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N LEU H2 33 O ASP V 7 ? O ASP I2 7 AI7 3 4 O GLY V 4 ? O GLY I2 4 N VAL U 151 ? N VAL H2 151 AI7 4 5 O THR U 152 ? O THR H2 152 N ALA U 74 ? N ALA H2 74 AI7 5 6 N VAL U 73 ? N VAL H2 73 O GLN U 114 ? O GLN H2 114 AI8 1 2 N TYR U 99 ? N TYR H2 99 O PHE U 129 ? O PHE H2 129 AI9 1 2 N THR V 17 ? N THR I2 17 O THR V 62 ? O THR I2 62 AI9 2 3 N VAL V 61 ? N VAL I2 61 O THR V 124 ? O THR I2 124 AJ1 1 2 N GLN V 22 ? N GLN I2 22 O LYS V 29 ? O LYS I2 29 AJ1 2 3 N LEU V 33 ? N LEU I2 33 O ASP W 7 ? O ASP J2 7 AJ1 3 4 O GLY W 4 ? O GLY J2 4 N VAL V 151 ? N VAL I2 151 AJ1 4 5 O LYS V 146 ? O LYS I2 146 N LYS V 86 ? N LYS I2 86 AJ1 5 6 N LEU V 85 ? N LEU I2 85 O VAL V 94 ? O VAL I2 94 AJ2 1 2 O ALA V 51 ? O ALA I2 51 N THR V 32 ? N THR I2 32 AJ2 2 3 N LEU V 33 ? N LEU I2 33 O ASP W 7 ? O ASP J2 7 AJ2 3 4 O GLY W 4 ? O GLY J2 4 N VAL V 151 ? N VAL I2 151 AJ2 4 5 O THR V 152 ? O THR I2 152 N ALA V 74 ? N ALA I2 74 AJ2 5 6 N VAL V 73 ? N VAL I2 73 O GLN V 114 ? O GLN I2 114 AJ3 1 2 N TYR V 99 ? N TYR I2 99 O PHE V 129 ? O PHE I2 129 AJ4 1 2 N THR W 17 ? N THR J2 17 O THR W 62 ? O THR J2 62 AJ4 2 3 N VAL W 61 ? N VAL J2 61 O THR W 124 ? O THR J2 124 AJ5 1 2 N GLN W 22 ? N GLN J2 22 O LYS W 29 ? O LYS J2 29 AJ5 2 3 N LEU W 33 ? N LEU J2 33 O ASP X 7 ? O ASP K2 7 AJ5 3 4 O GLY X 4 ? O GLY K2 4 N VAL W 151 ? N VAL J2 151 AJ5 4 5 O LYS W 146 ? O LYS J2 146 N LYS W 86 ? N LYS J2 86 AJ5 5 6 N LEU W 85 ? N LEU J2 85 O VAL W 94 ? O VAL J2 94 AJ6 1 2 O ALA W 51 ? O ALA J2 51 N THR W 32 ? N THR J2 32 AJ6 2 3 N LEU W 33 ? N LEU J2 33 O ASP X 7 ? O ASP K2 7 AJ6 3 4 O GLY X 4 ? O GLY K2 4 N VAL W 151 ? N VAL J2 151 AJ6 4 5 O THR W 152 ? O THR J2 152 N ALA W 74 ? N ALA J2 74 AJ6 5 6 N VAL W 73 ? N VAL J2 73 O GLN W 114 ? O GLN J2 114 AJ7 1 2 N TYR W 99 ? N TYR J2 99 O PHE W 129 ? O PHE J2 129 AJ8 1 2 N THR X 17 ? N THR K2 17 O THR X 62 ? O THR K2 62 AJ8 2 3 N VAL X 61 ? N VAL K2 61 O THR X 124 ? O THR K2 124 AJ9 1 2 N GLN X 22 ? N GLN K2 22 O LYS X 29 ? O LYS K2 29 AJ9 2 3 N LEU X 33 ? N LEU K2 33 O ASP Y 7 ? O ASP L2 7 AJ9 3 4 O GLY Y 4 ? O GLY L2 4 N VAL X 151 ? N VAL K2 151 AJ9 4 5 O LYS X 146 ? O LYS K2 146 N LYS X 86 ? N LYS K2 86 AJ9 5 6 N LEU X 85 ? N LEU K2 85 O VAL X 94 ? O VAL K2 94 AK1 1 2 O ALA X 51 ? O ALA K2 51 N THR X 32 ? N THR K2 32 AK1 2 3 N LEU X 33 ? N LEU K2 33 O ASP Y 7 ? O ASP L2 7 AK1 3 4 O GLY Y 4 ? O GLY L2 4 N VAL X 151 ? N VAL K2 151 AK1 4 5 O THR X 152 ? O THR K2 152 N ALA X 74 ? N ALA K2 74 AK1 5 6 N VAL X 73 ? N VAL K2 73 O GLN X 114 ? O GLN K2 114 AK2 1 2 N TYR X 99 ? N TYR K2 99 O PHE X 129 ? O PHE K2 129 AK3 1 2 N THR Y 17 ? N THR L2 17 O THR Y 62 ? O THR L2 62 AK3 2 3 N VAL Y 61 ? N VAL L2 61 O THR Y 124 ? O THR L2 124 AK4 1 2 N GLN Y 22 ? N GLN L2 22 O LYS Y 29 ? O LYS L2 29 AK4 2 3 N LEU Y 33 ? N LEU L2 33 O ASP Z 7 ? O ASP M2 7 AK4 3 4 O GLY Z 4 ? O GLY M2 4 N VAL Y 151 ? N VAL L2 151 AK4 4 5 O LYS Y 146 ? O LYS L2 146 N LYS Y 86 ? N LYS L2 86 AK4 5 6 N LEU Y 85 ? N LEU L2 85 O VAL Y 94 ? O VAL L2 94 AK5 1 2 O ALA Y 51 ? O ALA L2 51 N THR Y 32 ? N THR L2 32 AK5 2 3 N LEU Y 33 ? N LEU L2 33 O ASP Z 7 ? O ASP M2 7 AK5 3 4 O GLY Z 4 ? O GLY M2 4 N VAL Y 151 ? N VAL L2 151 AK5 4 5 O THR Y 152 ? O THR L2 152 N ALA Y 74 ? N ALA L2 74 AK5 5 6 N VAL Y 73 ? N VAL L2 73 O GLN Y 114 ? O GLN L2 114 AK6 1 2 N TYR Y 99 ? N TYR L2 99 O PHE Y 129 ? O PHE L2 129 # _pdbx_entry_details.entry_id 9I3M _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER B1 13 ? ? -152.94 -64.42 2 1 THR B1 14 ? ? -161.30 94.31 3 1 SER C1 13 ? ? -152.90 -64.54 4 1 THR C1 14 ? ? -161.32 94.25 5 1 SER D1 13 ? ? -152.83 -64.52 6 1 THR D1 14 ? ? -161.27 94.35 7 1 SER E1 13 ? ? -152.86 -64.47 8 1 THR E1 14 ? ? -161.27 94.35 9 1 SER F1 13 ? ? -152.88 -64.43 10 1 THR F1 14 ? ? -161.29 94.34 11 1 SER G1 13 ? ? -152.92 -64.43 12 1 THR G1 14 ? ? -161.29 94.28 13 1 SER H1 13 ? ? -152.75 -64.48 14 1 THR H1 14 ? ? -161.32 94.27 15 1 SER I1 13 ? ? -152.86 -64.63 16 1 THR I1 14 ? ? -161.24 94.28 17 1 SER J1 13 ? ? -152.85 -64.50 18 1 THR J1 14 ? ? -161.23 94.28 19 1 SER K1 13 ? ? -152.85 -64.46 20 1 THR K1 14 ? ? -161.35 94.29 21 1 SER L1 13 ? ? -152.89 -64.42 22 1 THR L1 14 ? ? -161.36 94.38 23 1 SER M1 13 ? ? -152.85 -64.51 24 1 SER B2 13 ? ? -152.91 -64.49 25 1 THR B2 14 ? ? -161.32 94.20 26 1 SER C2 13 ? ? -152.87 -64.50 27 1 THR C2 14 ? ? -161.28 94.35 28 1 SER D2 13 ? ? -152.90 -64.45 29 1 THR D2 14 ? ? -161.31 94.27 30 1 SER E2 13 ? ? -152.85 -64.56 31 1 THR E2 14 ? ? -161.29 94.29 32 1 SER F2 13 ? ? -152.84 -64.55 33 1 THR F2 14 ? ? -161.33 94.40 34 1 SER G2 13 ? ? -152.88 -64.44 35 1 THR G2 14 ? ? -161.36 94.31 36 1 SER H2 13 ? ? -152.88 -64.49 37 1 THR H2 14 ? ? -161.30 94.30 38 1 SER I2 13 ? ? -152.91 -64.43 39 1 THR I2 14 ? ? -161.37 94.26 40 1 SER J2 13 ? ? -152.85 -64.53 41 1 THR J2 14 ? ? -161.32 94.27 42 1 SER K2 13 ? ? -152.88 -64.46 43 1 THR K2 14 ? ? -161.30 94.28 44 1 SER L2 13 ? ? -152.83 -64.56 45 1 THR L2 14 ? ? -161.29 94.30 46 1 SER M2 13 ? ? -152.83 -64.48 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9I3M _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;UCSF Chimera was used to first fit the subunits into the single native pilus rod map (PDB Accession ID: 9I37) and average their relative angles, and it was also used to adjust pixel spacing of all maps to match model dimensions. Coot was used to adjust side chain and loop positions. A pair of antiparallel pili with subunit angles adjusted to 3-turns-per-7-subunits symmetry was overlapped with a 2D class to adjust the binding junction angle. Finally, Phenix was used to fit the pair model into the map. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 304.76 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 7ZL4 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range 24-178 _em_3d_fitting_list.details ;The initial model consisted of a single pilus rod fragment of the same type. The initial model in turn is based on a crystal structure of CsuA/Bsc with PDB accession code 6FM5. ; _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range 24-178 _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 7ZL4 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9I3M _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 8.91 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 12883 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details 'Sample is a fraction taken from an ion exchange column elution gradient, so the NaCl concentration may vary.' _em_buffer.pH 7.4 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Csu pilus rod antiparallel pair' _em_entity_assembly.details ;Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into pairs through antiparallel interactions. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 9I3M _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9I3M _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9I3M _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state FILAMENT _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A1 ALA 1 ? 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'Csu pilus rod antiparallel pair' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 20 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 170 mM NaCl 2 'sodium chloride' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units KILODALTONS/NANOMETER _em_entity_assembly_molwt.value 16.05974 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location 'Outer membrane' _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 470 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Acinetobacter baumannii' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle 'Outer membrane' _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain 19096 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 'Planktonic bacteria' _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pBAD-Csu _em_entity_assembly_recombinant.strain BL21-AI # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 35938 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'Manual picking.' 1 1 ? ? RELION 3.0 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'CTFFind-4.1 Micrographs with CTF fit better than 3.5 A were used for filament picking.' 4 1 ? ? RELION 3.0 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ;UCSF Chimera was used to fit the subunits into the map and adjust their relative angles, and it was also used to adjust map pixel spacing to match model dimensions. ; 7 ? 1 ? 'UCSF Chimera' 1.15 'MODEL FITTING' 'Coot was used to adjust side chain and loop positions.' 8 ? 1 ? Coot '0.8.9.2 EL' OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'Ab Initio Reconstruction' 10 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 CLASSIFICATION '2D Classification' 12 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 RECONSTRUCTION 'Homogeneous Refinement' 13 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 'MODEL REFINEMENT' 'Phenix was used to fit the pair model into the map.' 14 ? 1 ? PHENIX 1.20.1_4487: # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into pairs through antiparallel interactions. The pairs and stacks accumulate over time in a sample tube containing purified Csu pili. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Academy of Finland' Finland 321762 1 'Academy of Finland' Finland 360760 2 'Sigrid Juselius Foundation' Finland 2023 3 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 7ZL4 # _atom_sites.entry_id 9I3M _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C H N O S # loop_ #