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EMDB EMD-72293 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-04-15 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-04-15 ? 3 'Additional map' 1 0 2026-04-15 1 4 FSC 1 0 2026-04-15 ? 5 'Half map' 1 0 2026-04-15 1 6 'Half map' 1 0 2026-04-15 2 7 Image 1 0 2026-04-15 ? 8 Mask 1 0 2026-04-15 1 9 'Primary map' 1 0 2026-04-15 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 FSC repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 7 7 Image repository 'Initial release' ? ? 8 8 Mask repository 'Initial release' ? ? 9 9 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9Q7B _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-08-22 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of the Measles Virus Fusion Glycoprotein Ectodomain in Prefusion Conformation Bound to Neutralizing Antibody H8' _pdbx_database_related.db_id EMD-72293 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 2 erica@lji.org Erica 'Ollmann Saphire' ? 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ExpiCHO ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 6 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 6 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 6 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 4 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 6 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 7 6 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 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'expression tag' 532 234 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 12-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 HIS A 26 ? 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A CYS 68 SG ? ? ? 1_555 B CYS 195 SG ? ? A CYS 68 B CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 334 SG ? ? ? 1_555 B CYS 343 SG ? ? B CYS 334 B CYS 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 358 SG ? ? ? 1_555 B CYS 366 SG ? ? B CYS 358 B CYS 366 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 390 SG ? ? ? 1_555 B CYS 395 SG ? ? B CYS 390 B CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 397 SG ? ? ? 1_555 B CYS 420 SG ? ? B CYS 397 B CYS 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 68 SG ? ? ? 1_555 D CYS 195 SG ? ? C CYS 68 D CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf7 disulf ? ? D CYS 334 SG ? ? ? 1_555 D CYS 343 SG ? ? D CYS 334 D CYS 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf8 disulf ? ? D CYS 358 SG ? ? ? 1_555 D CYS 366 SG ? ? D CYS 358 D CYS 366 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf9 disulf ? ? D CYS 390 SG ? ? ? 1_555 D CYS 395 SG ? ? D CYS 390 D CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf10 disulf ? ? D CYS 397 SG ? ? ? 1_555 D CYS 420 SG ? ? D CYS 397 D CYS 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf11 disulf ? ? E CYS 68 SG ? ? ? 1_555 F CYS 195 SG ? ? E CYS 68 F CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? F CYS 334 SG ? ? ? 1_555 F CYS 343 SG ? ? F CYS 334 F CYS 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? F CYS 358 SG ? ? ? 1_555 F CYS 366 SG ? ? F CYS 358 F CYS 366 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf14 disulf ? ? F CYS 390 SG ? ? ? 1_555 F CYS 395 SG ? ? F CYS 390 F CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf15 disulf ? ? F CYS 397 SG ? ? ? 1_555 F CYS 420 SG ? ? F CYS 397 F CYS 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf16 disulf ? ? G CYS 41 SG ? ? ? 1_555 G CYS 115 SG ? ? G CYS 22 G CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf17 disulf ? ? H CYS 42 SG ? ? ? 1_555 H CYS 111 SG ? ? I CYS 23 I CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf18 disulf ? ? I CYS 41 SG ? ? ? 1_555 I CYS 115 SG ? ? J CYS 22 J CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf19 disulf ? ? J CYS 42 SG ? ? ? 1_555 J CYS 111 SG ? ? K CYS 23 K CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf20 disulf ? ? K CYS 41 SG ? ? ? 1_555 K CYS 115 SG ? ? L CYS 22 L CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf21 disulf ? ? L CYS 42 SG ? ? ? 1_555 L CYS 111 SG ? ? M CYS 23 M CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? covale1 covale one ? A ASN 29 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 29 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 61 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 67 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 67 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 29 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 29 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? C ASN 61 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 67 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 67 C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 29 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? E ASN 29 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? E ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? E ASN 61 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? E ASN 67 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? E ASN 67 E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale10 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale11 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale12 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale13 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale14 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale15 covale both ? O BMA . 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R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG M . ? 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None 'Disulfide bridge' 11 CYS B 334 ? CYS B 343 ? CYS B 334 ? 1_555 CYS B 343 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS B 358 ? CYS B 366 ? CYS B 358 ? 1_555 CYS B 366 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS B 390 ? CYS B 395 ? CYS B 390 ? 1_555 CYS B 395 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS B 397 ? CYS B 420 ? CYS B 397 ? 1_555 CYS B 420 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 15 CYS C 68 ? CYS D 195 ? CYS C 68 ? 1_555 CYS D 195 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 16 CYS D 334 ? CYS D 343 ? CYS D 334 ? 1_555 CYS D 343 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 17 CYS D 358 ? CYS D 366 ? CYS D 358 ? 1_555 CYS D 366 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 18 CYS D 390 ? CYS D 395 ? CYS D 390 ? 1_555 CYS D 395 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 19 CYS D 397 ? CYS D 420 ? CYS D 397 ? 1_555 CYS D 420 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 20 CYS E 68 ? CYS F 195 ? CYS E 68 ? 1_555 CYS F 195 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 21 CYS F 334 ? CYS F 343 ? CYS F 334 ? 1_555 CYS F 343 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 22 CYS F 358 ? CYS F 366 ? CYS F 358 ? 1_555 CYS F 366 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 23 CYS F 390 ? CYS F 395 ? CYS F 390 ? 1_555 CYS F 395 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 24 CYS F 397 ? CYS F 420 ? CYS F 397 ? 1_555 CYS F 420 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 25 CYS G 41 ? CYS G 115 ? CYS G 22 ? 1_555 CYS G 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 26 CYS H 42 ? CYS H 111 ? CYS I 23 ? 1_555 CYS I 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 27 CYS I 41 ? CYS I 115 ? CYS J 22 ? 1_555 CYS J 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 28 CYS J 42 ? CYS J 111 ? CYS K 23 ? 1_555 CYS K 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 29 CYS K 41 ? CYS K 115 ? CYS L 22 ? 1_555 CYS L 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 30 CYS L 42 ? CYS L 111 ? CYS M 23 ? 1_555 CYS M 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 26 H . ? SER 7 I PRO 27 H ? PRO 8 I 1 -1.69 2 SER 26 J . ? SER 7 K PRO 27 J ? PRO 8 K 1 -1.99 3 SER 26 L . ? SER 7 M PRO 27 L ? PRO 8 M 1 -1.48 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 7 ? AB6 ? 6 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 6 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 6 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 6 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 6 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 6 ? AD8 ? 4 ? 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