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C ARG 544 NH2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9JME _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9JME _struct.title 'Cryo-EM structure of BV gB and FAB 16F9 complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9JME _struct_keywords.text 'Cryo-EM, MBV gB protein, FAB 16F9, Hepes virus, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9JME 9JME ? 1 ? 1 2 PDB 9JME 9JME ? 2 ? 1 3 UNP Q7T5E1_CHV1 Q7T5E1 ? 3 ;MRPRAGPLPLPSPLVPLLALALLAATRPLGPAAATPVVSPRASPAPPVPAATPTFPDDDNDGEAGAAPGAPGTNASVEAG HATLRENLRDIKALDGDATFYVCPPPTGATVVQFEQPRPCPRAPDGQNYTEGIAVIFKENIAPYKFKATMYYKDVTVSQV WFGHRYSQFMGIFEDRAPVPFEEVIDKINARGVCRSTAKYVRNNMESTAFHRDDDESDMKLKPAKAATRTSRGWHTTDLK YNPSRIEAFHRYGTTVNCIVEEVEARSVYPYDEFVLATGDFVYMSPFYGYRDGAHAEHTAYAADRFRQVDGYYERDLSTG RRASTPATRNLLTTPKFTVGWDWAPKRPSVCTLTKWQEVDEMLRAEYGPSFRFSSSALSTTFTTNRTEYALSRVDLGDCV GREAREAVDRIFLRRYNGTHVKVGQVQYYLATGGFLIAYQPLLSNALVELYVRELLREQERRPGDAAATPKPSADPPDVE RIKTTSSVEFARLQFTYDHIQRHVNDMLGRIAIAWCELQNHELTLWNEARKLNPNAIASATVGRRVSARMLGDVMAVSTC VPVTPDNVIMQNSMRVPARPGTCYSRPLVSFRYEEGGPLVEGQLGEDNEIRLERDALEPCTVGHRRYFTFGAGYVYFEDY AYSHQLGRADVTTVSTFINLNLTMLEDHEFVPLEVYTRQEIKDSGLLDYTEVQRRNQLHALRFADIDTVIKADAHAALFA GLYSFFEGLGDVGRAVGKVVMGIVGGVVSAVSGVSSFLSNPFGALAVGLLVLAGLAAAFFAFRYVMRLQRNPMKALYPLT TKELKSDGPSPAGDGGDGASGGGEEDFDEAKLAQAREMIRYMALVSAMERTEHKARKKGTSALLSAKVTNMVMRKRAKPR YSPLGDTDEEEL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9JME H 1 ? 477 ? 9JME -18 ? 458 ? -18 458 2 2 9JME L 1 ? 232 ? 9JME -18 ? 213 ? -18 213 3 3 9JME A 1 ? 892 ? Q7T5E1 1 ? 892 ? 1 892 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 47 ? TYR A 51 ? THR H 28 TYR H 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 GLN A 81 ? LYS A 84 ? GLN H 62 LYS H 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 106 ? SER A 110 ? THR H 87 SER H 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 GLU B 97 ? ALA B 101 ? GLU L 78 ALA L 82 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO C 180 ? LYS C 187 ? PRO A 180 LYS A 187 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS C 187 ? GLY C 192 ? LYS A 187 GLY A 192 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG C 212 ? ASP C 214 ? ARG A 212 ASP A 214 5 ? 3 HELX_P HELX_P8 AA8 GLY C 293 ? GLU C 297 ? GLY A 293 GLU A 297 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 ALA C 302 ? ASP C 304 ? ALA A 302 ASP A 304 5 ? 3 HELX_P HELX_P10 AB1 LYS C 346 ? VAL C 350 ? LYS A 346 VAL A 350 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP C 398 ? TYR C 416 ? ASP A 398 TYR A 416 1 ? 19 HELX_P HELX_P12 AB3 VAL C 488 ? GLU C 522 ? VAL A 488 GLU A 522 1 ? 35 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU C 522 ? ARG C 530 ? GLU A 522 ARG A 530 1 ? 9 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN C 533 ? GLY C 543 ? ASN A 533 GLY A 543 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 THR C 677 ? ASP C 683 ? THR A 677 ASP A 683 1 ? 7 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP C 688 ? GLN C 697 ? ASP A 688 GLN A 697 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU C 698 ? ALA C 704 ? LEU A 698 ALA A 704 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 41 SG ? ? ? 1_555 A CYS 115 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 42 SG ? ? ? 1_555 B CYS 106 SG ? ? L CYS 23 L CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 194 SG ? ? ? 1_555 C CYS 258 SG ? ? A CYS 194 A CYS 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf4 disulf ? ? C CYS 351 SG ? ? ? 1_555 C CYS 399 SG ? ? A CYS 351 A CYS 399 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 41 ? CYS A 115 ? CYS H 22 ? 1_555 CYS H 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS B 42 ? CYS B 106 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 87 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS C 194 ? CYS C 258 ? CYS A 194 ? 1_555 CYS A 258 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS C 351 ? CYS C 399 ? CYS A 351 ? 1_555 CYS A 399 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 26 B . ? SER 7 L PRO 27 B ? PRO 8 L 1 -3.10 2 ASN 112 B . ? ASN 93 L PRO 113 B ? PRO 94 L 1 -1.65 3 TYR 269 C . ? TYR 269 A PRO 270 C ? PRO 270 A 1 6.27 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 7 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLN A 22 ? GLN A 25 ? GLN H 3 GLN H 6 AA1 2 VAL A 37 ? SER A 44 ? VAL H 18 SER H 25 AA1 3 THR A 97 ? LEU A 102 ? THR H 78 LEU H 83 AA1 4 ALA A 87 ? ASP A 92 ? ALA H 68 ASP H 73 AA2 1 GLU A 29 ? VAL A 31 ? GLU H 10 VAL H 12 AA2 2 THR A 135 ? VAL A 139 ? THR H 116 VAL H 120 AA2 3 ALA A 111 ? PHE A 118 ? ALA H 92 PHE H 99 AA2 4 THR A 52 ? GLN A 58 ? THR H 33 GLN H 39 AA2 5 LEU A 64 ? ILE A 70 ? LEU H 45 ILE H 51 AA2 6 ILE A 77 ? SER A 79 ? ILE H 58 SER H 60 AA3 1 GLU A 29 ? VAL A 31 ? GLU H 10 VAL H 12 AA3 2 THR A 135 ? VAL A 139 ? THR H 116 VAL H 120 AA3 3 ALA A 111 ? PHE A 118 ? ALA H 92 PHE H 99 AA3 4 TYR A 130 ? TRP A 131 ? TYR H 111 TRP H 112 AA4 1 LEU B 23 ? SER B 26 ? LEU L 4 SER L 7 AA4 2 VAL B 38 ? ALA B 44 ? VAL L 19 ALA L 25 AA4 3 SER B 88 ? ILE B 93 ? SER L 69 ILE L 74 AA4 4 PHE B 80 ? SER B 85 ? PHE L 61 SER L 66 AA5 1 ILE B 29 ? ALA B 32 ? ILE L 10 ALA L 13 AA5 2 THR B 120 ? ILE B 124 ? THR L 101 ILE L 105 AA5 3 THR B 103 ? GLN B 108 ? THR L 84 GLN L 89 AA5 4 TYR B 52 ? GLN B 56 ? 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