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_em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.37 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 88969 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type HELICAL # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 25 mM Imidazole, 0.002% (w/v) LMNG, 0.05% (w/v) Triton X-100, pH 8.0' _em_buffer.pH 8.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type 'ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT' _em_entity_assembly.name 'Polyrod composed of FlgG(G65V)' _em_entity_assembly.details ;Polyrod from the complex of P ring attached to polyrod. The FlgG(G65V) mutant of flagellar motor from Salmonella enterica serva typhimurium ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 9JQO _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'JEOL CRYO ARM 300' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode OTHER _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 200 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min 200 _em_imaging.calibrated_defocus_max 2000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure BASIC _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material MOLYBDENUM _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9JQO _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name NITROGEN _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details 'blotting time of 4 seconds, 1 seconds drain time, force 0' # _em_experiment.entry_id 9JQO _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method HELICAL _em_experiment.aggregation_state FILAMENT _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY 53 ? 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D GLY 53 36 1 Y 1 D ALA 54 ? D ALA 54 37 1 Y 1 D GLN 55 ? D GLN 55 38 1 Y 1 D SER 56 ? D SER 56 39 1 Y 1 D SER 57 ? D SER 57 40 1 Y 1 D GLU 58 ? D GLU 58 41 1 Y 1 D GLN 59 ? D GLN 59 42 1 Y 1 D THR 60 ? D THR 60 43 1 Y 1 D THR 61 ? D THR 61 44 1 Y 1 D LEU 62 ? D LEU 62 45 1 Y 1 D PRO 63 ? D PRO 63 46 1 Y 1 E GLY 53 ? E GLY 53 47 1 Y 1 E ALA 54 ? E ALA 54 48 1 Y 1 E GLN 55 ? E GLN 55 49 1 Y 1 E SER 56 ? E SER 56 50 1 Y 1 E SER 57 ? E SER 57 51 1 Y 1 E GLU 58 ? E GLU 58 52 1 Y 1 E GLN 59 ? E GLN 59 53 1 Y 1 E THR 60 ? E THR 60 54 1 Y 1 E THR 61 ? E THR 61 55 1 Y 1 E LEU 62 ? E LEU 62 56 1 Y 1 E PRO 63 ? E PRO 63 57 1 Y 1 F GLY 53 ? F GLY 53 58 1 Y 1 F ALA 54 ? F ALA 54 59 1 Y 1 F GLN 55 ? F GLN 55 60 1 Y 1 F SER 56 ? F SER 56 61 1 Y 1 F SER 57 ? F SER 57 62 1 Y 1 F GLU 58 ? F GLU 58 63 1 Y 1 F GLN 59 ? F GLN 59 64 1 Y 1 F THR 60 ? F THR 60 65 1 Y 1 F THR 61 ? F THR 61 66 1 Y 1 F LEU 62 ? F LEU 62 67 1 Y 1 F PRO 63 ? F PRO 63 68 1 Y 1 G GLY 53 ? G GLY 53 69 1 Y 1 G ALA 54 ? G ALA 54 70 1 Y 1 G GLN 55 ? G GLN 55 71 1 Y 1 G SER 56 ? G SER 56 72 1 Y 1 G SER 57 ? G SER 57 73 1 Y 1 G GLU 58 ? G GLU 58 74 1 Y 1 G GLN 59 ? G GLN 59 75 1 Y 1 G THR 60 ? G THR 60 76 1 Y 1 G THR 61 ? G THR 61 77 1 Y 1 G LEU 62 ? G LEU 62 78 1 Y 1 G PRO 63 ? G PRO 63 79 1 Y 1 H GLY 53 ? H GLY 53 80 1 Y 1 H ALA 54 ? H ALA 54 81 1 Y 1 H GLN 55 ? H GLN 55 82 1 Y 1 H SER 56 ? H SER 56 83 1 Y 1 H SER 57 ? H SER 57 84 1 Y 1 H GLU 58 ? H GLU 58 85 1 Y 1 H GLN 59 ? H GLN 59 86 1 Y 1 H THR 60 ? H THR 60 87 1 Y 1 H THR 61 ? H THR 61 88 1 Y 1 H LEU 62 ? H LEU 62 89 1 Y 1 H PRO 63 ? H PRO 63 90 1 Y 1 I GLY 53 ? I GLY 53 91 1 Y 1 I ALA 54 ? I ALA 54 92 1 Y 1 I GLN 55 ? I GLN 55 93 1 Y 1 I SER 56 ? I SER 56 94 1 Y 1 I SER 57 ? I SER 57 95 1 Y 1 I GLU 58 ? I GLU 58 96 1 Y 1 I GLN 59 ? I GLN 59 97 1 Y 1 I THR 60 ? I THR 60 98 1 Y 1 I THR 61 ? I THR 61 99 1 Y 1 I LEU 62 ? I LEU 62 100 1 Y 1 I PRO 63 ? I PRO 63 101 1 Y 1 J GLY 53 ? J GLY 53 102 1 Y 1 J ALA 54 ? J ALA 54 103 1 Y 1 J GLN 55 ? 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185 LYS C OXT sing N N 186 LYS CB CG sing N N 187 LYS CB HB2 sing N N 188 LYS CB HB3 sing N N 189 LYS CG CD sing N N 190 LYS CG HG2 sing N N 191 LYS CG HG3 sing N N 192 LYS CD CE sing N N 193 LYS CD HD2 sing N N 194 LYS CD HD3 sing N N 195 LYS CE NZ sing N N 196 LYS CE HE2 sing N N 197 LYS CE HE3 sing N N 198 LYS NZ HZ1 sing N N 199 LYS NZ HZ2 sing N N 200 LYS NZ HZ3 sing N N 201 LYS OXT HXT sing N N 202 MET N CA sing N N 203 MET N H sing N N 204 MET N H2 sing N N 205 MET CA C sing N N 206 MET CA CB sing N N 207 MET CA HA sing N N 208 MET C O doub N N 209 MET C OXT sing N N 210 MET CB CG sing N N 211 MET CB HB2 sing N N 212 MET CB HB3 sing N N 213 MET CG SD sing N N 214 MET CG HG2 sing N N 215 MET CG HG3 sing N N 216 MET SD CE sing N N 217 MET CE HE1 sing N N 218 MET CE HE2 sing N N 219 MET CE HE3 sing N N 220 MET OXT HXT sing N N 221 PHE N CA sing N N 222 PHE N H sing N N 223 PHE N H2 sing N N 224 PHE CA C sing N N 225 PHE CA CB sing N N 226 PHE CA HA sing N N 227 PHE C O doub N N 228 PHE C OXT sing N N 229 PHE CB CG sing N N 230 PHE CB HB2 sing N N 231 PHE CB HB3 sing N N 232 PHE CG CD1 doub Y N 233 PHE CG CD2 sing Y N 234 PHE CD1 CE1 sing Y N 235 PHE CD1 HD1 sing N N 236 PHE CD2 CE2 doub Y N 237 PHE CD2 HD2 sing N N 238 PHE CE1 CZ doub Y N 239 PHE CE1 HE1 sing N N 240 PHE CE2 CZ sing Y N 241 PHE CE2 HE2 sing N N 242 PHE CZ HZ sing N N 243 PHE OXT HXT sing N N 244 PRO N CA sing N N 245 PRO N CD sing N N 246 PRO N H sing N N 247 PRO CA C sing N N 248 PRO CA CB sing N N 249 PRO CA HA sing N N 250 PRO C O doub N N 251 PRO C OXT sing N N 252 PRO CB CG sing N N 253 PRO CB HB2 sing N N 254 PRO CB HB3 sing N N 255 PRO CG CD sing N N 256 PRO CG HG2 sing N N 257 PRO CG HG3 sing N N 258 PRO CD HD2 sing N N 259 PRO CD HD3 sing N N 260 PRO OXT HXT sing N N 261 SER N CA sing N N 262 SER N H sing N N 263 SER N H2 sing N N 264 SER CA C sing N N 265 SER CA CB sing N N 266 SER CA HA sing N N 267 SER C O doub N N 268 SER C OXT sing N N 269 SER CB OG sing N N 270 SER CB HB2 sing N N 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TRP CZ2 HZ2 sing N N 314 TRP CZ3 CH2 sing Y N 315 TRP CZ3 HZ3 sing N N 316 TRP CH2 HH2 sing N N 317 TRP OXT HXT sing N N 318 TYR N CA sing N N 319 TYR N H sing N N 320 TYR N H2 sing N N 321 TYR CA C sing N N 322 TYR CA CB sing N N 323 TYR CA HA sing N N 324 TYR C O doub N N 325 TYR C OXT sing N N 326 TYR CB CG sing N N 327 TYR CB HB2 sing N N 328 TYR CB HB3 sing N N 329 TYR CG CD1 doub Y N 330 TYR CG CD2 sing Y N 331 TYR CD1 CE1 sing Y N 332 TYR CD1 HD1 sing N N 333 TYR CD2 CE2 doub Y N 334 TYR CD2 HD2 sing N N 335 TYR CE1 CZ doub Y N 336 TYR CE1 HE1 sing N N 337 TYR CE2 CZ sing Y N 338 TYR CE2 HE2 sing N N 339 TYR CZ OH sing N N 340 TYR OH HH sing N N 341 TYR OXT HXT sing N N 342 VAL N CA sing N N 343 VAL N H sing N N 344 VAL N H2 sing N N 345 VAL CA C sing N N 346 VAL CA CB sing N N 347 VAL CA HA sing N N 348 VAL C O doub N N 349 VAL C OXT sing N N 350 VAL CB CG1 sing N N 351 VAL CB CG2 sing N N 352 VAL CB HB sing N N 353 VAL CG1 HG11 sing N N 354 VAL CG1 HG12 sing N N 355 VAL CG1 HG13 sing N N 356 VAL CG2 HG21 sing N N 357 VAL CG2 HG22 sing N N 358 VAL CG2 HG23 sing N N 359 VAL OXT HXT sing N N 360 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2024-09-27 _em_admin.deposition_site PDBJ _em_admin.entry_id 9JQO _em_admin.last_update 2026-02-04 _em_admin.map_release_date 2026-02-04 _em_admin.title 'Polyrod formed by FlgG (G65V) from the Salmonella TH26292 strain' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM Tris-HCl 1 'tris(hydroxymethyl)aminomethane' 1 50 mM NaCl 2 'sodium Chloride' 1 25 mM Imidazole 3 Imidazole 1 0.002 % LMNG 4 'Lauryl Maltose Neopentyl Glycol' 1 0.05 % Triton 5 'Triton X-100' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.38 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 90371 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_helical_entity.id 1 _em_helical_entity.image_processing_id 1 _em_helical_entity.details ? _em_helical_entity.axial_symmetry C1 _em_helical_entity.angular_rotation_per_subunit 64.9 _em_helical_entity.axial_rise_per_subunit 4.31 # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 6 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 75 _em_image_recording.details ;Using a minimum dose system, two data sets were taken by different conditions; One date set was taken by exposure of 6 seconds, a frame rate of 0.08 sec/frame, an electron dose of 1.0 electrons/A^2 per frame. The other was taken by exposure of 2.5 seconds, a frame rate of 0.0625 sec/frame, an electron dose of 1.0 electrons/A^2 per frame. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 28712 # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 386473 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC 3.2.0 ? 'MODEL REFINEMENT' ? 2 ? ? ? PHENIX 1.21rc1_5127 ? 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The extra solution was removed from the grid by blotting, the filaments and cells were stained with 2% and 0.2% phosphotungstic acid (PTA), respectively, and the purified protein samples were stained with 2% uranyl acetate. The sample grids were dried for 1 hour at room temperature and checked using a transmission electron microscope, JEM-1011 (JEOL, Akishima, Japan) with an accelerating voltage of 100 kV. ; _em_staining.id 1 _em_staining.material 'Uranyl acetate' _em_staining.specimen_id 1 _em_staining.type NEGATIVE # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan 'JP25000013MEXT KAKENHI Grant Number JP15H01640,JP20H05532' 1 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan JP18K06155 2 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan JP26293097 3 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan JP19H03182 4 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan JP15H01640 5 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' 6 'Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)' Japan JP19am0101117 7 'Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)' Japan JP17pc0101020 8 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan JP21J12128 9 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 7CBM _pdbx_initial_refinement_model.details ? # _atom_sites.entry_id 9JQO _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #