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ALA 155 155 155 ALA ALA C . n C 2 156 ILE 156 156 156 ILE ILE C . n C 2 157 ASP 157 157 157 ASP ASP C . n C 2 158 ASN 158 158 158 ASN ASN C . n C 2 159 GLY 159 159 159 GLY GLY C . n C 2 160 ASN 160 160 160 ASN ASN C . n C 2 161 GLU 161 161 161 GLU GLU C . n C 2 162 ASP 162 162 162 ASP ASP C . n C 2 163 ILE 163 163 163 ILE ILE C . n C 2 164 ALA 164 164 164 ALA ALA C . n C 2 165 GLU 165 165 165 GLU GLU C . n C 2 166 VAL 166 166 166 VAL VAL C . n C 2 167 LEU 167 167 167 LEU LEU C . n C 2 168 GLN 168 168 168 GLN GLN C . n C 2 169 LYS 169 169 169 LYS LYS C . n C 2 170 ALA 170 170 170 ALA ALA C . n C 2 171 ALA 171 171 171 ALA ALA C . n C 2 172 LYS 172 172 172 LYS LYS C . n C 2 173 LEU 173 173 173 LEU LEU C . n C 2 174 ASN 174 174 174 ASN ALA C . n C 2 175 ASP 175 175 175 ASP ALA C . n C 2 176 TYR 176 176 ? ? ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.606 ? 10654 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.569 ? 1084 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 1246 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1407 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9S3F _struct.title 'Cryo-EM structure of Gephyrin in complex with Darpin 27F3, revealing linker-E domain interactions' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9S3F _struct_keywords.text 'scaffolding protein, postsynaptic density, protein-protein interaction, linker-mediated regulation, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? 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'expression tag' 0 36 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' 'not applicable' 2 1 'gel filtration' ? 3 1 'light scattering' ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 343 ? 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GLU C 161 ASP C 175 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LEU 383 A . ? LEU 365 A PRO 384 A ? PRO 366 A 1 -3.06 2 LEU 383 B . ? LEU 365 B PRO 384 B ? 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AB8 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 360 ? 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ILE A 632 ? ASP A 613 ILE A 614 AA7 2 VAL A 635 ? ARG A 636 ? VAL A 617 ARG A 618 AA8 1 ILE A 674 ? LEU A 679 ? ILE A 656 LEU A 661 AA8 2 TRP A 706 ? GLY A 711 ? TRP A 688 GLY A 693 AA8 3 ARG A 693 ? THR A 697 ? ARG A 675 THR A 679 AA8 4 GLY A 726 ? MET A 729 ? GLY A 708 MET A 711 AA8 5 VAL A 745 ? VAL A 750 ? VAL A 727 VAL A 732 AA8 6 ILE A 674 ? LEU A 679 ? ILE A 656 LEU A 661 AA9 1 VAL A 683 ? LYS A 684 ? VAL A 665 LYS A 666 AA9 2 GLU A 739 ? LEU A 740 ? GLU A 721 LEU A 722 AB1 1 LEU B 341 ? THR B 342 ? LEU B 323 THR B 324 AB1 2 ARG B 616 ? VAL B 617 ? ARG B 598 VAL B 599 AB2 1 GLU B 361 ? ASN B 364 ? GLU B 343 ASN B 346 AB2 2 GLU B 510 ? VAL B 513 ? GLU B 492 VAL B 495 AB3 1 ALA B 388 ? SER B 389 ? ALA B 370 SER B 371 AB3 2 ILE B 475 ? ARG B 476 ? ILE B 457 ARG B 458 AB4 1 ALA B 441 ? GLN B 444 ? ALA B 423 GLN B 426 AB4 2 GLY B 393 ? VAL B 396 ? GLY B 375 VAL B 378 AB4 3 GLN B 425 ? VAL B 429 ? GLN B 407 VAL B 411 AB4 4 ASP B 404 ? SER B 411 ? ASP B 386 SER B 393 AB4 5 GLU B 462 ? ILE B 465 ? GLU B 444 ILE B 447 AB4 6 THR B 448 ? ARG B 452 ? THR B 430 ARG B 434 AB5 1 THR B 559 ? VAL B 565 ? THR B 541 VAL B 547 AB5 2 VAL B 519 ? THR B 524 ? VAL B 501 THR B 506 AB5 3 VAL B 585 ? SER B 589 ? VAL B 567 SER B 571 AB5 4 VAL B 635 ? LEU B 642 ? VAL B 617 LEU B 624 AB5 5 THR B 626 ? ILE B 632 ? THR B 608 ILE B 614 AB5 6 GLN B 611 ? PHE B 614 ? GLN B 593 PHE B 596 AB6 1 LEU B 528 ? LEU B 529 ? LEU B 510 LEU B 511 AB6 2 ILE B 540 ? ARG B 541 ? ILE B 522 ARG B 523 AB7 1 GLY B 726 ? MET B 729 ? GLY B 708 MET B 711 AB7 2 TYR B 691 ? THR B 697 ? TYR B 673 THR B 679 AB7 3 TRP B 706 ? SER B 709 ? TRP B 688 SER B 691 AB7 4 ILE B 674 ? LEU B 679 ? ILE B 656 LEU B 661 AB7 5 VAL B 745 ? MET B 749 ? VAL B 727 MET B 731 AB8 1 VAL B 683 ? LYS B 684 ? VAL B 665 LYS B 666 AB8 2 GLU B 739 ? LEU B 740 ? GLU B 721 LEU B 722 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ILE A 363 ? N ILE A 345 O VAL A 511 ? O VAL A 493 AA2 1 2 N VAL A 377 ? N VAL A 359 O LEU A 489 ? O LEU A 471 AA3 1 2 N ALA A 388 ? N ALA A 370 O ARG A 476 ? O ARG A 458 AA4 1 2 O ALA A 441 ? O ALA A 423 N VAL A 396 ? N VAL A 378 AA4 2 3 N GLY A 393 ? N GLY A 375 O VAL A 429 ? O VAL A 411 AA4 3 4 O ARG A 428 ? O ARG A 410 N GLY A 409 ? N GLY A 391 AA4 4 5 N ILE A 407 ? N ILE A 389 O LEU A 461 ? O LEU A 443 AA4 5 6 O ARG A 464 ? O ARG A 446 N GLU A 449 ? N GLU A 431 AA5 1 2 O ILE A 560 ? O ILE A 542 N VAL A 519 ? N VAL A 501 AA5 2 3 N MET A 522 ? N MET A 504 O ILE A 587 ? O ILE A 569 AA5 3 4 N ILE A 586 ? N ILE A 568 O PHE A 640 ? O PHE A 622 AA5 4 5 O ILE A 639 ? O ILE A 621 N ALA A 628 ? N ALA A 610 AA5 5 6 O THR A 629 ? O THR A 611 N GLN A 611 ? N GLN A 593 AA6 1 2 N LEU A 529 ? N LEU A 511 O ILE A 540 ? O ILE A 522 AA7 1 2 N ILE A 632 ? N ILE A 614 O VAL A 635 ? O VAL A 617 AA8 1 2 N ARG A 678 ? N ARG A 660 O ALA A 707 ? O ALA A 689 AA8 2 3 O TRP A 706 ? O TRP A 688 N THR A 697 ? 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