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'Single particle reconstruction of Rhodospirillum rubrum encapsulin:encapsulated ferritin complex' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? DK ? ? 1 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5341 ? 14045 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0403 ? 1625 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0035 ? 1835 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.3098 ? 1465 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9S05 _struct.title ;Focused refinement of open encapsulin pentamer from symmetry expansion of icosahedral single particle reconstruction of the Rhodospirillum rubrum encapsulin:encapsulated ferritin complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9S05 _struct_keywords.text 'Encapsulin, nanocompartment, encapsulated ferritin, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP FER_RHORT Q2RVS1 ? 1 ;MAQSSNSTHEPLEVLKEETVNRHRAIVSVMEELEAVDWYDQRVDASTDPELTAILAHNRDEEKEHAAMTLEWLRRNDAKW AEHLRTYLFTEGPITAIEAADTAGEGSGGDAAKGATAQGDGSLGIGSLKGEAALARPPRL ; 1 2 UNP ENCAP_RHORT Q2RVS0 ? 2 ;MNDLMRDLAPISAKAWAEIETEARGTLTVTLAARKVVDFKGPLGWDASSVSLGRTEALAEEPKAAGSAAVVTVRKRAVQP LIELCVPFTLKRAELEAIARGASDADLDPVIEAARAIAIAEDRAVFHGFAAGGITGIGEASAEHALDLPADLADFPGVLV RALAVLRDRGVDGPYALVLGRTVYQQLMETTTPGGYPVLQHVRRLFEGPLIWAPGVDGAMLISQRGGDFELTVGRDFSIG YHDHDAQSVHLYLQESMTFRCLGPEAAVPLRGLSQAATKA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9S05 1 1 ? 140 ? Q2RVS1 1 ? 140 ? 801 940 2 1 9S05 2 1 ? 140 ? Q2RVS1 1 ? 140 ? 801 940 3 1 9S05 3 1 ? 140 ? Q2RVS1 1 ? 140 ? 801 940 4 1 9S05 4 1 ? 140 ? Q2RVS1 1 ? 140 ? 801 940 5 1 9S05 5 1 ? 140 ? Q2RVS1 1 ? 140 ? 801 940 6 2 9S05 A 1 ? 280 ? Q2RVS0 1 ? 280 ? 1 280 7 2 9S05 B 1 ? 280 ? Q2RVS0 1 ? 280 ? 1 280 8 2 9S05 C 1 ? 280 ? Q2RVS0 1 ? 280 ? 1 280 9 2 9S05 D 1 ? 280 ? Q2RVS0 1 ? 280 ? 1 280 10 2 9S05 E 1 ? 280 ? Q2RVS0 1 ? 280 ? 1 280 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 MET F 5 ? ALA F 9 ? MET A 5 ALA A 9 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 SER F 12 ? LEU F 31 ? SER A 12 LEU A 31 1 ? 20 HELX_P HELX_P3 AA3 ALA F 32 ? VAL F 36 ? ALA A 32 VAL A 36 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG F 92 ? GLY F 101 ? ARG A 92 GLY A 101 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU F 107 ? GLY F 128 ? LEU A 107 GLY A 128 1 ? 22 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY F 136 ? SER F 141 ? GLY A 136 SER A 141 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 ALA F 142 ? ALA F 145 ? ALA A 142 ALA A 145 5 ? 4 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP F 151 ? ALA F 153 ? ASP A 151 ALA A 153 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP F 154 ? ARG F 169 ? ASP A 154 ARG A 169 1 ? 16 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY F 180 ? GLU F 189 ? GLY A 180 GLU A 189 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 AB2 VAL F 198 ? ARG F 204 ? VAL A 198 ARG A 204 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 AB3 MET G 5 ? ALA G 9 ? MET B 5 ALA B 9 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 SER G 12 ? LEU G 31 ? SER B 12 LEU B 31 1 ? 20 HELX_P HELX_P14 AB5 ALA G 32 ? VAL G 36 ? ALA B 32 VAL B 36 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 ARG G 92 ? GLY G 101 ? ARG B 92 GLY B 101 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU G 107 ? GLY G 128 ? LEU B 107 GLY B 128 1 ? 22 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY G 136 ? SER G 141 ? GLY B 136 SER B 141 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 ALA G 142 ? ALA G 145 ? ALA B 142 ALA B 145 5 ? 4 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP G 151 ? ALA G 153 ? ASP B 151 ALA B 153 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP G 154 ? ARG G 169 ? ASP B 154 ARG B 169 1 ? 16 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY G 180 ? THR G 190 ? GLY B 180 THR B 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 VAL G 198 ? ARG G 204 ? VAL B 198 ARG B 204 1 ? 7 HELX_P HELX_P23 AC5 MET H 5 ? ALA H 9 ? MET C 5 ALA C 9 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 SER H 12 ? LEU H 31 ? SER C 12 LEU C 31 1 ? 20 HELX_P HELX_P25 AC7 ARG H 92 ? GLY H 101 ? ARG C 92 GLY C 101 1 ? 10 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU H 107 ? GLY H 128 ? LEU C 107 GLY C 128 1 ? 22 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY H 136 ? SER H 141 ? GLY C 136 SER C 141 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA H 142 ? ALA H 145 ? ALA C 142 ALA C 145 5 ? 4 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP H 151 ? ALA H 153 ? ASP C 151 ALA C 153 5 ? 3 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP H 154 ? ARG H 169 ? ASP C 154 ARG C 169 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY H 180 ? THR H 190 ? GLY C 180 THR C 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 AD5 VAL H 198 ? ARG H 204 ? VAL C 198 ARG C 204 1 ? 7 HELX_P HELX_P33 AD6 MET I 5 ? ALA I 9 ? MET D 5 ALA D 9 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 SER I 12 ? LEU I 31 ? SER D 12 LEU D 31 1 ? 20 HELX_P HELX_P35 AD8 ALA I 32 ? VAL I 36 ? ALA D 32 VAL D 36 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ARG I 92 ? GLY I 101 ? ARG D 92 GLY D 101 1 ? 10 HELX_P HELX_P37 AE1 LEU I 107 ? GLY I 128 ? LEU D 107 GLY D 128 1 ? 22 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY I 136 ? SER I 141 ? GLY D 136 SER D 141 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 ALA I 142 ? ALA I 145 ? ALA D 142 ALA D 145 5 ? 4 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP I 151 ? ALA I 153 ? ASP D 151 ALA D 153 5 ? 3 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP I 154 ? ARG I 169 ? ASP D 154 ARG D 169 1 ? 16 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY I 180 ? GLU I 189 ? GLY D 180 GLU D 189 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 VAL I 198 ? ARG I 204 ? VAL D 198 ARG D 204 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 AE8 MET J 5 ? ALA J 9 ? MET E 5 ALA E 9 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 AE9 SER J 12 ? LEU J 31 ? SER E 12 LEU E 31 1 ? 20 HELX_P HELX_P46 AF1 ALA J 32 ? VAL J 36 ? ALA E 32 VAL E 36 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 ARG J 92 ? GLY J 101 ? ARG E 92 GLY E 101 1 ? 10 HELX_P HELX_P48 AF3 LEU J 107 ? GLY J 128 ? LEU E 107 GLY E 128 1 ? 22 HELX_P HELX_P49 AF4 GLY J 136 ? SER J 141 ? GLY E 136 SER E 141 1 ? 6 HELX_P HELX_P50 AF5 ALA J 142 ? ALA J 145 ? ALA E 142 ALA E 145 5 ? 4 HELX_P HELX_P51 AF6 ASP J 151 ? ALA J 153 ? ASP E 151 ALA E 153 5 ? 3 HELX_P HELX_P52 AF7 ASP J 154 ? ARG J 169 ? ASP E 154 ARG E 169 1 ? 16 HELX_P HELX_P53 AF8 GLY J 180 ? THR J 190 ? GLY E 180 THR E 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P54 AF9 VAL J 198 ? ARG J 204 ? VAL E 198 ARG E 204 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASP F 38 ? 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ILE B 82 LYS B 91 AA8 1 ASP G 38 ? LYS G 40 ? ASP B 38 LYS B 40 AA8 2 PHE G 229 ? VAL G 233 ? PHE B 229 VAL B 233 AA8 3 SER G 248 ? CYS G 261 ? SER B 248 CYS B 261 AA8 4 SER G 238 ? HIS G 244 ? SER B 238 HIS B 244 AA9 1 SER G 49 ? ALA G 57 ? SER B 49 ALA B 57 AA9 2 ARG G 74 ? PRO G 80 ? ARG B 74 PRO B 80 AB1 1 LEU G 146 ? ASP G 147 ? LEU B 146 ASP B 147 AB1 2 ALA G 267 ? ARG G 271 ? ALA B 267 ARG B 271 AB1 3 ALA G 219 ? SER G 223 ? ALA B 219 SER B 223 AB1 4 TYR G 175 ? LEU G 179 ? TYR B 175 LEU B 179 AB1 5 LEU G 210 ? TRP G 212 ? LEU B 210 TRP B 212 AB2 1 THR G 191 ? THR G 192 ? THR B 191 THR B 192 AB2 2 TYR G 196 ? PRO G 197 ? TYR B 196 PRO B 197 AB3 1 ASP H 38 ? LYS H 40 ? ASP C 38 LYS C 40 AB3 2 PHE H 229 ? VAL H 233 ? PHE C 229 VAL C 233 AB3 3 SER H 248 ? CYS H 261 ? SER C 248 CYS C 261 AB3 4 ILE H 82 ? LYS H 91 ? ILE C 82 LYS C 91 AB4 1 ASP H 38 ? LYS H 40 ? ASP C 38 LYS C 40 AB4 2 PHE H 229 ? VAL H 233 ? PHE C 229 VAL C 233 AB4 3 SER H 248 ? CYS H 261 ? SER C 248 CYS C 261 AB4 4 SER H 238 ? HIS H 244 ? SER C 238 HIS C 244 AB5 1 SER H 49 ? ALA H 57 ? SER C 49 ALA C 57 AB5 2 ARG H 74 ? PRO H 80 ? ARG C 74 PRO C 80 AB6 1 LEU H 146 ? ASP H 147 ? LEU C 146 ASP C 147 AB6 2 ALA H 267 ? ARG H 271 ? ALA C 267 ARG C 271 AB6 3 ALA H 219 ? SER H 223 ? ALA C 219 SER C 223 AB6 4 TYR H 175 ? LEU H 179 ? TYR C 175 LEU C 179 AB6 5 LEU H 210 ? TRP H 212 ? LEU C 210 TRP C 212 AB7 1 THR H 191 ? THR H 192 ? THR C 191 THR C 192 AB7 2 TYR H 196 ? PRO H 197 ? TYR C 196 PRO C 197 AB8 1 ASP I 38 ? LYS I 40 ? ASP D 38 LYS D 40 AB8 2 PHE I 229 ? VAL I 233 ? PHE D 229 VAL D 233 AB8 3 SER I 248 ? CYS I 261 ? SER D 248 CYS D 261 AB8 4 ILE I 82 ? LYS I 91 ? ILE D 82 LYS D 91 AB9 1 ASP I 38 ? LYS I 40 ? ASP D 38 LYS D 40 AB9 2 PHE I 229 ? VAL I 233 ? PHE D 229 VAL D 233 AB9 3 SER I 248 ? CYS I 261 ? SER D 248 CYS D 261 AB9 4 SER I 238 ? HIS I 244 ? SER D 238 HIS D 244 AC1 1 SER I 49 ? ALA I 57 ? SER D 49 ALA D 57 AC1 2 ARG I 74 ? PRO I 80 ? ARG D 74 PRO D 80 AC2 1 LEU I 146 ? ASP I 147 ? LEU D 146 ASP D 147 AC2 2 LEU I 270 ? ARG I 271 ? LEU D 270 ARG D 271 AC3 1 LEU I 210 ? TRP I 212 ? LEU D 210 TRP D 212 AC3 2 TYR I 175 ? LEU I 179 ? TYR D 175 LEU D 179 AC3 3 ALA I 219 ? SER I 223 ? ALA D 219 SER D 223 AC4 1 THR I 191 ? THR I 192 ? THR D 191 THR D 192 AC4 2 TYR I 196 ? PRO I 197 ? TYR D 196 PRO D 197 AC5 1 ASP J 38 ? LYS J 40 ? ASP E 38 LYS E 40 AC5 2 PHE J 229 ? VAL J 233 ? PHE E 229 VAL E 233 AC5 3 SER J 248 ? CYS J 261 ? SER E 248 CYS E 261 AC5 4 ILE J 82 ? LYS J 91 ? ILE E 82 LYS E 91 AC6 1 ASP J 38 ? LYS J 40 ? ASP E 38 LYS E 40 AC6 2 PHE J 229 ? VAL J 233 ? PHE E 229 VAL E 233 AC6 3 SER J 248 ? CYS J 261 ? SER E 248 CYS E 261 AC6 4 SER J 238 ? HIS J 244 ? SER E 238 HIS E 244 AC7 1 SER J 49 ? ALA J 57 ? SER E 49 ALA E 57 AC7 2 ARG J 74 ? PRO J 80 ? ARG E 74 PRO E 80 AC8 1 LEU J 146 ? ASP J 147 ? LEU E 146 ASP E 147 AC8 2 ALA J 267 ? ARG J 271 ? ALA E 267 ARG E 271 AC8 3 ALA J 219 ? SER J 223 ? 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N ASP B 243 AA9 1 2 N GLU G 56 ? N GLU B 56 O LYS G 75 ? O LYS B 75 AB1 1 2 N LEU G 146 ? N LEU B 146 O PRO G 269 ? O PRO B 269 AB1 2 3 O LEU G 270 ? O LEU B 270 N ALA G 219 ? N ALA B 219 AB1 3 4 O ILE G 222 ? O ILE B 222 N ALA G 176 ? N ALA B 176 AB1 4 5 N LEU G 177 ? N LEU B 177 O ILE G 211 ? O ILE B 211 AB2 1 2 N THR G 192 ? N THR B 192 O TYR G 196 ? O TYR B 196 AB3 1 2 N ASP H 38 ? N ASP C 38 O LEU H 231 ? O LEU C 231 AB3 2 3 N THR H 232 ? N THR C 232 O THR H 258 ? O THR C 258 AB3 3 4 O LEU H 251 ? O LEU C 251 N PHE H 88 ? N PHE C 88 AB4 1 2 N ASP H 38 ? N ASP C 38 O LEU H 231 ? O LEU C 231 AB4 2 3 N THR H 232 ? N THR C 232 O THR H 258 ? O THR C 258 AB4 3 4 O HIS H 250 ? O HIS C 250 N ASP H 243 ? N ASP C 243 AB5 1 2 N GLU H 56 ? N GLU C 56 O LYS H 75 ? O LYS C 75 AB6 1 2 N LEU H 146 ? N LEU C 146 O PRO H 269 ? O PRO C 269 AB6 2 3 O LEU H 270 ? O LEU C 270 N ALA H 219 ? N ALA C 219 AB6 3 4 O ILE H 222 ? O ILE C 222 N ALA H 176 ? N ALA C 176 AB6 4 5 N LEU H 177 ? N LEU C 177 O ILE H 211 ? O ILE C 211 AB7 1 2 N THR H 192 ? N THR C 192 O TYR H 196 ? O TYR C 196 AB8 1 2 N ASP I 38 ? N ASP D 38 O PHE I 229 ? O PHE D 229 AB8 2 3 N THR I 232 ? N THR D 232 O THR I 258 ? O THR D 258 AB8 3 4 O LEU I 251 ? O LEU D 251 N PHE I 88 ? N PHE D 88 AB9 1 2 N ASP I 38 ? N ASP D 38 O PHE I 229 ? O PHE D 229 AB9 2 3 N THR I 232 ? N THR D 232 O THR I 258 ? O THR D 258 AB9 3 4 O HIS I 250 ? O HIS D 250 N ASP I 243 ? N ASP D 243 AC1 1 2 N GLU I 56 ? N GLU D 56 O LYS I 75 ? O LYS D 75 AC2 1 2 N LEU I 146 ? N LEU D 146 O ARG I 271 ? O ARG D 271 AC3 1 2 O ILE I 211 ? O ILE D 211 N LEU I 177 ? N LEU D 177 AC3 2 3 N ALA I 176 ? N ALA D 176 O ILE I 222 ? O ILE D 222 AC4 1 2 N THR I 192 ? N THR D 192 O TYR I 196 ? O TYR D 196 AC5 1 2 N LYS J 40 ? N LYS E 40 O LEU J 231 ? O LEU E 231 AC5 2 3 N THR J 232 ? N THR E 232 O THR J 258 ? O THR E 258 AC5 3 4 O LEU J 251 ? O LEU E 251 N PHE J 88 ? N PHE E 88 AC6 1 2 N LYS J 40 ? N LYS E 40 O LEU J 231 ? 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O TYR E 196 # _pdbx_entry_details.entry_id 9S05 _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 PRO A 264 ? ? -87.66 49.21 2 1 ARG B 34 ? ? -69.05 0.41 3 1 PRO B 264 ? ? -87.43 49.61 4 1 ARG C 34 ? ? -142.22 49.39 5 1 LYS C 35 ? ? -133.48 -39.65 6 1 PRO C 264 ? ? -86.23 47.85 7 1 PRO D 264 ? ? -87.26 49.38 8 1 PRO E 264 ? ? -87.05 49.14 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9S05 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value 99.4 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'model produced in ModelAngelo' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name Other _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9S05 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.68 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 1445125 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0' _em_buffer.pH 8 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 RECOMBINANT COMPLEX 'Complex of Rhodospirillum rubrum encapsulin and encapsulated ferritin' ? ? ? '1, 2' 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Rhodospirillum rubrum encapsulin' ? ? ? ? 3 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Rhodospirillum rubrum encapsulated ferritin' ? ? ? ? # _em_imaging.entry_id 9S05 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS GLACIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_defocus_max 1600 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum 80 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type Quantifoil _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9S05 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 281 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;4 uL of sample was applied to the grids, which were then blotted 100% humidity blot force 5 wait time 10 s blot time 3 seconds ; # _em_experiment.entry_id 9S05 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9S05 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 1 MET 801 ? 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A GLU 34 35 1 Y 1 1 ALA 835 ? A ALA 35 36 1 Y 1 1 VAL 836 ? A VAL 36 37 1 Y 1 1 ASP 837 ? A ASP 37 38 1 Y 1 1 TRP 838 ? A TRP 38 39 1 Y 1 1 TYR 839 ? A TYR 39 40 1 Y 1 1 ASP 840 ? A ASP 40 41 1 Y 1 1 GLN 841 ? A GLN 41 42 1 Y 1 1 ARG 842 ? A ARG 42 43 1 Y 1 1 VAL 843 ? A VAL 43 44 1 Y 1 1 ASP 844 ? A ASP 44 45 1 Y 1 1 ALA 845 ? A ALA 45 46 1 Y 1 1 SER 846 ? A SER 46 47 1 Y 1 1 THR 847 ? A THR 47 48 1 Y 1 1 ASP 848 ? A ASP 48 49 1 Y 1 1 PRO 849 ? A PRO 49 50 1 Y 1 1 GLU 850 ? A GLU 50 51 1 Y 1 1 LEU 851 ? A LEU 51 52 1 Y 1 1 THR 852 ? A THR 52 53 1 Y 1 1 ALA 853 ? A ALA 53 54 1 Y 1 1 ILE 854 ? A ILE 54 55 1 Y 1 1 LEU 855 ? A LEU 55 56 1 Y 1 1 ALA 856 ? A ALA 56 57 1 Y 1 1 HIS 857 ? A HIS 57 58 1 Y 1 1 ASN 858 ? A ASN 58 59 1 Y 1 1 ARG 859 ? A ARG 59 60 1 Y 1 1 ASP 860 ? A ASP 60 61 1 Y 1 1 GLU 861 ? A GLU 61 62 1 Y 1 1 GLU 862 ? A GLU 62 63 1 Y 1 1 LYS 863 ? A LYS 63 64 1 Y 1 1 GLU 864 ? A GLU 64 65 1 Y 1 1 HIS 865 ? A HIS 65 66 1 Y 1 1 ALA 866 ? A ALA 66 67 1 Y 1 1 ALA 867 ? A ALA 67 68 1 Y 1 1 MET 868 ? A MET 68 69 1 Y 1 1 THR 869 ? A THR 69 70 1 Y 1 1 LEU 870 ? A LEU 70 71 1 Y 1 1 GLU 871 ? A GLU 71 72 1 Y 1 1 TRP 872 ? A TRP 72 73 1 Y 1 1 LEU 873 ? A LEU 73 74 1 Y 1 1 ARG 874 ? A ARG 74 75 1 Y 1 1 ARG 875 ? A ARG 75 76 1 Y 1 1 ASN 876 ? A ASN 76 77 1 Y 1 1 ASP 877 ? A ASP 77 78 1 Y 1 1 ALA 878 ? A ALA 78 79 1 Y 1 1 LYS 879 ? A LYS 79 80 1 Y 1 1 TRP 880 ? A TRP 80 81 1 Y 1 1 ALA 881 ? A ALA 81 82 1 Y 1 1 GLU 882 ? A GLU 82 83 1 Y 1 1 HIS 883 ? A HIS 83 84 1 Y 1 1 LEU 884 ? A LEU 84 85 1 Y 1 1 ARG 885 ? A ARG 85 86 1 Y 1 1 THR 886 ? A THR 86 87 1 Y 1 1 TYR 887 ? A TYR 87 88 1 Y 1 1 LEU 888 ? A LEU 88 89 1 Y 1 1 PHE 889 ? A PHE 89 90 1 Y 1 1 THR 890 ? A THR 90 91 1 Y 1 1 GLU 891 ? A GLU 91 92 1 Y 1 1 GLY 892 ? A GLY 92 93 1 Y 1 1 PRO 893 ? A PRO 93 94 1 Y 1 1 ILE 894 ? A ILE 94 95 1 Y 1 1 THR 895 ? A THR 95 96 1 Y 1 1 ALA 896 ? A ALA 96 97 1 Y 1 1 ILE 897 ? A ILE 97 98 1 Y 1 1 GLU 898 ? A GLU 98 99 1 Y 1 1 ALA 899 ? A ALA 99 100 1 Y 1 1 ALA 900 ? A ALA 100 101 1 Y 1 1 ASP 901 ? A ASP 101 102 1 Y 1 1 THR 902 ? A THR 102 103 1 Y 1 1 ALA 903 ? A ALA 103 104 1 Y 1 1 GLY 904 ? A GLY 104 105 1 Y 1 1 GLU 905 ? A GLU 105 106 1 Y 1 1 GLY 906 ? A GLY 106 107 1 Y 1 1 SER 907 ? A SER 107 108 1 Y 1 1 GLY 908 ? A GLY 108 109 1 Y 1 1 GLY 909 ? A GLY 109 110 1 Y 1 1 ASP 910 ? A ASP 110 111 1 Y 1 1 ALA 911 ? A ALA 111 112 1 Y 1 1 ALA 912 ? A ALA 112 113 1 Y 1 1 LYS 913 ? A LYS 113 114 1 Y 1 1 GLY 914 ? A GLY 114 115 1 Y 1 1 ALA 915 ? A ALA 115 116 1 Y 1 1 THR 916 ? A THR 116 117 1 Y 1 1 ALA 917 ? A ALA 117 118 1 Y 1 1 GLN 918 ? A GLN 118 119 1 Y 1 1 GLY 919 ? A GLY 119 120 1 Y 1 1 ASP 920 ? A ASP 120 121 1 Y 1 1 GLY 930 ? A GLY 130 122 1 Y 1 1 GLU 931 ? A GLU 131 123 1 Y 1 1 ALA 932 ? A ALA 132 124 1 Y 1 1 ALA 933 ? A ALA 133 125 1 Y 1 1 LEU 934 ? A LEU 134 126 1 Y 1 1 ALA 935 ? A ALA 135 127 1 Y 1 1 ARG 936 ? A ARG 136 128 1 Y 1 1 PRO 937 ? A PRO 137 129 1 Y 1 1 PRO 938 ? A PRO 138 130 1 Y 1 1 ARG 939 ? A ARG 139 131 1 Y 1 1 LEU 940 ? A LEU 140 132 1 Y 1 2 MET 801 ? B MET 1 133 1 Y 1 2 ALA 802 ? B ALA 2 134 1 Y 1 2 GLN 803 ? B GLN 3 135 1 Y 1 2 SER 804 ? B SER 4 136 1 Y 1 2 SER 805 ? B SER 5 137 1 Y 1 2 ASN 806 ? B ASN 6 138 1 Y 1 2 SER 807 ? B SER 7 139 1 Y 1 2 THR 808 ? B THR 8 140 1 Y 1 2 HIS 809 ? B HIS 9 141 1 Y 1 2 GLU 810 ? B GLU 10 142 1 Y 1 2 PRO 811 ? B PRO 11 143 1 Y 1 2 LEU 812 ? B LEU 12 144 1 Y 1 2 GLU 813 ? B GLU 13 145 1 Y 1 2 VAL 814 ? B VAL 14 146 1 Y 1 2 LEU 815 ? B LEU 15 147 1 Y 1 2 LYS 816 ? B LYS 16 148 1 Y 1 2 GLU 817 ? B GLU 17 149 1 Y 1 2 GLU 818 ? B GLU 18 150 1 Y 1 2 THR 819 ? B THR 19 151 1 Y 1 2 VAL 820 ? B VAL 20 152 1 Y 1 2 ASN 821 ? B ASN 21 153 1 Y 1 2 ARG 822 ? B ARG 22 154 1 Y 1 2 HIS 823 ? B HIS 23 155 1 Y 1 2 ARG 824 ? B ARG 24 156 1 Y 1 2 ALA 825 ? B ALA 25 157 1 Y 1 2 ILE 826 ? B ILE 26 158 1 Y 1 2 VAL 827 ? B VAL 27 159 1 Y 1 2 SER 828 ? B SER 28 160 1 Y 1 2 VAL 829 ? B VAL 29 161 1 Y 1 2 MET 830 ? B MET 30 162 1 Y 1 2 GLU 831 ? B GLU 31 163 1 Y 1 2 GLU 832 ? B GLU 32 164 1 Y 1 2 LEU 833 ? B LEU 33 165 1 Y 1 2 GLU 834 ? B GLU 34 166 1 Y 1 2 ALA 835 ? B ALA 35 167 1 Y 1 2 VAL 836 ? B VAL 36 168 1 Y 1 2 ASP 837 ? B ASP 37 169 1 Y 1 2 TRP 838 ? B TRP 38 170 1 Y 1 2 TYR 839 ? B TYR 39 171 1 Y 1 2 ASP 840 ? B ASP 40 172 1 Y 1 2 GLN 841 ? B GLN 41 173 1 Y 1 2 ARG 842 ? B ARG 42 174 1 Y 1 2 VAL 843 ? B VAL 43 175 1 Y 1 2 ASP 844 ? B ASP 44 176 1 Y 1 2 ALA 845 ? B ALA 45 177 1 Y 1 2 SER 846 ? B SER 46 178 1 Y 1 2 THR 847 ? B THR 47 179 1 Y 1 2 ASP 848 ? B ASP 48 180 1 Y 1 2 PRO 849 ? B PRO 49 181 1 Y 1 2 GLU 850 ? B GLU 50 182 1 Y 1 2 LEU 851 ? B LEU 51 183 1 Y 1 2 THR 852 ? B THR 52 184 1 Y 1 2 ALA 853 ? B ALA 53 185 1 Y 1 2 ILE 854 ? B ILE 54 186 1 Y 1 2 LEU 855 ? B LEU 55 187 1 Y 1 2 ALA 856 ? B ALA 56 188 1 Y 1 2 HIS 857 ? B HIS 57 189 1 Y 1 2 ASN 858 ? B ASN 58 190 1 Y 1 2 ARG 859 ? B ARG 59 191 1 Y 1 2 ASP 860 ? B ASP 60 192 1 Y 1 2 GLU 861 ? B GLU 61 193 1 Y 1 2 GLU 862 ? B GLU 62 194 1 Y 1 2 LYS 863 ? B LYS 63 195 1 Y 1 2 GLU 864 ? B GLU 64 196 1 Y 1 2 HIS 865 ? B HIS 65 197 1 Y 1 2 ALA 866 ? B ALA 66 198 1 Y 1 2 ALA 867 ? B ALA 67 199 1 Y 1 2 MET 868 ? B MET 68 200 1 Y 1 2 THR 869 ? B THR 69 201 1 Y 1 2 LEU 870 ? B LEU 70 202 1 Y 1 2 GLU 871 ? B GLU 71 203 1 Y 1 2 TRP 872 ? B TRP 72 204 1 Y 1 2 LEU 873 ? B LEU 73 205 1 Y 1 2 ARG 874 ? B ARG 74 206 1 Y 1 2 ARG 875 ? B ARG 75 207 1 Y 1 2 ASN 876 ? B ASN 76 208 1 Y 1 2 ASP 877 ? B ASP 77 209 1 Y 1 2 ALA 878 ? B ALA 78 210 1 Y 1 2 LYS 879 ? B LYS 79 211 1 Y 1 2 TRP 880 ? B TRP 80 212 1 Y 1 2 ALA 881 ? B ALA 81 213 1 Y 1 2 GLU 882 ? B GLU 82 214 1 Y 1 2 HIS 883 ? B HIS 83 215 1 Y 1 2 LEU 884 ? B LEU 84 216 1 Y 1 2 ARG 885 ? B ARG 85 217 1 Y 1 2 THR 886 ? B THR 86 218 1 Y 1 2 TYR 887 ? B TYR 87 219 1 Y 1 2 LEU 888 ? B LEU 88 220 1 Y 1 2 PHE 889 ? B PHE 89 221 1 Y 1 2 THR 890 ? B THR 90 222 1 Y 1 2 GLU 891 ? B GLU 91 223 1 Y 1 2 GLY 892 ? B GLY 92 224 1 Y 1 2 PRO 893 ? B PRO 93 225 1 Y 1 2 ILE 894 ? B ILE 94 226 1 Y 1 2 THR 895 ? B THR 95 227 1 Y 1 2 ALA 896 ? 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