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NZ ? C LYS 60 NZ 39 1 Y 1 D LYS 60 ? CG ? D LYS 59 CG 40 1 Y 1 D LYS 60 ? CD ? D LYS 59 CD 41 1 Y 1 D LYS 60 ? CE ? D LYS 59 CE 42 1 Y 1 D LYS 60 ? NZ ? D LYS 59 NZ 43 1 Y 1 E LYS 60 ? CG ? E LYS 59 CG 44 1 Y 1 E LYS 60 ? CD ? E LYS 59 CD 45 1 Y 1 E LYS 60 ? CE ? E LYS 59 CE 46 1 Y 1 E LYS 60 ? NZ ? E LYS 59 NZ 47 1 Y 1 E LYS 61 ? CG ? E LYS 60 CG 48 1 Y 1 E LYS 61 ? CD ? E LYS 60 CD 49 1 Y 1 E LYS 61 ? CE ? E LYS 60 CE 50 1 Y 1 E LYS 61 ? NZ ? E LYS 60 NZ 51 1 Y 1 F LYS 60 ? CG ? F LYS 59 CG 52 1 Y 1 F LYS 60 ? CD ? F LYS 59 CD 53 1 Y 1 F LYS 60 ? CE ? F LYS 59 CE 54 1 Y 1 F LYS 60 ? NZ ? F LYS 59 NZ 55 1 Y 1 G LYS 60 ? CG ? G LYS 59 CG 56 1 Y 1 G LYS 60 ? CD ? G LYS 59 CD 57 1 Y 1 G LYS 60 ? CE ? G LYS 59 CE 58 1 Y 1 G LYS 60 ? NZ ? G LYS 59 NZ 59 1 Y 1 G LYS 61 ? CG ? G LYS 60 CG 60 1 Y 1 G LYS 61 ? CD ? G LYS 60 CD 61 1 Y 1 G LYS 61 ? CE ? G LYS 60 CE 62 1 Y 1 G LYS 61 ? NZ ? G LYS 60 NZ 63 1 Y 1 H LYS 60 ? CG ? H LYS 59 CG 64 1 Y 1 H LYS 60 ? CD ? H LYS 59 CD 65 1 Y 1 H LYS 60 ? 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# _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9PRC _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 9PRC _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.5 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog103 hydrog ? ? K A 21 N1 ? ? ? 1_555 K U 36 N3 ? ? M A 15 M U 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog104 hydrog ? ? K A 21 N6 ? ? ? 1_555 K U 36 O4 ? ? M A 15 M U 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog105 hydrog ? ? K U 22 N3 ? ? ? 1_555 K A 35 N1 ? ? M U 16 M A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog106 hydrog ? ? K U 22 O4 ? ? ? 1_555 K A 35 N6 ? ? M U 16 M A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog107 hydrog ? ? K A 23 N1 ? ? ? 1_555 K U 34 N3 ? ? M A 17 M U 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog108 hydrog ? ? K A 23 N6 ? ? ? 1_555 K U 34 O4 ? ? M A 17 M U 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog109 hydrog ? ? K U 24 N3 ? ? ? 1_555 K A 33 N1 ? ? M U 18 M A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog110 hydrog ? ? K U 24 O4 ? ? ? 1_555 K A 33 N6 ? ? M U 18 M A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog111 hydrog ? ? K U 24 N3 ? ? ? 1_555 K U 34 O2 ? ? M U 18 M U 28 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_13_PAIR ? ? ? hydrog112 hydrog ? ? K U 24 O2 ? ? ? 1_555 K U 34 N3 ? ? M U 18 M U 28 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_13_PAIR ? ? ? hydrog113 hydrog ? ? K A 25 N1 ? ? ? 1_555 K U 32 N3 ? ? M A 19 M U 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog114 hydrog ? ? K A 25 N6 ? ? ? 1_555 K U 32 O4 ? ? M A 19 M U 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog115 hydrog ? ? K U 26 N3 ? ? ? 1_555 K A 31 N1 ? ? M U 20 M A 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog116 hydrog ? ? K U 26 O4 ? ? ? 1_555 K A 31 N6 ? ? M U 20 M A 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog117 hydrog ? ? L A 7 N1 ? ? ? 1_555 L U 50 N3 ? ? P A 1 P U 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog118 hydrog ? ? L A 7 N6 ? ? ? 1_555 L U 50 O4 ? ? P A 1 P U 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog119 hydrog ? ? L U 8 N3 ? ? ? 1_555 L A 49 N7 ? ? P U 2 P A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog120 hydrog ? ? L U 8 O2 ? ? ? 1_555 L A 49 N6 ? ? P U 2 P A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog121 hydrog ? ? L A 9 N6 ? ? ? 1_555 L U 48 O2 ? ? P A 3 P U 42 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? ? hydrog122 hydrog ? ? L U 10 N3 ? ? ? 1_555 L A 47 N1 ? ? P U 4 P A 41 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog123 hydrog ? ? L A 11 N1 ? ? ? 1_555 L U 46 N3 ? ? P A 5 P U 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog124 hydrog ? ? L A 11 N6 ? ? ? 1_555 L U 46 O4 ? ? P A 5 P U 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog125 hydrog ? ? L U 12 N3 ? ? ? 1_555 L A 45 N1 ? ? P U 6 P A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog126 hydrog ? ? L U 12 O4 ? ? ? 1_555 L A 45 N6 ? ? P U 6 P A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog127 hydrog ? ? L A 13 N1 ? ? ? 1_555 L U 44 N3 ? ? P A 7 P U 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog128 hydrog ? ? L A 13 N6 ? ? ? 1_555 L U 44 O4 ? ? P A 7 P U 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog129 hydrog ? ? L U 14 N3 ? ? ? 1_555 L A 43 N1 ? ? P U 8 P A 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog130 hydrog ? ? L U 14 O4 ? ? ? 1_555 L A 43 N6 ? ? P U 8 P A 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog131 hydrog ? ? L U 16 N3 ? ? ? 1_555 L U 40 O4 ? ? P U 10 P U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? ? hydrog132 hydrog ? ? L U 16 O2 ? ? ? 1_555 L A 41 N6 ? ? P U 10 P A 35 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog133 hydrog ? ? L A 17 N1 ? ? ? 1_555 L A 39 N6 ? ? P A 11 P A 33 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_1_PAIR ? ? ? hydrog134 hydrog ? ? L A 17 N6 ? ? ? 1_555 L A 39 N1 ? ? P A 11 P A 33 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_1_PAIR ? ? ? hydrog135 hydrog ? ? L U 18 N3 ? ? ? 1_555 L A 39 N7 ? ? P U 12 P A 33 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? ? hydrog136 hydrog ? ? L U 18 O4 ? ? ? 1_555 L A 39 N6 ? ? P U 12 P A 33 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? ? hydrog137 hydrog ? ? L U 20 N3 ? ? ? 1_555 L A 37 N1 ? ? P U 14 P A 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog138 hydrog ? ? L U 20 O4 ? ? ? 1_555 L A 37 N6 ? ? P U 14 P A 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog139 hydrog ? ? L A 21 N1 ? ? ? 1_555 L U 36 N3 ? ? P A 15 P U 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog140 hydrog ? ? L A 21 N6 ? ? ? 1_555 L U 36 O4 ? ? P A 15 P U 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog141 hydrog ? ? L U 22 N3 ? ? ? 1_555 L A 35 N1 ? ? P U 16 P A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog142 hydrog ? ? L U 22 O4 ? ? ? 1_555 L A 35 N6 ? ? P U 16 P A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog143 hydrog ? ? L A 23 N1 ? ? ? 1_555 L U 34 N3 ? ? P A 17 P U 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog144 hydrog ? ? L A 23 N6 ? ? ? 1_555 L U 34 O4 ? ? P A 17 P U 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog145 hydrog ? ? L U 24 N3 ? ? ? 1_555 L A 33 N1 ? ? P U 18 P A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog146 hydrog ? ? L U 24 O4 ? ? ? 1_555 L A 33 N6 ? ? P U 18 P A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _pdbx_entry_details.entry_id 9PRC _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;At the resolution of the map, the identities of the individual bases could not be determined. Therefore, the modeled fragments of RNA were modeled as poly(AU). The actual sequence of the palindromic RNA is GGGAGACCGCGGUCCUUGUUCGGUUGGCUCAUCUCGACUGGGCGACGGUUUCGUCGCCCAGUCGAGAUGAGCCGGCCGAACAAGGACCGCGGGAAUU. ; _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # _pdbx_validate_torsion.id 1 _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id LYS _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id C _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id 60 _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code ? _pdbx_validate_torsion.label_alt_id ? _pdbx_validate_torsion.phi -160.38 _pdbx_validate_torsion.psi -166.01 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9PRC _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9PRC _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'Multibody refinement' _em_3d_reconstruction.resolution 3.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 298422 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '20mM Tris-HCl, 200mM NaCl' _em_buffer.pH 8.0 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Complex of S-HDAg bound to 86-pRNA' ? ? ? 1,2 2 1 RECOMBINANT COMPLEX S-HDAg ? ? ? 1 3 1 SYNTHETIC COMPLEX 86-pRNA ? ? ? 2 # _em_imaging.entry_id 9PRC _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 700 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9PRC _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 283 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9PRC _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A SER 2 ? 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