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F2Z4Y2 1 ? 275 ? 1 275 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE A 511 ? 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SER C 591 VAL C 626 1 ? 36 HELX_P HELX_P16 AB7 SER C 784 ? ASN C 787 ? SER C 784 ASN C 787 5 ? 4 HELX_P HELX_P17 AB8 VAL C 788 ? ARG C 815 ? VAL C 788 ARG C 815 1 ? 28 HELX_P HELX_P18 AB9 PHE D 516 ? ASP D 520 ? PHE D 516 ASP D 520 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 ALA D 523 ? SER D 548 ? ALA D 523 SER D 548 1 ? 26 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY D 573 ? MET D 586 ? GLY D 573 MET D 586 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 SER D 596 ? VAL D 627 ? SER D 596 VAL D 627 1 ? 32 HELX_P HELX_P22 AC4 SER D 789 ? ASN D 792 ? SER D 789 ASN D 792 5 ? 4 HELX_P HELX_P23 AC5 VAL D 793 ? ARG D 820 ? VAL D 793 ARG D 820 1 ? 28 HELX_P HELX_P24 AC6 ARG E 7 ? THR E 30 ? ARG I 7 THR I 30 1 ? 24 HELX_P HELX_P25 AC7 THR E 87 ? THR E 101 ? THR I 87 THR I 101 1 ? 15 HELX_P HELX_P26 AC8 THR E 101 ? ARG E 124 ? THR I 101 ARG I 124 1 ? 24 HELX_P HELX_P27 AC9 ILE E 129 ? MET E 161 ? ILE I 129 MET I 161 1 ? 33 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY E 176 ? GLU E 206 ? GLY I 176 GLU I 206 1 ? 31 HELX_P HELX_P29 AD2 ARG F 7 ? THR F 30 ? ARG J 7 THR J 30 1 ? 24 HELX_P HELX_P30 AD3 THR F 87 ? THR F 101 ? THR J 87 THR J 101 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 AD4 THR F 101 ? ARG F 124 ? THR J 101 ARG J 124 1 ? 24 HELX_P HELX_P32 AD5 ILE F 129 ? ASN F 162 ? ILE J 129 ASN J 162 1 ? 34 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY F 176 ? GLU F 206 ? GLY J 176 GLU J 206 1 ? 31 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? E CYS 62 SG ? ? ? 1_555 E CYS 72 SG ? ? I CYS 62 I CYS 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf2 disulf ? ? F CYS 62 SG ? ? ? 1_555 F CYS 72 SG ? ? J CYS 62 J CYS 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS E 62 ? CYS E 72 ? CYS I 62 ? 1_555 CYS I 72 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS F 62 ? CYS F 72 ? CYS J 62 ? 1_555 CYS J 72 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 CYS E 72 ? ALA E 74 ? CYS I 72 ALA I 74 AA1 2 ARG E 60 ? ALA E 65 ? ARG I 60 ALA I 65 AA1 3 MET E 52 ? ALA E 56 ? MET I 52 ALA I 56 AA1 4 LEU E 34 ? GLY E 39 ? LEU I 34 GLY I 39 AA1 5 TYR E 170 ? TYR E 175 ? TYR I 170 TYR I 175 AA2 1 CYS F 72 ? ALA F 74 ? CYS J 72 ALA J 74 AA2 2 ARG F 60 ? ALA F 65 ? ARG J 60 ALA J 65 AA2 3 MET F 52 ? ALA F 56 ? MET J 52 ALA J 56 AA2 4 LEU F 34 ? GLY F 39 ? LEU J 34 GLY J 39 AA2 5 TYR F 170 ? TYR F 175 ? TYR J 170 TYR J 175 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O VAL E 73 ? O VAL I 73 N VAL E 61 ? N VAL I 61 AA1 2 3 O CYS E 62 ? O CYS I 62 N HIS E 55 ? N HIS I 55 AA1 3 4 O ALA E 56 ? O ALA I 56 N LEU E 34 ? N LEU I 34 AA1 4 5 N TYR E 35 ? N TYR I 35 O ARG E 174 ? O ARG I 174 AA2 1 2 O VAL F 73 ? O VAL J 73 N VAL F 61 ? N VAL J 61 AA2 2 3 O CYS F 62 ? O CYS J 62 N HIS F 55 ? N HIS J 55 AA2 3 4 O ALA F 56 ? O ALA J 56 N LEU F 34 ? N LEU J 34 AA2 4 5 N TYR F 35 ? N TYR J 35 O ARG F 174 ? O ARG J 174 # _pdbx_entry_details.entry_id 9S41 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 PHE B 516 ? ? -99.85 36.84 2 1 PHE D 516 ? ? -99.84 36.84 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9S41 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 7OCE A ? ? A ? PDB 'experimental model' 7OCE 1 2 1 . . . ? ? ? AlphaFold 'in silico model' AF-P62956-F1 ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9S41 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.66 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 124708 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Cerebellar GluA1/4 TMD with TARP gamma 7 (focused refinement)' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3' # _em_imaging.entry_id 9S41 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 2400 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_vitrification.entry_id 9S41 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9S41 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9S41 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ALA 1 ? 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A LYS 36 37 1 Y 1 A LEU 37 ? A LEU 37 38 1 Y 1 A LEU 38 ? A LEU 38 39 1 Y 1 A PRO 39 ? A PRO 39 40 1 Y 1 A GLN 40 ? A GLN 40 41 1 Y 1 A ILE 41 ? A ILE 41 42 1 Y 1 A ASP 42 ? A ASP 42 43 1 Y 1 A ILE 43 ? A ILE 43 44 1 Y 1 A VAL 44 ? A VAL 44 45 1 Y 1 A ASN 45 ? A ASN 45 46 1 Y 1 A ILE 46 ? A ILE 46 47 1 Y 1 A SER 47 ? A SER 47 48 1 Y 1 A ASP 48 ? A ASP 48 49 1 Y 1 A SER 49 ? A SER 49 50 1 Y 1 A PHE 50 ? A PHE 50 51 1 Y 1 A GLU 51 ? A GLU 51 52 1 Y 1 A MET 52 ? A MET 52 53 1 Y 1 A THR 53 ? A THR 53 54 1 Y 1 A TYR 54 ? A TYR 54 55 1 Y 1 A ARG 55 ? A ARG 55 56 1 Y 1 A PHE 56 ? A PHE 56 57 1 Y 1 A CYS 57 ? A CYS 57 58 1 Y 1 A SER 58 ? A SER 58 59 1 Y 1 A GLN 59 ? A GLN 59 60 1 Y 1 A PHE 60 ? A PHE 60 61 1 Y 1 A SER 61 ? A SER 61 62 1 Y 1 A LYS 62 ? A LYS 62 63 1 Y 1 A GLY 63 ? A GLY 63 64 1 Y 1 A VAL 64 ? A VAL 64 65 1 Y 1 A TYR 65 ? A TYR 65 66 1 Y 1 A ALA 66 ? A ALA 66 67 1 Y 1 A ILE 67 ? A ILE 67 68 1 Y 1 A PHE 68 ? A PHE 68 69 1 Y 1 A GLY 69 ? A GLY 69 70 1 Y 1 A PHE 70 ? 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