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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 8649 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.771 ? 11798 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.230 ? 1205 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 ? 1309 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 1533 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9MA7 _struct.title 'Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 1A12 and 1H5 and non-neutralizing antibody 2E9' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9MA7 _struct_keywords.text ;Envelope glycoprotein GP350, Membrane antigen (MA), neutralizing antibody, 1A22, 1E5, 2E9, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GP350_EBVB9 P03200 ? 1 ;MEAALLVCQYTIQSLIHLTGEDPGFFNVEIPEFPFYPTCNVCTADVNVTINFDVGGKKHQLDLDFGQLTPHTKAVYQPRG AFGGSENATNLFLLELLGAGELALTMRSKKLPINVTTGEEQQVSLESVDVYFQDVFGTMWCHHAEMQNPVYLIPETVPYI KWDNCNSTNITAVVRAQGLDVTLPLSLPTSAQDSNFSVKTEMLGNEIDIECIMEDGEISQVLPGDNKFNITCSGYESHVP SGGILTSTSPVATPIPGTGYAYSLRLTPRPVSRFLGNNSILYVFYSGNGPKASGGDYCIQSNIVFSDEIPASQDMPTNTT DITYVGDNATYSVPMVTSEDANSPNVTVTAFWAWPNNTETDFKCKWTLTSGTPSGCENISGAFASNRTFDITVSGLGTAP KTLIITRTATNATTTTHKVIFSKAPESTTTSPTLNTTGFADPNTTTGLPSSTHVPTNLTAPASTGPTVST ; 1 2 PDB 9MA7 9MA7 ? 2 ? 1 3 PDB 9MA7 9MA7 ? 3 ? 1 4 PDB 9MA7 9MA7 ? 4 ? 1 5 PDB 9MA7 9MA7 ? 5 ? 1 6 PDB 9MA7 9MA7 ? 6 ? 1 7 PDB 9MA7 9MA7 ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9MA7 A 1 ? 470 ? P03200 1 ? 470 ? -8 461 2 2 9MA7 B 1 ? 248 ? 9MA7 -18 ? 229 ? -18 229 3 3 9MA7 C 1 ? 235 ? 9MA7 -18 ? 216 ? -18 216 4 4 9MA7 D 1 ? 248 ? 9MA7 -18 ? 229 ? -18 229 5 5 9MA7 E 1 ? 233 ? 9MA7 -18 ? 214 ? -18 214 6 6 9MA7 F 1 ? 245 ? 9MA7 -18 ? 226 ? -18 226 7 7 9MA7 G 1 ? 235 ? 9MA7 -18 ? 216 ? -18 216 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9MA7 GLN A 201 ? UNP P03200 GLU 201 conflict 192 1 1 9MA7 GLY A 471 ? UNP P03200 ? ? 'expression tag' 462 2 1 9MA7 SER A 472 ? UNP P03200 ? ? 'expression tag' 463 3 1 9MA7 HIS A 473 ? UNP P03200 ? ? 'expression tag' 464 4 1 9MA7 HIS A 474 ? UNP P03200 ? ? 'expression tag' 465 5 1 9MA7 HIS A 475 ? UNP P03200 ? ? 'expression tag' 466 6 1 9MA7 HIS A 476 ? UNP P03200 ? ? 'expression tag' 467 7 1 9MA7 HIS A 477 ? UNP P03200 ? ? 'expression tag' 468 8 1 9MA7 HIS A 478 ? UNP P03200 ? ? 'expression tag' 469 9 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 87 ? ASN A 90 ? ASN A 78 ASN A 81 5 ? 4 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 272 ? GLY A 276 ? SER A 263 GLY A 267 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN B 81 ? GLN B 84 ? GLN B 62 GLN B 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG B 106 ? THR B 110 ? ARG B 87 THR B 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 THR D 47 ? TYR D 51 ? THR D 28 TYR D 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR D 106 ? THR D 110 ? THR D 87 THR D 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 ILE E 48 ? ASN E 51 ? ILE E 29 ASN E 32 5 ? 4 HELX_P HELX_P8 AA8 GLU E 99 ? PHE E 103 ? GLU E 80 PHE E 84 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 SER F 47 ? GLY F 51 ? SER F 28 GLY F 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 THR F 106 ? THR F 110 ? THR F 87 THR F 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 GLN G 99 ? GLU G 103 ? GLN G 80 GLU G 84 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 39 SG ? ? ? 1_555 A CYS 42 SG ? ? A CYS 30 A CYS 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 165 SG ? ? ? 1_555 A CYS 298 SG ? ? A CYS 156 A CYS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 211 SG ? ? ? 1_555 A CYS 232 SG ? ? A CYS 202 A CYS 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 364 SG ? ? ? 1_555 A CYS 376 SG ? ? A CYS 355 A CYS 367 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 41 SG ? ? ? 1_555 B CYS 115 SG ? ? B CYS 22 B CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 41 SG ? ? ? 1_555 C CYS 108 SG ? ? C CYS 22 C CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf7 disulf ? ? D CYS 41 SG ? ? ? 1_555 D CYS 115 SG ? ? D CYS 22 D CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf8 disulf ? ? E CYS 42 SG ? ? ? 1_555 E CYS 108 SG ? ? E CYS 23 E CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf9 disulf ? ? F CYS 41 SG ? ? ? 1_555 F CYS 115 SG ? ? F CYS 22 F CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf10 disulf ? ? G CYS 41 SG ? ? ? 1_555 G CYS 108 SG ? ? G CYS 22 G CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 39 ? CYS A 42 ? CYS A 30 ? 1_555 CYS A 33 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS A 165 ? CYS A 298 ? CYS A 156 ? 1_555 CYS A 289 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS A 211 ? CYS A 232 ? CYS A 202 ? 1_555 CYS A 223 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS A 364 ? CYS A 376 ? CYS A 355 ? 1_555 CYS A 367 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS B 41 ? CYS B 115 ? CYS B 22 ? 1_555 CYS B 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS C 41 ? CYS C 108 ? CYS C 22 ? 1_555 CYS C 89 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS D 41 ? CYS D 115 ? CYS D 22 ? 1_555 CYS D 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS E 42 ? CYS E 108 ? CYS E 23 ? 1_555 CYS E 89 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 9 CYS F 41 ? CYS F 115 ? CYS F 22 ? 1_555 CYS F 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS G 41 ? CYS G 108 ? CYS G 22 ? 1_555 CYS G 89 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 10 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 6 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 6 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA4 7 8 ? anti-parallel AA4 8 9 ? anti-parallel AA4 9 10 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 11 ? 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