data_9N69 # _entry.id 9N69 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.406 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9N69 pdb_00009n69 10.2210/pdb9n69/pdb WWPDB D_1000292527 ? ? EMDB EMD-49053 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-04-23 ? 2 'Structure model' 2 0 2025-11-12 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Polymer geometry' ;The modelling of residues 76 and 77 in chain H (msDNA) were improved to better fit the density and engage in base-pairing interactions with A13 and A14, respectively. ; # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' Advisory 2 2 'Structure model' 'Atomic model' 3 2 'Structure model' 'Author supporting evidence' 4 2 'Structure model' 'Data collection' 5 2 'Structure model' 'Database references' 6 2 'Structure model' 'Derived calculations' 7 2 'Structure model' 'Polymer sequence' 8 2 'Structure model' 'Source and taxonomy' 9 2 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' atom_site 2 2 'Structure model' citation 3 2 'Structure model' citation_author 4 2 'Structure model' em_admin 5 2 'Structure model' em_entity_assembly 6 2 'Structure model' entity 7 2 'Structure model' entity_poly 8 2 'Structure model' entity_poly_seq 9 2 'Structure model' entity_src_gen 10 2 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair 11 2 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair_step 12 2 'Structure model' pdbx_contact_author 13 2 'Structure model' pdbx_entity_instance_feature 14 2 'Structure model' pdbx_poly_seq_scheme 15 2 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 16 2 'Structure model' pdbx_struct_sheet_hbond 17 2 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_residues 18 2 'Structure model' pdbx_validate_rmsd_angle 19 2 'Structure model' pdbx_validate_torsion 20 2 'Structure model' struct_conf 21 2 'Structure model' struct_conn 22 2 'Structure model' struct_ref 23 2 'Structure model' struct_ref_seq 24 2 'Structure model' struct_ref_seq_dif 25 2 'Structure model' struct_sheet 26 2 'Structure model' struct_sheet_order 27 2 'Structure model' struct_sheet_range # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv' 2 2 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 3 2 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 4 2 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 5 2 'Structure model' '_atom_site.label_seq_id' 6 2 'Structure model' '_em_admin.last_update' 7 2 'Structure model' '_em_entity_assembly.entity_id_list' 8 2 'Structure model' '_entity.formula_weight' 9 2 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code' 10 2 'Structure model' '_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can' 11 2 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_end_seq_num' 12 2 'Structure model' '_pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id' 13 2 'Structure model' '_pdbx_entity_instance_feature.comp_id' 14 2 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.value' 15 2 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_align_begin' 16 2 'Structure model' '_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code' 17 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_beg' 18 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_end' 19 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg' 20 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end' 21 2 'Structure model' '_struct_ref_seq.seq_align_end' 22 2 'Structure model' '_struct_sheet.number_strands' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9N69 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-02-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Structure of the retron IA complex with HNH nuclease in the "down" orientation ; _pdbx_database_related.db_id EMD-49053 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email bwiedenheft@gmail.com _pdbx_contact_author.name_first Blake _pdbx_contact_author.name_last Wiedenheft _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9297-5304 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Burman, N.' 1 0000-0002-3732-3159 'Thomas-George, J.' 2 0000-0001-9696-0564 'Wilkinson, R.' 3 0000-0001-8831-2081 'Wiedenheft, B.' 4 0000-0001-9297-5304 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_patent _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 16 ? 8459 8459 'Structural basis of antiphage defence by an ATPase-associated reverse transcriptase.' 2025 ? 10.1038/s41467-025-63285-6 41006229 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Structural basis of antiphage defense by an ATPase-associated reverse transcriptase.' 2025 ? 10.1101/2025.03.26.645336 40196496 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'George, J.T.' 1 0000-0001-9696-0564 primary 'Burman, N.' 2 0000-0002-3732-3159 primary 'Wilkinson, R.A.' 3 0000-0001-8831-2081 primary 'de Silva, S.' 4 0000-0002-9870-4449 primary 'McKelvey-Pham, Q.' 5 ? primary 'Buyukyoruk, M.' 6 ? primary 'Dale, A.' 7 ? primary 'Landman, H.' 8 ? primary 'Graham, A.B.' 9 0000-0002-6782-5248 primary 'DeLuca, S.Z.' 10 ? primary 'Wiedenheft, B.' 11 0000-0001-9297-5304 1 'George, J.T.' 12 0000-0001-9696-0564 1 'Burman, N.' 13 0000-0002-3732-3159 1 'Wilkinson, R.A.' 14 0000-0001-8831-2081 1 'de Silva, S.' 15 0000-0002-9870-4449 1 'McKelvey-Pham, Q.' 16 ? 1 'Buyukyoruk, M.' 17 0000-0003-1534-7202 1 'Dale, A.' 18 ? 1 'Landman, H.' 19 0009-0008-1666-8300 1 'Graham, A.' 20 0000-0002-6782-5248 1 'DeLuca, S.Z.' 21 0000-0003-0683-8413 1 'Wiedenheft, B.' 22 0000-0001-9297-5304 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'AAA family ATPase' 63393.953 4 ? 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no ;(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC) ; ;TAAAGACAGCGAAAGACACAGATTTCTCCTTCGCATATCTGCCCCGGGCAGGGATGCGAAGGAGAAATCTGTGTCTTTCG CAACCCTAAACC ; H ? 5 polyribonucleotide no no UAGUGUAGGAACAUUGGUUCCAGCCGGGUGAUUAGCCAGGCUUAAAUUUAUUGUCCGGUUUAG UAGUGUAGGAACAUUGGUUCCAGCCGGGUGAUUAGCCAGGCUUAAAUUUAUUGUCCGGUUUAG I ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 7 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 TRP n 1 3 SER n 1 4 HIS n 1 5 PRO n 1 6 GLN n 1 7 PHE n 1 8 GLU n 1 9 LYS n 1 10 ILE n 1 11 ASN n 1 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F GLU 140 CD 1841 1 Y 1 F GLU 140 ? OE1 ? F GLU 140 OE1 1842 1 Y 1 F GLU 140 ? OE2 ? F GLU 140 OE2 1843 1 Y 1 F LYS 144 ? CG ? F LYS 144 CG 1844 1 Y 1 F LYS 144 ? CD ? F LYS 144 CD 1845 1 Y 1 F LYS 144 ? CE ? F LYS 144 CE 1846 1 Y 1 F LYS 144 ? NZ ? F LYS 144 NZ 1847 1 Y 1 F GLU 147 ? CG ? F GLU 147 CG 1848 1 Y 1 F GLU 147 ? CD ? F GLU 147 CD 1849 1 Y 1 F GLU 147 ? OE1 ? F GLU 147 OE1 1850 1 Y 1 F GLU 147 ? OE2 ? F GLU 147 OE2 1851 1 Y 1 F ARG 151 ? CG ? F ARG 151 CG 1852 1 Y 1 F ARG 151 ? CD ? F ARG 151 CD 1853 1 Y 1 F ARG 151 ? NE ? F ARG 151 NE 1854 1 Y 1 F ARG 151 ? CZ ? F ARG 151 CZ 1855 1 Y 1 F ARG 151 ? NH1 ? F ARG 151 NH1 1856 1 Y 1 F ARG 151 ? NH2 ? F ARG 151 NH2 1857 1 Y 1 F SER 158 ? OG ? F SER 158 OG 1858 1 Y 1 F SER 159 ? OG ? F SER 159 OG 1859 1 Y 1 F GLU 189 ? CG ? F GLU 189 CG 1860 1 Y 1 F GLU 189 ? CD ? F GLU 189 CD 1861 1 Y 1 F GLU 189 ? OE1 ? F GLU 189 OE1 1862 1 Y 1 F GLU 189 ? OE2 ? F GLU 189 OE2 1863 1 Y 1 F GLU 193 ? CG ? F GLU 193 CG 1864 1 Y 1 F GLU 193 ? CD ? 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OD1 ? F ASP 211 OD1 1889 1 Y 1 F ASP 211 ? OD2 ? 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L N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0AAD2V6K7_ECOLX A0AAD2V6K7 ? 1 ;INKMNLETCYVDFLELESHVINEDYLKESVELQKLISTLNESKFHLNKIGIHDFKRIRELQISLEDDLTVFVGDNGFGKS TILDAIAIVLSWLRSNIEKESKPGTYIKSHEVNNSVDVEYASIDANIKLKDFNTSILITKAKEGAYYSRNNELLEVKKLA SIYRLVNKYVDNASLPLMAYYSIARSYIGGGVDRKRKNAKTKTVWSKFDVYDEIEFDRNDFTDFFQWLVFLHNRASQEKL SESQTTINALFSDIQSLKATLTQLSAIDNIDSTVIKGLELSLKEKLNYMKSLQSGEHKFNNAVSLYDSVINTILKFLPEF QWIKLVYGDDDYKIILKKGEVELDIQQLSQGEKTIFTLVGDLARRLILLNPNLSNPLLGYGIVLIDEIDLHLHPQWQQTI IERLTSTFPNVQFVITTHSPQVLSTVSSRSVRILQEVEVDGVNDLIVSHPDYQIKGVSNQDALLYGMRTDPIPSTKENGW LEEYKKLVELNRYSSDEALLLREKVIKHFGLDHPLVQECDDLISVLEFKNKINQHFSGSKDVK ; 2 2 UNP A0AAD2V6H6_ECOLX A0AAD2V6H6 ? 2 ;MQLTSKIISKFNYNRLAFQLLLNEAPKKYKVYYIPKRGAGFRVIAQPTKELKNVQRFIVSLLQPKLPVHHKAMAYEYKKS IKDNALLHKDNNYILKMDFQNFFNKIKPDIFFSKLENTGLKLDSFDENTLRNLLFWRPGKKRSTTLILSVGAPSSPFISN FVMYDFDKSLDDWCRNNGITYSRYADDITFSTNIKDILCRVPKVVKKMLSLHVPGLSINESKTIFTSMAHNRHVTGVTLT PQGNLSIGRDRKRMLFAKIHKYSLGLLSSEEINKTKGMIAFANYLEGDFLLRLQKKYGCELITKFLMEGNK ; 1 3 UNP A0AAD2V7M6_ECOLX A0AAD2V7M6 ? 3 ;MKYLSRQMPGPSVLNKFDYRRDDWNSLSSNDKKEIWEEIIKMQGKLCAYCEKKIEHHKSGGKNKVERHIEHFYRKSYYKN LTFEWSNLFGSCGEPQRCGFYKDKQKYNDDDLIKADRQNPDVFFHFLENGDVHIREGLNEKEHKMAEVTLRVFNLNPSSG GVKAERRRAIELSMTLIKELVGCASQLIESGCEIEDVRSMVFDEFKKNVKDRCFTTAIKHVFENRMP ; 1 4 GB CP026641.1 1566436237 ? 4 ;TAAAGACAGCGAAAGACACAGATTTCTCCTTCGCATATCTGCCCCGGGCAGGGATGCGAAGGAGAAATCTGTGTCTTTCG CAACCCTAAACC ; 3059583 5 GB CP026641.1 1566436237 ? 5 UAGUGUAGGAACAUUGGUUCCAGCCGGGUGAUUAGCCAGGCUUAAAUUUAUUGUCCGGUUUAG 3059730 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9N69 A 10 ? 552 ? 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UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -1 37 4 9N69 GLU D 8 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 0 38 4 9N69 LYS D 9 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 1 39 4 9N69 GLY D 164 ? UNP A0AAD2V6K7 GLU 156 conflict 156 40 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 14 ? 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ILE D 58 SER D 64 AB1 2 PHE D 53 ? PHE D 63 ? PHE D 45 PHE D 55 AB1 3 TYR D 129 ? LEU D 138 ? TYR D 121 LEU D 130 AB1 4 PHE D 141 ? ALA D 150 ? PHE D 133 ALA D 142 AB2 1 LEU D 186 ? TYR D 190 ? LEU D 178 TYR D 182 AB2 2 GLY D 390 ? ASP D 395 ? GLY D 382 ASP D 387 AB2 3 GLN D 421 ? THR D 426 ? GLN D 413 THR D 418 AB2 4 LEU D 77 ? VAL D 81 ? LEU D 69 VAL D 73 AB2 5 VAL D 440 ? VAL D 448 ? VAL D 432 VAL D 440 AB2 6 VAL D 451 ? SER D 457 ? VAL D 443 SER D 449 AB3 1 PHE D 329 ? GLY D 337 ? PHE D 321 GLY D 329 AB3 2 ASP D 340 ? LYS D 347 ? ASP D 332 LYS D 339 AB3 3 VAL D 350 ? LEU D 352 ? VAL D 342 LEU D 344 AB4 1 TYR E 29 ? PRO E 35 ? TYR E 29 PRO E 35 AB4 2 PHE E 41 ? PRO E 47 ? PHE E 41 PRO E 47 AB5 1 THR E 180 ? TYR E 184 ? THR E 180 TYR E 184 AB5 2 ASP E 187 ? THR E 192 ? ASP E 187 THR E 192 AB5 3 TYR E 93 ? PHE E 99 ? TYR E 93 PHE E 99 AB5 4 ILE E 218 ? THR E 226 ? ILE E 218 THR E 226 AB6 1 HIS E 233 ? VAL E 234 ? HIS E 233 VAL E 234 AB6 2 VAL E 237 ? LEU E 239 ? VAL E 237 LEU E 239 AB6 3 LEU E 245 ? SER E 246 ? LEU E 245 SER E 246 AB7 1 ARG F 67 ? HIS F 71 ? ARG F 67 HIS F 71 AB7 2 LEU F 88 ? CYS F 92 ? LEU F 88 CYS F 92 AB8 1 PHE F 124 ? PHE F 126 ? PHE F 124 PHE F 126 AB8 2 VAL F 132 ? ILE F 134 ? VAL F 132 ILE F 134 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O ILE A 71 ? O ILE A 63 N ILE A 58 ? N ILE A 50 AA1 2 3 N ASN A 56 ? N ASN A 48 O ASN A 135 ? O ASN A 127 AA1 3 4 N LEU A 138 ? N LEU A 130 O PHE A 141 ? O PHE A 133 AA2 1 2 N LEU A 186 ? N LEU A 178 O ILE A 391 ? O ILE A 383 AA2 2 3 N VAL A 392 ? N VAL A 384 O GLN A 421 ? O GLN A 413 AA2 3 4 O ILE A 424 ? O ILE A 416 N THR A 78 ? N THR A 70 AA2 4 5 N VAL A 79 ? N VAL A 71 O ARG A 441 ? O ARG A 433 AA2 5 6 N VAL A 448 ? N VAL A 440 O VAL A 451 ? O VAL A 443 AA3 1 2 N VAL A 335 ? N VAL A 327 O LYS A 342 ? O LYS A 334 AA3 2 3 N LEU A 345 ? N LEU A 337 O LEU A 352 ? O LEU A 344 AA4 1 2 O ILE B 71 ? O ILE B 63 N ILE B 58 ? N ILE B 50 AA4 2 3 N ASN B 56 ? N ASN B 48 O ASN B 135 ? O ASN B 127 AA4 3 4 N LEU B 138 ? N LEU B 130 O PHE B 141 ? O PHE B 133 AA5 1 2 O PHE B 225 ? O PHE B 217 N TYR B 189 ? N TYR B 181 AA5 2 3 N TYR B 190 ? N TYR B 182 O LEU B 393 ? O LEU B 385 AA5 3 4 N VAL B 392 ? N VAL B 384 O GLN B 421 ? O GLN B 413 AA5 4 5 O ILE B 424 ? O ILE B 416 N THR B 78 ? N THR B 70 AA5 5 6 N VAL B 81 ? N VAL B 73 O ARG B 441 ? O ARG B 433 AA5 6 7 N VAL B 446 ? N VAL B 438 O ASP B 453 ? O ASP B 445 AA6 1 2 N VAL B 335 ? N VAL B 327 O LYS B 342 ? O LYS B 334 AA6 2 3 N LEU B 345 ? N LEU B 337 O LEU B 352 ? O LEU B 344 AA7 1 2 O LEU C 69 ? O LEU C 61 N ILE C 60 ? N ILE C 52 AA7 2 3 N ASN C 56 ? N ASN C 48 O ASN C 135 ? O ASN C 127 AA7 3 4 N LEU C 138 ? N LEU C 130 O PHE C 141 ? O PHE C 133 AA8 1 2 N LEU C 186 ? N LEU C 178 O ILE C 391 ? O ILE C 383 AA8 2 3 N VAL C 392 ? N VAL C 384 O GLN C 421 ? O GLN C 413 AA8 3 4 O THR C 426 ? O THR C 418 N PHE C 80 ? N PHE C 72 AA8 4 5 N VAL C 79 ? N VAL C 71 O ARG C 441 ? O ARG C 433 AA8 5 6 N VAL C 446 ? N VAL C 438 O ASP C 453 ? O ASP C 445 AA9 1 2 N LYS C 333 ? N LYS C 325 O ILE C 344 ? O ILE C 336 AA9 2 3 N LEU C 345 ? N LEU C 337 O LEU C 352 ? O LEU C 344 AB1 1 2 O ILE D 71 ? O ILE D 63 N ILE D 58 ? N ILE D 50 AB1 2 3 N GLY D 59 ? N GLY D 51 O ASP D 133 ? O ASP D 125 AB1 3 4 N ALA D 130 ? N ALA D 122 O LYS D 149 ? O LYS D 141 AB2 1 2 N LEU D 186 ? N LEU D 178 O ILE D 391 ? O ILE D 383 AB2 2 3 N ILE D 394 ? N ILE D 386 O VAL D 423 ? O VAL D 415 AB2 3 4 O THR D 426 ? O THR D 418 N PHE D 80 ? N PHE D 72 AB2 4 5 N VAL D 81 ? N VAL D 73 O ARG D 441 ? O ARG D 433 AB2 5 6 N VAL D 446 ? N VAL D 438 O ASP D 453 ? O ASP D 445 AB3 1 2 N LYS D 333 ? N LYS D 325 O ILE D 344 ? O ILE D 336 AB3 2 3 N LEU D 345 ? N LEU D 337 O LEU D 352 ? O LEU D 344 AB4 1 2 N TYR E 32 ? N TYR E 32 O ILE E 44 ? O ILE E 44 AB5 1 2 N THR E 180 ? N THR E 180 O SER E 191 ? O SER E 191 AB5 2 3 O THR E 192 ? O THR E 192 N TYR E 93 ? N TYR E 93 AB5 3 4 N ILE E 94 ? N ILE E 94 O THR E 226 ? O THR E 226 AB6 1 2 N VAL E 234 ? N VAL E 234 O VAL E 237 ? O VAL E 237 AB6 2 3 N THR E 238 ? N THR E 238 O SER E 246 ? O SER E 246 AB7 1 2 N GLU F 70 ? N GLU F 70 O PHE F 89 ? O PHE F 89 AB8 1 2 N HIS F 125 ? N HIS F 125 O HIS F 133 ? O HIS F 133 # _pdbx_entry_details.entry_id 9N69 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "O4'" H DG 21 ? ? 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O2 I C 156 ? ? 122.65 118.90 3.75 0.60 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS A 56 ? ? 53.39 -119.86 2 1 LYS A 131 ? ? 59.39 -97.84 3 1 LYS A 299 ? ? 78.75 146.23 4 1 ASP A 390 ? ? -98.32 36.55 5 1 ASN A 492 ? ? 79.61 -5.61 6 1 ARG A 493 ? ? -98.85 36.80 7 1 LYS B 56 ? ? 55.13 -135.25 8 1 LYS B 131 ? ? 57.44 -97.96 9 1 ARG B 150 ? ? 56.59 -128.00 10 1 ASP B 172 ? ? -78.59 -169.02 11 1 ASN B 173 ? ? 38.76 42.52 12 1 ALA B 174 ? ? -79.15 -169.43 13 1 ARG B 186 ? ? 50.34 -119.60 14 1 PHE B 209 ? ? 86.79 -5.73 15 1 ARG B 219 ? ? -79.92 -165.25 16 1 SER B 242 ? ? 65.14 -128.43 17 1 LEU B 262 ? ? -140.27 12.54 18 1 HIS C -4 ? ? 67.14 158.60 19 1 LYS C 1 ? ? 57.10 -126.92 20 1 LYS C 56 ? ? 56.26 -130.31 21 1 LEU C 130 ? ? -100.75 76.04 22 1 LYS C 131 ? ? 67.72 -66.39 23 1 ARG C 219 ? ? 58.74 -101.99 24 1 SER C 242 ? ? 69.72 -143.03 25 1 THR C 274 ? ? 56.62 -135.17 26 1 ASN C 301 ? ? 56.53 -135.00 27 1 LEU C 326 ? ? -111.51 78.22 28 1 SER C 431 ? ? -103.47 40.95 29 1 LYS D 56 ? ? 54.12 -131.98 30 1 ASP D 68 ? ? -94.56 -60.04 31 1 LYS D 131 ? ? 57.25 -100.53 32 1 TYR D 212 ? ? -96.23 -60.32 33 1 ASN D 220 ? ? -126.05 -58.22 34 1 SER D 242 ? ? 59.12 -134.93 35 1 GLU D 243 ? ? 59.06 16.12 36 1 GLN D 245 ? ? 58.35 -126.68 37 1 ASP D 390 ? ? -98.79 36.42 38 1 ASN D 411 ? ? -92.14 51.27 39 1 SER E 149 ? ? 70.16 154.34 40 1 ALA E 185 ? ? 56.49 -105.45 41 1 SER F 12 ? ? 58.13 -111.98 42 1 ASP F 22 ? ? 57.75 -129.84 43 1 CYS F 98 ? ? 64.42 -132.65 44 1 GLU F 193 ? ? -44.83 105.22 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9N69 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ;Alphafold predicted structures of each individual subunit were first rigid body fit in ChimeraX using the fit in map command before initial relaxation using ISOLDE and final refinement in PHENIX RealSpaceRefinement. COOT was used for manual editing. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'The structure of each subunit was predicted individually in Alphafold before rigid body fitting in ChimeraX' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9N69 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Reported resolution from cryoSPARC's GSFSC estimation ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.13 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 259360 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name ;Retron IA surveillance complex with HNH nuclease bound in the "down" orientation ; _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5 # _em_imaging.entry_id 9N69 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 45000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type C-flat-1.2/1.3 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9N69 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9N69 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9N69 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -7 ? A MET 1 2 1 Y 1 A TRP -6 ? A TRP 2 3 1 Y 1 A SER -5 ? A SER 3 4 1 Y 1 A HIS -4 ? A HIS 4 5 1 Y 1 A PRO -3 ? A PRO 5 6 1 Y 1 A GLN -2 ? A GLN 6 7 1 Y 1 A PHE -1 ? A PHE 7 8 1 Y 1 A GLU 0 ? A GLU 8 9 1 Y 1 A LYS 1 ? A LYS 9 10 1 Y 1 A ILE 2 ? A ILE 10 11 1 Y 1 A ASN 3 ? A ASN 11 12 1 Y 1 A LYS 4 ? A LYS 12 13 1 Y 1 A LYS 196 ? A LYS 204 14 1 Y 1 A ARG 197 ? A ARG 205 15 1 Y 1 A LYS 198 ? A LYS 206 16 1 Y 1 A ASN 199 ? A ASN 207 17 1 Y 1 A ALA 200 ? A ALA 208 18 1 Y 1 A LYS 201 ? A LYS 209 19 1 Y 1 A ASP 269 ? A ASP 277 20 1 Y 1 A ASN 270 ? A ASN 278 21 1 Y 1 A ILE 271 ? A ILE 279 22 1 Y 1 A GLY 539 ? A GLY 547 23 1 Y 1 A SER 540 ? A SER 548 24 1 Y 1 A LYS 541 ? A LYS 549 25 1 Y 1 A ASP 542 ? A ASP 550 26 1 Y 1 A VAL 543 ? A VAL 551 27 1 Y 1 A LYS 544 ? A LYS 552 28 1 Y 1 B MET -7 ? B MET 1 29 1 Y 1 B TRP -6 ? B TRP 2 30 1 Y 1 B SER -5 ? B SER 3 31 1 Y 1 B HIS -4 ? B HIS 4 32 1 Y 1 B PRO -3 ? B PRO 5 33 1 Y 1 B GLN -2 ? B GLN 6 34 1 Y 1 B PHE -1 ? B PHE 7 35 1 Y 1 B GLU 0 ? B GLU 8 36 1 Y 1 B LYS 1 ? B LYS 9 37 1 Y 1 B ILE 2 ? B ILE 10 38 1 Y 1 B ASN 3 ? B ASN 11 39 1 Y 1 B LYS 4 ? B LYS 12 40 1 Y 1 B TYR 188 ? B TYR 196 41 1 Y 1 B ILE 189 ? B ILE 197 42 1 Y 1 B GLY 190 ? B GLY 198 43 1 Y 1 B GLY 191 ? B GLY 199 44 1 Y 1 B GLY 192 ? B GLY 200 45 1 Y 1 B VAL 193 ? B VAL 201 46 1 Y 1 B ASP 194 ? B ASP 202 47 1 Y 1 B ARG 195 ? B ARG 203 48 1 Y 1 B LYS 196 ? B LYS 204 49 1 Y 1 B ARG 197 ? B ARG 205 50 1 Y 1 B LYS 198 ? B LYS 206 51 1 Y 1 B ASN 199 ? B ASN 207 52 1 Y 1 B ALA 200 ? B ALA 208 53 1 Y 1 B LYS 201 ? B LYS 209 54 1 Y 1 B THR 202 ? B THR 210 55 1 Y 1 B ILE 268 ? B ILE 276 56 1 Y 1 B ASP 269 ? B ASP 277 57 1 Y 1 B ASN 270 ? B ASN 278 58 1 Y 1 B ILE 271 ? B ILE 279 59 1 Y 1 B ASP 272 ? B ASP 280 60 1 Y 1 B PHE 537 ? B PHE 545 61 1 Y 1 B SER 538 ? B SER 546 62 1 Y 1 B GLY 539 ? B GLY 547 63 1 Y 1 B SER 540 ? B SER 548 64 1 Y 1 B LYS 541 ? B LYS 549 65 1 Y 1 B ASP 542 ? B ASP 550 66 1 Y 1 B VAL 543 ? B VAL 551 67 1 Y 1 B LYS 544 ? B LYS 552 68 1 Y 1 C VAL 193 ? C VAL 201 69 1 Y 1 C ASP 194 ? C ASP 202 70 1 Y 1 C ARG 195 ? C ARG 203 71 1 Y 1 C LYS 196 ? C LYS 204 72 1 Y 1 C ARG 197 ? C ARG 205 73 1 Y 1 C LYS 198 ? C LYS 206 74 1 Y 1 C ASN 199 ? C ASN 207 75 1 Y 1 C ILE 268 ? C ILE 276 76 1 Y 1 C ASP 269 ? C ASP 277 77 1 Y 1 C ASN 270 ? C ASN 278 78 1 Y 1 C ILE 271 ? C ILE 279 79 1 Y 1 C ASP 452 ? C ASP 460 80 1 Y 1 C TYR 453 ? C TYR 461 81 1 Y 1 C GLN 454 ? C GLN 462 82 1 Y 1 C ILE 455 ? C ILE 463 83 1 Y 1 C LYS 456 ? C LYS 464 84 1 Y 1 C GLY 457 ? C GLY 465 85 1 Y 1 C VAL 458 ? C VAL 466 86 1 Y 1 C SER 459 ? C SER 467 87 1 Y 1 C ASN 460 ? C ASN 468 88 1 Y 1 C GLN 461 ? C GLN 469 89 1 Y 1 C ASP 462 ? C ASP 470 90 1 Y 1 C ALA 463 ? C ALA 471 91 1 Y 1 C LEU 464 ? C LEU 472 92 1 Y 1 C LEU 465 ? C LEU 473 93 1 Y 1 C TYR 466 ? C TYR 474 94 1 Y 1 C GLY 467 ? C GLY 475 95 1 Y 1 C MET 468 ? C MET 476 96 1 Y 1 C ARG 469 ? C ARG 477 97 1 Y 1 C THR 470 ? C THR 478 98 1 Y 1 C ASP 471 ? C ASP 479 99 1 Y 1 C PRO 472 ? C PRO 480 100 1 Y 1 C ILE 473 ? C ILE 481 101 1 Y 1 C PRO 474 ? C PRO 482 102 1 Y 1 C SER 475 ? C SER 483 103 1 Y 1 C THR 476 ? C THR 484 104 1 Y 1 C LYS 477 ? C LYS 485 105 1 Y 1 C GLU 478 ? C GLU 486 106 1 Y 1 C ASN 479 ? C ASN 487 107 1 Y 1 C GLY 480 ? C GLY 488 108 1 Y 1 C TRP 481 ? C TRP 489 109 1 Y 1 C LEU 482 ? C LEU 490 110 1 Y 1 C GLU 483 ? C GLU 491 111 1 Y 1 C GLU 484 ? C GLU 492 112 1 Y 1 C TYR 485 ? C TYR 493 113 1 Y 1 C LYS 486 ? C LYS 494 114 1 Y 1 C LYS 487 ? C LYS 495 115 1 Y 1 C LEU 488 ? C LEU 496 116 1 Y 1 C VAL 489 ? C VAL 497 117 1 Y 1 C GLU 490 ? C GLU 498 118 1 Y 1 C LEU 491 ? C LEU 499 119 1 Y 1 C ASN 492 ? C ASN 500 120 1 Y 1 C ARG 493 ? C ARG 501 121 1 Y 1 C TYR 494 ? C TYR 502 122 1 Y 1 C SER 495 ? C SER 503 123 1 Y 1 C SER 496 ? C SER 504 124 1 Y 1 C ASP 497 ? C ASP 505 125 1 Y 1 C GLU 498 ? C GLU 506 126 1 Y 1 C ALA 499 ? C ALA 507 127 1 Y 1 C LEU 500 ? C LEU 508 128 1 Y 1 C LEU 501 ? C LEU 509 129 1 Y 1 C LEU 502 ? C LEU 510 130 1 Y 1 C ARG 503 ? C ARG 511 131 1 Y 1 C GLU 504 ? C GLU 512 132 1 Y 1 C LYS 505 ? C LYS 513 133 1 Y 1 C VAL 506 ? C VAL 514 134 1 Y 1 C ILE 507 ? C ILE 515 135 1 Y 1 C LYS 508 ? C LYS 516 136 1 Y 1 C HIS 509 ? C HIS 517 137 1 Y 1 C PHE 510 ? C PHE 518 138 1 Y 1 C GLY 511 ? C GLY 519 139 1 Y 1 C LEU 512 ? C LEU 520 140 1 Y 1 C ASP 513 ? C ASP 521 141 1 Y 1 C HIS 514 ? C HIS 522 142 1 Y 1 C PRO 515 ? C PRO 523 143 1 Y 1 C LEU 516 ? C LEU 524 144 1 Y 1 C VAL 517 ? C VAL 525 145 1 Y 1 C GLN 518 ? C GLN 526 146 1 Y 1 C GLU 519 ? C GLU 527 147 1 Y 1 C CYS 520 ? C CYS 528 148 1 Y 1 C ASP 521 ? C ASP 529 149 1 Y 1 C ASP 522 ? C ASP 530 150 1 Y 1 C LEU 523 ? C LEU 531 151 1 Y 1 C ILE 524 ? C ILE 532 152 1 Y 1 C SER 525 ? C SER 533 153 1 Y 1 C VAL 526 ? C VAL 534 154 1 Y 1 C LEU 527 ? C LEU 535 155 1 Y 1 C GLU 528 ? C GLU 536 156 1 Y 1 C PHE 529 ? C PHE 537 157 1 Y 1 C LYS 530 ? C LYS 538 158 1 Y 1 C ASN 531 ? C ASN 539 159 1 Y 1 C LYS 532 ? C LYS 540 160 1 Y 1 C ILE 533 ? C ILE 541 161 1 Y 1 C ASN 534 ? 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4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 13695 # _em_particle_selection.details 'picked using a 20 angstrom lowpass filtered template that was produced de novo using the blob picker' _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 5915380 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' 'Template Picker' 1 1 ? ? cryoSPARC v4.6.2 ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM v4.2.0 ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ;cryoSPARC's patch CTF estimation was used to estimate defocus on-the-fly. Per Particle CTF correction was enabled during final refinements. ; 4 1 ? ? cryoSPARC v4.6.2 ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ;ChimeraX's fit in map command was used to fit individual chains predicted in Alphafold to the density ; 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.9 ? OTHER ? 8 ? ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'Multi-Class Ab Initio reconstruction was used to obtain initial angle estimates for selected particles' 9 1 ? ? cryoSPARC v4.6.2 ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' 'Non-Uniform Refinement was used to assign final angles for selected particles' 10 1 ? ? cryoSPARC v4.6.2 ? CLASSIFICATION 'Focused 3-D classification using masks generated from the consensus volume was used to sort particles' 11 1 ? ? cryoSPARC v4.6.2 ? CLASSIFICATION 'A final round of 2-D classification was applied to remove poorly aligned particles prior to reconstruction' 12 1 ? ? cryoSPARC v4.6.2 ? RECONSTRUCTION ;Non-Uniform refinement with minimize over per particle scale, optimize per particle defocus, optimize per exposure group CTF parames enabled ; 13 1 ? ? cryoSPARC v4.6.2 ? 'VOLUME SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 15 1 1 1 ? ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 16 1 1 1 ? ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 17 1 1 1 ? ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 18 1 1 1 ? ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' 'ISOLDE was used to improve the fit of rigid body docked structures into the density' 20 ? 1 ? ISOLDE 1.6.0 ? 'MODEL REFINEMENT' 'Realspace Refinement was used to obtain final models for deposition after manual editing' 21 ? 1 ? PHENIX 1.21.2-5419-000 ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9N69 'double helix' 9N69 'a-form double helix' 9N69 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 G DG 9 1_555 G DC 81 1_555 0.072 0.910 -0.455 4.270 14.654 10.179 1 H_DG9:DC81_H H 9 ? H 81 ? ? ? 1 G DC 10 1_555 G DC 79 1_555 -0.034 -4.212 0.830 5.623 -35.757 -108.480 2 H_DC10:DC79_H H 10 ? H 79 ? ? ? 1 G DA 13 1_555 G DT 77 1_555 -0.297 -0.237 -0.304 -16.265 -8.990 -4.764 3 H_DA13:DT77_H H 13 ? H 77 ? 20 1 1 G DA 14 1_555 G DT 76 1_555 1.675 0.101 -0.432 -6.380 5.252 4.962 4 H_DA14:DT76_H H 14 ? H 76 ? 20 1 1 G DG 15 1_555 G DC 75 1_555 -0.214 -0.319 -0.162 4.875 10.358 1.455 5 H_DG15:DC75_H H 15 ? H 75 ? 19 1 1 G DA 16 1_555 G DT 74 1_555 0.179 -0.116 -1.011 -9.962 -8.563 -3.860 6 H_DA16:DT74_H H 16 ? H 74 ? 20 1 1 G DC 17 1_555 G DG 73 1_555 0.110 -0.226 -0.709 -3.246 -2.156 0.005 7 H_DC17:DG73_H H 17 ? H 73 ? 19 1 1 G DA 18 1_555 G DT 72 1_555 0.566 0.148 -0.502 -0.554 -6.010 2.919 8 H_DA18:DT72_H H 18 ? H 72 ? 20 1 1 G DC 19 1_555 G DG 71 1_555 0.163 -0.152 -0.251 4.532 -0.796 -0.138 9 H_DC19:DG71_H H 19 ? H 71 ? 19 1 1 G DA 20 1_555 G DT 70 1_555 0.093 -0.167 0.173 0.567 -3.720 1.946 10 H_DA20:DT70_H H 20 ? H 70 ? 20 1 1 G DG 21 1_555 G DC 69 1_555 -0.147 -0.168 0.232 3.097 -3.921 0.204 11 H_DG21:DC69_H H 21 ? H 69 ? 19 1 1 G DA 22 1_555 G DT 68 1_555 0.094 -0.162 0.344 -2.513 -8.260 -2.063 12 H_DA22:DT68_H H 22 ? H 68 ? 20 1 1 G DT 23 1_555 G DA 67 1_555 0.060 -0.206 0.143 3.374 -0.097 4.110 13 H_DT23:DA67_H H 23 ? H 67 ? 20 1 1 G DT 24 1_555 G DA 66 1_555 -0.211 -0.123 0.056 0.403 -14.443 -1.459 14 H_DT24:DA66_H H 24 ? H 66 ? 20 1 1 G DT 25 1_555 G DA 65 1_555 -0.182 -0.116 -0.544 4.452 -9.118 -0.484 15 H_DT25:DA65_H H 25 ? H 65 ? 20 1 1 G DC 26 1_555 G DG 64 1_555 -0.974 0.319 -1.084 0.283 -6.861 20.614 16 H_DC26:DG64_H H 26 ? H 64 ? ? 1 1 G DT 27 1_555 G DA 63 1_555 0.219 1.871 -2.334 5.759 -25.046 -74.189 17 H_DT27:DA63_H H 27 ? H 63 ? 23 3 1 G DC 28 1_555 G DG 62 1_555 -0.100 -0.038 -1.484 19.902 -24.035 20.653 18 H_DC28:DG62_H H 28 ? H 62 ? 19 1 1 G DC 29 1_555 G DG 61 1_555 0.182 -0.101 0.063 -12.560 -6.159 0.098 19 H_DC29:DG61_H H 29 ? 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I 139 ? ? 5 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 G DG 9 1_555 G DC 81 1_555 G DC 10 1_555 G DC 79 1_555 1.770 -0.109 3.048 2.854 10.059 115.863 -0.163 -1.015 3.064 5.929 -1.682 116.161 1 HH_DG9DC10:DC79DC81_HH H 9 ? 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