data_9G6F # _entry.id 9G6F # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.404 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9G6F pdb_00009g6f 10.2210/pdb9g6f/pdb WWPDB D_1292139594 ? ? EMDB EMD-51100 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-07-30 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-07-30 ? 3 FSC 1 0 2025-07-30 ? 4 'Half map' 1 0 2025-07-30 1 5 'Half map' 1 0 2025-07-30 2 6 Image 1 0 2025-07-30 ? 7 'Primary map' 1 0 2025-07-30 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9G6F _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-07-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Inactive PSII dimer from native Peak4 PSII dimers' EMD-51100 'associated EM volume' PDB 'active PSII dimer from the Peak4 PSII' 9G6H unspecified PDB 'semi-active PSII dimer from the Peak4 PSII' 9G6G unspecified # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 3 p.nixon@imperial.ac.uk Peter Nixon ? 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_citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhao, Z.' 1 0000-0001-8329-5809 primary 'Vercellino, I.' 2 0000-0001-5618-3449 primary 'Nixon, P.J.' 3 0000-0003-1952-6937 primary 'Sazanov, L.A.' 4 0000-0002-0977-7989 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Photosystem II protein D1 1' 39777.301 2 1.10.3.9 ? ? ? 2 polymer nat 'Photosystem II CP47 reaction center protein' 56656.457 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Photosystem II CP43 reaction center protein' 50287.500 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Photosystem II D2 protein' 39388.156 2 1.10.3.9 ? ? ? 5 polymer nat 'Cytochrome b559 subunit alpha' 9580.840 2 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Cytochrome b559 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QEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVVGVWFTALGISTMAFNLNGFNFNHSVIDAKGNVINTWADI INRANLGMEVM(HSK)ERNAHNFPLDLASAESAPVAMIAPSING ; ;MTTTLQRRESANLWERFCNWVTSTDNRLYVGWFGVIMIPTLLAATICFVIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITG AVVPSSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIIFHFLLGASCYMGRQWELSYRLGMRPWICVAYSAPLASAFAVFLI YPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHQLGVAGVFGGALFCAMHGSLVTSSLIRETTETESANYGYKFG QEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVVGVWFTALGISTMAFNLNGFNFNHSVIDAKGNVINTWADI INRANLGMEVMXERNAHNFPLDLASAESAPVAMIAPSING ; A,a ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MGLPWYRVHTVLINDPGRLIAAHLMHTALVAGWAGSMALYELATFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTGSWSGWSI TGETGIDPGFWSFEGVALAHIVLSGLLFLAACWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLAGLLCFGFGAFHLTG LFGPGMWVSDPYGLTGSVQPVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHILVRPPQRLYKALRMGNIETVLSS SIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSSYFQQEINRRVQASLASGATLEEAWSAIPEKLAFYDYIGNNPA KGGLFRTGPMNKGDGIAQAWKGHAVFRNKEGEELFVRRMPAFFESFPVILTDKNGVVKADIPFRRAESKYSFEQQGVTVS FYGGELNGQTFTDPPTVKSYARKAIFGEIFEFDTETLNSDGIFRTSPRGWFTFAHAVFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFS GIDPELSPEQVEWGFYQKVGDVTTRRKEAV ; ;MGLPWYRVHTVLINDPGRLIAAHLMHTALVAGWAGSMALYELATFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTGSWSGWSI TGETGIDPGFWSFEGVALAHIVLSGLLFLAACWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLAGLLCFGFGAFHLTG LFGPGMWVSDPYGLTGSVQPVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHILVRPPQRLYKALRMGNIETVLSS SIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSSYFQQEINRRVQASLASGATLEEAWSAIPEKLAFYDYIGNNPA KGGLFRTGPMNKGDGIAQAWKGHAVFRNKEGEELFVRRMPAFFESFPVILTDKNGVVKADIPFRRAESKYSFEQQGVTVS FYGGELNGQTFTDPPTVKSYARKAIFGEIFEFDTETLNSDGIFRTSPRGWFTFAHAVFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFS GIDPELSPEQVEWGFYQKVGDVTTRRKEAV ; B,b ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MVTLSSNSIFATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHI ATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGA LLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHI LTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQ GPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVAT EINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD ; ;MVTLSSNSIFATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHI ATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGA LLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHI LTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQ GPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVAT EINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD ; C,c ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTIAIGRAPAERGWFDILDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTVAVST PANSMGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFIALHGAFGLIGFMLRQFEIARLVGVRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIY PLGQSSWFFAPSFGVAAIFRFLLFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFQDGEGASTFRAFNPTQA EETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRSYDFISQEIRAAEDPEFETFYTKNLL LNEGIRAWMAPQDQPHENFVFPEEVLPRGNAL ; ;MTIAIGRAPAERGWFDILDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTVAVST PANSMGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFIALHGAFGLIGFMLRQFEIARLVGVRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIY PLGQSSWFFAPSFGVAAIFRFLLFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFQDGEGASTFRAFNPTQA EETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRSYDFISQEIRAAEDPEFETFYTKNLL LNEGIRAWMAPQDQPHENFVFPEEVLPRGNAL ; D,d ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MAGTTGERPFSDIITSVRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPDSYYAQEQRSIPLVTDRFEAKQQVETFL EQLK ; ;MAGTTGERPFSDIITSVRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPDSYYAQEQRSIPLVTDRFEAKQQVETFL EQLK ; E,e ? 6 'polypeptide(L)' no no MTSNTPNQEPVSYPIFTVRWVAVHTLAVPTIFFLGAIAAMQFIQR MTSNTPNQEPVSYPIFTVRWVAVHTLAVPTIFFLGAIAAMQFIQR F,f ? 7 'polypeptide(L)' no no MARRTWLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFLVFLLIILEIYNSTLILDGVNVSWKALG MARRTWLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFLVFLLIILEIYNSTLILDGVNVSWKALG H,h ? 8 'polypeptide(L)' no yes '(FME)ETLKITVYIVVTFFVLLFVFGFLSGDPARNPKRKDLE' METLKITVYIVVTFFVLLFVFGFLSGDPARNPKRKDLE I,i ? 9 'polypeptide(L)' no no MMSEGGRIPLWIVATVAGMGVIVIVGLFFYGAYAGLGSSL MMSEGGRIPLWIVATVAGMGVIVIVGLFFYGAYAGLGSSL J,j ? 10 'polypeptide(L)' no no MIDALVLVAKLPEAYAIFDPLVDVLPVIPVLFLALAFVWQAAVGFR MIDALVLVAKLPEAYAIFDPLVDVLPVIPVLFLALAFVWQAAVGFR K,k ? 11 'polypeptide(L)' no no MEPNPNRQPVELNRTSLYLGLLLILVLALLFSSYFFN MEPNPNRQPVELNRTSLYLGLLLILVLALLFSSYFFN L,l ? 12 'polypeptide(L)' no no MEVNQLGLIATALFVLVPSVFLIILYVQTESQQKSS MEVNQLGLIATALFVLVPSVFLIILYVQTESQQKSS M,m ? 13 'polypeptide(L)' no yes '(FME)ETITYVFIFACIIALFFFAIFFREPPRITKK' METITYVFIFACIIALFFFAIFFREPPRITKK T,t ? 14 'polypeptide(L)' no no MTITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQIDKVQRSL MTITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQIDKVQRSL X,x ? 15 'polypeptide(L)' no no MGIFNGIIEFLSNINFEVIAQLTMIAMIGIAGPMIIFLLAVRRGNL MGIFNGIIEFLSNINFEVIAQLTMIAMIGIAGPMIIFLLAVRRGNL Y,y ? 16 'polypeptide(L)' no no MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV Z,z ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 17 'FE (II) ION' FE2 18 'CHLORIDE ION' CL 19 'CHLOROPHYLL A' CLA 20 'PHEOPHYTIN A' PHO 21 BETA-CAROTENE BCR 22 '1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL' SQD 23 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; PL9 24 EICOSANE LFA 25 'PALMITIC ACID' PLM 26 'BICARBONATE ION' BCT 27 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE LHG 28 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE LMG 29 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE LMT 30 'DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)' DGD 31 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEM 32 '(3R)-beta,beta-caroten-3-ol' RRX 33 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 THR n 1 3 THR n 1 4 THR n 1 5 LEU n 1 6 GLN n 1 7 ARG n 1 8 ARG n 1 9 GLU n 1 10 SER n 1 11 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'C40 H56' 536.873 BCT non-polymer . 'BICARBONATE ION' ? 'C H O3 -1' 61.017 CL non-polymer . 'CHLORIDE ION' ? 'Cl -1' 35.453 CLA non-polymer . 'CHLOROPHYLL A' ? 'C55 H72 Mg N4 O5' 893.489 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DGD saccharide . 'DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)' ? 'C51 H96 O15' 949.299 FE2 non-polymer . 'FE (II) ION' ? 'Fe 2' 55.845 FME 'L-peptide linking' n N-FORMYLMETHIONINE ? 'C6 H11 N O3 S' 177.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HEM non-polymer . 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEME 'C34 H32 Fe N4 O4' 616.487 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 HSK 'L-peptide linking' n 3-hydroxy-L-histidine ? 'C6 H9 N3 O3' 171.154 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LFA non-polymer . EICOSANE 'LIPID FRAGMENT' 'C20 H42' 282.547 LHG non-polymer . 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ? 'C38 H75 O10 P' 722.970 LMG non-polymer . 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE ? 'C45 H86 O10' 787.158 LMT D-saccharide . DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE ? 'C24 H46 O11' 510.615 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PHO non-polymer . 'PHEOPHYTIN A' ? 'C55 H74 N4 O5' 871.200 PL9 non-polymer . ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; 'PLASTOQUINONE 9' 'C53 H80 O2' 749.201 PLM non-polymer . 'PALMITIC ACID' ? 'C16 H32 O2' 256.424 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 RRX non-polymer . '(3R)-beta,beta-caroten-3-ol' beta-Cryptoxanthin 'C40 H56 O' 552.872 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SQD non-polymer . '1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL' SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL 'C41 H78 O12 S' 795.116 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 ? ? ? A . n A 1 2 THR 2 2 ? ? ? A . n A 1 3 THR 3 3 ? ? ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.789 ? 59627 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 17.092 ? 7775 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 5764 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 7267 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9G6F _struct.title 'Inactive PSII dimer from native Peak4 PSII dimers' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9G6F _struct_keywords.text 'PSII, native intermediate, PSII assembly, PHOTOSYNTHESIS' _struct_keywords.pdbx_keywords PHOTOSYNTHESIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 1 ? R N N 2 ? S N N 3 ? T N N 4 ? U N N 5 ? V N N 6 ? 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GG N N 19 ? HG N N 19 ? IG N N 19 ? JG N N 19 ? KG N N 19 ? LG N N 19 ? MG N N 19 ? NG N N 19 ? OG N N 19 ? PG N N 19 ? QG N N 19 ? RG N N 19 ? SG N N 21 ? TG N N 30 ? UG N N 30 ? VG N N 28 ? WG N N 30 ? XG N N 21 ? YG N N 29 ? ZG N N 20 ? AH N N 26 ? BH N N 19 ? CH N N 19 ? DH N N 21 ? EH N N 23 ? FH N N 27 ? GH N N 27 ? HH N N 28 ? IH N N 24 ? JH N N 29 ? KH N N 24 ? LH N N 30 ? MH N N 25 ? NH N N 31 ? OH N N 22 ? PH N N 24 ? QH N N 30 ? RH N N 24 ? SH N N 24 ? TH N N 25 ? UH N N 25 ? VH N N 29 ? WH N N 25 ? XH N N 24 ? YH N N 21 ? ZH N N 24 ? AI N N 27 ? BI N N 22 ? CI N N 29 ? DI N N 29 ? EI N N 24 ? FI N N 29 ? GI N N 24 ? HI N N 32 ? II N N 21 ? JI N N 29 ? KI N N 33 ? LI N N 33 ? MI N N 33 ? NI N N 33 ? OI N N 33 ? PI N N 33 ? QI N N 33 ? RI N N 33 ? SI N N 33 ? TI N N 33 ? UI N N 33 ? VI N N 33 ? WI N N 33 ? XI N N 33 ? YI N N 33 ? ZI N N 33 ? AJ N N 33 ? BJ N N 33 ? CJ N N 33 ? DJ N N 33 ? EJ N N 33 ? FJ N N 33 ? 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PLANAR . 34 1 ND ? D CLA 408 ? PLANAR . 35 1 ND ? D CLA 409 ? PLANAR . 36 1 ND ? a CLA 404 ? PLANAR . 37 1 ND ? a CLA 405 ? PLANAR . 38 1 ND ? a CLA 406 ? PLANAR . 39 1 ND ? a CLA 408 ? PLANAR . 40 1 ND ? b CLA 603 ? PLANAR . 41 1 ND ? b CLA 604 ? PLANAR . 42 1 ND ? b CLA 605 ? PLANAR . 43 1 ND ? b CLA 606 ? PLANAR . 44 1 ND ? b CLA 607 ? PLANAR . 45 1 ND ? b CLA 608 ? PLANAR . 46 1 ND ? b CLA 609 ? PLANAR . 47 1 ND ? b CLA 610 ? PLANAR . 48 1 ND ? b CLA 611 ? PLANAR . 49 1 ND ? b CLA 612 ? PLANAR . 50 1 ND ? b CLA 613 ? PLANAR . 51 1 ND ? b CLA 614 ? PLANAR . 52 1 ND ? b CLA 615 ? PLANAR . 53 1 ND ? b CLA 616 ? PLANAR . 54 1 ND ? b CLA 617 ? PLANAR . 55 1 ND ? b CLA 618 ? PLANAR . 56 1 ND ? c CLA 502 ? PLANAR . 57 1 ND ? c CLA 503 ? PLANAR . 58 1 ND ? c CLA 504 ? PLANAR . 59 1 ND ? c CLA 505 ? PLANAR . 60 1 ND ? c CLA 506 ? PLANAR . 61 1 ND ? c CLA 507 ? PLANAR . 62 1 ND ? c CLA 508 ? PLANAR . 63 1 ND ? c CLA 509 ? PLANAR . 64 1 ND ? c CLA 510 ? PLANAR . 65 1 ND ? c CLA 511 ? PLANAR . 66 1 ND ? c CLA 512 ? PLANAR . 67 1 ND ? c CLA 513 ? PLANAR . 68 1 ND ? c CLA 514 ? PLANAR . 69 1 ND ? d CLA 404 ? PLANAR . 70 1 ND ? d CLA 405 ? PLANAR . # loop_ _pdbx_validate_main_chain_plane.id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_model_num _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_asym_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_ins_code _pdbx_validate_main_chain_plane.label_alt_id _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle 1 1 HSK A 332 ? ? -22.78 2 1 HSK a 332 ? ? -22.49 # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 A HSK 332 A HSK 332 ? 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PDB 'experimental model' 7NHO ? 3 1 7NHO C ? ? C ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 4 1 7NHO D ? ? D ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 5 1 7NHO E ? ? E ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 6 1 7NHO F ? ? F ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 7 1 7NHO H ? ? H ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 8 1 7NHO I ? ? I ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 9 1 3KZI J ? ? J ? PDB 'experimental model' 3KZI 1 10 1 7NHO K ? ? K ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 11 1 7NHO L ? ? L ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 12 1 7NHO M ? ? M ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 13 1 7NHO T ? ? T ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 14 1 7NHO X ? ? X ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 15 1 7NHO Y ? ? Y ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 16 1 7NHO Z ? ? Z ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 17 1 7NHO a ? ? a ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 18 1 7NHO b ? ? b ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 19 1 7NHO c ? ? c ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 20 1 7NHO d ? ? d ? PDB 'experimental model' 7NHO ? 21 1 7NHO e ? ? e ? 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PDB 'experimental model' 7NHO ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9G6F _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 417537 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '20 mM MES pH 6.5, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 7 mM MgSO4, 0.03% DDM, 0.05% CHAPS' _em_buffer.pH 6.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Inactive PSII dimer lacking extrinsic subunits at both monomer' _em_entity_assembly.details ;PSII complexes were pulled down with the His tag at the CP47. The His-eluate was applied to ion exchange chromatography. Four fractions were eluted: Psb27/PSII monomer, oxygen-evolving PSII monomer, fully functional PSII dimer, and half oxygen-evolving functional PSII dimer. Only the half-functional PSII dimer was not characterised. This structure of inactive PSII dimer is from the half-functional dimer. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16 # _em_imaging.entry_id 9G6F _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R0.6/1' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9G6F _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9G6F _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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C3A sing Y N 573 HEM C2A CAA sing N N 574 HEM C3A C4A doub Y N 575 HEM C3A CMA sing N N 576 HEM C4A NA sing Y N 577 HEM CMA HMA sing N N 578 HEM CMA HMAA sing N N 579 HEM CMA HMAB sing N N 580 HEM CAA CBA sing N N 581 HEM CAA HAA sing N N 582 HEM CAA HAAA sing N N 583 HEM CBA CGA sing N N 584 HEM CBA HBA sing N N 585 HEM CBA HBAA sing N N 586 HEM CGA O1A doub N N 587 HEM CGA O2A sing N N 588 HEM C1B C2B sing N N 589 HEM C1B NB sing N N 590 HEM C2B C3B doub N N 591 HEM C2B CMB sing N N 592 HEM C3B C4B sing N N 593 HEM C3B CAB sing N N 594 HEM C4B NB doub N N 595 HEM CMB HMB sing N N 596 HEM CMB HMBA sing N N 597 HEM CMB HMBB sing N N 598 HEM CAB CBB doub N N 599 HEM CAB HAB sing N N 600 HEM CBB HBB sing N N 601 HEM CBB HBBA sing N N 602 HEM C1C C2C sing Y N 603 HEM C1C NC sing Y N 604 HEM C2C C3C doub Y N 605 HEM C2C CMC sing N N 606 HEM C3C C4C sing Y N 607 HEM C3C CAC sing N N 608 HEM C4C NC sing Y N 609 HEM CMC HMC sing N N 610 HEM CMC HMCA sing N N 611 HEM CMC HMCB sing N N 612 HEM CAC CBC doub N N 613 HEM CAC HAC sing N N 614 HEM CBC HBC sing N N 615 HEM CBC HBCA sing N N 616 HEM C1D C2D sing N N 617 HEM C1D ND doub N N 618 HEM C2D C3D doub N N 619 HEM C2D CMD sing N N 620 HEM C3D C4D sing N N 621 HEM C3D CAD sing N N 622 HEM C4D ND sing N N 623 HEM CMD HMD sing N N 624 HEM CMD HMDA sing N N 625 HEM CMD HMDB sing N N 626 HEM CAD CBD sing N N 627 HEM CAD HAD sing N N 628 HEM CAD HADA sing N N 629 HEM CBD CGD sing N N 630 HEM CBD HBD sing N N 631 HEM CBD HBDA sing N N 632 HEM CGD O1D doub N N 633 HEM CGD O2D sing N N 634 HEM O2A H2A sing N N 635 HEM O2D H2D sing N N 636 HEM FE NA sing N N 637 HEM FE NB sing N N 638 HEM FE NC sing N N 639 HEM FE ND sing N N 640 HIS N CA sing N N 641 HIS N H sing N N 642 HIS N H2 sing N N 643 HIS CA C sing N N 644 HIS CA CB sing N N 645 HIS CA HA sing N N 646 HIS C O doub N N 647 HIS C OXT sing N N 648 HIS CB CG sing N N 649 HIS CB HB2 sing N N 650 HIS CB HB3 sing N N 651 HIS CG ND1 sing Y N 652 HIS CG CD2 doub Y N 653 HIS ND1 CE1 doub Y N 654 HIS ND1 HD1 sing N N 655 HIS CD2 NE2 sing Y N 656 HIS CD2 HD2 sing N N 657 HIS CE1 NE2 sing Y N 658 HIS CE1 HE1 sing N N 659 HIS NE2 HE2 sing N N 660 HIS OXT HXT sing N N 661 HOH O H1 sing N N 662 HOH O H2 sing N N 663 HSK NE2 CE1 doub Y N 664 HSK NE2 CD2 sing Y N 665 HSK CE1 ND1 sing Y N 666 HSK CD2 CG doub Y N 667 HSK ND1 OM sing N N 668 HSK ND1 CG sing Y N 669 HSK CG CB sing N N 670 HSK CB CA sing N N 671 HSK CA N sing N N 672 HSK CA C sing N N 673 HSK OXT C sing N N 674 HSK C O doub N N 675 HSK CA HA sing N N 676 HSK N H sing N N 677 HSK N H2 sing N N 678 HSK CB H6 sing N N 679 HSK CB H7 sing N N 680 HSK CD2 H8 sing N N 681 HSK CE1 H10 sing N N 682 HSK OM H11 sing N N 683 HSK OXT H1 sing N N 684 ILE N CA sing N N 685 ILE N H sing N N 686 ILE N H2 sing N N 687 ILE CA C sing N N 688 ILE CA CB sing N N 689 ILE CA HA sing N N 690 ILE C O doub N N 691 ILE C OXT sing N N 692 ILE CB CG1 sing N N 693 ILE CB CG2 sing N N 694 ILE CB HB sing N N 695 ILE CG1 CD1 sing N N 696 ILE 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sing N N 738 LFA C4 H42 sing N N 739 LFA C5 C6 sing N N 740 LFA C5 H51 sing N N 741 LFA C5 H52 sing N N 742 LFA C6 C7 sing N N 743 LFA C6 H61 sing N N 744 LFA C6 H62 sing N N 745 LFA C7 C8 sing N N 746 LFA C7 H71 sing N N 747 LFA C7 H72 sing N N 748 LFA C8 C9 sing N N 749 LFA C8 H81 sing N N 750 LFA C8 H82 sing N N 751 LFA C9 C10 sing N N 752 LFA C9 H91 sing N N 753 LFA C9 H92 sing N N 754 LFA C10 C11 sing N N 755 LFA C10 H101 sing N N 756 LFA C10 H102 sing N N 757 LFA C11 C12 sing N N 758 LFA C11 H111 sing N N 759 LFA C11 H112 sing N N 760 LFA C12 C13 sing N N 761 LFA C12 H121 sing N N 762 LFA C12 H122 sing N N 763 LFA C13 C14 sing N N 764 LFA C13 H131 sing N N 765 LFA C13 H132 sing N N 766 LFA C14 C15 sing N N 767 LFA C14 H141 sing N N 768 LFA C14 H142 sing N N 769 LFA C15 C16 sing N N 770 LFA C15 H151 sing N N 771 LFA C15 H152 sing N N 772 LFA C16 C17 sing N N 773 LFA C16 H161 sing N N 774 LFA C16 H162 sing N N 775 LFA C17 C18 sing N N 776 LFA C17 H171 sing N N 777 LFA C17 H172 sing N N 778 LFA C18 C19 sing N N 779 LFA C18 H181 sing N N 780 LFA C18 H182 sing N N 781 LFA C19 C20 sing N N 782 LFA C19 H191 sing N N 783 LFA C19 H192 sing N N 784 LFA C20 H201 sing N N 785 LFA C20 H202 sing N N 786 LFA C20 H203 sing N N 787 LHG O1 C1 sing N N 788 LHG O1 HO1 sing N N 789 LHG C1 C2 sing N N 790 LHG C1 HC11 sing N N 791 LHG C1 HC12 sing N N 792 LHG C2 O2 sing N N 793 LHG C2 C3 sing N N 794 LHG C2 HC2 sing N N 795 LHG O2 H02 sing N N 796 LHG C3 O3 sing N N 797 LHG C3 HC31 sing N N 798 LHG C3 HC32 sing N N 799 LHG O3 P sing N N 800 LHG P O4 sing N N 801 LHG P O5 doub N N 802 LHG P O6 sing N N 803 LHG O4 HO4 sing N N 804 LHG O6 C4 sing N N 805 LHG C4 C5 sing N N 806 LHG C4 HC41 sing N N 807 LHG C4 HC42 sing N N 808 LHG C5 C6 sing N N 809 LHG C5 O7 sing N N 810 LHG C5 HC5 sing N N 811 LHG C6 O8 sing N N 812 LHG C6 HC61 sing N N 813 LHG C6 HC62 sing N N 814 LHG O7 C7 sing N N 815 LHG C7 O9 doub N N 816 LHG C7 C8 sing N N 817 LHG C8 C9 sing N N 818 LHG C8 HC81 sing N N 819 LHG 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 20 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)' 'United Kingdom' BB/I00937X/1 1 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)' 'United Kingdom' BB/V002007/1 2 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 3KZI _pdbx_initial_refinement_model.details ? # _atom_sites.entry_id 9G6F _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C CL FE MG N O P S # loop_ #