data_9QXT # _entry.id 9QXT # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.407 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9QXT pdb_00009qxt 10.2210/pdb9qxt/pdb WWPDB D_1292146841 ? ? EMDB EMD-53444 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-10-01 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-10-01 ? 3 'Additional map' 1 0 2025-10-01 ? 4 'Half map' 1 0 2025-10-01 1 5 'Half map' 1 0 2025-10-01 2 6 Image 1 0 2025-10-01 ? 7 Mask 1 0 2025-10-01 ? 8 'Primary map' 1 0 2025-10-01 ? 9 'Structure model' 1 1 2025-10-22 ? 10 'EM metadata' 1 1 2025-10-22 ? 11 'Structure model' 1 2 2025-11-19 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 Mask repository 'Initial release' ? ? 8 8 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 9 'Structure model' 'Data collection' 2 9 'Structure model' 'Database references' 3 10 'EM metadata' 'Database references' 4 10 'EM metadata' 'Experimental summary' 5 11 'Structure model' 'Data collection' 6 11 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 9 'Structure model' citation 2 9 'Structure model' citation_author 3 9 'Structure model' em_admin 4 10 'EM metadata' citation 5 10 'EM metadata' citation_author 6 10 'EM metadata' em_admin 7 11 'Structure model' citation 8 11 'Structure model' em_admin # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 9 'Structure model' '_citation.country' 2 9 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 9 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 9 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 9 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 9 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 7 9 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 8 9 'Structure model' '_citation.title' 9 9 'Structure model' '_em_admin.last_update' 10 10 'EM metadata' '_citation.country' 11 10 'EM metadata' '_citation.journal_abbrev' 12 10 'EM metadata' '_citation.journal_id_ASTM' 13 10 'EM metadata' '_citation.journal_id_CSD' 14 10 'EM metadata' '_citation.journal_id_ISSN' 15 10 'EM metadata' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 16 10 'EM metadata' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 17 10 'EM metadata' '_citation.title' 18 10 'EM metadata' '_em_admin.last_update' 19 11 'Structure model' '_citation.journal_volume' 20 11 'Structure model' '_citation.page_first' 21 11 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9QXT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-04-16 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'E. coli JetABC dimer in the DNA boarding-holding state' _pdbx_database_related.db_id EMD-53444 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email stephan.gruber@unil.ch _pdbx_contact_author.name_first Stephan _pdbx_contact_author.name_last Gruber _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-0150-0395 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Roisne-Hamelin, F.' 1 0000-0002-8390-2485 'Gruber, S.' 2 0000-0002-0150-0395 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 85 _citation.language ? _citation.page_first 3898 _citation.page_last ? _citation.title 'Mechanism of DNA entrapment by a loop-extruding Wadjet SMC motor.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2025.09.015 _citation.pdbx_database_id_PubMed 41072419 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Roisne-Hamelin, F.' 1 ? primary 'Liu, H.W.' 2 ? primary 'Marechal, N.' 3 ? primary 'Uchikawa, E.' 4 ? primary 'Durand, A.' 5 ? primary 'Gruber, S.' 6 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man JetB 28004.350 4 ? C19S ? ;The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. ; 2 polymer man JetA 57786.848 2 ? C36A ? ;The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. "GPAA" at the begining of the theorical sequence is the remaining of the purification tag after tag cleavage. The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. ; 3 polymer man JetC 124570.797 4 ? C61L,C336H,C401R,C568A,N721C,C753S,C942S,C1006S ? ;The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. ; 4 polymer man 'Circular plasmid DNA (1843-MER)' 18477.025 2 ? 'The DNA was modelled as polyAT track.' ? ;Only a portion of the plasmid (pSG6085, 1843 bp) has been modelled as polyAT track, because the complex is expected to load at random positions and the local resolution of the DNA does not allow any sequence assignment. ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MAGFFDKLINRSVTANAGSEPEPSDEEVTDESVEDSLASSETRTLQKIREATQELLKYGLLEEASKPNLYRIVLSHPEEV TRILEPLDLDIGIDEIRGLLYVKVRLDETPAQDEWAHPLVRRQRLNLEQSLLVAILRQHFVAWEQESGTGASQAQIAIDD LLPQLQIYLGDPGSESKERTRLLTLLDQLKGHGLVTSPDAHERIVIRPIIAHLADPINLQALLAWLREQIAQQTSPNDAP EKDSSEEDVG ; ;MAGFFDKLINRSVTANAGSEPEPSDEEVTDESVEDSLASSETRTLQKIREATQELLKYGLLEEASKPNLYRIVLSHPEEV TRILEPLDLDIGIDEIRGLLYVKVRLDETPAQDEWAHPLVRRQRLNLEQSLLVAILRQHFVAWEQESGTGASQAQIAIDD LLPQLQIYLGDPGSESKERTRLLTLLDQLKGHGLVTSPDAHERIVIRPIIAHLADPINLQALLAWLREQIAQQTSPNDAP EKDSSEEDVG ; C,D,H,I ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GPAAMEENTRQRTENYISAKNQHPAWILLATRRAPLVLSALKTLFEKSHDGIPLEEAIQSLSSILIEHVSQEQYDINQDN PFLQASRELREWIKRRLIVERDGRIFATDALEVAITFVESLDNRFMTSTASRLSTVQREIENLETRLNPNPANRVATLRR RISELERELQEAEAGHIEVLETHQAVEHIRDVYNLASSLRADFRRVEDSWREADRALRQSIIGEQYHRGDIVERLLNDQD ALLNTPEGRVFDSFQQQLRQSSELKAMSERLRVILSHPSASDALNRLQRHDLRWLVKRLVDESQTVLQARARSERDVRGF MKTGLAAEHHRVGHLLNEFLNLALKLDWQRQMIRKQEVPLPAVGVAVTGIPAIERLRFKEVDDEAEQTLDLSNHAADLTQ IGDDFWDAFNGLDREVLIQQTLQLLAKENRPVGLAELAELLPPAHDLETFAVWIGMAREAGIEVIDSQREFAELSDGEGR RWRFNLPTTGLESQALMDIDWEG ; ;GPAAMEENTRQRTENYISAKNQHPAWILLATRRAPLVLSALKTLFEKSHDGIPLEEAIQSLSSILIEHVSQEQYDINQDN PFLQASRELREWIKRRLIVERDGRIFATDALEVAITFVESLDNRFMTSTASRLSTVQREIENLETRLNPNPANRVATLRR RISELERELQEAEAGHIEVLETHQAVEHIRDVYNLASSLRADFRRVEDSWREADRALRQSIIGEQYHRGDIVERLLNDQD ALLNTPEGRVFDSFQQQLRQSSELKAMSERLRVILSHPSASDALNRLQRHDLRWLVKRLVDESQTVLQARARSERDVRGF MKTGLAAEHHRVGHLLNEFLNLALKLDWQRQMIRKQEVPLPAVGVAVTGIPAIERLRFKEVDDEAEQTLDLSNHAADLTQ IGDDFWDAFNGLDREVLIQQTLQLLAKENRPVGLAELAELLPPAHDLETFAVWIGMAREAGIEVIDSQREFAELSDGEGR RWRFNLPTTGLESQALMDIDWEG ; E,J ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MNQVSGLAGKESFILTRIELFNWGGFHGLHQAAIHQDGTAVIGPTGSGKTTLVDALMTLLLANPRYNLASTGGHESDRDL ISYVRGVSGPGDGGEGQSHIARPGKTVTGIAATLEREGKQVRLGALLWFDSTSSSVTDMKRLWLFSDNPGQTLEHWLNVY HEGGTRLLRQMEKEAIGLWTYPNKKQYLARLRDFFEVGENAFTLLNRAAGLKQLNSIDEIFRELVLDDHSAFDRAAEVAN SFDGLTEIHQELETARKQQQSLQPVALSWEKYQKQERQLADWLTLESLLPLWFAQQASHLWREKINLLNARLAEAQTSEE QLQSQLDLQKKVVSDHMQRYLQVGGANIDELNERIKDWQKTLGSREALARQYQQLTRNLGLPSDLSQPQLEANQHEAEAR REQIAVDIKLKQEEAYQKGALSHHITEELRERENERAEIARRPDSNLPAHYQAFRSELAKALNVDESELPFVAELIQVKP EEAQWRGAIERAVGSNRLRILVAPESAQEALRWVNQRNNRLHVRLLEVKLPHSPARFFDDGFTRKLLWKDHPWREAVKAL LAESDRHAVDSPEQLHDTPHAMTVQGLMSGKQRFYDKHDQKRLDEDWLTGFDNRDRLNFLAKEIATLQEQVKTANAAFEF AKGEVGLLQNQAASFQKIEQIDFDSIDVPGAKSQLDALRERLENLTRPDSDASVAKAKLDEAQTIESELDKQLRAANKVT 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LAESDRHAVDSPEQLHDTPHAMTVQGLMSGKQRFYDKHDQKRLDEDWLTGFDNRDRLNFLAKEIATLQEQVKTANAAFEF AKGEVGLLQNQAASFQKIEQIDFDSIDVPGAKSQLDALRERLENLTRPDSDASVAKAKLDEAQTIESELDKQLRAANKVT CVLDTELTLARAAERKAQQTAQQGMKEEERELSASHFPVVTLEQLPDIRDLERQHERGIQHEIERVKAELHRLNIELTKR MSEAKRVDTGALVEAGADLDDIPVYLQRLQELTEEALPEKLNRFLDYLNRSSDDGVTQLLSHIEHEVLVIEERLNELNET MFRVDFQPDRYLRLDTKKVVHESLRTLEKAQRQLNAARFVDDNGESHYKALQVLVAQLRDASERNRTLGAKALLDPRFRL EFAVSVMDRQSGNVIESRTGSQGGSGGEKEIIASYVLTASLSYALSPAGSRYPLFGTIILDEAFSRSSHAVAGRIIAALR EFGLHAVFITPNKEMRLLRDHTRSAIVVHRRGQNSNMASLSWEELERHYQRRGNAG ; A,B,F,G ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ; ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT P,Q ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 GLY n 1 4 PHE n 1 5 PHE n 1 6 ASP n 1 7 LYS n 1 8 LEU n 1 9 ILE n 1 10 ASN n 1 11 ARG n 1 12 SER n 1 13 VAL n 1 14 THR n 1 15 ALA n 1 16 ASN n 1 17 ALA n 1 18 GLY n 1 19 SER n 1 20 GLU n 1 21 PRO n 1 22 GLU n 1 23 PRO n 1 24 SER n 1 25 ASP n 1 26 GLU n 1 27 GLU n 1 28 VAL n 1 29 THR n 1 30 ASP n 1 31 GLU n 1 32 SER n 1 33 VAL n 1 34 GLU n 1 35 ASP n 1 36 SER n 1 37 LEU n 1 38 ALA n 1 39 SER n 1 40 SER n 1 41 GLU n 1 42 THR n 1 43 ARG n 1 44 THR n 1 45 LEU n 1 46 GLN n 1 47 LYS n 1 48 ILE n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ALA n 1 52 THR n 1 53 GLN n 1 54 GLU n 1 55 LEU n 1 56 LEU n 1 57 LYS n 1 58 TYR n 1 59 GLY n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 GLU n 1 63 GLU n 1 64 ALA n 1 65 SER n 1 66 LYS n 1 67 PRO n 1 68 ASN n 1 69 LEU n 1 70 TYR n 1 71 ARG n 1 72 ILE n 1 73 VAL n 1 74 LEU n 1 75 SER n 1 76 HIS n 1 77 PRO n 1 78 GLU n 1 79 GLU n 1 80 VAL n 1 81 THR n 1 82 ARG n 1 83 ILE n 1 84 LEU n 1 85 GLU n 1 86 PRO n 1 87 LEU n 1 88 ASP n 1 89 LEU n 1 90 ASP n 1 91 ILE n 1 92 GLY n 1 93 ILE n 1 94 ASP n 1 95 GLU n 1 96 ILE n 1 97 ARG n 1 98 GLY n 1 99 LEU n 1 100 LEU n 1 101 TYR n 1 102 VAL n 1 103 LYS n 1 104 VAL n 1 105 ARG n 1 106 LEU n 1 107 ASP n 1 108 GLU n 1 109 THR n 1 110 PRO n 1 111 ALA n 1 112 GLN n 1 113 ASP n 1 114 GLU n 1 115 TRP n 1 116 ALA n 1 117 HIS n 1 118 PRO n 1 119 LEU n 1 120 VAL n 1 121 ARG n 1 122 ARG n 1 123 GLN n 1 124 ARG n 1 125 LEU n 1 126 ASN n 1 127 LEU n 1 128 GLU n 1 129 GLN n 1 130 SER n 1 131 LEU n 1 132 LEU n 1 133 VAL n 1 134 ALA n 1 135 ILE n 1 136 LEU n 1 137 ARG n 1 138 GLN n 1 139 HIS n 1 140 PHE n 1 141 VAL n 1 142 ALA n 1 143 TRP n 1 144 GLU n 1 145 GLN n 1 146 GLU n 1 147 SER n 1 148 GLY n 1 149 THR n 1 150 GLY n 1 151 ALA n 1 152 SER n 1 153 GLN n 1 154 ALA n 1 155 GLN n 1 156 ILE n 1 157 ALA n 1 158 ILE n 1 159 ASP n 1 160 ASP n 1 161 LEU n 1 162 LEU n 1 163 PRO n 1 164 GLN n 1 165 LEU n 1 166 GLN n 1 167 ILE n 1 168 TYR n 1 169 LEU n 1 170 GLY n 1 171 ASP n 1 172 PRO n 1 173 GLY n 1 174 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PHENIX 1.21.2_5419: ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9QXT 'double helix' 9QXT 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 60 1_555 0.448 -0.574 1.772 14.625 -3.645 -8.097 1 P_DA1:DT60_Q P 1 ? 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