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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.203 ? 6762 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.689 ? 1760 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.062 ? 768 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 854 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9ODB _struct.title 'Clone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain (local refinement)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ODB _struct_keywords.text 'germinal center evolution, antibody, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 1 ? G N N 4 ? H N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9ODB 9ODB ? 1 ? 1 2 UNP A0A8V0XLK0_CHICK A0A8V0XLK0 ? 1 ;IDAWGHGTEVIVSSASPTSPPRLYPLSACCSDSAVPPAVGCLLSPSSAGGISWEGSGGTAVTGRVSGTPVKLSFVRLSPG EKRKSFVCSAAPGGALLKKEVQVCRVDPVPPVAPEVQVLHASSCTPSQSESVELLCLVTGFSPASAEVEWLVDGVGGLLV ASQSPAVRSGSTYSLSSRVNVSGTDWREGKSYSCRVRHPATNTVVEDHVKGCPDGAQSCSPIQLYAIPPSPGELYISLDA KLRCLVVNLPSDSSLSVTWTREKSGNLRPDPMVLQEHFNGTYSASSAVPVSTQDWLSGERFTCTVQHEELPLPLSKSVYR NTGPTTPPLIYPFAPHPEELSLSRVTLSCLVRGFRPRDIEIRWLRDHRAVPATEFVTTAVLPEERTANGAGGDGDTFFVY SKMSVETAKWNGGTVFACMAVHEALPMRFSQRTLQKQAGK ; 129 3 PDB 9ODB 9ODB ? 2 ? 1 4 PDB 9ODB 9ODB ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9ODB A 1 ? 121 ? 9ODB 1 ? 121 ? 1 121 2 2 9ODB A 122 ? 561 ? A0A8V0XLK0 129 ? 568 ? 122 561 3 3 9ODB H 1 ? 239 ? 9ODB 1 ? 255 ? 1 255 4 4 9ODB L 1 ? 214 ? 9ODB 1 ? 234 ? 1 234 5 3 9ODB B 1 ? 239 ? 9ODB 1 ? 255 ? 1 255 6 4 9ODB C 1 ? 214 ? 9ODB 1 ? 234 ? 1 234 7 1 9ODB D 1 ? 121 ? 9ODB 1 ? 121 ? 1 121 8 2 9ODB D 122 ? 561 ? A0A8V0XLK0 129 ? 568 ? 122 561 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 9ODB ALA A 183 ? UNP A0A8V0XLK0 THR 190 'engineered mutation' 183 1 2 9ODB PRO A 242 ? UNP A0A8V0XLK0 ALA 249 'engineered mutation' 242 2 8 9ODB ALA D 183 ? UNP A0A8V0XLK0 THR 190 'engineered mutation' 183 3 8 9ODB PRO D 242 ? UNP A0A8V0XLK0 ALA 249 'engineered mutation' 242 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 320 ? ASN A 323 ? PRO A 320 ASN A 323 5 ? 4 HELX_P HELX_P2 AA2 SER B 28 ? GLY B 32 ? SER H 29 GLY H 37 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO D 61 ? LYS D 64 ? PRO B 69 LYS B 72 5 ? 4 HELX_P HELX_P4 AA4 THR D 86 ? THR D 90 ? THR B 95 THR B 99 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 SER F 303 ? GLU F 309 ? SER D 303 GLU D 309 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 245 SG ? ? ? 1_555 F CYS 333 SG ? ? A CYS 245 D CYS 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 257 SG ? ? ? 1_555 A CYS 315 SG ? ? A CYS 257 A CYS 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 333 SG ? ? ? 1_555 F CYS 245 SG ? ? A CYS 333 D CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 22 SG ? ? ? 1_555 B CYS 95 SG ? ? H CYS 23 H CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 23 SG ? ? ? 1_555 C CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf6 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 95 SG ? ? B CYS 23 B CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf7 disulf ? ? E CYS 23 SG ? ? ? 1_555 E CYS 88 SG ? ? C CYS 23 C CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf8 disulf ? ? F CYS 257 SG ? ? ? 1_555 F CYS 315 SG ? ? D CYS 257 D CYS 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? covale1 covale one ? A ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 301 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? F ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? D ASN 301 D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG G . ? ASN A 301 ? NAG A 601 ? 1_555 ASN A 301 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 2 NAG H . ? ASN F 301 ? NAG D 601 ? 1_555 ASN D 301 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 3 CYS A 245 ? CYS F 333 ? CYS A 245 ? 1_555 CYS D 333 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS A 257 ? CYS A 315 ? CYS A 257 ? 1_555 CYS A 315 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS A 333 ? CYS F 245 ? CYS A 333 ? 1_555 CYS D 245 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS B 22 ? CYS B 95 ? CYS H 23 ? 1_555 CYS H 104 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS C 23 ? CYS C 88 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 104 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS D 22 ? CYS D 95 ? CYS B 23 ? 1_555 CYS B 104 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 9 CYS E 23 ? CYS E 88 ? CYS C 23 ? 1_555 CYS C 104 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS F 257 ? CYS F 315 ? CYS D 257 ? 1_555 CYS D 315 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLU A 236 ? 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ILE C 75 ? ASP L 86 ILE L 91 AA6 4 SER C 65 ? SER C 67 ? SER L 79 SER L 83 AA7 1 PHE C 10 ? SER C 12 ? PHE L 10 SER L 12 AA7 2 THR C 97 ? GLU C 105 ? THR L 117 GLU L 125 AA7 3 GLU C 85 ? GLN C 90 ? GLU L 101 GLN L 106 AA7 4 VAL C 33 ? GLN C 37 ? VAL L 39 GLN L 43 AA7 5 LYS C 45 ? LEU C 47 ? LYS L 51 LEU L 53 AA8 1 LEU D 4 ? SER D 7 ? LEU B 4 SER B 7 AA8 2 LEU D 18 ? VAL D 24 ? LEU B 19 VAL B 25 AA8 3 GLN D 77 ? LEU D 82 ? GLN B 86 LEU B 91 AA8 4 ILE D 67 ? ARG D 71 ? ILE B 76 ARG B 80 AA9 1 LEU D 11 ? VAL D 12 ? LEU B 12 VAL B 13 AA9 2 THR D 106 ? VAL D 110 ? THR B 122 VAL B 126 AA9 3 ALA D 91 ? ARG D 97 ? ALA B 100 ARG B 106 AA9 4 TYR D 33 ? PHE D 40 ? TYR B 38 PHE B 45 AA9 5 ARG D 44 ? SER D 52 ? ARG B 49 SER B 57 AA9 6 THR D 57 ? TYR D 59 ? THR B 65 TYR B 67 AB1 1 MET E 11 ? SER E 12 ? MET C 11 SER C 12 AB1 2 THR E 102 ? GLU E 105 ? THR C 122 GLU C 125 AB1 3 GLU E 85 ? GLN E 90 ? GLU C 101 GLN C 106 AB1 4 VAL E 33 ? GLN E 38 ? VAL C 39 GLN C 44 AB1 5 LYS E 45 ? ILE E 48 ? LYS C 51 ILE C 54 AB2 1 VAL E 19 ? CYS E 23 ? VAL C 19 CYS C 23 AB2 2 PHE E 71 ? ILE E 75 ? PHE C 87 ILE C 91 AB2 3 PHE E 62 ? SER E 65 ? PHE C 76 SER C 79 AB3 1 GLU F 236 ? LEU F 240 ? GLU D 236 LEU D 240 AB3 2 VAL F 253 ? THR F 260 ? VAL D 253 THR D 260 AB3 3 LEU F 296 ? VAL F 302 ? LEU D 296 VAL D 302 AB3 4 SER F 283 ? GLN F 284 ? SER D 283 GLN D 284 AB4 1 VAL F 276 ? GLY F 277 ? VAL D 276 GLY D 277 AB4 2 GLU F 268 ? VAL F 273 ? GLU D 268 VAL D 273 AB4 3 TYR F 313 ? HIS F 319 ? TYR D 313 HIS D 319 AB4 4 THR F 324 ? VAL F 330 ? 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RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? cryoSPARC ? ? # _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Not funded' _pdbx_audit_support.country ? _pdbx_audit_support.grant_number ? _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _atom_sites.entry_id 9ODB _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #