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I N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP YEBS_ECOLI P0AD03 ? 1 ;MALNTPQITPTKKITVRAIGEELPRGDYQRCPQCDMLFSLPEINSHQSAYCPRCQAKIRDGRDWSLTRLAAMAFTMLLLM PFAWGEPLLHIWLLGIRIDANVMQGIWQMTKQGDAITGSMVFFCVIGAPLILVTSIAYLWFGNRLGMNLRPVLLMLERLK EWVMLDIYLVGIGVASIKVQDYAHIQAGVGLFSFVALVILTTVTLSHLNVEELWERFYPQRPATRRDEKLRVCLGCHFTG YPDQRGRCPRCHIPLRLRRRHSLQKCWAALLASIVLLLPANLLPISIIYLNGGRQEDTILSGIMSLASSNIAVAGIVFIA SILVPFTKVIVMFTLLLSIHFKCQQGLRTRILLLRMVTWIGRWSMLDLFVISLTMSLINRDQILAFTMGPAAFYFGAAVI LTILAVEWLDSRLLWDAHESGNARFDD ; 1 2 UNP YEBT_ECOLI P76272 ? 2 ;MSQETPASTTEAQIKNKRRISPFWLLPFIALMIASWLIWDSYQDRGNTVTIDFMSADGIVPGRTPVRYQGVEVGTVQDIS LSDDLRKIEVKVSIKSDMKDALREETQFWLVTPKASLAGVSGLDALVGGNYIGMMPGKGKEQDHFVALDTQPKYRLDNGD LMIHLQAPDLGSLNSGSLVYFRKIPVGKVYDYAINPNKQGVVIDVLIERRFTDLVKKGSRFWNVSGVDANVSISGAKVKL ESLAALVNGAIAFDSPEESKPAEAEDTFGLYEDLAHSQRGVIIKLELPSGAGLTADSTPLMYQGLEVGQLTKLDLNPGGK VTGEMTVDPSVVTLLRENTRIELRNPKLSLSDANLSALLTGKTFELVPGDGEPRKEFVVVPGEKALLHEPDVLTLTLTAP ESYGIDAGQPLILHGVQVGQVIDRKLTSKGVTFTVAIEPQHRELVKGDSKFVVNSRVDVKVGLDGVEFLGASASEWINGG IRILPGDKGEMKASYPLYANLEKALENSLSDLPTTTVSLSAETLPDVQAGSVVLYRKFEVGEVITVRPRANAFDIDLHIK PEYRNLLTSNSVFWAEGGAKVQLNGSGLTVQASPLSRALKGAISFDNLSGASASQRKGDKRILYASETAARAVGGQITLH AFDAGKLAVGMPIRYLGIDIGQIQTLDLITARNEVQAKAVLYPEYVQTFARGGTRFSVVTPQISAAGVEHLDTILQPYIN VEPGRGNPRRDFELQEATITDSRYLDGLSIIVEAPEAGSLGIGTPVLFRGLEVGTVTGMTLGTLSDRVMIAMRISKRYQH LVRNNSVFWLASGYSLDFGLTGGVVKTGTFNQFIRGGIAFATPPGTPLAPKAQEGKHFLLQESEPKEWREWGTALPK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9N8W A 19 ? 445 ? 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UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -13 5 1 9N8W HIS A 6 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -12 6 1 9N8W HIS A 7 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -11 7 1 9N8W GLN A 8 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -10 8 1 9N8W HIS A 9 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -9 9 1 9N8W GLN A 10 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -8 10 1 9N8W HIS A 11 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -7 11 1 9N8W GLU A 12 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -6 12 1 9N8W ASN A 13 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -5 13 1 9N8W LEU A 14 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -4 14 1 9N8W TYR A 15 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -3 15 1 9N8W PHE A 16 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -2 16 1 9N8W GLN A 17 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' -1 17 1 9N8W GLY A 18 ? UNP P0AD03 ? ? 'expression tag' 0 18 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 83 ? 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TYR B 563 LEU B 567 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY B 610 ? LYS B 617 ? GLY B 610 LYS B 617 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 SER B 626 ? ALA B 632 ? SER B 626 ALA B 632 1 ? 7 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU B 711 ? LEU B 715 ? LEU B 711 LEU B 715 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 TYR B 798 ? VAL B 802 ? TYR B 798 VAL B 802 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 PHE B 830 ? ILE B 834 ? PHE B 830 ILE B 834 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 SER C 21 ? PHE C 23 ? SER C 21 PHE C 23 5 ? 3 HELX_P HELX_P36 AD9 TRP C 24 ? ARG C 45 ? TRP C 24 ARG C 45 1 ? 22 HELX_P HELX_P37 AE1 LYS C 95 ? ASP C 100 ? LYS C 95 ASP C 100 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY C 122 ? GLY C 129 ? GLY C 122 GLY C 129 1 ? 8 HELX_P HELX_P39 AE3 PHE C 211 ? VAL C 215 ? PHE C 211 VAL C 215 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 LEU C 243 ? ASN C 248 ? LEU C 243 ASN C 248 1 ? 6 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP C 273 ? GLN C 278 ? ASP C 273 GLN C 278 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO C 329 ? VAL C 332 ? PRO C 329 VAL C 332 5 ? 4 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN C 354 ? GLY C 361 ? 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Real space refinement was carried out in PHENIX. Models were then manually inspected and adjusted in Coot. Iterative rounds of model building and refinement were performed. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 6V0J ? ? 'The initial model consisted of the complete biological assembly for PDB entry 6V0J' ? ? PDB 'experimental model' 6V0J 1 2 1 6V0F ? ? 'The initial model consisted of the complete biological assembly for PDB entry 6V0F' ? ? PDB 'experimental model' 6V0F 2 3 1 6V0E ? ? 'The initial model consisted of the complete biological assembly for PDB entry 6V0E' ? ? PDB 'experimental model' 6V0E 3 4 1 . . . 'The initial model consisted of the complete biological assembly for RoseTTAFold LetA' ? ? RoseTTAFold 'in silico model' LetA 4 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9N8W _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 158666 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'LetAB complex crosslinked with glutaraldehyde' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' # _em_imaging.entry_id 9N8W _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2100 _em_imaging.calibrated_defocus_min 100 _em_imaging.calibrated_defocus_max 4000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9N8W _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9N8W _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9N8W _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -17 ? 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