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EMDB EMD-63565 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-01-28 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-01-28 ? 3 'Half map' 1 0 2026-01-28 1 4 'Half map' 1 0 2026-01-28 2 5 Image 1 0 2026-01-28 ? 6 Mask 1 0 2026-01-28 1 7 'Primary map' 1 0 2026-01-28 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 Image 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_pdbx_contact_author.email sumy@sustech.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Ming-Yuan _pdbx_contact_author.name_last Su _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-1581-0914 # _audit_author.name 'Su, M.-Y.' _audit_author.pdbx_ordinal 1 _audit_author.identifier_ORCID ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 17 _citation.language ? _citation.page_first 543 _citation.page_last 543 _citation.title 'Cryo-EM structure of the human COP1-DET1 ubiquitin ligase complex.' _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-026-68375-7 _citation.pdbx_database_id_PubMed 41540009 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wang, S.' 1 0009-0001-5301-4540 primary 'Teng, F.' 2 0000-0001-6782-7676 primary 'Stjepanovic, G.' 3 0000-0002-4841-9949 primary 'Rao, F.' 4 0000-0002-6038-6406 primary 'Su, M.Y.' 5 0000-0003-1581-0914 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase COP1' 80569.242 8 2.3.2.27 ? ? ? 2 polymer man 'Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E2' 22282.092 2 2.3.2.23 ? ? ? 3 polymer man 'DET1 homolog' 63931.367 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'DNA 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_entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSGSRQAGSGSAGTSPGSSAASSVTSASSSLSSSPSPPSVAVSAAALVSGGVAQAAGSGGLGGPVRPVLVAPAVSGSGGG AVSTGLSRHSCAARPSAGVGGSSSSLGSGSRKRPLLAPLCNGLINSYEDKSNDFVCPICFDMIEEAYMTKCGHSFCYKCI HQSLEDNNRCPKCNYVVDNIDHLYPNFLVNELILKQKQRFEEKRFKLDHSVSSTNGHRWQIFQDWLGTDQDNLDLANVNL MLELLVQKKKQLEAESHAAQLQILMEFLKVARRNKREQLEQIQKELSVLEEDIKRVEEMSGLYSPVSEDSTVPQFEAPSP SHSSIIDSTEYSQPPGFSGSSQTKKQPWYNSTLASRRKRLTAHFEDLEQCYFSTRMSRISDDSRTASQLDEFQECLSKFT RYNSVRPLATLSYASDLYNGSSIVSSIEFDRDCDYFAIAGVTKKIKVYEYDTVIQDAVDIHYPENEMTCNSKISCISWSS YHKNLLASSDYEGTVILWDGFTGQRSKVYQEHEKRCWSVDFNLMDPKLLASGSDDAKVKLWSTNLDNSVASIEAKANVCC VKFSPSSRYHLAFGCADHCVHYYDLRNTKQPIMVFKGHRKAVSYAKFVSGEEIVSASTDSQLKLWNVGKPYCLRSFKGHI NEKNFVGLASNGDYIACGSENNSLYLYYKGLSKTLLTFKFDTVKSVLDKDRKEDDTNEFVSAVCWRALPDGESNVLIAAN SQGTIKVLELV ; ;MSGSRQAGSGSAGTSPGSSAASSVTSASSSLSSSPSPPSVAVSAAALVSGGVAQAAGSGGLGGPVRPVLVAPAVSGSGGG AVSTGLSRHSCAARPSAGVGGSSSSLGSGSRKRPLLAPLCNGLINSYEDKSNDFVCPICFDMIEEAYMTKCGHSFCYKCI 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CSLLTDCNPADPLVGSIATQYMTNRAEHDRMARQWTKRYAT ; Q,T ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MDHHVSTIKPRRIQNQNVIHRLERRRISSGKAGTHWHQVRVFHQNVFPNFTVVNVEKPPCFLRKFSPDGRYFIAFSSDQT SLEIYEYQGCQAAEDLLQGYEGEILSNGNDQRSVNIRGRLFERFFVLLHITNVAANGEHLNRECSLFTDDCRCVIVGSAA YLPDEPHPPFFEVYRNSESVTPNPRSPLEDYSLHIIDLHTGRLCDTRTFKCDKVVLSHNQGLYLYKNILAILSVQQQTIH VFQVTPEGTFIDVRTIGRFCYEDDLLTVSAVFPEVQRDSQTGMANPFRDPFINSLKHRLLVYLWRRAEQDGSAMAKRRFF QYFDQLRQLRMWKMQLLDENHLFIKYTSEDVVTLRVTDPSQASFFVVYNMVTTEVIAVFENTSDELLELFENFCDLFRNA TLHSEVQFPCSASSNNFARQIQRRFKDTIINAKYGGHTEAVRRLLGQLPISAQSYSGSPYLDLSLFSYDDKWVSVMERPK TCGDHPIRFYARDSGLLKFEIQAGLLGRPINHTVRRLVAFTFHPFEPFAISVQRTNAEYVVNFHMRHCCT ; ;MDHHVSTIKPRRIQNQNVIHRLERRRISSGKAGTHWHQVRVFHQNVFPNFTVVNVEKPPCFLRKFSPDGRYFIAFSSDQT SLEIYEYQGCQAAEDLLQGYEGEILSNGNDQRSVNIRGRLFERFFVLLHITNVAANGEHLNRECSLFTDDCRCVIVGSAA YLPDEPHPPFFEVYRNSESVTPNPRSPLEDYSLHIIDLHTGRLCDTRTFKCDKVVLSHNQGLYLYKNILAILSVQQQTIH VFQVTPEGTFIDVRTIGRFCYEDDLLTVSAVFPEVQRDSQTGMANPFRDPFINSLKHRLLVYLWRRAEQDGSAMAKRRFF QYFDQLRQLRMWKMQLLDENHLFIKYTSEDVVTLRVTDPSQASFFVVYNMVTTEVIAVFENTSDELLELFENFCDLFRNA TLHSEVQFPCSASSNNFARQIQRRFKDTIINAKYGGHTEAVRRLLGQLPISAQSYSGSPYLDLSLFSYDDKWVSVMERPK TCGDHPIRFYARDSGLLKFEIQAGLLGRPINHTVRRLVAFTFHPFEPFAISVQRTNAEYVVNFHMRHCCT ; R,U ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFIL TAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLE ELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH NGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNG VVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHA SIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVS QEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVACLDITPLGDSNGLSPLCAIGL WTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRT FRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYES 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anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? 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