ? 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SER B 367 CYS B 371 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 SER B 349 ? ASN B 358 ? SER B 382 ASN B 391 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN B 481 ? ILE B 489 ? ASN B 514 ILE B 522 1 ? 9 HELX_P HELX_P18 AB9 ILE B 489 ? ILE B 503 ? ILE B 522 ILE B 536 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 PHE B 504 ? LEU B 506 ? PHE B 537 LEU B 539 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG B 511 ? ILE B 530 ? ARG B 544 ILE B 563 1 ? 20 HELX_P HELX_P21 AC3 THR B 541 ? GLY B 571 ? THR B 574 GLY B 604 1 ? 31 HELX_P HELX_P22 AC4 GLN B 573 ? PHE B 603 ? GLN B 606 PHE B 636 1 ? 31 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO C 55 ? GLU C 64 ? PRO D 88 GLU D 97 1 ? 10 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP C 72 ? PHE C 85 ? ASP D 105 PHE D 118 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 AC7 PRO C 329 ? GLY C 332 ? PRO D 362 GLY D 365 5 ? 4 HELX_P HELX_P26 AC8 SER C 334 ? CYS C 338 ? SER D 367 CYS D 371 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 SER C 349 ? ASN C 358 ? SER D 382 ASN D 391 1 ? 10 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN C 481 ? ILE C 489 ? ASN D 514 ILE D 522 1 ? 9 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE C 489 ? ILE C 503 ? ILE D 522 ILE D 536 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 AD3 PHE C 504 ? LEU C 506 ? PHE D 537 LEU D 539 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 AD4 ARG C 511 ? ILE C 530 ? ARG D 544 ILE D 563 1 ? 20 HELX_P HELX_P32 AD5 THR C 541 ? GLY C 571 ? THR D 574 GLY D 604 1 ? 31 HELX_P HELX_P33 AD6 GLN C 573 ? PHE C 603 ? GLN D 606 PHE D 636 1 ? 31 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO D 55 ? GLU D 64 ? PRO E 88 GLU E 97 1 ? 10 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP D 72 ? PHE D 85 ? ASP E 105 PHE E 118 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO D 329 ? GLY D 332 ? PRO E 362 GLY E 365 5 ? 4 HELX_P HELX_P37 AE1 SER D 334 ? CYS D 338 ? SER E 367 CYS E 371 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 SER D 349 ? ASN D 358 ? SER E 382 ASN E 391 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 AE3 ASN D 481 ? ILE D 489 ? ASN E 514 ILE E 522 1 ? 9 HELX_P HELX_P40 AE4 ILE D 489 ? ILE D 503 ? ILE E 522 ILE E 536 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 AE5 PHE D 504 ? LEU D 506 ? PHE E 537 LEU E 539 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 ARG D 511 ? ILE D 530 ? ARG E 544 ILE E 563 1 ? 20 HELX_P HELX_P43 AE7 THR D 541 ? GLY D 571 ? 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GLN C 606 PHE C 636 1 ? 31 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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PRO 442 C 1 0.50 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 6 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 6 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC5 5 6 ? parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD2 5 6 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLY A 10 ? ILE A 12 ? GLY A 43 ILE A 45 AA1 2 GLY A 133 ? PHE A 135 ? GLY A 166 PHE A 168 AA1 3 ASN A 37 ? GLY A 40 ? ASN A 70 GLY A 73 AA2 1 VAL A 46 ? GLY A 47 ? VAL A 79 GLY A 80 AA2 2 TRP A 88 ? ASP A 89 ? TRP A 121 ASP A 122 AA3 1 GLN A 173 ? LEU A 175 ? GLN A 206 LEU A 208 AA3 2 TYR A 267 ? ILE A 273 ? TYR A 300 ILE A 306 AA3 3 THR A 198 ? PRO A 205 ? THR A 231 PRO A 238 AA3 4 VAL A 236 ? THR A 241 ? VAL A 269 THR A 274 AA4 1 TYR A 185 ? HIS A 189 ? TYR A 218 HIS A 222 AA4 2 LEU A 249 ? ASP A 254 ? LEU A 282 ASP A 287 AA4 3 ARG A 213 ? ASP A 218 ? ARG A 246 ASP A 251 AA4 4 PRO A 223 ? PHE A 226 ? PRO A 256 PHE A 259 AA5 1 LYS A 343 ? GLU A 346 ? LYS A 376 GLU A 379 AA5 2 TRP A 374 ? VAL A 382 ? TRP A 407 VAL A 415 AA5 3 ARG A 387 ? GLN A 399 ? ARG A 420 GLN A 432 AA5 4 ASN A 315 ? HIS A 327 ? ASN A 348 HIS A 360 AA5 5 ASP A 295 ? ASP A 310 ? ASP A 328 ASP A 343 AA5 6 PHE A 428 ? ILE A 433 ? PHE A 461 ILE A 466 AA6 1 PHE A 364 ? PHE A 366 ? PHE A 397 PHE A 399 AA6 2 ARG A 412 ? LEU A 421 ? 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RELION 3.1 # _em_specimen.concentration 3.5 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Knut and Alice Wallenberg Foundation' Sweden ? 1 'Swedish Research Council' Sweden ? 2 # _atom_sites.entry_id 9FTG _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # loop_ #