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S0R ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 ADP ? ? ADP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 ATP ? ? ATP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code CA 6 ADP 1 901 1000 ADP ADP A . DA 6 ADP 1 902 1001 ADP ADP A . EA 7 ATP 1 901 1000 ATP ATP B . FA 7 ATP 1 902 1001 ATP ATP B . GA 7 ATP 1 901 1000 ATP ATP C . HA 7 ATP 1 902 1001 ATP ATP C . IA 7 ATP 1 901 1000 ATP ATP D . JA 7 ATP 1 902 1001 ATP ATP D . KA 7 ATP 1 901 1000 ATP ATP E . LA 7 ATP 1 902 1001 ATP ATP E . MA 6 ADP 1 1000 1000 ADP ADP F . 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5156 ? 61809 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0410 ? 7128 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0055 ? 7958 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.8298 ? 6395 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9IF4 _struct.title 'Structure of the Mycobacterium Tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to the activator Bz-Leu-Leu' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9IF4 _struct_keywords.text 'protein quality control, peptide activator, protease, ATPase, CHAPERONE' _struct_keywords.pdbx_keywords CHAPERONE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? 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SER K 110 ALA K 118 1 ? 9 HELX_P HELX_P281 BF2 PHE T 133 ? GLY T 159 ? PHE K 147 GLY K 173 1 ? 27 HELX_P HELX_P282 BF3 ASP T 161 ? THR T 169 ? ASP K 175 THR K 183 1 ? 9 HELX_P HELX_P283 BF4 THR T 176 ? GLY T 184 ? THR K 190 GLY K 198 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? U S0R 1 C7 ? ? ? 1_555 U LEU 2 N ? ? U S0R 1 U LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale2 covale both ? V S0R 1 C7 ? ? ? 1_555 V LEU 2 N ? ? V S0R 1 V LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale3 covale both ? W S0R 1 C7 ? ? ? 1_555 W LEU 2 N ? ? W S0R 1 W LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale4 covale both ? X S0R 1 C7 ? ? ? 1_555 X LEU 2 N ? ? Y S0R 1 Y LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale5 covale both ? Y S0R 1 C7 ? ? ? 1_555 Y LEU 2 N ? ? Z S0R 1 Z LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale6 covale both ? Z S0R 1 C7 ? ? ? 1_555 Z LEU 2 N ? ? a S0R 1 a LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale7 covale both ? AA S0R 1 C7 ? ? ? 1_555 AA LEU 2 N ? ? b S0R 1 b LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 S0R AA 1 ? . . . . S0R b 1 ? 1_555 . . . . . . . LEU 1 S0R Benzoylation 'Named protein modification' 2 S0R U 1 ? . . . . S0R U 1 ? 1_555 . . . . . . . LEU 1 S0R Benzoylation 'Named protein modification' 3 S0R V 1 ? . . . . S0R V 1 ? 1_555 . . . . . . . LEU 1 S0R Benzoylation 'Named protein modification' 4 S0R W 1 ? . . . . S0R W 1 ? 1_555 . . . . . . . LEU 1 S0R Benzoylation 'Named protein modification' 5 S0R X 1 ? . . . . S0R Y 1 ? 1_555 . . . . . . . LEU 1 S0R Benzoylation 'Named protein modification' 6 S0R Y 1 ? . . . . S0R Z 1 ? 1_555 . . . . . . . LEU 1 S0R Benzoylation 'Named protein modification' 7 S0R Z 1 ? . . . . S0R a 1 ? 1_555 . . . . . . . LEU 1 S0R Benzoylation 'Named protein modification' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 6 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 5 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 5 ? AE4 ? 5 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 5 ? AF1 ? 5 ? AF2 ? 5 ? AF3 ? 5 ? AF4 ? 5 ? AF5 ? 5 ? AF6 ? 5 ? AF7 ? 3 ? AF8 ? 5 ? AF9 ? 3 ? AG1 ? 2 ? AG2 ? 5 ? AG3 ? 5 ? AG4 ? 5 ? AG5 ? 3 ? AG6 ? 5 ? AG7 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA5 5 6 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB1 5 6 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? parallel AB3 3 4 ? parallel AB3 4 5 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? parallel AB6 3 4 ? parallel AB6 4 5 ? parallel AB6 5 6 ? parallel AB7 1 2 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? parallel AC2 3 4 ? parallel AC2 4 5 ? parallel AC2 5 6 ? parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? parallel AC6 4 5 ? parallel AC6 5 6 ? parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? parallel AC7 3 4 ? parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? parallel AC9 3 4 ? parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? parallel AD1 4 5 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? parallel AD3 3 4 ? parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? parallel AD4 3 4 ? parallel AD4 4 5 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? parallel AD6 4 5 ? parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? parallel AD9 3 4 ? parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AE1 1 2 ? parallel AE1 2 3 ? parallel AE1 3 4 ? parallel AE1 4 5 ? parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? parallel AE3 3 4 ? parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE4 2 3 ? parallel AE4 3 4 ? parallel AE4 4 5 ? parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? parallel AE6 3 4 ? parallel AE6 4 5 ? parallel AE7 1 2 ? parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? parallel AE9 3 4 ? parallel AE9 4 5 ? anti-parallel AF1 1 2 ? parallel AF1 2 3 ? parallel AF1 3 4 ? parallel AF1 4 5 ? parallel AF2 1 2 ? parallel AF2 2 3 ? parallel AF2 3 4 ? parallel AF2 4 5 ? anti-parallel AF3 1 2 ? parallel AF3 2 3 ? parallel AF3 3 4 ? parallel AF3 4 5 ? parallel AF4 1 2 ? parallel AF4 2 3 ? parallel AF4 3 4 ? parallel AF4 4 5 ? anti-parallel AF5 1 2 ? parallel AF5 2 3 ? parallel AF5 3 4 ? parallel AF5 4 5 ? parallel AF6 1 2 ? parallel AF6 2 3 ? parallel AF6 3 4 ? parallel AF6 4 5 ? parallel AF7 1 2 ? parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF8 1 2 ? parallel AF8 2 3 ? parallel AF8 3 4 ? parallel AF8 4 5 ? parallel AF9 1 2 ? parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? parallel AG2 3 4 ? parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG3 1 2 ? parallel AG3 2 3 ? parallel AG3 3 4 ? parallel AG3 4 5 ? parallel AG4 1 2 ? parallel AG4 2 3 ? parallel AG4 3 4 ? parallel AG4 4 5 ? parallel AG5 1 2 ? parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG6 1 2 ? parallel AG6 2 3 ? parallel AG6 3 4 ? parallel AG6 4 5 ? anti-parallel AG7 1 2 ? parallel AG7 2 3 ? parallel AG7 3 4 ? parallel AG7 4 5 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLN A 79 ? 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For the focused maps the FSC at 0.143 CUT-OFF has been used ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.09 _em_3d_reconstruction.resolution_method OTHER _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 71218 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.4 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name ClpC1P1P2 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5 # _em_imaging.entry_id 9IF4 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model OTHER _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2200 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum 77 _em_imaging.recording_temperature_maximum 77 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER/RHODIUM _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9IF4 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9IF4 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9IF4 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY 294 ? 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