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EMDB EMD-60869 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-03-19 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-03-19 ? 3 FSC 1 0 2025-03-19 ? 4 'Half map' 1 0 2025-03-19 1 5 'Half map' 1 0 2025-03-19 2 6 Image 1 0 2025-03-19 ? 7 'Primary map' 1 0 2025-03-19 ? 8 'Structure model' 1 1 2025-04-30 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 8 'Structure model' 'Data collection' 2 8 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 8 'Structure model' citation 2 8 'Structure model' citation_author 3 8 'Structure model' em_admin # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 8 'Structure model' '_citation.country' 2 8 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 8 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 8 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 8 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 8 'Structure model' '_citation.journal_volume' 7 8 'Structure model' '_citation.page_first' 8 8 'Structure model' '_citation.page_last' 9 8 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 10 8 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 11 8 'Structure model' '_citation.title' 12 8 'Structure model' '_citation.year' 13 8 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9ITK _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-07-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Chloroflexus aurantiacus ATP synthase, state 2' _pdbx_database_related.db_id EMD-60869 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 2 xzhang401@126.com Xin Zhang ? 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_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.2425824122 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40131952 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhang, X.' 1 0000-0002-6734-759X primary 'Wu, J.' 2 ? primary 'Min, Z.' 3 ? primary 'Wang, J.' 4 ? primary 'Hong, X.' 5 ? primary 'Pei, X.' 6 ? primary 'Rao, Z.' 7 0000-0001-9866-2384 primary 'Xu, X.' 8 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATP synthase subunit alpha' 56563.340 3 7.1.2.2 ? ? ? 2 polymer nat 'ATP synthase subunit beta' 51755.691 3 7.1.2.2 ? ? ? 3 polymer nat 'ATP synthase gamma chain' 32118.955 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'ATP synthase subunit c' 7688.102 10 ? ? ? ? 5 polymer nat 'ATP synthase epsilon 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_entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MTTITEELIARLKQGITSGVDLQPRQVNVGTVIAVGDGVARLSGLDQVVASEIVEFPPKAGRNESIYGIALNLEQDSVAA IILGDDETIEEGDMVTSTGRVISVPVGQGLLGRVVNPLGQPIDGKGPIVYEKTRPIERIAPGVITRKSVDTPVQTGIIAI DALIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVAIDTILNQKGQGMVCIYVAIGQRRAQVAQVVGTLERFGAMEYTIVVSATASESAA LQYIAPYAGCAMGEEIMENGVMLNGQLVKDALIVYDDLSKHAVAYRQVSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAARLN EEYGGGSLTALPVIETQANDVSAYIPTNVISITDGQIYLESDLFNAGQRPALNVGISVSRVGGAAQTRAMRAVAGKLKGE LAQFRDLAAFAQFASDLDATTKAQIERGQRLQELLKQPQYQPLPVEDQVAVLYAATNNYLDDVPVPLITKWRDDFLAFLR TAHPEVRKLIYDNRLDRKFPTPEVKEALEAAIKEFKATSNYS ; ;MTTITEELIARLKQGITSGVDLQPRQVNVGTVIAVGDGVARLSGLDQVVASEIVEFPPKAGRNESIYGIALNLEQDSVAA IILGDDETIEEGDMVTSTGRVISVPVGQGLLGRVVNPLGQPIDGKGPIVYEKTRPIERIAPGVITRKSVDTPVQTGIIAI DALIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVAIDTILNQKGQGMVCIYVAIGQRRAQVAQVVGTLERFGAMEYTIVVSATASESAA LQYIAPYAGCAMGEEIMENGVMLNGQLVKDALIVYDDLSKHAVAYRQVSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAARLN EEYGGGSLTALPVIETQANDVSAYIPTNVISITDGQIYLESDLFNAGQRPALNVGISVSRVGGAAQTRAMRAVAGKLKGE LAQFRDLAAFAQFASDLDATTKAQIERGQRLQELLKQPQYQPLPVEDQVAVLYAATNNYLDDVPVPLITKWRDDFLAFLR TAHPEVRKLIYDNRLDRKFPTPEVKEALEAAIKEFKATSNYS ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MPAKGVIQEIIGVVIRAKFPEDEVPEIYNAIEIPLGNGDRLVCEVQQQLGNGVVKAVAMGSTDGLRRGLEVIDTGRPIAV PVGPATLGRVFNVLGDPIDGMGPIGPEVERRPIHRDPPSFEEQNTQAQIFETGIKVIDLIAPFTRGGKTAIFGGAGVGKT VVIQELIANIAKEQSGFSVFAGVGERSREGNDLIHEMKEARIDENTTVFDKTVMVFGQMNEPPGARLRVGLTALTMAEYF RDEGRDILLFIDNIFRFVQAGSEVSSLLGRMPSQVGYQPTLGTEMGELQERITSTKRGSITSMQAVYVPADDYTDPAPAT VFSHLDATISLERSIAERAIFPAVDPLASTSRILDPNIVGEEHYRVAQEVKRVLQRYKDLKDIIAILGMEELSDEDKLTV QRARKIELFFSQPFTVAQQFTGRPGKYVPVKKTVESFARLLNGEGDHIPESFFYMQGDFDDVLAAYEASQK ; ;MPAKGVIQEIIGVVIRAKFPEDEVPEIYNAIEIPLGNGDRLVCEVQQQLGNGVVKAVAMGSTDGLRRGLEVIDTGRPIAV PVGPATLGRVFNVLGDPIDGMGPIGPEVERRPIHRDPPSFEEQNTQAQIFETGIKVIDLIAPFTRGGKTAIFGGAGVGKT VVIQELIANIAKEQSGFSVFAGVGERSREGNDLIHEMKEARIDENTTVFDKTVMVFGQMNEPPGARLRVGLTALTMAEYF RDEGRDILLFIDNIFRFVQAGSEVSSLLGRMPSQVGYQPTLGTEMGELQERITSTKRGSITSMQAVYVPADDYTDPAPAT VFSHLDATISLERSIAERAIFPAVDPLASTSRILDPNIVGEEHYRVAQEVKRVLQRYKDLKDIIAILGMEELSDEDKLTV QRARKIELFFSQPFTVAQQFTGRPGKYVPVKKTVESFARLLNGEGDHIPESFFYMQGDFDDVLAAYEASQK ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MPSSREIKRRIRSVKNVAQITRAMEMVSASKMRRAQRNVLATRPYADRMREVMANLTARVVGAARRGTLLEKRETVKSVA LLVVTPDRGLCGSLVANVLRRAGRFITEQRAMGRTVDVYTFGRKGRDFFLRTGFAPAGEATRLGDAPKLEAILGVAISAI NGFQSGKYDELYIIYSEFINTLVQRPAIKQLLPVESPDISTTTNVDYTYEPGEEEVLNSILPRYVETQIYQAVLESIASE HSARMVAMRNATNNAKDLVRDLTLSFNKARQAAITKEVSEIASGAAALTS ; ;MPSSREIKRRIRSVKNVAQITRAMEMVSASKMRRAQRNVLATRPYADRMREVMANLTARVVGAARRGTLLEKRETVKSVA LLVVTPDRGLCGSLVANVLRRAGRFITEQRAMGRTVDVYTFGRKGRDFFLRTGFAPAGEATRLGDAPKLEAILGVAISAI NGFQSGKYDELYIIYSEFINTLVQRPAIKQLLPVESPDISTTTNVDYTYEPGEEEVLNSILPRYVETQIYQAVLESIASE HSARMVAMRNATNNAKDLVRDLTLSFNKARQAAITKEVSEIASGAAALTS ; G ? 4 'polypeptide(L)' no no MEGLNLVATALAVGLGAIGPGVGIGIIVSGAVQAIGRNPEIENRVVTYMFIGIAFTEALAIFGLVIAFLIGFGVLQ MEGLNLVATALAVGLGAIGPGVGIGIIVSGAVQAIGRNPEIENRVVTYMFIGIAFTEALAIFGLVIAFLIGFGVLQ H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MPIHLEIVTAERVILSDDVDMISAPTKDGRVGILPRHAPLMTILEPGELDIIKNGERTPFAVSGGFMEVLPHRVTILADT VERADEIDEARAEQARAEAEARRREAQSERDMALAEAKLRKEMVRLRVAQLHKIKRRQS ; ;MPIHLEIVTAERVILSDDVDMISAPTKDGRVGILPRHAPLMTILEPGELDIIKNGERTPFAVSGGFMEVLPHRVTILADT VERADEIDEARAEQARAEAEARRREAQSERDMALAEAKLRKEMVRLRVAQLHKIKRRQS ; R ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MATTIDARALAAPLVEALLTTAAEQIRAAAPRIAGLSASEAAAVLPADLLPQVRNFLLTMAKEGLTGELNAVAAALPGYL ETGSRAVDASVTSAIELSAEQKERITRELQQRYGDVHVTYHVDPTLIGGLIIRVGDQVLDNSLRARLSAIQRVLQAS ; ;MATTIDARALAAPLVEALLTTAAEQIRAAAPRIAGLSASEAAAVLPADLLPQVRNFLLTMAKEGLTGELNAVAAALPGYL ETGSRAVDASVTSAIELSAEQKERITRELQQRYGDVHVTYHVDPTLIGGLIIRVGDQVLDNSLRARLSAIQRVLQAS ; S,W ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MSTRTRNILIIVGALIISIASRFFLYTGPPHVEVAAEVIFDGIPGFPITNSFVVAIIIDIFVIALAVAATRNLQMVPRGL QNVMEFILESLYNLFRNINAKYVATAFPLVATIFLFVLFGNWFGLLPGVGSIGVCHEKKEEHAVVDERLALAAPAAPLSS VAAAEGEEIHDTCAAQGKKLVPLFRAPAADLNFTFAIAVISFVFIEYWGFRALGPGYLKKFFNTNGIMSFVGIIEFISEL VKPFALAFRLFGNIFAGEVLLVVMAFLVPLLLPLPFYGFEVFVGFIQALIFALLTYAFLNIAVTGHDEEHAH ; ;MSTRTRNILIIVGALIISIASRFFLYTGPPHVEVAAEVIFDGIPGFPITNSFVVAIIIDIFVIALAVAATRNLQMVPRGL QNVMEFILESLYNLFRNINAKYVATAFPLVATIFLFVLFGNWFGLLPGVGSIGVCHEKKEEHAVVDERLALAAPAAPLSS VAAAEGEEIHDTCAAQGKKLVPLFRAPAADLNFTFAIAVISFVFIEYWGFRALGPGYLKKFFNTNGIMSFVGIIEFISEL VKPFALAFRLFGNIFAGEVLLVVMAFLVPLLLPLPFYGFEVFVGFIQALIFALLTYAFLNIAVTGHDEEHAH ; T,Z ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MEALGINPTLFIAQLINFLLLIFILRALLYRPVMNLLNERTRRIEESVRDAEKVREQLANARRDYEAEIARARQEAAKIV AQAQERAKQQEAEIIAQARREAERLKEEARAQAEQERIRMLSEAKSQIADLVTLTASRVLGAELQARGHDALIAESLAAL DRRN ; ;MEALGINPTLFIAQLINFLLLIFILRALLYRPVMNLLNERTRRIEESVRDAEKVREQLANARRDYEAEIARARQEAAKIV AQAQERAKQQEAEIIAQARREAERLKEEARAQAEQERIRMLSEAKSQIADLVTLTASRVLGAELQARGHDALIAESLAAL DRRN ; U,V,X,Y ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 'MAGNESIUM ION' MG 10 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 THR n 1 3 THR n 1 4 ILE n 1 5 THR n 1 6 GLU n 1 7 GLU n 1 8 LEU n 1 9 ILE n 1 10 ALA n 1 11 ARG n 1 12 LEU n 1 13 LYS n 1 14 GLN n 1 15 GLY n 1 16 ILE n 1 17 THR n 1 18 SER n 1 19 GLY n 1 20 VAL n 1 21 ASP n 1 22 LEU n 1 23 GLN n 1 24 PRO n 1 25 ARG n 1 26 GLN n 1 27 VAL n 1 28 ASN n 1 29 VAL n 1 30 GLY n 1 31 THR n 1 32 VAL n 1 33 ILE n 1 34 ALA n 1 35 VAL n 1 36 GLY n 1 37 ASP n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 ALA n 1 41 ARG n 1 42 LEU n 1 43 SER n 1 44 GLY n 1 45 LEU n 1 46 ASP n 1 47 GLN n 1 48 VAL n 1 49 VAL n 1 50 ALA n 1 51 SER n 1 52 GLU n 1 53 ILE n 1 54 VAL n 1 55 GLU n 1 56 PHE n 1 57 PRO n 1 58 PRO n 1 59 LYS n 1 60 ALA n 1 61 GLY n 1 62 ARG n 1 63 ASN n 1 64 GLU n 1 65 SER n 1 66 ILE n 1 67 TYR n 1 68 GLY n 1 69 ILE n 1 70 ALA n 1 71 LEU n 1 72 ASN n 1 73 LEU n 1 74 GLU n 1 75 GLN n 1 76 ASP n 1 77 SER n 1 78 VAL n 1 79 ALA n 1 80 ALA n 1 81 ILE n 1 82 ILE n 1 83 LEU n 1 84 GLY n 1 85 ASP n 1 86 ASP n 1 87 GLU n 1 88 THR n 1 89 ILE n 1 90 GLU n 1 91 GLU n 1 92 GLY n 1 93 ASP n 1 94 MET n 1 95 VAL n 1 96 THR n 1 97 SER n 1 98 THR n 1 99 GLY n 1 100 ARG n 1 101 VAL n 1 102 ILE n 1 103 SER n 1 104 VAL n 1 105 PRO n 1 106 VAL n 1 107 GLY n 1 108 GLN n 1 109 GLY n 1 110 LEU n 1 111 LEU n 1 112 GLY n 1 113 ARG n 1 114 VAL n 1 115 VAL n 1 116 ASN n 1 117 PRO n 1 118 LEU n 1 119 GLY n 1 120 GLN n 1 121 PRO n 1 122 ILE n 1 123 ASP n 1 124 GLY n 1 125 LYS n 1 126 GLY n 1 127 PRO n 1 128 ILE n 1 129 VAL n 1 130 TYR n 1 131 GLU n 1 132 LYS n 1 133 THR n 1 134 ARG n 1 135 PRO n 1 136 ILE n 1 137 GLU n 1 138 ARG n 1 139 ILE n 1 140 ALA n 1 141 PRO n 1 142 GLY n 1 143 VAL n 1 144 ILE n 1 145 THR n 1 146 ARG n 1 147 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ALA T 186 ALA T 189 5 ? 4 HELX_P HELX_P157 AR4 ASP T 190 ? GLY T 214 ? ASP T 190 GLY T 214 1 ? 25 HELX_P HELX_P158 AR5 GLY T 232 ? LEU T 267 ? GLY T 232 LEU T 267 1 ? 36 HELX_P HELX_P159 AR6 LEU T 272 ? THR T 304 ? LEU T 272 THR T 304 1 ? 33 HELX_P HELX_P160 AR7 THR U 9 ? ALA U 27 ? THR U 9 ALA U 27 1 ? 19 HELX_P HELX_P161 AR8 LEU U 29 ? LEU U 140 ? LEU U 29 LEU U 140 1 ? 112 HELX_P HELX_P162 AR9 ALA U 151 ? ALA U 158 ? ALA U 151 ALA U 158 1 ? 8 HELX_P HELX_P163 AS1 ASN V 7 ? LEU V 29 ? ASN V 7 LEU V 29 1 ? 23 HELX_P HELX_P164 AS2 LEU V 29 ? GLN V 115 ? LEU V 29 GLN V 115 1 ? 87 HELX_P HELX_P165 AS3 GLN V 115 ? MET V 120 ? GLN V 115 MET V 120 1 ? 6 HELX_P HELX_P166 AS4 SER V 126 ? ARG V 138 ? SER V 126 ARG V 138 1 ? 13 HELX_P HELX_P167 AS5 GLY V 148 ? ALA V 158 ? GLY V 148 ALA V 158 1 ? 11 HELX_P HELX_P168 AS6 SER W 98 ? LEU W 109 ? SER W 98 LEU W 109 1 ? 12 HELX_P HELX_P169 AS7 LEU W 143 ? LEU W 154 ? LEU W 143 LEU W 154 1 ? 12 HELX_P HELX_P170 AS8 ASN X 7 ? LEU X 121 ? 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