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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0019 ? 10452 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4160 ? 14638 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0406 ? 1750 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0028 ? 1816 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 16.1229 ? 2282 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details 1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_1 4.684992803e-11 ? ? ? 'NCS constraints' B B ? ? ? ? 2 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_2 1.97066169111e-12 ? ? ? 'NCS constraints' C C ? ? ? ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given -0.999999981376 4.47506927998e-07 0.000192998398564 -3.95987077474e-07 -0.99999996437 0.000266944401285 0.000192998511146 0.000266944319888 0.999999945746 268.785627247 268.779968535 -0.0618230058887 ? 2 given -0.999999940459 1.29051402722e-07 0.000345083957859 -6.83870537956e-08 -0.999999984548 0.000175795917552 0.000345083975213 0.000175795883486 0.999999925006 268.769119219 268.796003077 -0.0700032896855 ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;chain "B" ; ens_1 d_2 ;chain "A" ; ens_2 d_1 ;chain "C" ; ens_2 d_2 ;chain "D" ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details ens_1 d_1 1 B ASP 24 . B LEU 960 . B ASP 4 B LEU 940 ? ? ens_1 d_1 2 G ZN . . G ZN . . B ZN 1001 B ZN 1001 ? ? ens_1 d_2 1 A ASP 24 . A LEU 960 . A ASP 4 A LEU 940 ? ? ens_1 d_2 2 E ZN . . E ZN . . A ZN 1001 A ZN 1001 ? ? ens_2 d_1 1 C DC 9 . C DG 11 . C DC 1 C DG 3 ? ? ens_2 d_2 1 D DC 9 . D DG 11 . D DC 1 D DG 3 ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details ens_1 ? ens_2 ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_2 d_2 d_1 2 # _struct.entry_id 9GXU _struct.title 'C. thermocellum UvrA (K647A) in complex with DNA with a fluorescein modification (basal conformation)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9GXU _struct_keywords.text 'DNA binding protein, DNA Repair pathway, Nucleotide excision repair pathway, NER' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A3DC70_ACET2 A3DC70 ? 1 ;MKKDYIVVKGAREHNLKNIDVKIPRDKFVVITGLSGSGKSSLAFDTIYAEGQRRYVESLSSYARQFLGQMEKPDVDYIDG LSPAIAIDQKTTSRNPRSTVGTVTEIYDYLRLLFARIGTPHCYLCGREISQQTVDQMVDRIMEFEEGTRIQLLAPVVRGR KGEYHKLIEDIKKEGYVRIRVDGEVVDVNDPVNLDKNKKHNIEIVVDRLIVRPGIQKRLTDSIETVLRLSNGILVVDVIG GKEMLLSQNFACTECNVSMEEITPRMFSFNNPYGACPECTGLGSLMRIDPDLVIPDKKLSLAQGAVRASGWNIANDESYA RMYIDALAKHYNFSVDTPVEELPPHILDIILYGTNGEKIKIEYERENEKGTFMASFPGIINSMERRYKETTSEVMKQYYE NFMSNIPCPVCKGARLKKESLAVTIGGKNIYEVCCLSIGEAKEFFANLNLTERQQLIARQILKEINARLGFLVDVGLDYL TLARAAGTLSGGEAQRIRLATQIGSGLMGVIYILDEPSIGLHQRDNDRLLRSLKKLRDLGNTLLVVEHDEDTMYASDYII DLGPGAGSHGGQIVAEGTVEEIKQNPNSVTGEYLSGRKKIEVPKERRKPNGKWLEIIGARENNLKNINVRIPLGVFTCIT GVSGSGKSSLINEILYKRLAAELNRASVKPGEHDLIKGIEYLDKVIDIDQSPIGRTPRSNPATYTGVFDFIREIFANTTE AKTRGYKAGRFSFNVKGGRCEACAGDGINKIEMHFLPDIYVPCEVCKGKRYNRETLEVRYKGKNIAEVLDMTVEEALEFF KNIPRIHKKIETLYDVGLGYIKLGQSSTTLSGGEAQRVKLATELSRKSTGKTMYILDEPTTGLHMADVHRLVGILHRLVE AGNSVVVIEHNLDVIKTADYIIDLGPEGGSGGGLVVAEGTPEEVAKVENSYTGQFLKKVLST ; 1 2 PDB 9GXU 9GXU ? 2 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9GXU A 21 ? 962 ? A3DC70 1 ? 942 ? 1 942 2 1 9GXU B 21 ? 962 ? A3DC70 1 ? 942 ? 1 942 3 2 9GXU C 1 ? 50 ? 9GXU -7 ? 42 ? -7 42 4 2 9GXU D 1 ? 50 ? 9GXU -7 ? 42 ? -7 42 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9GXU MET A 1 ? UNP A3DC70 ? ? 'initiating methionine' -19 1 1 9GXU GLY A 2 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -18 2 1 9GXU SER A 3 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -17 3 1 9GXU SER A 4 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -16 4 1 9GXU HIS A 5 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -15 5 1 9GXU HIS A 6 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -14 6 1 9GXU HIS A 7 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -13 7 1 9GXU HIS A 8 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -12 8 1 9GXU HIS A 9 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -11 9 1 9GXU HIS A 10 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -10 10 1 9GXU SER A 11 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -9 11 1 9GXU SER A 12 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -8 12 1 9GXU GLY A 13 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -7 13 1 9GXU LEU A 14 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -6 14 1 9GXU VAL A 15 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -5 15 1 9GXU PRO A 16 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -4 16 1 9GXU ARG A 17 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -3 17 1 9GXU GLY A 18 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -2 18 1 9GXU SER A 19 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -1 19 1 9GXU HIS A 20 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' 0 20 1 9GXU ALA A 667 ? UNP A3DC70 LYS 647 'engineered mutation' 647 21 2 9GXU MET B 1 ? UNP A3DC70 ? ? 'initiating methionine' -19 22 2 9GXU GLY B 2 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -18 23 2 9GXU SER B 3 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -17 24 2 9GXU SER B 4 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -16 25 2 9GXU HIS B 5 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -15 26 2 9GXU HIS B 6 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -14 27 2 9GXU HIS B 7 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -13 28 2 9GXU HIS B 8 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -12 29 2 9GXU HIS B 9 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -11 30 2 9GXU HIS B 10 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -10 31 2 9GXU SER B 11 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -9 32 2 9GXU SER B 12 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -8 33 2 9GXU GLY B 13 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -7 34 2 9GXU LEU B 14 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -6 35 2 9GXU VAL B 15 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -5 36 2 9GXU PRO B 16 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -4 37 2 9GXU ARG B 17 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -3 38 2 9GXU GLY B 18 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -2 39 2 9GXU SER B 19 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' -1 40 2 9GXU HIS B 20 ? UNP A3DC70 ? ? 'expression tag' 0 41 2 9GXU ALA B 667 ? UNP A3DC70 LYS 647 'engineered mutation' 647 42 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 58 ? 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