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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4668 ? 38282 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0390 ? 4267 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0034 ? 5059 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.2372 ? 3867 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 9MPR _struct.title 'Cryo-EM structure of three VCPIP1 VCPIDs bound to VCP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9MPR _struct_keywords.text ;double-ring hexameric complex, valosin containing protein, ATPase, VCP, mammalian, DUB, deubiquitinase, deubiquitinating enzyme, VCIP135, p97, VCPIP1, hydrolase, VCPID ; _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? 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THR I 429 ? ASP F 395 THR F 403 1 ? 9 HELX_P HELX_P183 AU3 VAL I 433 ? ILE I 456 ? VAL F 407 ILE F 430 1 ? 24 HELX_P HELX_P184 AU4 ASP I 464 ? LEU I 471 ? ASP F 438 LEU F 445 1 ? 8 HELX_P HELX_P185 AU5 THR I 474 ? GLN I 484 ? THR F 448 GLN F 458 1 ? 11 HELX_P HELX_P186 AU6 THR I 501 ? ILE I 505 ? THR F 475 ILE F 479 5 ? 5 HELX_P HELX_P187 AU7 LEU I 508 ? HIS I 525 ? LEU F 482 HIS F 499 1 ? 18 HELX_P HELX_P188 AU8 HIS I 525 ? GLY I 533 ? HIS F 499 GLY F 507 1 ? 9 HELX_P HELX_P189 AU9 GLY I 549 ? CYS I 561 ? GLY F 523 CYS F 535 1 ? 13 HELX_P HELX_P190 AV1 LYS I 569 ? GLY I 579 ? LYS F 543 GLY F 553 1 ? 11 HELX_P HELX_P191 AV2 ALA I 583 ? ALA I 595 ? ALA F 557 ALA F 569 1 ? 13 HELX_P HELX_P192 AV3 ASP I 606 ? ARG I 612 ? ASP F 580 ARG F 586 1 ? 7 HELX_P HELX_P193 AV4 ASP I 624 ? GLY I 636 ? ASP F 598 GLY F 610 1 ? 13 HELX_P HELX_P194 AV5 ASP I 656 ? ARG I 661 ? ASP F 630 ARG F 635 5 ? 6 HELX_P HELX_P195 AV6 ASP I 675 ? LEU I 687 ? 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SER F 748 SER F 765 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 323 D . ? ALA 297 A PRO 324 D ? PRO 298 A 1 -0.79 2 ALA 596 D . ? ALA 570 A PRO 597 D ? PRO 571 A 1 -1.99 3 ALA 323 E . ? ALA 297 B PRO 324 E ? PRO 298 B 1 -1.11 4 ALA 596 E . ? 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ASP E 394 ? ARG B 365 ASP B 368 AA7 1 ASN E 564 ? ILE E 568 ? ASN B 538 ILE B 542 AA7 2 CYS E 598 ? PHE E 602 ? CYS B 572 PHE B 576 AA7 3 VAL E 643 ? THR E 649 ? VAL B 617 THR B 623 AA7 4 GLY E 539 ? TYR E 543 ? GLY B 513 TYR B 517 AA7 5 GLN E 667 ? TYR E 670 ? GLN B 641 TYR B 644 AA8 1 PHE F 291 ? ASN F 296 ? PHE C 265 ASN C 270 AA8 2 ALA F 325 ? ASP F 330 ? ALA C 299 ASP C 304 AA8 3 VAL F 367 ? THR F 373 ? VAL C 341 THR C 347 AA8 4 GLY F 266 ? TYR F 270 ? GLY C 240 TYR C 244 AA8 5 ARG F 391 ? ASP F 394 ? ARG C 365 ASP C 368 AA9 1 ASN F 564 ? ILE F 568 ? ASN C 538 ILE C 542 AA9 2 CYS F 598 ? PHE F 602 ? CYS C 572 PHE C 576 AA9 3 VAL F 643 ? THR F 649 ? VAL C 617 THR C 623 AA9 4 GLY F 539 ? TYR F 543 ? GLY C 513 TYR C 517 AA9 5 GLN F 667 ? TYR F 670 ? GLN C 641 TYR C 644 AB1 1 PHE G 291 ? ASN G 296 ? PHE D 265 ASN D 270 AB1 2 ALA G 325 ? ASP G 330 ? ALA D 299 ASP D 304 AB1 3 VAL G 367 ? THR G 373 ? VAL D 341 THR D 347 AB1 4 GLY G 266 ? TYR G 270 ? GLY D 240 TYR D 244 AB1 5 ARG G 391 ? ASP G 394 ? ARG D 365 ASP D 368 AB2 1 ASN G 564 ? ILE G 568 ? ASN D 538 ILE D 542 AB2 2 CYS G 598 ? PHE G 602 ? CYS D 572 PHE D 576 AB2 3 VAL G 643 ? THR G 649 ? VAL D 617 THR D 623 AB2 4 GLY G 539 ? TYR G 543 ? GLY D 513 TYR D 517 AB2 5 GLN G 667 ? TYR G 670 ? GLN D 641 TYR D 644 AB3 1 PHE H 291 ? ASN H 296 ? PHE E 265 ASN E 270 AB3 2 ALA H 325 ? ASP H 330 ? ALA E 299 ASP E 304 AB3 3 VAL H 367 ? THR H 373 ? VAL E 341 THR E 347 AB3 4 GLY H 266 ? TYR H 270 ? GLY E 240 TYR E 244 AB3 5 ARG H 391 ? ASP H 394 ? ARG E 365 ASP E 368 AB4 1 LYS H 415 ? LEU H 416 ? LYS E 389 LEU E 390 AB4 2 ALA H 472 ? VAL H 473 ? ALA E 446 VAL E 447 AB5 1 ASN H 564 ? ILE H 568 ? ASN E 538 ILE E 542 AB5 2 CYS H 598 ? PHE H 602 ? CYS E 572 PHE E 576 AB5 3 VAL H 643 ? THR H 649 ? VAL E 617 THR E 623 AB5 4 GLY H 539 ? TYR H 543 ? GLY E 513 TYR E 517 AB5 5 GLN H 667 ? TYR H 670 ? GLN E 641 TYR E 644 AB6 1 PHE I 291 ? ASN I 296 ? PHE F 265 ASN F 270 AB6 2 ALA I 325 ? ASP I 330 ? ALA F 299 ASP F 304 AB6 3 VAL I 367 ? 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GLN F 641 TYR F 644 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N PHE A 620 ? 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K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 11580 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 2050250 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? crYOLO ? 'IMAGE ACQUISITION' 'Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (9 holes per stage position, 3 movies per hole)' 2 ? ? 1 SerialEM 3.8.6 MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? cryoSPARC 3.3.1 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.6 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? ISOLDE ? OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? cryoSPARC 3.3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? cryoSPARC 4.6.0 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC 4.6.0 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.21.1_5286 # _em_specimen.concentration 1.8 _em_specimen.details 'This sample was crosslinked with 400x molar excess of BS3 and plunged with 0.2 mM CHAPSO (final concentration).' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)' 'United States' 'R01 CA262188' 1 'National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)' 'United States' 'R01 CA233800' 2 'National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)' 'United States' '5F31 CA281197' 3 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 5FTK 2 'in silico model' AlphaFold AF-Q8CDG3-F1-v4 # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 9MPR _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C H N O S # loop_ #