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EMDB EMD-62876 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-12-10 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-12-10 ? 3 FSC 1 0 2025-12-10 ? 4 'Half map' 1 0 2025-12-10 1 5 'Half map' 1 0 2025-12-10 2 6 Image 1 0 2025-12-10 ? 7 'Primary map' 1 0 2025-12-10 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9L7P _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-12-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of retron Ec78 system complex' _pdbx_database_related.db_id EMD-62876 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email zhangheng134@gmail.com _pdbx_contact_author.name_first Heng _pdbx_contact_author.name_last Zhang _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-1112-7149 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Liu, Z.' 1 ? 'Zhang, H.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Cryo-EM structure of retron Ec78 system complex' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Liu, Z.' 1 ? primary 'Zhang, H.' 2 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'AAA family ATPase' 62467.766 4 ? ? ? 'The sequence of organism Saccharomyces cerevisiae is not available during the biocuration, replaced by A0AAW7FAT4 temporarily.' 2 polymer man 'Retron St85 family RNA-directed DNA polymerase' 35538.195 2 ? ? ? 'The sequence of organism Saccharomyces cerevisiae is not available during the biocuration, replaced by A0AAW7FAU3 temporarily.' 3 polymer man 'TIGR02646 family protein' 24966.066 1 ? ? ? 'The sequence of organism Saccharomyces cerevisiae is not available during the biocuration, replaced by A0AAW7FAE2 temporarily.' 4 polymer man 'RNA (40-MER)' 46153.152 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (73-MER)' 24120.449 2 ? ? ? ? 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 3 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 1 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MTKQYERKAKGGNLLSAFELYQRNSDKAPGLGEMLVGEWFEMCRDYIQDGHVDESGIFRPDNAFYLRRLTLKDFRRFSLL EIKLEEDLTVIIGNNGKGKTSILYAIAKTLSWFVANILKEGGSGQRLSEMTDIKNDAEDRYSDVSSTFFFGKGLKSVPIR LSRSALGTAERRDSEVKPAKDLADIWRVINEVNTINLPTFALYNVERSQPFNRNIKDNTGRREERFDAYSQTLGGAGRFD HFVEWYIYLHKRTVSDISSSIKELEQQVNDLQRTVDGGMVSVKSLLEQMKFKLSEAIERNDAAVSSRVLTESVQKSIVEK 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L . n K 5 64 DC 64 64 ? ? ? L . n K 5 65 DC 65 65 ? ? ? L . n K 5 66 DC 66 66 ? ? ? L . n K 5 67 DT 67 67 ? ? ? L . n K 5 68 DT 68 68 68 DT DT L . n K 5 69 DA 69 69 69 DA DA L . n K 5 70 DA 70 70 70 DA DA L . n K 5 71 DT 71 71 71 DT DT L . n K 5 72 DA 72 72 72 DA DA L . n K 5 73 DC 73 73 73 DC DC L . n K 5 74 DG 74 74 74 DG DG L . n K 5 75 DT 75 75 75 DT DT L . n K 5 76 DT 76 76 76 DT DT L . n K 5 77 DC 77 77 77 DC DC L . n K 5 78 DA 78 78 ? ? ? L . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code L 6 ATP 1 601 3 ATP ATP B . M 6 ATP 1 601 2 ATP ATP C . N 6 ATP 1 601 1 ATP ATP D . O 7 ZN 1 301 2 ZN ZN H . P 8 MG 1 201 1 MG MG I . Q 8 MG 1 201 2 MG MG K . # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 D LYS 216 ? CG ? D LYS 216 CG 2 1 Y 1 D LYS 216 ? CD ? D LYS 216 CD 3 1 Y 1 D LYS 216 ? CE ? D LYS 216 CE 4 1 Y 1 D LYS 216 ? NZ ? 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Q N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0AAW7FAT4_9ENTR A0AAW7FAT4 ? 1 ;MTKQYERKAKGGNLLSAFELYQRNSDKAPGLGEMLVGEWFEMCRDYIQDGHVDESGIFRPDNAFYLRRLTLKDFRRFSLL EIKLEEDLTVIIGNNGKGKTSILYAIAKTLSWFVANILKEGGSGQRLSEMTDIKNDAEDRYSDVSSTFFFGKGLKSVPIR LSRSALGTAERRDSEVKPAKDLADIWRVINEVNTINLPTFALYNVERSQPFNRNIKDNTGRREERFDAYSQTLGGAGRFD HFVEWYIYLHKRTVSDISSSIKELEQQVNDLQRTVDGGMVSVKSLLEQMKFKLSEAIERNDAAVSSRVLTESVQKSIVEK AICSVVPSISNIWVEMITGSDLVKVTNDGHDVTIDQLSDGQRVFLSLVADLARRMVMLNPLLENPLEGRGIVLIDEIELH LHPKWQQEVILNLRSAFPNIQFIITTHSPIVLSTIEKRCIREFEPNDDGDQSFLDSPDMQTKGSENAQILEQVMNVHSTP PGIAESHWLGNFELLLLDNSGELDNHSQVLYDQIKAHFGIDSIELKKADSLIRINKMKNKLNKIRAEKGK ; 1 2 UNP A0AAW7FAU3_9ENTR A0AAW7FAU3 ? 2 ;MSVIRGLAAVLRQSDSDISAFLVTAPRKYKVYKIPKRTTGFRVIAQPAKGLKDIQRAFVQLYSLPVHDASMAYMKGKGIR DNAAAHAGNQYLLKADLEDFFNSITPAIFWRCIEMSSAQTPQFEPQDKLFIEKILFWQPIKRRKTKLILSVGAPSSPVIS NFCMYEFDNRIHAACKKVEITYTRYADDLTFSSNIPDVLKAVPSTLEVLLKDLFGSALRLNHSKTVFSSKAHNRHVTGIT INNEETLSLGRDRKRFIKHLINQYKYGLLDNEDKAYLIGLLAFASHIEPSFITRMNEKYSLELMERLRGQR ; 1 3 UNP A0AAW7FAE2_9ENTR A0AAW7FAE2 ? 3 ;MRELARLERPEILDQYIAGQNDWMEIDQSAVWPKLTEMQGGFCAYCECRLNRCHIEHFRPRGKFPALTFIWNNLFGSCGD SRKSGGWSRCGIYKDNGAGAYNADDLIKPDEENPDDYLLFLTTGEVVPAIGLTGRALKKAQETIRVFNLNGDIKLFGSRR TAVQAIMPNVEYLYTLLEEFDEDDWNEMLRDELEKIESDEYKTALKHAWTFNQEFA ; 1 4 GB U02551.1 437205 ? 4 ;ACUCUUUAGCGUUGGACGGUUACGUCUAGUCGGGUGAUUAGCCAGACUCUAACUUAUUGAACGUAUUAAGGGUUGCGAAA GUGUCGCAACCCGAGAUCGUUCCUCUCUCGGGUUGCGACACUUUCGCUUCCUCAAGUAAAGAGU ; 12 5 GB U02551.1 437205 ? 5 TTGAGGAAGCGAAAGTGTCGCAACCCGAGAGAGGAACGATCTCGGGTTGCGACACTTTCGCAACCCTTAATACGTTCA 146 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9L7P A 1 ? 550 ? A0AAW7FAT4 1 ? 550 ? 1 550 2 1 9L7P B 1 ? 550 ? A0AAW7FAT4 1 ? 550 ? 1 550 3 1 9L7P C 1 ? 550 ? A0AAW7FAT4 1 ? 550 ? 1 550 4 1 9L7P D 1 ? 550 ? A0AAW7FAT4 1 ? 550 ? 1 550 5 2 9L7P E 1 ? 311 ? A0AAW7FAU3 1 ? 311 ? 1 311 6 2 9L7P F 1 ? 311 ? A0AAW7FAU3 1 ? 311 ? 1 311 7 3 9L7P H 1 ? 216 ? A0AAW7FAE2 1 ? 216 ? 1 216 8 4 9L7P I 1 ? 144 ? 437205 12 ? 155 ? 1 144 9 5 9L7P J 1 ? 78 ? 437205 146 ? 69 ? 1 78 10 4 9L7P K 1 ? 144 ? 437205 12 ? 155 ? 1 144 11 5 9L7P L 1 ? 78 ? 437205 146 ? 69 ? 1 78 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 13 ? ARG A 23 ? ASN A 13 ARG A 23 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 GLY A 37 ? ASP A 49 ? GLY A 37 ASP A 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 95 ? LYS A 119 ? ASN A 95 LYS A 119 1 ? 25 HELX_P HELX_P4 AA4 VAL A 176 ? ASN A 193 ? VAL A 176 ASN A 193 1 ? 18 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 204 ? SER A 208 ? ASN A 204 SER A 208 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 224 ? ALA A 228 ? GLU A 224 ALA A 228 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 238 ? VAL A 254 ? ARG A 238 VAL A 254 1 ? 17 HELX_P HELX_P8 AA8 ILE A 257 ? LEU A 271 ? ILE A 257 LEU A 271 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 AA9 GLN A 272 ? VAL A 275 ? GLN A 272 VAL A 275 5 ? 4 HELX_P HELX_P10 AB1 MET A 279 ? ALA A 303 ? MET A 279 ALA A 303 1 ? 25 HELX_P HELX_P11 AB2 VAL A 304 ? SER A 306 ? VAL A 304 SER A 306 5 ? 3 HELX_P HELX_P12 AB3 THR A 310 ? VAL A 326 ? THR A 310 VAL A 326 1 ? 17 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP A 355 ? LEU A 357 ? ASP A 355 LEU A 357 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 AB5 SER A 358 ? ASN A 379 ? SER A 358 ASN A 379 1 ? 22 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN A 384 ? GLY A 388 ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9L7P 'double helix' 9L7P 'a-form double helix' 9L7P 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 H G 29 1_555 H C 47 1_555 0.066 0.415 0.480 16.199 -11.109 -1.073 1 I_G29:C47_I I 29 ? 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