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EMDB EMD-63397 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-01-28 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-01-28 ? 3 'Half map' 1 0 2026-01-28 1 4 'Half map' 1 0 2026-01-28 2 5 Image 1 0 2026-01-28 ? 6 Mask 1 0 2026-01-28 1 7 'Primary map' 1 0 2026-01-28 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 Image repository 'Initial release' ? ? 6 6 Mask repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9LUL _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-02-09 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB . EMD-63375 'other EM volume' EMDB . EMD-63374 'other EM volume' EMDB . EMD-63372 'other EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of stacked like DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex' EMD-63397 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email sumy@sustech.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first M.-Y. _pdbx_contact_author.name_last Su _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-1581-0914 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Su, M.-Y.' 1 0000-0003-1581-0914 'Wang, S.' 2 ? 'Teng, F.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 17 _citation.language ? _citation.page_first 543 _citation.page_last 543 _citation.title 'Cryo-EM structure of the human COP1-DET1 ubiquitin ligase complex.' _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-026-68375-7 _citation.pdbx_database_id_PubMed 41540009 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wang, S.' 1 0009-0001-5301-4540 primary 'Teng, F.' 2 0000-0001-6782-7676 primary 'Stjepanovic, G.' 3 0000-0002-4841-9949 primary 'Rao, F.' 4 0000-0002-6038-6406 primary 'Su, M.Y.' 5 0000-0003-1581-0914 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase COP1' 69140.641 8 2.3.2.27 ? ? ? 2 polymer man 'DET1- and DDB1-associated protein 1' 7825.895 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E2' 16469.818 2 2.3.2.23 ? ? ? 4 polymer man 'DNA damage-binding protein 1' 127097.469 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DET1 homolog' 63008.316 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;Constitutive photomorphogenesis protein 1 homolog,hCOP1,RING finger and WD repeat domain protein 2,RING finger protein 200,RING-type E3 ubiquitin transferase RFWD2 ; 2 'Placenta cross-immune reaction antigen 1,PCIA-1' 3 'E2 ubiquitin-conjugating enzyme E2,UbcH8,Ubiquitin carrier protein E2,Ubiquitin-protein ligase E2' 4 ;DDB p127 subunit,DNA damage-binding protein a,DDBa,Damage-specific DNA-binding protein 1,HBV X-associated protein 1,XAP-1,UV-damaged DNA-binding factor,UV-damaged DNA-binding protein 1,UV-DDB 1,XPE-binding factor,XPE-BF,Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein,XPCe ; 5 'De-etiolated-1 homolog' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;EDKSNDFVCPICFDMIEEAYMTKCGHSFCYKCIHQSLEDNNRCPKCNYVVDNIDHLYPNFLVNELILKQKQRFEEKRFKL DHSVSSTNGHRWQIFQDWLGTDQDNLDLANVNLMLELLVQKKKQLEAESHAAQLQILMEFLKVARRNKREQLEQIQKELS VLEEDIKRVEEMSGLYSPVSEDSTVPQFEAPSPSHSSIIDSTEYSQPPGFSGSSQTKKQPWYNSTLASRRKRLTAHFEDL 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H,I,K,M,N,O,W,X ? 2 'polypeptide(L)' no no ADFLKGLPVYNKSNFSRFHADSVCKASNRRPSVYLPTREYPSEQIIVTEKTNILLRYLHQQWDKKN ADFLKGLPVYNKSNFSRFHADSVCKASNRRPSVYLPTREYPSEQIIVTEKTNILLRYLHQQWDKKN L,h ? 3 'polypeptide(L)' no no ;TSAKRIQKELAEITLDPPPNCSAGPKGDNIYEWRSTILGPPGSVYEGGVFFLDITFSPDYPFKPPKVTFRTRIYHCNINS QGVICLDILKDNWSPALTISKVLLSICSLLTDCNPADPLVGSIATQYMTNRAEHDRMARQWTKRYAT ; ;TSAKRIQKELAEITLDPPPNCSAGPKGDNIYEWRSTILGPPGSVYEGGVFFLDITFSPDYPFKPPKVTFRTRIYHCNINS QGVICLDILKDNWSPALTISKVLLSICSLLTDCNPADPLVGSIATQYMTNRAEHDRMARQWTKRYAT ; a,d ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFIL TAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLE ELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH NGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNG VVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHA 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;KPRRIQNQNVIHRLERRRISSGKAGTHWHQVRVFHQNVFPNFTVVNVEKPPCFLRKFSPDGRYFIAFSSDQTSLEIYEYQ GCQAAEDLLQGYEGEILSNGNDQRSVNIRGRLFERFFVLLHITNVAANGEHLNRECSLFTDDCRCVIVGSAAYLPDEPHP PFFEVYRNSESVTPNPRSPLEDYSLHIIDLHTGRLCDTRTFKCDKVVLSHNQGLYLYKNILAILSVQQQTIHVFQVTPEG TFIDVRTIGRFCYEDDLLTVSAVFPEVQRDSQTGMANPFRDPFINSLKHRLLVYLWRRAEQDGSAMAKRRFFQYFDQLRQ LRMWKMQLLDENHLFIKYTSEDVVTLRVTDPSQASFFVVYNMVTTEVIAVFENTSDELLELFENFCDLFRNATLHSEVQF PCSASSNNFARQIQRRFKDTIINAKYGGHTEAVRRLLGQLPISAQSYSGSPYLDLSLFSYDDKWVSVMERPKTCGDHPIR FYARDSGLLKFEIQAGLLGRPINHTVRRLVAFTFHPFEPFAISVQRTNAEYVVNFHMRHCCT ; ;KPRRIQNQNVIHRLERRRISSGKAGTHWHQVRVFHQNVFPNFTVVNVEKPPCFLRKFSPDGRYFIAFSSDQTSLEIYEYQ GCQAAEDLLQGYEGEILSNGNDQRSVNIRGRLFERFFVLLHITNVAANGEHLNRECSLFTDDCRCVIVGSAAYLPDEPHP PFFEVYRNSESVTPNPRSPLEDYSLHIIDLHTGRLCDTRTFKCDKVVLSHNQGLYLYKNILAILSVQQQTIHVFQVTPEG TFIDVRTIGRFCYEDDLLTVSAVFPEVQRDSQTGMANPFRDPFINSLKHRLLVYLWRRAEQDGSAMAKRRFFQYFDQLRQ LRMWKMQLLDENHLFIKYTSEDVVTLRVTDPSQASFFVVYNMVTTEVIAVFENTSDELLELFENFCDLFRNATLHSEVQF PCSASSNNFARQIQRRFKDTIINAKYGGHTEAVRRLLGQLPISAQSYSGSPYLDLSLFSYDDKWVSVMERPKTCGDHPIR FYARDSGLLKFEIQAGLLGRPINHTVRRLVAFTFHPFEPFAISVQRTNAEYVVNFHMRHCCT ; b,e ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLU n 1 2 ASP n 1 3 LYS n 1 4 SER n 1 5 ASN n 1 6 ASP n 1 7 PHE n 1 8 VAL n 1 9 CYS n 1 10 PRO n 1 11 ILE n 1 12 CYS n 1 13 PHE n 1 14 ASP n 1 15 MET n 1 16 ILE n 1 17 GLU n 1 18 GLU n 1 19 ALA n 1 20 TYR n 1 21 MET n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 CYS n 1 25 GLY n 1 26 HIS n 1 27 SER n 1 28 PHE n 1 29 CYS n 1 30 TYR n 1 31 LYS n 1 32 CYS n 1 33 ILE n 1 34 HIS n 1 35 GLN n 1 36 SER n 1 37 LEU n 1 38 GLU n 1 39 ASP n 1 40 ASN n 1 41 ASN n 1 42 ARG n 1 43 CYS n 1 44 PRO n 1 45 LYS n 1 46 CYS n 1 47 ASN n 1 48 TYR n 1 49 VAL n 1 50 VAL n 1 51 ASP n 1 52 ASN n 1 53 ILE n 1 54 ASP n 1 55 HIS n 1 56 LEU n 1 57 TYR n 1 58 PRO n 1 59 ASN n 1 60 PHE n 1 61 LEU n 1 62 VAL n 1 63 ASN n 1 64 GLU n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 LEU n 1 68 LYS n 1 69 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ASN M 239 ALA M 254 1 ? 16 HELX_P HELX_P30 AD3 ALA E 131 ? LEU E 175 ? ALA M 258 LEU M 302 1 ? 45 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO E 220 ? HIS E 236 ? PRO M 347 HIS M 363 1 ? 17 HELX_P HELX_P32 AD5 HIS E 236 ? MET E 249 ? HIS M 363 MET M 376 1 ? 14 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP E 254 ? THR E 273 ? ASP M 381 THR M 400 1 ? 20 HELX_P HELX_P34 AD7 TYR E 323 ? ASP E 329 ? TYR M 450 ASP M 456 1 ? 7 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP F 2 ? PHE F 7 ? ASP N 129 PHE N 134 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 TYR F 30 ? ASN F 40 ? TYR N 157 ASN N 167 1 ? 11 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN F 52 ? LEU F 56 ? ASN N 179 LEU N 183 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN F 59 ? LYS F 76 ? ASN N 186 LYS N 203 1 ? 18 HELX_P HELX_P39 AE3 HIS F 90 ? ASP F 102 ? HIS N 217 ASP N 229 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 GLN F 103 ? LEU F 106 ? GLN N 230 LEU N 233 5 ? 4 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP F 107 ? LEU F 175 ? ASP N 234 LEU N 302 1 ? 69 HELX_P HELX_P42 AE6 THR F 225 ? HIS F 236 ? THR N 352 HIS N 363 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 AE7 HIS F 236 ? MET F 249 ? 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anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? 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