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;AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAAC GCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCT GAT ; N ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEEL NKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKK ; ;AKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEEL NKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKK ; g,c ? 5 'polypeptide(L)' no no ;KKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAK HAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;KKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAK HAVSEGTKAVTKYTSSK ; h,d ? 6 'polypeptide(L)' no no ;KKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAK RVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;KKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAK RVTIMPKDIQLARRIRGERA ; e,a ? 7 'polypeptide(L)' no no 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9 ;ENAEEISHELWQEACWIVINAYFDEKGLVRQQLDSFDEFIQMSVQRIVEDSPAIELQAEAQHTSGEVETPPRFSLKFEQI YLSKPTHWEKDGSPSPMMPNEARLRNLTYSAPLYVDITKTKNVEGLDPVETQHQKTFIGKIPIMLRSTYCLLSQLTDRDL TELNECPLDPGGYFIINGSEKVLIAQEKMATNTVYVFSMKDGKYAFKTEIRSCLEHSSRPTSTLWVNMMARGSQNIKKSA IGQRIIAILPYIKQEIPIMIVFRALGFVADRDILEHIIYDFDDPEMMEMVKPSLDEAFVVQEQNVALNFIGARGARPGVT KDKRIKYAKEILQKEMLPHVGVSDFCETKKAYFLGYMVHRLLLASLGRRELDDRDHYGNKRLDLAGPLLAFLFRGLFKNL MKEVRMYTQKFIDRGKDFNLELAIKTNIITDGLRYSLATGNWGDQKKAHQARAGVSQVLNRLTFASTLSHLRRVNSPIGR DGKLAKPRQLHNTLWGMLCPAETPEGAAVGLVKNLALMAYISVGSQPSPILEFLEEWSMENLEEIAPSAIADATKIFVNG CWVGIHRDPEQLMATLRKLRRQMDIIVSEVSMIRDIRDREIRIYTDAGRICRPLLIVENGSLLLKKTHVEMLKERDYNNY SWQVLVASGVVEYIDTLEEETVMIAMSPYDLKQDKDYAYCTTYTHCEIHPAMILGVCASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGK QAMGVYITNFHVRMDTLAHVLYYPMKPLVTTRSMEYLRFRELPAGINSIVAILCYTGYNQEDSVILNASAVERGFFRSVF YRSYKDSENKRVGDQEENFEKPHRGTCQGMRNAHYDKLDDDGIIAPGIRVSGDDVVIGKTITLPENDDELDSNTKRFSKR DASTFLRNSETGIVDQVMLTLNSEGYKFCKIRVRSVRIPQIGDKFASRHGQKGTCGIQYRQEDMAFTCEGLAPDIIINPH AIPSRMTIGHLIECLQGKLGSNKGEIGDATPFNDAVNVQKISTFLQEYGYHLRGNEVMYNGHTGRKINAQVFLGPTYYQR LKHMVDDKIHSRARGPVQILVRQPMEGRARDGGLRFGEMERDCQISHGAAQFLRERLFEVSDPYRVHICNFCGLIAIANL RNNTFECKGCKNKTQISQVRLPYAAKLLFQELMSMNIAPRLMVT ; 13 10 UNP O97183_DROME O97183 ? 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16 TAMTYICGECHHENEMRPRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR 12 17 UNP Q7JZF5_DROME Q7JZF5 ? 17 ;MDDEAETYKLWRIRKTIMQLSHDRGYLVTQDELDQTLEQFKEMFGDKPSEKRPARSDLIVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEP KIGIKTIKTYCTRMQEENIHRAIVVVQGGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLESELLINITEHELVPEHVVMTVEEKQELL SRYKLKENMLMRIQAGDPVARYFGLKRGQVVKIIRSSETAGRYISYRLVC ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9MU9 R 1 ? 10 ? 9MU9 37 ? 46 ? 37 46 2 2 9MU9 T 1 ? 174 ? 9MU9 -72 ? 101 ? -72 101 3 3 9MU9 N 1 ? 163 ? 9MU9 -101 ? 72 ? -101 72 4 4 9MU9 g 1 ? 106 ? 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Q7JZF5 1 ? 210 ? 1 210 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 21-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 21 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER D 3 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A A 4 N6 ? ? ? 1_555 B DT 156 O4 ? ? R A 40 T DT 83 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A A 5 N1 ? ? ? 1_555 B DT 155 N3 ? ? R A 41 T DT 82 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A A 5 N6 ? ? ? 1_555 B DT 155 O4 ? ? R A 41 T DT 82 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A A 6 N1 ? ? ? 1_555 B DT 154 N3 ? ? R A 42 T DT 81 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A A 6 N6 ? ? ? 1_555 B DT 154 O4 ? ? R A 42 T DT 81 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A A 7 N1 ? ? ? 1_555 B DT 153 N3 ? ? R A 43 T DT 80 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A A 7 N6 ? ? ? 1_555 B DT 153 O4 ? ? R A 43 T DT 80 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A A 8 N1 ? ? ? 1_555 B DT 152 N3 ? ? R A 44 T DT 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A A 8 N6 ? ? ? 1_555 B DT 152 O4 ? ? R A 44 T DT 79 1_555 ? ? ? ? ? ? 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I CYS 43 ? 1_555 105.9 ? 28 SG ? Q CYS 8 ? I CYS 21 ? 1_555 ZN ? Z ZN . ? I ZN 201 ? 1_555 SG ? Q CYS 33 ? I CYS 46 ? 1_555 109.0 ? 29 SG ? Q CYS 11 ? I CYS 24 ? 1_555 ZN ? Z ZN . ? I ZN 201 ? 1_555 SG ? Q CYS 33 ? I CYS 46 ? 1_555 111.6 ? 30 SG ? Q CYS 30 ? I CYS 43 ? 1_555 ZN ? Z ZN . ? I ZN 201 ? 1_555 SG ? Q CYS 33 ? I CYS 46 ? 1_555 117.9 ? 31 SG ? Q CYS 77 ? I CYS 90 ? 1_555 ZN ? AA ZN . ? I ZN 202 ? 1_555 SG ? Q CYS 80 ? I CYS 93 ? 1_555 113.5 ? 32 SG ? Q CYS 77 ? I CYS 90 ? 1_555 ZN ? AA ZN . ? I ZN 202 ? 1_555 SG ? Q CYS 105 ? I CYS 118 ? 1_555 110.2 ? 33 SG ? Q CYS 80 ? I CYS 93 ? 1_555 ZN ? AA ZN . ? I ZN 202 ? 1_555 SG ? Q CYS 105 ? I CYS 118 ? 1_555 107.0 ? 34 SG ? Q CYS 77 ? I CYS 90 ? 1_555 ZN ? AA ZN . ? I ZN 202 ? 1_555 SG ? Q CYS 110 ? I CYS 123 ? 1_555 109.3 ? 35 SG ? Q CYS 80 ? I CYS 93 ? 1_555 ZN ? AA ZN . ? I ZN 202 ? 1_555 SG ? Q CYS 110 ? I CYS 123 ? 1_555 104.5 ? 36 SG ? Q CYS 105 ? I CYS 118 ? 1_555 ZN ? AA ZN . ? I ZN 202 ? 1_555 SG ? Q CYS 110 ? 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O GLN B 1051 N ALA M 926 ? N ALA B 938 AD9 3 4 N PHE M 925 ? N PHE B 937 O GLY M 933 ? O GLY B 945 AD9 4 5 O GLY M 936 ? O GLY B 948 N VAL M 784 ? N VAL B 796 AD9 5 6 N ILE M 785 ? N ILE B 797 O ILE M 956 ? O ILE B 968 AD9 6 7 O ILE M 955 ? O ILE B 967 N ILE M 769 ? N ILE B 781 AD9 7 8 N VAL M 770 ? N VAL B 782 O GLY M 1034 ? O GLY B 1046 AE1 1 2 N ASN M 818 ? N ASN B 830 O THR M 860 ? O THR B 872 AE1 2 3 N ILE M 861 ? N ILE B 873 O ARG M 880 ? O ARG B 892 AE1 3 4 O LYS M 879 ? O LYS B 891 N GLN M 828 ? N GLN B 840 AE2 1 2 N ILE M 857 ? N ILE B 869 O THR M 884 ? O THR B 896 AE3 1 2 N PHE M 946 ? N PHE B 958 O TYR M 1019 ? O TYR B 1031 AE4 1 2 N ILE M 1108 ? N ILE B 1120 O SER M 1137 ? O SER B 1149 AE5 1 2 N ILE M 1117 ? N ILE B 1129 O GLU M 1126 ? O GLU B 1138 AE6 1 2 N GLU N 12 ? N GLU C 13 O LYS N 19 ? O LYS C 20 AE6 2 3 N PHE N 20 ? N PHE C 21 O PHE N 231 ? O PHE C 232 AE6 3 4 O GLU N 234 ? O GLU C 235 N ALA N 180 ? N ALA C 181 AE7 1 2 O LYS N 120 ? O LYS C 121 N THR N 101 ? 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O LYS E 192 AF5 2 3 N VAL U 191 ? N VAL E 191 O ARG U 207 ? O ARG E 207 AF5 3 4 O LEU U 208 ? O LEU E 208 N MET U 171 ? 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The models were rigid-body fit into the composite structure, connected and fixed in Coot and Phenix. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 50 _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # _em_3d_reconstruction.entry_id 9MU9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;The Nucleosome EC was refined to an overall resolution of 7.8 A. Then, local refinement was performed with an indvidual focus on the nucleosome and Pol II. This entry represents a composite map of the two locally refined entities. ; _em_3d_reconstruction.resolution 7.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 36552 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Native purified Nucleosome Elongation Complex from Drosophila melanogaster' _em_entity_assembly.details 'A composite structure of a native purified Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC - nucleosome)' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17 # _em_image_scans.entry_id 9MU9 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size 0.944 _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4096 _em_image_scans.dimension_width 4096 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 9MU9 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS TALOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type Quantifoil _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9MU9 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 4 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9MU9 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9MU9 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 c LYS 119 ? 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"O5'" "C5'" sing N N 166 DC "C5'" "C4'" sing N N 167 DC "C5'" "H5'" sing N N 168 DC "C5'" "H5''" sing N N 169 DC "C4'" "O4'" sing N N 170 DC "C4'" "C3'" sing N N 171 DC "C4'" "H4'" sing N N 172 DC "O4'" "C1'" sing N N 173 DC "C3'" "O3'" sing N N 174 DC "C3'" "C2'" sing N N 175 DC "C3'" "H3'" sing N N 176 DC "O3'" "HO3'" sing N N 177 DC "C2'" "C1'" sing N N 178 DC "C2'" "H2'" sing N N 179 DC "C2'" "H2''" sing N N 180 DC "C1'" N1 sing N N 181 DC "C1'" "H1'" sing N N 182 DC N1 C2 sing N N 183 DC N1 C6 sing N N 184 DC C2 O2 doub N N 185 DC C2 N3 sing N N 186 DC N3 C4 doub N N 187 DC C4 N4 sing N N 188 DC C4 C5 sing N N 189 DC N4 H41 sing N N 190 DC N4 H42 sing N N 191 DC C5 C6 doub N N 192 DC C5 H5 sing N N 193 DC C6 H6 sing N N 194 DG OP3 P sing N N 195 DG OP3 HOP3 sing N N 196 DG P OP1 doub N N 197 DG P OP2 sing N N 198 DG P "O5'" sing N N 199 DG OP2 HOP2 sing N N 200 DG "O5'" "C5'" sing N N 201 DG "C5'" "C4'" sing N N 202 DG "C5'" "H5'" sing N N 203 DG "C5'" "H5''" sing N N 204 DG "C4'" "O4'" sing N N 205 DG "C4'" "C3'" sing N N 206 DG "C4'" "H4'" sing N N 207 DG "O4'" "C1'" sing N N 208 DG "C3'" "O3'" sing N N 209 DG "C3'" "C2'" sing N N 210 DG "C3'" "H3'" sing N N 211 DG "O3'" "HO3'" sing N N 212 DG "C2'" "C1'" sing N N 213 DG "C2'" "H2'" sing N N 214 DG "C2'" "H2''" sing N N 215 DG "C1'" N9 sing N N 216 DG "C1'" "H1'" sing N N 217 DG N9 C8 sing Y N 218 DG N9 C4 sing Y N 219 DG C8 N7 doub Y N 220 DG C8 H8 sing N N 221 DG N7 C5 sing Y N 222 DG C5 C6 sing N N 223 DG C5 C4 doub Y N 224 DG C6 O6 doub N N 225 DG C6 N1 sing N N 226 DG N1 C2 sing N N 227 DG N1 H1 sing N N 228 DG C2 N2 sing N N 229 DG C2 N3 doub N N 230 DG N2 H21 sing N N 231 DG N2 H22 sing N N 232 DG N3 C4 sing N N 233 DT OP3 P sing N N 234 DT OP3 HOP3 sing N N 235 DT P OP1 doub N N 236 DT P OP2 sing N N 237 DT P "O5'" sing N N 238 DT OP2 HOP2 sing N N 239 DT "O5'" "C5'" sing N N 240 DT "C5'" "C4'" sing N N 241 DT "C5'" "H5'" sing N N 242 DT "C5'" "H5''" sing N N 243 DT "C4'" "O4'" sing N N 244 DT "C4'" "C3'" sing N N 245 DT "C4'" "H4'" sing N N 246 DT "O4'" "C1'" sing N N 247 DT "C3'" "O3'" sing N N 248 DT "C3'" "C2'" sing N N 249 DT "C3'" "H3'" sing N N 250 DT "O3'" "HO3'" sing N N 251 DT "C2'" "C1'" sing N N 252 DT "C2'" "H2'" sing N N 253 DT "C2'" "H2''" sing N N 254 DT "C1'" N1 sing N N 255 DT "C1'" "H1'" sing N N 256 DT N1 C2 sing N N 257 DT N1 C6 sing N N 258 DT C2 O2 doub N N 259 DT C2 N3 sing N N 260 DT N3 C4 sing N N 261 DT N3 H3 sing N N 262 DT C4 O4 doub N N 263 DT C4 C5 sing N N 264 DT C5 C7 sing N N 265 DT C5 C6 doub N N 266 DT C7 H71 sing N N 267 DT C7 H72 sing N N 268 DT C7 H73 sing N N 269 DT C6 H6 sing N N 270 GLN N CA sing N N 271 GLN N H sing N N 272 GLN N H2 sing N N 273 GLN CA C sing N N 274 GLN CA CB sing N N 275 GLN CA HA sing N N 276 GLN C O doub N N 277 GLN C OXT sing N N 278 GLN CB CG sing N N 279 GLN CB HB2 sing N N 280 GLN CB HB3 sing N N 281 GLN CG CD sing N N 282 GLN CG HG2 sing N N 283 GLN CG HG3 sing N N 284 GLN CD OE1 doub N N 285 GLN CD NE2 sing N N 286 GLN NE2 HE21 sing N N 287 GLN NE2 HE22 sing N N 288 GLN OXT HXT sing N N 289 GLU N CA sing N N 290 GLU N H sing N N 291 GLU N H2 sing N N 292 GLU CA C sing N N 293 GLU CA CB sing N N 294 GLU CA HA sing N N 295 GLU C O doub N N 296 GLU C OXT sing N N 297 GLU CB CG sing N N 298 GLU CB HB2 sing N N 299 GLU CB HB3 sing N N 300 GLU CG CD sing N N 301 GLU CG HG2 sing N N 302 GLU CG HG3 sing N N 303 GLU CD OE1 doub N N 304 GLU CD OE2 sing N N 305 GLU OE2 HE2 sing N N 306 GLU OXT HXT sing N N 307 GLY N CA sing N N 308 GLY N H sing N N 309 GLY N H2 sing N N 310 GLY CA C sing N N 311 GLY CA HA2 sing N N 312 GLY CA HA3 sing N N 313 GLY C O doub N N 314 GLY C OXT sing N N 315 GLY OXT HXT sing N N 316 HIS N CA sing N N 317 HIS N H sing N N 318 HIS N H2 sing N N 319 HIS CA C sing N N 320 HIS CA CB sing N N 321 HIS CA HA sing N N 322 HIS C O doub N N 323 HIS C OXT sing N N 324 HIS CB CG sing N N 325 HIS CB HB2 sing N N 326 HIS CB HB3 sing N N 327 HIS CG ND1 sing Y N 328 HIS CG CD2 doub Y N 329 HIS ND1 CE1 doub Y N 330 HIS ND1 HD1 sing N N 331 HIS CD2 NE2 sing Y N 332 HIS CD2 HD2 sing N N 333 HIS CE1 NE2 sing Y N 334 HIS CE1 HE1 sing N N 335 HIS NE2 HE2 sing N N 336 HIS OXT HXT sing N N 337 ILE N CA sing N N 338 ILE N H sing N N 339 ILE N H2 sing N N 340 ILE CA C sing N N 341 ILE CA CB sing N N 342 ILE CA HA sing N N 343 ILE C O doub N N 344 ILE C OXT sing N N 345 ILE CB CG1 sing N N 346 ILE CB CG2 sing N N 347 ILE CB HB sing N N 348 ILE CG1 CD1 sing N N 349 ILE CG1 HG12 sing N N 350 ILE CG1 HG13 sing N N 351 ILE CG2 HG21 sing N N 352 ILE CG2 HG22 sing N N 353 ILE CG2 HG23 sing N N 354 ILE CD1 HD11 sing N N 355 ILE CD1 HD12 sing N N 356 ILE CD1 HD13 sing N N 357 ILE OXT HXT sing N N 358 LEU N CA sing N N 359 LEU N H sing N N 360 LEU N H2 sing N N 361 LEU CA C sing N N 362 LEU CA CB sing N N 363 LEU CA HA sing N N 364 LEU C O doub N N 365 LEU C OXT sing N N 366 LEU CB CG sing N N 367 LEU CB HB2 sing N N 368 LEU CB HB3 sing N N 369 LEU CG CD1 sing N N 370 LEU CG CD2 sing N N 371 LEU CG HG sing N N 372 LEU CD1 HD11 sing N N 373 LEU CD1 HD12 sing N N 374 LEU CD1 HD13 sing N N 375 LEU CD2 HD21 sing N N 376 LEU CD2 HD22 sing N N 377 LEU CD2 HD23 sing N N 378 LEU OXT HXT sing N N 379 LYS N CA sing N N 380 LYS N H sing N N 381 LYS N H2 sing N N 382 LYS CA C sing N N 383 LYS CA CB sing N N 384 LYS CA HA sing N N 385 LYS C O doub N N 386 LYS C OXT sing N N 387 LYS CB CG sing N N 388 LYS CB HB2 sing N N 389 LYS CB HB3 sing N N 390 LYS CG CD sing N N 391 LYS CG HG2 sing N N 392 LYS CG HG3 sing N N 393 LYS CD CE sing N N 394 LYS CD HD2 sing N N 395 LYS CD HD3 sing N N 396 LYS CE NZ sing N N 397 LYS CE HE2 sing N N 398 LYS CE HE3 sing N N 399 LYS NZ HZ1 sing N N 400 LYS NZ HZ2 sing N N 401 LYS NZ HZ3 sing N N 402 LYS OXT HXT sing N N 403 MET N CA sing N N 404 MET N H sing N N 405 MET N H2 sing N N 406 MET CA C sing N N 407 MET CA CB sing N N 408 MET CA HA sing N N 409 MET C O doub N N 410 MET C OXT sing N N 411 MET CB CG sing N N 412 MET CB HB2 sing N N 413 MET CB HB3 sing N N 414 MET CG SD sing N N 415 MET CG HG2 sing N N 416 MET CG HG3 sing N N 417 MET SD CE sing N N 418 MET CE HE1 sing N N 419 MET CE HE2 sing N N 420 MET CE HE3 sing N N 421 MET OXT HXT sing N N 422 PHE N CA sing N N 423 PHE N H sing N N 424 PHE N H2 sing N N 425 PHE CA C sing N N 426 PHE CA CB sing N N 427 PHE CA HA sing N N 428 PHE C O doub N N 429 PHE C OXT sing N N 430 PHE CB CG sing N N 431 PHE CB HB2 sing N N 432 PHE CB HB3 sing N N 433 PHE CG CD1 doub Y N 434 PHE CG CD2 sing Y N 435 PHE CD1 CE1 sing Y N 436 PHE CD1 HD1 sing N N 437 PHE CD2 CE2 doub Y N 438 PHE CD2 HD2 sing N N 439 PHE CE1 CZ doub Y N 440 PHE CE1 HE1 sing N N 441 PHE CE2 CZ sing Y N 442 PHE CE2 HE2 sing N N 443 PHE CZ HZ sing N N 444 PHE OXT HXT sing N N 445 PRO N CA sing N N 446 PRO N CD sing N N 447 PRO N H sing N N 448 PRO CA C sing N N 449 PRO CA CB sing N N 450 PRO CA HA sing N N 451 PRO C O doub N N 452 PRO C OXT sing N N 453 PRO CB CG sing N N 454 PRO CB HB2 sing N N 455 PRO CB HB3 sing N N 456 PRO CG CD sing N N 457 PRO CG HG2 sing N N 458 PRO CG HG3 sing N N 459 PRO CD HD2 sing N N 460 PRO CD HD3 sing N N 461 PRO OXT HXT sing N N 462 SER N CA sing N N 463 SER N H sing N N 464 SER N H2 sing N N 465 SER CA C sing N N 466 SER CA CB sing N N 467 SER CA HA sing N N 468 SER C O doub N N 469 SER C OXT sing N N 470 SER CB OG sing N N 471 SER CB HB2 sing N N 472 SER CB HB3 sing N N 473 SER OG HG sing N N 474 SER OXT HXT sing N N 475 THR N CA sing N N 476 THR N H sing N N 477 THR N H2 sing N N 478 THR CA C sing N N 479 THR CA CB sing N N 480 THR CA HA sing N N 481 THR C O doub N N 482 THR C OXT sing N N 483 THR CB OG1 sing N N 484 THR CB CG2 sing N N 485 THR CB HB sing N N 486 THR OG1 HG1 sing N N 487 THR CG2 HG21 sing N N 488 THR CG2 HG22 sing N N 489 THR CG2 HG23 sing N N 490 THR OXT HXT sing N N 491 TRP N CA sing N N 492 TRP N H sing N N 493 TRP N H2 sing N N 494 TRP CA C sing N N 495 TRP CA CB sing N N 496 TRP CA HA sing N N 497 TRP C O doub N N 498 TRP C OXT sing N N 499 TRP CB CG sing N N 500 TRP CB HB2 sing N N 501 TRP CB HB3 sing N N 502 TRP CG CD1 doub Y N 503 TRP CG CD2 sing Y N 504 TRP CD1 NE1 sing Y N 505 TRP CD1 HD1 sing N N 506 TRP CD2 CE2 doub Y N 507 TRP CD2 CE3 sing Y N 508 TRP NE1 CE2 sing Y N 509 TRP NE1 HE1 sing N N 510 TRP CE2 CZ2 sing Y N 511 TRP CE3 CZ3 doub Y N 512 TRP CE3 HE3 sing N N 513 TRP CZ2 CH2 doub Y N 514 TRP CZ2 HZ2 sing N N 515 TRP CZ3 CH2 sing Y N 516 TRP CZ3 HZ3 sing N N 517 TRP CH2 HH2 sing N N 518 TRP OXT HXT sing N N 519 TYR N CA sing N N 520 TYR N H sing N N 521 TYR N H2 sing N N 522 TYR CA C sing N N 523 TYR CA CB sing N N 524 TYR CA HA sing N N 525 TYR C O doub N N 526 TYR C OXT sing N N 527 TYR CB CG sing N N 528 TYR CB HB2 sing N N 529 TYR CB HB3 sing N N 530 TYR CG CD1 doub Y N 531 TYR CG CD2 sing Y N 532 TYR CD1 CE1 sing Y N 533 TYR CD1 HD1 sing N N 534 TYR CD2 CE2 doub Y N 535 TYR CD2 HD2 sing N N 536 TYR CE1 CZ doub Y N 537 TYR CE1 HE1 sing N N 538 TYR CE2 CZ sing Y N 539 TYR CE2 HE2 sing N N 540 TYR CZ OH sing N N 541 TYR OH HH sing N N 542 TYR OXT HXT sing N N 543 VAL N CA sing N N 544 VAL N H sing N N 545 VAL N H2 sing N N 546 VAL CA C sing N N 547 VAL CA CB sing N N 548 VAL CA HA sing N N 549 VAL C O doub N N 550 VAL C OXT sing N N 551 VAL CB CG1 sing N N 552 VAL CB CG2 sing N N 553 VAL CB HB sing N N 554 VAL CG1 HG11 sing N N 555 VAL CG1 HG12 sing N N 556 VAL CG1 HG13 sing N N 557 VAL CG2 HG21 sing N N 558 VAL CG2 HG22 sing N N 559 VAL CG2 HG23 sing N N 560 VAL OXT HXT sing N N 561 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2025-01-13 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 9MU9 _em_admin.last_update 2025-02-19 _em_admin.map_release_date 2025-02-19 _em_admin.title 'Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 150 mM NaCl 1 'Sodium chloride' 1 10 mM HEPES-HCl 2 HEPES 1 5 percent Glycerol 3 Glycerol 1 1 mM EDTA 4 EDTA 1 350 ug/mL FLAG 5 'FLAG peptide' # _em_ctf_correction.details ;'Patch CTF Estimation' in cryoSPARC ; _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.750 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 7227 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Drosophila melanogaster' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50.65 _em_image_recording.details ;Although the data was collected, motion-corrected and CTF estimated using the pixel size of 0.944, all the subsequent data processing was performed using pixel size of 1.1538. This was achieved by extracting particles in box size 440x440 and Fourier-cropping it to box size 360x360 ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON IV (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 4 _em_image_recording.num_real_images 31103 # _em_particle_selection.details ;Initially, nearly 15 million particles were picked from micrographs. However, the number of particles cited here (4,197,404) is the starting number of particles after initial cleanup and 3D classification of the data representing Pol II and nucleosome subsets, respectively. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 4197404 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU 3.4 MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.8 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? Coot 0.9.8.7 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.21.5207 'VOLUME SELECTION' ? 15 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 18 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 19 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 20 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 1.0 _em_specimen.details 'double FLAG-tagged Pol II subunit Rpb1 was used for purification of Pol II complexes' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9MU9 'double helix' 9MU9 'a-form double helix' 9MU9 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A A 1 1_555 B DT 159 1_555 0.033 -0.151 -0.447 -4.243 -3.401 2.922 1 R_A37:DT86_T R 37 ? 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