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EMDB EMD-53278 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-10-22 _pdbx_audit_revision_history.part_number ? # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9QPQ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-03-28 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE 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_entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Coat protein GPP34,Mitochondrial DNA absence factor,MIDAS' 2 'Alpha-coat protein,Alpha-COP' 3 ;Beta'-coat protein,Beta'-COP,p102 ; 4 'Beta-coat protein,Beta-COP' 5 'Archain,Delta-coat protein,Delta-COP' 6 'Gamma-1-coat protein,Gamma-1-COP' 7 'Zeta-1-coat protein,Zeta-1 COP' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MTSLTQRSSGLVQRRTEASRNAADKERAAGGGAGSSEDDAQSRRDEQDDDDKGDSKETRLTLMEEVLLLGLKDREGYTSF WNDCISSGLRGCMLIELALRGRLQLEACGMRRKSLLTRKVICKSDAPTGDVLLDEALKHVKETQPPETVQNWIELLSGET WNPLKLHYQLRNVRERLAKNLVEKGVLTTEKQNFLLFDMTTHPLTNNNIKQRLIKKVQEAVLDKWVNDPHRMDRRLLALI YLAHASDVLENAFAPLLDEQYDLATKRVRQLLDLDPEVECLKANTNEVLWAVVAAFTK ; ;MTSLTQRSSGLVQRRTEASRNAADKERAAGGGAGSSEDDAQSRRDEQDDDDKGDSKETRLTLMEEVLLLGLKDREGYTSF WNDCISSGLRGCMLIELALRGRLQLEACGMRRKSLLTRKVICKSDAPTGDVLLDEALKHVKETQPPETVQNWIELLSGET WNPLKLHYQLRNVRERLAKNLVEKGVLTTEKQNFLLFDMTTHPLTNNNIKQRLIKKVQEAVLDKWVNDPHRMDRRLLALI YLAHASDVLENAFAPLLDEQYDLATKRVRQLLDLDPEVECLKANTNEVLWAVVAAFTK ; A,B ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MLTKFETKSARVKGLSFHPKRPWILTSLHNGVIQLWDYRMCTLIDKFDEHDGPVRGIDFHKQQPLFVSGGDDYKIKVWNY KLRRCLFTLLGHLDYIRTTFFHHEYPWILSASDDQTIRVWNWQSRTCVCVLTGHNHYVMCAQFHPSEDLVVSASLDQTVR VWDISGLRKKNLSPGAVESDVRGITGVDLFGTTDAVVKHVLEGHDRGVNWAAFHPTMPLIVSGADDRQVKIWRMNESKAW EVDTCRGHYNNVSCAVFHPRQELILSNSEDKSIRVWDMSKRTGVQTFRRDHDRFWVLAAHPNLNLFAAGHDGGMIVFKLE RERPAYAVHGNMLHYVKDRFLRQLDFNSSKDVAVMQLRSGSKFPVFNMSYNPAENAVLLCTRASNLENSTYDLYTIPKDA DSQNPDAPEGKRSSGLTAVWVARNRFAVLDRMHSLLIKNLKNEITKKIQVPNCDEIFYAGTGNLLLRDADSITLFDVQQK RTLASVKISKVKYVIWSADMSHVALLAKHAIVICNRKLDALCNIHENIRVKSGAWDESGVFIYTTSNHIKYAVTTGDHGI IRTLDLPIYVTRVKGNNVYCLDRECRPRVLTIDPTEFKFKLALINRKYDEVLHMVRNAKLVGQSIIAYLQKKGYPEVALH FVKDEKTRFSLALECGNIEIALEAAKALDDKNCWEKLGEVALLQGNHQIVEMCYQRTKNFDKLSFLYLITGNLEKLRKMM 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RTLASVKISKVKYVIWSADMSHVALLAKHAIVICNRKLDALCNIHENIRVKSGAWDESGVFIYTTSNHIKYAVTTGDHGI IRTLDLPIYVTRVKGNNVYCLDRECRPRVLTIDPTEFKFKLALINRKYDEVLHMVRNAKLVGQSIIAYLQKKGYPEVALH FVKDEKTRFSLALECGNIEIALEAAKALDDKNCWEKLGEVALLQGNHQIVEMCYQRTKNFDKLSFLYLITGNLEKLRKMM KIAEIRKDMSGHYQNALYLGDVSERVRILKNCGQKSLAYLSAATHGLDEEAESLKETFDPEKETIPDIDPNAKLLQPPAP IMPLDTNWPLLTVSKGFFEGSIASKGKGGALAADIDIDTVGTEGWGEDAELQLDEDGFVEAPEGLGEDVLGKGQEEGGGW DVEEDLELPPELDVPSGVSGSAEDGFFVPPTKGTSPTQIWCNNSQLPVDHILAGSFETAMRLLHDQVGVIQFGPYKQLFL QTYARGRTTYQALPCLPSMYSYPNRNWKDAGLKNGVPAVGLKLNDLIQRLQLCYQLTTVGKFEEAVEKFRSILLSVPLLV VDNKQEIAEAQQLITICREYIVGLCMEIERKKLPKETLDQQKRICEMAAYFTHSNLQPVHMILVLRTALNLFFKLKNFKT AATFARRLLELGPKPEVAQQTRKILSACEKNPTDACQLNYDMHNPFDICAASYRPIYRGKPVEKCPLSGACYSPEFKGQI CRVTTVTEIGKDVIGLRISPLQFR ; D,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MPLRLDIKRKLTARSDRVKSVDLHPTEPWMLASLYNGSVCVWNHETQTLVKTFEVCDLPVRAAKFVARKNWVVTGADDMQ IRVFNYNTLERVHMFEAHSDYIRCIAVHPTQPFILTSSDDMLIKLWDWDKKWSCSQVFEGHTHYVMQIVINPKDNNQFAS ASLDRTIKVWQLGSSSPNFTLEGHEKGVNCIDYYSGGDKPYLISGADDRLVKIWDYQNKTCVQTLEGHAQNVSCASFHPE LPIIITGSEDGTVRIWHSSTYRLESTLNYGMERVWCVASLRGSNNVALGYDEGSIIVKLGREEPAMSMDANGKIIWAKHS EVQQANLKAMGDTEIKDGERLPLAVKDMGSCEIYPQTIQHNPNGRFVVVCGDGEYIIYTAMALRNKSFGSAQEFAWAHDS SEYAIRESNSIVKIFKNFKEKKSFKPDFGAESIYGGFLLGVRSVNGLAFYDWENTELIRRIEIQPKHIFWSDSGELVCIA TEESFFILKYLSEKVLAAQETHEGVTEDGIEDAFEVLGEIQEIVKTGLWVGDCFIYTSSVNRLNYYVGGEIVTIAHLDRT MYLLGYIPKDNRLYLGDKELNIVSYSLLVSVLEYQTAVMRRDFSMADKVLPTIPKEQRTRVAHFLEKQGFKQQALTVSTD PEHRFELALQLGELKIAYQLAVEAESEQKWKQLAELAISKCQFSLAQECLHHAQDYGGLLLLATASGNASMVNKLAEGAE RDGKNNVAFMSYFLQGKLDACLELLIRTGRLPEAAFLARTYLPSQVSRVVKLWRENLSKVNQKAAESLADPTEYENLFPG LKEAFVVEEWVKETHADLWPAKQYPLVTPNEERNVMEEAKGFQPSRPTAQQEPDGKPASSPVIMASQTTHKEEKSLLELE VDLDNLELEDIDTTDINLDEDILDD ; ;MPLRLDIKRKLTARSDRVKSVDLHPTEPWMLASLYNGSVCVWNHETQTLVKTFEVCDLPVRAAKFVARKNWVVTGADDMQ IRVFNYNTLERVHMFEAHSDYIRCIAVHPTQPFILTSSDDMLIKLWDWDKKWSCSQVFEGHTHYVMQIVINPKDNNQFAS ASLDRTIKVWQLGSSSPNFTLEGHEKGVNCIDYYSGGDKPYLISGADDRLVKIWDYQNKTCVQTLEGHAQNVSCASFHPE 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ERARFIRCIYNLLQSSSPAVKYEAAGTLVTLSSAPTAIKAAAQCYIDLIIKESDNNVKLIVLDRLVELKEHPAHERVLQD LVMDILRVLSTPDLEVRKKTLQLALDLVSSRNVEELVIVLKKEVIKTNNVSEHEDTDKYRQLLVRTLHSCSVRFPDMAAN VIPVLMEFLSDSNEAAAADVLEFVREAIQRFDNLRMLIVEKMLEVFHAIKSVKIYRGALWILGEYCSTKEDIQSVMTEVR RSLGEIPIVESEIKKEAGELKPEEEITVGPVQKLVTEMGTYATQSALSSSRPTKKEEDRPPLRGFLLDGDFFVAASLATT LTKIALRYVALVQEKKKQNSFVAEAMLLMATILHLGKSSLPKKPITDDDVDRISLCLKVLSECSPLMNDIFNKECRQSLS QMLSAKLEEEKLSQKKESEKRNVTVQPDDPISFMQLTAKNEMNCKEDQFQLSLLAAMGNTQRKEAADPLASKLNKVTQLT GFSDPVYAEAYVHVNQYDIVLDVLVVNQTSDTLQNCTLELATLGDLKLVEKPSPLTLAPHDFANIKANVKVASTENGIIF GNIVYDVSGAASDRNCVVLSDIHIDIMDYIQPATCTDAEFRQMWAEFEWENKVTVNTNMTDLNDYLQHILKSTNMKCLTP EKALSGYCGFMAANLYARSIFGEDALANVSIEKPVHQGPDAAVTGHIRIRAKSQGMALSLGDKINLSQKKTSL ; ;MTAAENVCYTLINVPMDSEPPSEISLKNDLEKGDVKSKTEALKKVIIMILNGEKLPGLLMTIIRFVLPLQDHTIKKLLLV FWEIVPKTTPDGRLLHEMILVCDAYRKDLQHPNEFIRGSTLRFLCKLKEAELLEPLMPAIRACLEHRHSYVRRNAVLAIY TIYRNFEHLIPDAPELIHDFLVNEKDASCKRNAFMMLIHADQDRALDYLSTCIDQVQTFGDILQLVIVELIYKVCHANPS 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RKAKELQQARRDAERQGKKAPGFGGFGSSAVSGGSTAAMITETIIETDKPKVAPAPARPSGPSKALKLGAKGKEVDNFVD KLKSEGETIMSSNMGKRTSEATKVHAPPINMESVHMKIEEKITLTCGRDGGLQNMELHGMIMLRISDDKFGRIRLHVENE DKKGVQLQTHPNVDKKLFTAESLIGLKNPEKSFPVNSDVGVLKWRLQTTEESFIPLTINCWPSESGNGCDVNIEYELQED NLELNDVVITIPLPSGVGAPVIGEIDGEYRHDSRRNTLEWCLPVIDAKNKSGSLEFSIPGQPNDFFPVQVSFISKKNYCN IQVTKVTQVDGNSPVRFSTETTFLVDKYEIL ; ;MVLLAAAVCTKAGKAIVSRQFVEMTRTRIEGLLAAFPKLMNTGKQHTFVETESVRYVYQPMEKLYMVLITTKNSNILEDL ETLRLFSRVIPEYCRALEENEISEHCFDLIFAFDEIVALGYRENVNLAQIRTFTEMDSHEEKVFRAVRETQEREAKAEMR RKAKELQQARRDAERQGKKAPGFGGFGSSAVSGGSTAAMITETIIETDKPKVAPAPARPSGPSKALKLGAKGKEVDNFVD KLKSEGETIMSSNMGKRTSEATKVHAPPINMESVHMKIEEKITLTCGRDGGLQNMELHGMIMLRISDDKFGRIRLHVENE DKKGVQLQTHPNVDKKLFTAESLIGLKNPEKSFPVNSDVGVLKWRLQTTEESFIPLTINCWPSESGNGCDVNIEYELQED NLELNDVVITIPLPSGVGAPVIGEIDGEYRHDSRRNTLEWCLPVIDAKNKSGSLEFSIPGQPNDFFPVQVSFISKKNYCN IQVTKVTQVDGNSPVRFSTETTFLVDKYEIL ; L ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MLKKFDKKDEESGGGSNPLQHLEKSAVLQEARVFNETPINPRKCAHILTKILYLINQGEHLGTTEATEAFFAMTKLFQSN DPTLRRMCYLTIKEMSCIAEDVIIVTSSLTKDMTGKEDNYRGPAVRALCQITDSTMLQAVERYMKQAIVDKVPSVSSSAL VSSLHLLKCSFDVVKRWVNEAQEAASSDNIMVQYHALGLLYHVRKNDRLAVSKMISKFTRHGLKSPFAYCMMIRVASKQL EEEDGSRDSPLFDFIESCLRNKHEMVVYEAASAIVNLPGCSAKELAPAVSVLQLFCSSPKAALRYAAVRTLNKVAMKHPS AVTACNLDLENLVTDSNRSIATLAITTLLKTGSESSIDRLMKQISSFMSEISDEFKVVVVQAISALCQKYPRKHAVLMNF LFTMLREEGGFEYKRAIVDCIISIIEENSESKETGLSHLCEFIEDCEFTVLATRILHLLGQEGPKTNNPSKYIRFIYNRV VLEHEEVRAGAVSALAKFGAQNEEMLPSILVLLKRCVMDDDNEVRDRATFYLNVLEQKQKALNAGYILNGLTVSIPGLEK ALQQYTLEPSEKPFDLKSVPLATTPMAEQRPESTATAAVKQPEKVAATRQEIFQEQLAAVPEFQGLGPLFKSSPEPVALT ESETEYVIRCTKHTFSDHLVFQFDCTNTLNDQTLENVTVQMEPTEAYEVLSYVPARSLPYNQPGTCYTLVALPTEDPTAV ACTFSCVMKFTVKDCDPNTGEIDEEGYEDEYVLEDLEVTVADHIQKVMKVNFEAAWDEVGDEFEKEETFTLSTIKTLEEA VGNIVKFLGMHPCERSDKVPENKNTHTLLLAGVFRGGHDILVRSRLLLLDTVTMQVTARSSEELPVDIILASVG ; ;MLKKFDKKDEESGGGSNPLQHLEKSAVLQEARVFNETPINPRKCAHILTKILYLINQGEHLGTTEATEAFFAMTKLFQSN DPTLRRMCYLTIKEMSCIAEDVIIVTSSLTKDMTGKEDNYRGPAVRALCQITDSTMLQAVERYMKQAIVDKVPSVSSSAL 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;MEALILEPSLYTVKAILILDNDGDRLFAKYYDDTYPSVKEQKAFEKNIFNKTHRTDSEIALLEGLTVVYKSSIDLYFYVI GSSYENELMLMAVLNCLFDSLSQMLRKNVEKRALLENMEGLFLAVDEIVDGGVILESDPQQVVHRVALRGEDVPLTEQTV SQVLQSAKEQIKWSLLR ; P ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRH YFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCA TSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; ;MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRH YFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCA TSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; R,S,T ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 THR n 1 3 SER n 1 4 LEU n 1 5 THR n 1 6 GLN n 1 7 ARG n 1 8 SER n 1 9 SER n 1 10 GLY n 1 11 LEU n 1 12 VAL n 1 13 GLN n 1 14 ARG n 1 15 ARG n 1 16 THR n 1 17 GLU n 1 18 ALA n 1 19 SER n 1 20 ARG n 1 21 ASN n 1 22 ALA n 1 23 ALA n 1 24 ASP n 1 25 LYS n 1 26 GLU n 1 27 ARG n 1 28 ALA n 1 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3 ;MPLRLDIKRKLTARSDRVKSVDLHPTEPWMLASLYNGSVCVWNHETQTLVKTFEVCDLPVRAAKFVARKNWVVTGADDMQ IRVFNYNTLERVHMFEAHSDYIRCIAVHPTQPFILTSSDDMLIKLWDWDKKWSCSQVFEGHTHYVMQIVINPKDNNQFAS ASLDRTIKVWQLGSSSPNFTLEGHEKGVNCIDYYSGGDKPYLISGADDRLVKIWDYQNKTCVQTLEGHAQNVSCASFHPE LPIIITGSEDGTVRIWHSSTYRLESTLNYGMERVWCVASLRGSNNVALGYDEGSIIVKLGREEPAMSMDANGKIIWAKHS EVQQANLKAMGDTEIKDGERLPLAVKDMGSCEIYPQTIQHNPNGRFVVVCGDGEYIIYTAMALRNKSFGSAQEFAWAHDS SEYAIRESNSIVKIFKNFKEKKSFKPDFGAESIYGGFLLGVRSVNGLAFYDWENTELIRRIEIQPKHIFWSDSGELVCIA TEESFFILKYLSEKVLAAQETHEGVTEDGIEDAFEVLGEIQEIVKTGLWVGDCFIYTSSVNRLNYYVGGEIVTIAHLDRT MYLLGYIPKDNRLYLGDKELNIVSYSLLVSVLEYQTAVMRRDFSMADKVLPTIPKEQRTRVAHFLEKQGFKQQALTVSTD PEHRFELALQLGELKIAYQLAVEAESEQKWKQLAELAISKCQFSLAQECLHHAQDYGGLLLLATASGNASMVNKLAEGAE RDGKNNVAFMSYFLQGKLDACLELLIRTGRLPEAAFLARTYLPSQVSRVVKLWRENLSKVNQKAAESLADPTEYENLFPG LKEAFVVEEWVKETHADLWPAKQYPLVTPNEERNVMEEAKGFQPSRPTAQQEPDGKPASSPVIMASQTTHKEEKSLLELE VDLDNLELEDIDTTDINLDEDILDD ; 1 4 UNP COPB_MOUSE Q9JIF7 ? 4 ;MTAAENVCYTLINVPMDSEPPSEISLKNDLEKGDVKSKTEALKKVIIMILNGEKLPGLLMTIIRFVLPLQDHTIKKLLLV FWEIVPKTTPDGRLLHEMILVCDAYRKDLQHPNEFIRGSTLRFLCKLKEAELLEPLMPAIRACLEHRHSYVRRNAVLAIY TIYRNFEHLIPDAPELIHDFLVNEKDASCKRNAFMMLIHADQDRALDYLSTCIDQVQTFGDILQLVIVELIYKVCHANPS ERARFIRCIYNLLQSSSPAVKYEAAGTLVTLSSAPTAIKAAAQCYIDLIIKESDNNVKLIVLDRLVELKEHPAHERVLQD LVMDILRVLSTPDLEVRKKTLQLALDLVSSRNVEELVIVLKKEVIKTNNVSEHEDTDKYRQLLVRTLHSCSVRFPDMAAN VIPVLMEFLSDSNEAAAADVLEFVREAIQRFDNLRMLIVEKMLEVFHAIKSVKIYRGALWILGEYCSTKEDIQSVMTEVR RSLGEIPIVESEIKKEAGELKPEEEITVGPVQKLVTEMGTYATQSALSSSRPTKKEEDRPPLRGFLLDGDFFVAASLATT LTKIALRYVALVQEKKKQNSFVAEAMLLMATILHLGKSSLPKKPITDDDVDRISLCLKVLSECSPLMNDIFNKECRQSLS QMLSAKLEEEKLSQKKESEKRNVTVQPDDPISFMQLTAKNEMNCKEDQFQLSLLAAMGNTQRKEAADPLASKLNKVTQLT GFSDPVYAEAYVHVNQYDIVLDVLVVNQTSDTLQNCTLELATLGDLKLVEKPSPLTLAPHDFANIKANVKVASTENGIIF GNIVYDVSGAASDRNCVVLSDIHIDIMDYIQPATCTDAEFRQMWAEFEWENKVTVNTNMTDLNDYLQHILKSTNMKCLTP EKALSGYCGFMAANLYARSIFGEDALANVSIEKPVHQGPDAAVTGHIRIRAKSQGMALSLGDKINLSQKKTSL ; 1 5 UNP COPD_MOUSE Q5XJY5 ? 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7 ;MEALILEPSLYTVKAILILDNDGDRLFAKYYDDTYPSVKEQKAFEKNIFNKTHRTDSEIALLEGLTVVYKSSIDLYFYVI GSSYENELMLMAVLNCLFDSLSQMLRKNVEKRALLENMEGLFLAVDEIVDGGVILESDPQQVVHRVALRGEDVPLTEQTV SQVLQSAKEQIKWSLLR ; 1 8 UNP ARF1_HUMAN P84077 ? 8 ;MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRH YFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCA TSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9QPQ A 1 ? 298 ? 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_chem_comp_bond.pdbx_ordinal ALA N CA sing N N 1 ALA N H sing N N 2 ALA N H2 sing N N 3 ALA CA C sing N N 4 ALA CA CB sing N N 5 ALA CA HA sing N N 6 ALA C O doub N N 7 ALA C OXT sing N N 8 ALA CB HB1 sing N N 9 ALA CB HB2 sing N N 10 ALA CB HB3 sing N N 11 ALA OXT HXT sing N N 12 ARG N CA sing N N 13 ARG N H sing N N 14 ARG N H2 sing N N 15 ARG CA C sing N N 16 ARG CA CB sing N N 17 ARG CA HA sing N N 18 ARG C O doub N N 19 ARG C OXT sing N N 20 ARG CB CG sing N N 21 ARG CB HB2 sing N N 22 ARG CB HB3 sing N N 23 ARG CG CD sing N N 24 ARG CG HG2 sing N N 25 ARG CG HG3 sing N N 26 ARG CD NE sing N N 27 ARG CD HD2 sing N N 28 ARG CD HD3 sing N N 29 ARG NE CZ sing N N 30 ARG NE HE sing N N 31 ARG CZ NH1 sing N N 32 ARG CZ NH2 doub N N 33 ARG NH1 HH11 sing N N 34 ARG NH1 HH12 sing N N 35 ARG NH2 HH21 sing N N 36 ARG NH2 HH22 sing N N 37 ARG OXT HXT sing N N 38 ASN N CA sing N N 39 ASN N H sing N N 40 ASN N H2 sing N N 41 ASN CA C sing N N 42 ASN CA CB sing N N 43 ASN CA HA sing N N 44 ASN C O doub N N 45 ASN C OXT sing N N 46 ASN CB CG sing N N 47 ASN CB HB2 sing N N 48 ASN CB HB3 sing N N 49 ASN CG OD1 doub N N 50 ASN CG ND2 sing N N 51 ASN ND2 HD21 sing N N 52 ASN ND2 HD22 sing N N 53 ASN OXT HXT sing N N 54 ASP N CA sing N N 55 ASP N H sing N N 56 ASP N H2 sing N N 57 ASP CA C sing N N 58 ASP CA CB sing N N 59 ASP CA HA sing N N 60 ASP C O doub N N 61 ASP C OXT sing N N 62 ASP CB CG sing N N 63 ASP CB HB2 sing N N 64 ASP CB HB3 sing N N 65 ASP CG OD1 doub N N 66 ASP CG OD2 sing N N 67 ASP OD2 HD2 sing N N 68 ASP OXT HXT sing N N 69 CYS N CA sing N N 70 CYS N H sing N N 71 CYS N H2 sing N N 72 CYS CA C sing N N 73 CYS CA CB sing N N 74 CYS CA HA sing N N 75 CYS C O doub N N 76 CYS C OXT sing N N 77 CYS CB SG sing N N 78 CYS CB HB2 sing N N 79 CYS CB HB3 sing N N 80 CYS SG HG sing N N 81 CYS OXT HXT sing N N 82 GLN N CA sing N N 83 GLN N H sing N N 84 GLN N H2 sing N N 85 GLN CA C sing N N 86 GLN CA CB sing N N 87 GLN CA HA sing N N 88 GLN C O doub N N 89 GLN C OXT sing N N 90 GLN CB CG sing N N 91 GLN CB HB2 sing N N 92 GLN CB HB3 sing N N 93 GLN CG CD sing N N 94 GLN CG HG2 sing N N 95 GLN CG HG3 sing N N 96 GLN CD OE1 doub N N 97 GLN CD NE2 sing N N 98 GLN NE2 HE21 sing N N 99 GLN NE2 HE22 sing N N 100 GLN OXT HXT sing N N 101 GLU N CA sing N N 102 GLU N H sing N N 103 GLU N H2 sing N N 104 GLU CA C sing N N 105 GLU CA CB sing N N 106 GLU CA HA sing N N 107 GLU C O doub N N 108 GLU C OXT sing N N 109 GLU CB CG sing N N 110 GLU CB HB2 sing N N 111 GLU CB HB3 sing N N 112 GLU CG CD sing N N 113 GLU CG HG2 sing N N 114 GLU CG HG3 sing N N 115 GLU CD OE1 doub N N 116 GLU CD OE2 sing N N 117 GLU OE2 HE2 sing N N 118 GLU OXT HXT sing N N 119 GLY N CA sing N N 120 GLY N H sing N N 121 GLY N H2 sing N N 122 GLY CA C sing N N 123 GLY CA HA2 sing N N 124 GLY CA HA3 sing N N 125 GLY C O doub N N 126 GLY C OXT sing N N 127 GLY OXT HXT sing N N 128 HIS N CA sing N N 129 HIS N H sing N N 130 HIS N H2 sing N N 131 HIS CA C sing N N 132 HIS CA CB sing N N 133 HIS CA HA sing N N 134 HIS C O doub N N 135 HIS C OXT sing N N 136 HIS CB CG sing N N 137 HIS CB HB2 sing N N 138 HIS CB HB3 sing N N 139 HIS CG ND1 sing Y N 140 HIS CG CD2 doub Y N 141 HIS ND1 CE1 doub Y N 142 HIS ND1 HD1 sing N N 143 HIS CD2 NE2 sing Y N 144 HIS CD2 HD2 sing N N 145 HIS CE1 NE2 sing Y N 146 HIS CE1 HE1 sing N N 147 HIS NE2 HE2 sing N N 148 HIS OXT HXT sing N N 149 ILE N CA sing N N 150 ILE N H sing N N 151 ILE N H2 sing N N 152 ILE CA C sing N N 153 ILE CA CB sing N N 154 ILE CA HA sing N N 155 ILE C O doub N N 156 ILE C OXT sing N N 157 ILE CB CG1 sing N N 158 ILE CB CG2 sing N N 159 ILE CB HB sing N N 160 ILE CG1 CD1 sing N N 161 ILE CG1 HG12 sing N N 162 ILE CG1 HG13 sing N N 163 ILE CG2 HG21 sing N N 164 ILE CG2 HG22 sing N N 165 ILE CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 175 LEU CA HA sing N N 176 LEU C O doub N N 177 LEU C OXT sing N N 178 LEU CB CG sing N N 179 LEU CB HB2 sing N N 180 LEU CB HB3 sing N N 181 LEU CG CD1 sing N N 182 LEU CG CD2 sing N N 183 LEU CG HG sing N N 184 LEU CD1 HD11 sing N N 185 LEU CD1 HD12 sing N N 186 LEU CD1 HD13 sing N N 187 LEU CD2 HD21 sing N N 188 LEU CD2 HD22 sing N N 189 LEU CD2 HD23 sing N N 190 LEU OXT HXT sing N N 191 LYS N CA sing N N 192 LYS N H sing N N 193 LYS N H2 sing N N 194 LYS CA C sing N N 195 LYS CA CB sing N N 196 LYS CA HA sing N N 197 LYS C O doub N N 198 LYS C OXT sing N N 199 LYS CB CG sing N N 200 LYS CB HB2 sing N N 201 LYS CB HB3 sing N N 202 LYS CG CD sing N N 203 LYS CG HG2 sing N N 204 LYS CG HG3 sing N N 205 LYS CD CE sing N N 206 LYS CD HD2 sing N N 207 LYS CD HD3 sing N N 208 LYS CE NZ sing N N 209 LYS CE HE2 sing N N 210 LYS CE HE3 sing N N 211 LYS NZ HZ1 sing N N 212 LYS NZ HZ2 sing N N 213 LYS NZ HZ3 sing N N 214 LYS OXT HXT sing N N 215 MET N CA sing N N 216 MET N H sing N N 217 MET N H2 sing N N 218 MET CA C sing N N 219 MET CA CB sing N N 220 MET CA HA sing N N 221 MET C O doub N N 222 MET C OXT sing N N 223 MET CB CG sing N N 224 MET CB HB2 sing N N 225 MET CB HB3 sing N N 226 MET CG SD sing N N 227 MET CG HG2 sing N N 228 MET CG HG3 sing N N 229 MET SD CE sing N N 230 MET CE HE1 sing N N 231 MET CE HE2 sing N N 232 MET CE HE3 sing N N 233 MET OXT HXT sing N N 234 PHE N CA sing N N 235 PHE N H sing N N 236 PHE N H2 sing N N 237 PHE CA C sing N N 238 PHE CA CB sing N N 239 PHE CA HA sing N N 240 PHE C O doub N N 241 PHE C OXT sing N N 242 PHE CB CG sing N N 243 PHE CB HB2 sing N N 244 PHE CB HB3 sing N N 245 PHE CG CD1 doub Y N 246 PHE CG CD2 sing Y N 247 PHE CD1 CE1 sing Y N 248 PHE CD1 HD1 sing N N 249 PHE CD2 CE2 doub Y N 250 PHE CD2 HD2 sing N N 251 PHE CE1 CZ doub Y N 252 PHE CE1 HE1 sing N N 253 PHE CE2 CZ sing Y N 254 PHE CE2 HE2 sing N N 255 PHE CZ HZ sing N N 256 PHE OXT HXT sing N N 257 PRO N CA sing N N 258 PRO N CD sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N CA sing N N 304 TRP N H sing N N 305 TRP N H2 sing N N 306 TRP CA C sing N N 307 TRP CA CB sing N N 308 TRP CA HA sing N N 309 TRP C O doub N N 310 TRP C OXT sing N N 311 TRP CB CG sing N N 312 TRP CB HB2 sing N N 313 TRP CB HB3 sing N N 314 TRP CG CD1 doub Y N 315 TRP CG CD2 sing Y N 316 TRP CD1 NE1 sing Y N 317 TRP CD1 HD1 sing N N 318 TRP CD2 CE2 doub Y N 319 TRP CD2 CE3 sing Y N 320 TRP NE1 CE2 sing Y N 321 TRP NE1 HE1 sing N N 322 TRP CE2 CZ2 sing Y N 323 TRP CE3 CZ3 doub Y N 324 TRP CE3 HE3 sing N N 325 TRP CZ2 CH2 doub Y N 326 TRP CZ2 HZ2 sing N N 327 TRP CZ3 CH2 sing Y N 328 TRP CZ3 HZ3 sing N N 329 TRP CH2 HH2 sing N N 330 TRP OXT HXT sing N N 331 TYR N CA sing N N 332 TYR N H sing N N 333 TYR N H2 sing N N 334 TYR CA C sing N N 335 TYR CA CB sing N N 336 TYR CA HA sing N N 337 TYR C O doub N N 338 TYR C OXT sing N N 339 TYR CB CG sing N N 340 TYR CB HB2 sing N N 341 TYR CB HB3 sing N N 342 TYR CG CD1 doub Y N 343 TYR CG CD2 sing Y N 344 TYR CD1 CE1 sing Y N 345 TYR CD1 HD1 sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2025-03-28 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 9QPQ _em_admin.last_update 2025-10-22 _em_admin.map_release_date 2025-10-22 _em_admin.title 'The structure of the COPI leaf bound to GOLPH3' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM HEPES 1 HEPES 1 125 mM KAc 2 'Potassium acetate' 1 2.5 mM MgCl2 3 'Magnesium chloride' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 ? ? 1 NO 2 ? ? 3 ? 3 ? ? 4 ? 4 ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue _em_entity_assembly_naturalsource.details ? ? 1 2 10090 'Mus musculus' ? ? ? ? ? ? ? 2 3 10090 'Mus musculus' ? ? ? ? ? ? ? 3 4 9606 'Homo sapiens' ? ? ? ? ? ? ? 4 5 9606 'Homo sapiens' ? ? ? ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 1 2 7111 'Trichoplusia ni' ? ? ? 2 3 7111 'Trichoplusia ni' ? ? ? 3 4 562 'Escherichia coli' ? ? ? 4 5 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 125 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3.114 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 1 # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'VOLUME SELECTION' https://github.com/DustinMorado/subTOM 1 1 ? ? subTOM v1.1.5 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? NOVACTF ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.9 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION v3.0 CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? RELION v3.0 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? ? ? 'PARTICLE SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 15 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 17 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 18 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;Budded and budding COPI vesicles were reconstituted by mixing liposomes with purified COPI coat protein, Arf1, GTPgammaS, and GOLPH3. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.details ;A total of 4866 COPI vesicles and buds were manually picked from 206 tomograms in UCSF Chimera. The center of each coated vesicle or bud was picked and radii were assigned using a custom-written plugin (https://www.biochem.mpg.de/7940000/Pick-Particle). Initial coordinates for subsequent particle search were seeded with an even spacing of 10.9 nm (8 pixels in tomograms binned 8 times) perpendicular to the sphere surface, and with random in-plane rotation, yielding a total of 193104 particles (C3). ; _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 206 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 193104 _em_volume_selection.reference_model EMDB-2985 # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Max Planck Society' Germany ? 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_U105178783 2 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/16 3 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 227915/Z/23/Z 4 'European Molecular Biology Organization (EMBO)' 'European Union' ALTF-383-2022 5 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code _pdbx_initial_refinement_model.details 1 ? 'in silico model' AlphaFold Q8CIE6 ? 2 ? 'in silico model' AlphaFold O55029 ? 3 ? 'in silico model' AlphaFold Q9JIF7 ? 4 ? 'in silico model' AlphaFold Q5XJ75 ? 5 ? 'in silico model' AlphaFold Q9QZE5 ? 6 ? 'in silico model' AlphaFold P61924 ? 7 ? 'in silico model' AlphaFold P84077 ? 8 ? 'in silico model' AlphaFold Q9H4A6 ? # _atom_sites.entry_id 9QPQ _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O # loop_ #