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'Chi, G.' 2 0000-0001-9910-0965 primary 'Balo, T.' 3 0009-0009-4013-8243 primary 'Chen, X.' 4 0000-0003-0587-3444 primary 'Montes, B.R.' 5 ? primary 'Clifford, S.C.' 6 0000-0003-4893-2184 primary ;D'Angiolella, V. ; 7 0000-0001-8365-9094 primary 'Szabo, T.' 8 0000-0003-0700-4680 primary 'Kiss, A.' 9 ? primary 'Novak, T.' 10 ? primary 'Herner, A.' 11 0009-0005-1406-3971 primary 'Kotschy, A.' 12 ? primary 'Bullock, A.N.' 13 0000-0001-6757-0436 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Isoform 1 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4' 58208.742 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone deacetylase 2' 55443.156 1 3.5.1.98,3.5.1.- ? ? ? 3 polymer man 'REST corepressor 1' 22231.699 1 ? ? ? ? 4 non-polymer syn '(1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine' 453.542 1 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'BTB and kelch domain-containing protein 4' 2 'HD2,Protein deacylase HDAC2' 3 'Protein CoREST' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MESPEEPGASMDENYFVNYTFKDRSHSGRVAQGIMKLCLEEELFADVTISVEGREFQLHRLVLSAQSCFFRSMFTSNLKE AHNRVIVLQDVSESVFQLLVDYIYHGTVKLRAEELQEIYEVSDMYQLTSLFEECSRFLARTVQVGNCLQVMWLADRHSDP ELYTAAKHCAKTHLAQLQNTEEFLHLPHRLLTDIISDGVPCSQNPTEAIEAWINFNKEEREAFAESLRTSLKEIGENVHI YLIGKESSRTHSLAVSLHCAEDDSISVSGQNSLCHQITAACKHGGDLYVVGGSIPRRMWKCNNATVDWEWCAPLPRDRLQ 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D SER 141 OG 1105 1 Y 1 D LYS 231 ? CG ? D LYS 147 CG 1106 1 Y 1 D LYS 231 ? CD ? D LYS 147 CD 1107 1 Y 1 D LYS 231 ? CE ? D LYS 147 CE 1108 1 Y 1 D LYS 231 ? NZ ? D LYS 147 NZ 1109 1 Y 1 D PHE 232 ? CG ? D PHE 148 CG 1110 1 Y 1 D PHE 232 ? CD1 ? D PHE 148 CD1 1111 1 Y 1 D PHE 232 ? CD2 ? D PHE 148 CD2 1112 1 Y 1 D PHE 232 ? CE1 ? D PHE 148 CE1 1113 1 Y 1 D PHE 232 ? CE2 ? D PHE 148 CE2 1114 1 Y 1 D PHE 232 ? CZ ? D PHE 148 CZ 1115 1 Y 1 D TYR 233 ? CG ? D TYR 149 CG 1116 1 Y 1 D TYR 233 ? CD1 ? D TYR 149 CD1 1117 1 Y 1 D TYR 233 ? CD2 ? D TYR 149 CD2 1118 1 Y 1 D TYR 233 ? CE1 ? D TYR 149 CE1 1119 1 Y 1 D TYR 233 ? CE2 ? D TYR 149 CE2 1120 1 Y 1 D TYR 233 ? CZ ? D TYR 149 CZ 1121 1 Y 1 D TYR 233 ? OH ? D TYR 149 OH 1122 1 Y 1 D SER 235 ? OG ? D SER 151 OG 1123 1 Y 1 D TRP 236 ? CG ? D TRP 152 CG 1124 1 Y 1 D TRP 236 ? CD1 ? D TRP 152 CD1 1125 1 Y 1 D TRP 236 ? CD2 ? D TRP 152 CD2 1126 1 Y 1 D TRP 236 ? NE1 ? D TRP 152 NE1 1127 1 Y 1 D TRP 236 ? CE2 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.385 ? 13844 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.419 ? 3241 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.039 ? 1637 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1763 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9I2C _struct.title 'Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2-CoREST1 2:1:1 complex mediated by molecular glue UM171' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9I2C _struct_keywords.text 'E3 ligase, deacetylase, ubiquitylation, transcription, molecular glue, complex, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 3 ? E N N 4 ? 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'expression tag' 274 27 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 25 ? 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