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_struct.title 'Open conformation dome complex including the Sec-translocon (SecYEG-SecA-SecDF) in untreated Mycoplasma pneumoniae cells' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9SLF _struct_keywords.text 'in-cell cryo-ET, Protein Folding, cell surface, Translocation, Sec-machinery, TRANSLOCASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLOCASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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G N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Y396_MYCPN P75387 ? 1 ;MGLKKRVSFDWLLKIGIILVLAFLGLFGIIFGSYKLLNDSRLGVVFNGSTTTTVYFLNHKSKDANKELDPTQKKDGNGSG NNTEMITDVNGFLNNIEKSYANSLYAQGFSSVNITKNSHDTSAKELSDKGVFDSSWLVNDGLPSISVTFEQRREEARTRA RKRQIDAQVKRNALSAIEHNYKLSLETTDGIVLFDSFDKEFIRNSLTAVVPQTTNTNSALTFEYKLSKNVITKESLHNDF LDFIKSKSLTDSDYNTGNGQKSVEGSGKWFKDKANGSAQNGNKTLVLWKDKEGAVQYVRNIFNVPKGGTDYLTFNEREKN LWDFLHAEGNFSSGDNLFLQKNNNGNSPITKASDITLKNIYYIYAAPTHFSQVATKDNNNKDAADVVAVANSADTRKLRS GDATGFSGLFSNYILAEIRTEDPVAKNGDPVKVNATLQSFLDSNNQRLEHGGNIKFQVANFVNNDGSYVPASYLEASRVK VLLSNGFPETATIAAANTKLVNAPLSNTLARDVSNFASSFIALGVIILLATIALGIRYKLLGLYKALALALSAISSLAFF SAVGGVVDVFSFVGIFFVVAVNIINLITLAELFLRNIKNNASIVESWKLCLKRSFFTMIETHICWLLSALVVIYLSNYQV QQLGTLMAVSAITSYFLNYGLGVILVWLFVSSHSGLEWRFFLYKKDAQALTKTSSNYSILTENNDIQTDFFISKNQHDFF GKKKWSLLFIWLTVLAFGVVMLGLYLGAPQLLGNFLAADIESSTGIMLGVGVISLLYLLYSLPRYGVAYGISYLIALILL AAGLFGAMYLANFIFRIDQSTIQLIIFVYLFWLFFQARIGQTTIWTYCYWFKRSLKDRVFVKNLFNDNVNSQWRLDLIGS SVLILLFIVYAAFNFGGINGTINLVIFYLIAIVALFSVFVNGLPLFSFGLINGWLSPYNYVQIHITLRHKKQMFKEVDQI EEQLISGINSF ; 1 2 UNP Y068_MYCPN P75048 ? 2 ;MEKKKLPFGLKNKEKLTAYNDEKIHELHRQLKAKIEAKKAKEKQDSKTKDTDKKVDQTPKVKVPFTKKFSNLWFGIDKEV NKIVWVTSKKLITIFLLIVLVSAIMIGIYFGINHLFIALGVFKGK ; 1 3 UNP SECG_MYCPN Q9EXD0 ? 3 MDAIQIVMFVMAILCLIIGLLLSNHGSTGGLASLSGQDLEIFRKTKDRGIVKILQITMFILVVLFLILGLVFHFAL 1 4 UNP SECY_MYCPN Q59548 ? 4 ;MQAKPTTAVKQKQNFGQRLFTLLRNRDFMISFLITVVLLVLFRVLAIIPLPGIQVNQTGLDQNSNDFFSLFNLLGGGGLN QLSLFAVGISPYISAQIVMQLLSTDLIPPLSKLVNSGEVGRRKIEMITRIITLPFALVQSFAVIQIATNSGGGSSPITLK NNGSDFVAFYIIAMTAGTYLSVFLGDTISKKGIGNGITLLILSGILAQLPEGFIAAYSVLSGVVVTINATLTTAISFFIY FMAFVTLLFATTFITQETRKIPIQQSGQGLVTESSALPYLPIKVNSAGVIPVIFASSIMSIPVTIAQFQPQTESRWFVED YLSLSKPTGIVLYGILVILFSFFYSYIQINPERLAKNFEKSGRFIPGIRPGKDTEKHIARVLVRINFIGAPFLTVIAIIP YIVSALIHLPNSLSLGGTGIIIIVTAVVEFMSALRSAATATNYQQLRRNLAIEVQKTAQQDKEEQLRAETPGIGNLW ; 1 5 UNP Y444_MYCPN P75334 ? 5 ;CAQPTASTVEGLFKPSSAFADRTDFSLSSILQKSLINRESFNQYLAMRLAPVLRTFYEDNYDTDIKERLNGFTADTDNAF VSQEQNLRNQFRENYLVHLQTDIFDNTGGNQAAWKLRDVNNKIIDDFISRIFAKNFVEYVQDGVGPLTKPTKSLIENTSN FKNIKLQPKFVNKNAKLKINNDAVYAAIQDKLLDQFITNENPNLVSRVVFTNETPVDGFDNYFNTKVIQSPTPSYQFQVF NKYNQQSGGTKGANGFNLLASNLKSYKNDQSKGIDIPNKFSSDSGGKLLLKASDMFDTFDPSFSAAFIQGYLALQKKSKG ADSKEVDSLIKDKSIIENFFVDNNTQAAAAARAASSSSEGTIQLKTASDGGGTTQSTVHKTDLVKIFGDKDVFAGEYKQQ IGNTNANQTGGGGSGGGGGTSTGSSTGSSTETTTGNSSKAVVDLIEVKKDSSSQPDYILSRGKDGIHLMAVDGGSHYLTE SGRDVAKQKKFLLFRALQTKYGLVDTDTTYDFKLFDEVKKYFDTNRILFLFEALLDLSSDTNNKDNFLSYPQFKKFADSI KSIEKDLKELVQAHYKQAVFNETAVAENKVTLKLAERNQPFIDNERNNQIEQNGLAAKLPYEQDAKTGHYNDLGNYYKDI IDNVDKKGTSTVKTTSSNTGQTKNFSEEVVSKLKDNKKKVEEAAKKHVEALKVFTIPSPLYSQVILVQTKLSFTPESTSL GLNLALNNYLTSTELQNSIKLSYFQEDEAFKKIIDITNLTFSQQSGGTGGTNGNNNLTADNWKIFKETYLLDLFESQAQK SIFGHVGSSDKNSSTKTGIEGVLDTLYSSLNLEERLDSDDVIDYLSYLYTAHWLLKDNLKNYKQSLQSKLSRTSNAFLVW SVDSEKNKNDSQSTLSSTASSTSNTGLIQLRSVVSLAQNQAAGQGGDNNSDITQTEVKNPNFVFGSSVYDWTNSKTPEVN RAADDTSSFFYTKSSSSSTGAAQSSATVLRSLNQASGMTTKTAKNRYGFRGIVTSSTSGSLPEAVSRRLFKQFVNQTEKG VKVGGQMLITTAKSGKATLVLKQQADDAESTTNNAYKGALFSFGSMDNLKNIINGIQTQTEFDALYNHLTSDLNIDVTGV DKNKTLTEQKTSLTSFVDSNFKQSTQSAQRGDTSARSARSATVQIKKTQEDNQNTNYKDVFSRFDGYIGDNKVEEKNYTS YQFLSDGGKYHATFVKQVNLDDVEKIGTDSLKQEDSSKDKRLNLSLEEFLAAIALEALDPNNQTQAINALISGNKKGLVK VGDFRIFSSISAQWVRRF ; 28 6 UNP Y489_MYCPN P75296 ? 6 ;CSALNTSNLFPRQNRSKQLIGFTENNIIKPEAVLKAALAEDNGTETILRVNFGEALKSWYQNNKDRNIATRLTIFSENVE DEHDNLLDQKQQAEPINWPIELQKEYDQWGGSESSWKALKLYDRLIADFQSLIFSNIVANVQLTDGSDQFKPTTKDNLDS TSNKIKFVNSKPNDPNGEFFANLQAYLFAQWVVEENPLPLTQAFFAYQAPKDGLDSLYDQAAIGSALQLGYAFPAFREPN NGQSQGKTTFDPTPNSAQNFGDFIKAVFPEQKNGQTQQSNTSSRTGLFDWQTKWNTNGAANKLLVTKSNLRGAFKGVGLA TAIIDQYEYLVGGSKTSSLPEVKVDSNKSNQNPLDSFFMEGKDAVAIRSIVSRAKIAMTDQTPGFKVNPAFVKVKQSQQN DTFYQNQRKLSGGQSGDNNSQGKHHYLQDAVRLTSSQAMAAASTGADSSSGTNVGGSSGGNSVLIPLPRSAALTHTQQQV QQTTSTLQTPVYARGDDGTYALAIDGGDYFLANNKRDFTKQADILLYRYLQAKSNNFKENGVEFSLNLLESGSLFQTWAQ TGLTAKLYGALVAMMGSGQGTQVKGSVQGSSRAASVSVQTTQQNRQQSTDTQESEVVKLAKSLLKSSADLAKPFTDNPTF KKALTDIQSEYKDYLAAAGKLSEFKKDLGEVSGLQQAIIDRADKYIQLEKQAQKSAIGLGQPLPYQRASDGSYPALEKFF IPEDSAADGKVKASESGSAALVTLKTTDSQKSTNTVKQPDIKPTRENNDKKLKQLTSDVETKASSLITKWGATPQIGSQF SEIVSLKSKDNKPQTNMILALLSDVGIKWTKILNSFKEWFFTNTNDFKNNYDSEKKELKGNEYKDFNDLVKQTLYLRSWQ RLTSKEKFGYYKELGSVKAQAAQSGMVSLSSSAAVANAVASSGMQKSGDQTLLELGKKAFESELEASSSDGQYKYLRFLS TLMWLVKDGAKNYKRLLQQAITVGTRAFVSWTVSYDDTATASAAAAKAQVAVLKTAQATNTQSDNPFNKFVQNPDYVQGS ETNWFNDKSTPIKPDSLLESESTYNFTAEPFDDKTKSQKRSTGGTTNEKHFFGFNGLTINSPQSVSTASAGLTEQIFNNF GQLVTSSDKSGALSQYKDKATLKRLIQNTNSDAELNAFGEVLHRAVNVDTSNLGRFNSSGEPLISFDNKKKFLVDVVDKL DDVYFNKFEGYVGQTKVKMSDSSSSSQGTKTIRKPKPHHSPRTRVSRLWAMSFRLPTRTLTKFLLVEKLIRTVL ; 27 7 UNP Y436_MYCPN P75342 ? 7 ;CATPSNSALQTVFKARSSQFFNGEQGSLQSALTTALKNPVANKQFIAAPLLKALEAWYENNEDKKITQFLKDTKSNVDSQ YTTAVDKVVSASRNKSLFVQQDLLDNAGGSEATWKAQKLLEQLISDFASRVFQKNYLNYKKDGQVSTGPFTYDELHKEES WKNFEFSAPRFSETNDDFFAKIQSQVFDQWVEYTDPTLISQVNYKYSAPSQGLGQIYNREKLKDKLTPSYAFPFFAEEKD IAPNQNVGNKRWKQLVKGEGAITDNNIGQSGTNSQKTGLLKYRNESNKGDFLDFPLNLSDTNETKQLVDASNIVDQLEAA NLGAALNLKLQVFEQDNDELPQIKELKEDLNNTIVVDKSKDVEKASKTNALFYNDQEGKQQQSDSDPIAGALDDIFAQNT SEGTNLSKLAEQVKKAAATKMEAKTAVLRTNNSKGQQNNYVVLDAAIPTFNSTTSKSKNNSASNEVLVALKSGSINLRQV QQTDQNSYSPIKFRIVRNSTGVTVFGLDGGSYYLKQDSTNKKSVSKQSLTLLTKSSSGNSNKVLRDLDKQKQFLKFRAFQ AKTNTFYSTNFAFSFPLNETLKSWFDKHRELILANALVNASLDQKDKASKALTEAFNPYKELIKEFAPVALATTMISFYF DQMKALNNKLLERARNLNQNVNQANPTPWLNGLSAKLPYVNTNGNYEKLNNYFTFLITKTLWPKVGQEETSISEESNKLK TKTADVDKIRDKILENIQTKVNDFVKNKLKPALAPRPAYSNVILLNVNNDKVLSSGANWSLASLLQSDKVNPLSFMLLKQ AFDNNDLFKKAQKLFKDIQEKSSNNGGMQSSSTTNSDADALSKVIGNYYYTTWAKLTDKSIYGNPKDNKFDELFKLAFEA SIDEKSFNVDYKAVIDHYRFIYTLQWLVDQKLKNFKSLLKTNLKFGEVAFIAYKNTETTNFSNPQGVFGSYFNYENSASE VKESTQTLDPNNFFYKTTTKPTVQAIQQVASLALVQKQQMQQNSTDHYGFTGLSTSTSSMFDASSRDAILQQITKTSLQQ YGSKDQLKKIIQGTNNQLLLDRIAVQLSGLNPSTTNGGSGKTIATYFQVDAVGNPTLDFQAKRKLLLDLLDQYQNYFGNG AQKSQRDSTPSGTGNYLTYQNGSDKYTYTQFTYQDIDSLSLTTTSGTNNKIASDVVAALLLFQAADKGTQQLALSAINKP QLNIGDKRIESGLKLLK ; 28 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9SLF D 1 ? 971 ? P75387 1 ? 971 ? 1 971 2 2 9SLF E 1 ? 125 ? P75048 1 ? 125 ? 1 125 3 3 9SLF G 1 ? 76 ? Q9EXD0 1 ? 76 ? 1 76 4 4 9SLF Y 1 ? 477 ? Q59548 1 ? 477 ? 1 477 5 5 9SLF C 1 ? 1298 ? P75334 28 ? 1325 ? 1 1298 6 6 9SLF F 1 ? 1274 ? P75296 27 ? 1300 ? 1 1274 7 7 9SLF B 1 ? 1217 ? P75342 28 ? 1244 ? 1 1217 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 8 ? SER A 40 ? SER D 8 SER D 40 1 ? 33 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 88 ? GLY A 108 ? ASP D 88 GLY D 108 1 ? 21 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 120 ? LYS A 124 ? ASP D 120 LYS D 124 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 134 ? ASN A 139 ? SER D 134 ASN D 139 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 158 ? HIS A 179 ? THR D 158 HIS D 179 1 ? 22 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 235 ? SER A 248 ? SER D 235 SER D 248 1 ? 14 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 252 ? GLY A 257 ? SER D 252 GLY D 257 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP A 290 ? ASN A 303 ? ASP D 290 ASN D 303 1 ? 14 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP A 310 ? PHE A 314 ? ASP D 310 PHE D 314 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN A 315 ? ALA A 327 ? ASN D 315 ALA D 327 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 AB2 LYS A 351 ? ILE A 355 ? LYS D 351 ILE D 355 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 THR A 356 ? ALA A 366 ? THR D 356 ALA D 366 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ALA A 366 ? LYS A 376 ? ALA D 366 LYS D 376 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN A 380 ? ASP A 385 ? ASN D 380 ASP D 385 5 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 ALA A 393 ? LYS A 397 ? ALA D 393 LYS D 397 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY A 405 ? PHE A 410 ? GLY D 405 PHE D 410 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 ALA A 425 ? ASP A 429 ? ALA D 425 ASP D 429 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN A 434 ? LEU A 441 ? ASN D 434 LEU D 441 1 ? 8 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 472 ? GLY A 486 ? SER D 472 GLY D 486 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN A 507 ? ASP A 512 ? ASN D 507 ASP D 512 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN A 515 ? VAL A 563 ? ASN D 515 VAL D 563 1 ? 49 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP A 568 ? ASN A 599 ? ASP D 568 ASN D 599 1 ? 32 HELX_P HELX_P23 AC5 SER A 602 ? SER A 636 ? SER D 602 SER D 636 1 ? 35 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN A 637 ? LEU A 657 ? ASN D 637 LEU D 657 1 ? 21 HELX_P HELX_P25 AC7 TYR A 659 ? SER A 672 ? TYR D 659 SER D 672 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU A 677 ? PHE A 681 ? GLU D 677 PHE D 681 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 TYR A 683 ? LYS A 692 ? TYR D 683 LYS D 692 1 ? 10 HELX_P HELX_P28 AD1 SER A 694 ? ASN A 696 ? SER D 694 ASN D 696 5 ? 3 HELX_P HELX_P29 AD2 TYR A 697 ? PHE A 720 ? TYR D 697 PHE D 720 1 ? 24 HELX_P HELX_P30 AD3 LYS A 723 ? LEU A 756 ? LYS D 723 LEU D 756 1 ? 34 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP A 759 ? GLY A 786 ? ASP D 759 GLY D 786 1 ? 28 HELX_P HELX_P32 AD5 GLY A 786 ? ARG A 816 ? GLY D 786 ARG D 816 1 ? 31 HELX_P HELX_P33 AD6 ILE A 822 ? CYS A 848 ? ILE D 822 CYS D 848 1 ? 27 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP A 857 ? ASN A 894 ? ASP D 857 ASN D 894 1 ? 38 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN A 903 ? LEU A 923 ? ASN D 903 LEU D 923 1 ? 21 HELX_P HELX_P36 AD9 LEU A 923 ? SER A 936 ? LEU D 923 SER D 936 1 ? 14 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO B 64 ? ASN B 81 ? PRO E 64 ASN E 81 1 ? 18 HELX_P HELX_P38 AE2 THR B 87 ? LEU B 119 ? THR E 87 LEU E 119 1 ? 33 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP C 2 ? LEU C 22 ? ASP G 2 LEU G 22 1 ? 21 HELX_P HELX_P40 AE4 SER C 23 ? GLY C 26 ? SER G 23 GLY G 26 5 ? 4 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY C 29 ? LEU C 34 ? GLY G 29 LEU G 34 5 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY C 49 ? LEU C 76 ? GLY G 49 LEU G 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN D 14 ? ASN D 25 ? ASN Y 14 ASN Y 25 1 ? 12 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN D 25 ? ILE D 48 ? ASN Y 25 ILE Y 48 1 ? 24 HELX_P HELX_P45 AE9 ASN D 65 ? GLY D 76 ? ASN Y 65 GLY Y 76 1 ? 12 HELX_P HELX_P46 AF1 GLY D 78 ? LEU D 82 ? GLY Y 78 LEU Y 82 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 ILE D 89 ? ASP D 105 ? ILE Y 89 ASP Y 105 1 ? 17 HELX_P HELX_P48 AF3 ILE D 107 ? SER D 116 ? ILE Y 107 SER Y 116 1 ? 10 HELX_P HELX_P49 AF4 GLY D 117 ? SER D 150 ? GLY Y 117 SER Y 150 1 ? 34 HELX_P HELX_P50 AF5 GLY D 163 ? GLY D 192 ? GLY Y 163 GLY Y 192 1 ? 30 HELX_P HELX_P51 AF6 ASN D 195 ? VAL D 224 ? ASN Y 195 VAL Y 224 1 ? 30 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN D 228 ? GLU D 257 ? ASN Y 228 GLU Y 257 1 ? 30 HELX_P HELX_P53 AF8 VAL D 289 ? GLN D 309 ? VAL Y 289 GLN Y 309 1 ? 21 HELX_P HELX_P54 AF9 THR D 312 ? LEU D 322 ? THR Y 312 LEU Y 322 1 ? 11 HELX_P HELX_P55 AG1 LYS D 326 ? ASN D 350 ? LYS Y 326 ASN Y 350 1 ? 25 HELX_P HELX_P56 AG2 ASN D 350 ? SER D 361 ? ASN Y 350 SER Y 361 1 ? 12 HELX_P HELX_P57 AG3 GLY D 371 ? HIS D 408 ? 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ASP B 1206 LYS B 1217 5 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id covale1 _struct_conn.conn_type_id covale _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag both _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id A _struct_conn.ptnr1_label_comp_id ALA _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 160 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id C _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id F _struct_conn.ptnr2_label_comp_id ASN _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 85 _struct_conn.ptnr2_label_atom_id N _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id D _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id ALA _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 160 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id F _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id ASN _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 85 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 1.507 _struct_conn.pdbx_value_order ? _struct_conn.pdbx_role ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _pdbx_modification_feature.ordinal 1 _pdbx_modification_feature.label_comp_id ALA _pdbx_modification_feature.label_asym_id A _pdbx_modification_feature.label_seq_id 160 _pdbx_modification_feature.label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id ASN _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id F _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id 85 _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.auth_comp_id ALA _pdbx_modification_feature.auth_asym_id D _pdbx_modification_feature.auth_seq_id 160 _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id ASN _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id F _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id 85 _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom C _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom N _pdbx_modification_feature.modified_residue_id . _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id . _pdbx_modification_feature.ref_comp_id . _pdbx_modification_feature.type None _pdbx_modification_feature.category 'Non-standard linkage' # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLY _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 148 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id G _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLY _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 148 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 149 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 G _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 149 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 2.36 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? 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-82.52 -123.64 117 1 ARG F 469 ? ? -67.08 27.70 118 1 ALA F 472 ? ? -69.65 83.44 119 1 THR F 474 ? ? -69.68 68.37 120 1 THR F 476 ? ? -61.83 76.34 121 1 GLN F 477 ? ? -58.92 104.51 122 1 GLN F 478 ? ? -56.78 93.85 123 1 GLN F 479 ? ? -59.43 93.30 124 1 VAL F 480 ? ? -54.93 97.17 125 1 GLN F 481 ? ? -56.92 96.44 126 1 GLN F 482 ? ? -57.91 91.61 127 1 THR F 483 ? ? -62.48 79.79 128 1 THR F 484 ? ? -60.05 85.80 129 1 SER F 485 ? ? -60.90 94.38 130 1 THR F 486 ? ? -68.07 98.99 131 1 ASN F 536 ? ? -92.26 48.27 132 1 GLN F 582 ? ? -68.61 84.23 133 1 LYS F 584 ? ? -66.37 63.41 134 1 GLN F 588 ? ? -74.66 20.61 135 1 ARG F 592 ? ? -78.19 21.74 136 1 ALA F 594 ? ? -75.97 -162.00 137 1 GLN F 603 ? ? -66.79 81.87 138 1 ARG F 605 ? ? -64.98 81.34 139 1 SER F 608 ? ? -64.41 88.34 140 1 ASP F 610 ? ? -53.67 101.34 141 1 THR F 611 ? ? -69.96 91.56 142 1 GLN F 693 ? ? -94.90 51.60 143 1 TYR F 713 ? ? -112.15 78.36 144 1 ASP F 724 ? ? -61.41 91.97 145 1 ALA F 726 ? ? -66.46 36.09 146 1 ASP F 728 ? ? -54.51 2.07 147 1 LYS F 730 ? ? -60.71 64.94 148 1 VAL F 731 ? ? -68.48 97.36 149 1 ALA F 733 ? ? -64.68 86.46 150 1 ALA F 739 ? ? -68.78 68.42 151 1 LEU F 741 ? ? -58.44 93.49 152 1 VAL F 742 ? ? -68.77 96.58 153 1 LEU F 744 ? ? -61.44 96.79 154 1 THR F 746 ? ? -67.61 81.26 155 1 LYS F 751 ? ? -67.17 26.04 156 1 THR F 753 ? ? -67.98 55.24 157 1 THR F 755 ? ? -52.28 98.56 158 1 VAL F 756 ? ? -64.85 91.42 159 1 SER F 910 ? ? -76.70 35.20 160 1 ALA F 914 ? ? -77.45 -76.63 161 1 MET F 924 ? ? -61.97 88.25 162 1 SER F 927 ? ? -59.47 -7.95 163 1 ILE F 981 ? ? -115.94 78.84 164 1 ALA F 1011 ? ? -69.96 75.95 165 1 LEU F 1013 ? ? -67.06 69.67 166 1 THR F 1015 ? ? -49.97 98.12 167 1 ALA F 1018 ? ? -59.93 97.40 168 1 ASN F 1020 ? ? -61.30 19.11 169 1 ASP F 1024 ? ? -88.82 40.19 170 1 PHE F 1071 ? ? -115.74 75.28 171 1 ASP F 1073 ? ? -67.44 86.62 172 1 ARG F 1080 ? ? -60.54 29.65 173 1 THR F 1085 ? ? -54.80 103.76 174 1 THR F 1086 ? ? -65.86 97.95 175 1 ASN F 1087 ? ? -65.59 87.23 176 1 GLU F 1088 ? ? -59.01 108.51 177 1 VAL F 1105 ? ? -69.38 97.62 178 1 SER F 1222 ? ? -76.50 35.67 179 1 SER F 1226 ? ? -69.28 -105.14 180 1 THR F 1229 ? ? -63.85 22.03 181 1 THR F 1231 ? ? -55.93 89.95 182 1 ILE F 1232 ? ? -58.98 99.81 183 1 ARG F 1233 ? ? -55.03 104.43 184 1 HIS F 1238 ? ? -65.48 83.00 185 1 HIS F 1239 ? ? -68.95 76.07 186 1 ASN B 175 ? ? 71.92 -4.07 187 1 LYS B 223 ? ? 48.01 -122.96 188 1 ASN B 273 ? ? -66.15 50.93 189 1 ASN B 287 ? ? -98.50 37.94 190 1 LYS B 288 ? ? 55.59 -5.98 191 1 ASP B 290 ? ? -104.83 78.30 192 1 GLN B 380 ? ? -63.62 43.60 193 1 GLN B 382 ? ? -53.89 89.87 194 1 ALA B 426 ? ? -63.25 21.33 195 1 LEU B 428 ? ? -61.66 60.44 196 1 THR B 430 ? ? -68.44 42.96 197 1 ASN B 432 ? ? -63.80 25.62 198 1 SER B 461 ? ? -70.80 47.69 199 1 ASN B 464 ? ? -64.98 91.33 200 1 ASN B 476 ? ? -64.15 59.84 201 1 GLN B 479 ? ? -59.75 84.16 202 1 VAL B 480 ? ? -67.36 98.32 203 1 GLN B 481 ? ? -64.57 63.85 204 1 THR B 483 ? ? -67.28 61.58 205 1 GLN B 485 ? ? -66.87 80.84 206 1 ASN B 486 ? ? -62.65 91.36 207 1 THR B 519 ? ? -59.13 8.76 208 1 SER B 523 ? ? -58.88 99.00 209 1 LEU B 529 ? ? -66.77 58.55 210 1 LEU B 531 ? ? -65.25 77.44 211 1 LEU B 532 ? ? -69.79 82.85 212 1 LYS B 534 ? ? -67.56 66.56 213 1 SER B 537 ? ? -95.96 -67.71 214 1 ASN B 539 ? ? -64.77 62.97 215 1 ASN B 541 ? ? -69.04 62.39 216 1 THR B 565 ? ? -100.37 78.36 217 1 HIS B 588 ? ? -140.96 48.89 218 1 PRO B 678 ? ? -77.41 22.79 219 1 ASN B 769 ? ? 55.14 16.45 220 1 LEU B 785 ? ? -92.11 57.22 221 1 ASN B 825 ? ? -66.68 2.86 222 1 GLN B 829 ? ? -60.25 66.94 223 1 SER B 830 ? ? -69.40 93.45 224 1 SER B 831 ? ? -63.97 11.08 225 1 SER B 832 ? ? -65.35 97.88 226 1 THR B 833 ? ? -64.65 27.30 227 1 THR B 834 ? ? -66.93 99.96 228 1 ASN B 835 ? ? -64.63 60.61 229 1 ASN B 888 ? ? -119.33 65.81 230 1 GLN B 987 ? ? -60.72 81.05 231 1 VAL B 989 ? ? -69.81 55.37 232 1 SER B 991 ? ? -53.65 100.62 233 1 LEU B 992 ? ? -59.68 82.77 234 1 LEU B 994 ? ? -63.55 60.38 235 1 VAL B 995 ? ? -52.59 106.33 236 1 GLN B 996 ? ? -48.78 107.42 237 1 LYS B 997 ? ? -58.81 85.10 238 1 GLN B 998 ? ? -56.20 71.02 239 1 GLN B 999 ? ? -48.99 88.18 240 1 MET B 1000 ? ? -48.68 101.63 241 1 GLN B 1001 ? ? -58.45 83.19 242 1 GLN B 1002 ? ? -60.86 92.74 243 1 ASN B 1003 ? ? -59.93 2.77 244 1 THR B 1005 ? ? -68.05 3.27 245 1 SER B 1128 ? ? -73.57 27.12 246 1 ASN B 1168 ? ? -67.15 77.53 247 1 ASN B 1198 ? ? -63.81 98.27 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 THR Y 58 ? ? GLY Y 59 ? ? -144.83 2 1 ASP C 369 ? ? GLY C 370 ? ? -127.13 3 1 GLN F 275 ? ? THR F 276 ? ? 149.64 4 1 SER F 449 ? ? SER F 450 ? ? -131.85 5 1 ASN F 453 ? ? VAL F 454 ? ? -139.62 6 1 GLY F 455 ? ? GLY F 456 ? ? -148.74 7 1 SER F 457 ? ? SER F 458 ? ? -126.84 8 1 SER F 458 ? ? GLY F 459 ? ? -142.65 9 1 GLY F 460 ? ? ASN F 461 ? ? -137.32 10 1 ASN F 461 ? ? SER F 462 ? ? -143.43 11 1 LEU F 467 ? ? PRO F 468 ? ? -141.30 12 1 ALA F 594 ? ? SER F 595 ? ? -130.58 13 1 SER F 597 ? ? VAL F 598 ? ? -145.53 14 1 VAL F 598 ? ? GLN F 599 ? ? -135.01 15 1 GLN F 599 ? ? THR F 600 ? ? -145.68 16 1 SER F 1225 ? ? SER F 1226 ? ? -144.93 17 1 SER F 1226 ? ? GLN F 1227 ? ? -144.47 18 1 LYS B 458 ? ? ASN B 459 ? ? -149.01 19 1 GLN B 987 ? ? GLN B 988 ? ? 143.73 20 1 LEU B 994 ? ? VAL B 995 ? ? 139.68 21 1 LYS B 997 ? ? GLN B 998 ? ? 128.35 22 1 GLN B 998 ? ? GLN B 999 ? ? 137.24 23 1 GLN B 999 ? ? MET B 1000 ? ? 137.44 # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 PHE E 122 ? ? 0.110 'SIDE CHAIN' 2 1 PHE Y 68 ? ? 0.088 'SIDE CHAIN' 3 1 ARG F 432 ? ? 0.082 'SIDE CHAIN' # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9SLF _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;Initial fitting with PowerFit into the map of the closed conformation of the complex (EMD-54986). The closed conformation (PDB: 9SLC) was rigid body fitted into the open conformation of the map, and the AlphaFold3 multimer prediction of subcomplex SecYEG-DF was aligned to and replaced the old AlphaFold2 models of these proteins. The SecYEG-DF subcomplex as well as the remaining proteins were each rigid body fitted as single rigid bodies using ChimeraX fit-to-map. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9SLF _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 17 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 1001 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type CELL _em_entity_assembly.name 'Open conformation dome complex including the Sec-translocon (SecYEG-SecA-SecDF) in untreated Mycoplasma pneumoniae cells' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' # _em_imaging.entry_id 9SLF _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_defocus_max 3500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9SLF _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9SLF _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SUBTOMOGRAM AVERAGING' _em_experiment.aggregation_state CELL _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9SLF _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 D ASN 939 ? 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A PHE 971 34 1 Y 1 E MET 1 ? B MET 1 35 1 Y 1 E GLU 2 ? B GLU 2 36 1 Y 1 E LYS 3 ? B LYS 3 37 1 Y 1 E LYS 4 ? B LYS 4 38 1 Y 1 E LYS 5 ? B LYS 5 39 1 Y 1 E LEU 6 ? B LEU 6 40 1 Y 1 E PRO 7 ? B PRO 7 41 1 Y 1 E PHE 8 ? B PHE 8 42 1 Y 1 E GLY 9 ? B GLY 9 43 1 Y 1 E LEU 10 ? B LEU 10 44 1 Y 1 E LYS 11 ? B LYS 11 45 1 Y 1 E ASN 12 ? B ASN 12 46 1 Y 1 E LYS 13 ? B LYS 13 47 1 Y 1 E GLU 14 ? B GLU 14 48 1 Y 1 E LYS 15 ? B LYS 15 49 1 Y 1 E LEU 16 ? B LEU 16 50 1 Y 1 E THR 17 ? B THR 17 51 1 Y 1 E ALA 18 ? B ALA 18 52 1 Y 1 E TYR 19 ? B TYR 19 53 1 Y 1 E ASN 20 ? B ASN 20 54 1 Y 1 E ASP 21 ? B ASP 21 55 1 Y 1 E GLU 22 ? B GLU 22 56 1 Y 1 E LYS 23 ? B LYS 23 57 1 Y 1 E ILE 24 ? B ILE 24 58 1 Y 1 E HIS 25 ? B HIS 25 59 1 Y 1 E GLU 26 ? B GLU 26 60 1 Y 1 E LEU 27 ? B LEU 27 61 1 Y 1 E HIS 28 ? B HIS 28 62 1 Y 1 E ARG 29 ? B ARG 29 63 1 Y 1 E GLN 30 ? B GLN 30 64 1 Y 1 E LEU 31 ? B LEU 31 65 1 Y 1 E LYS 32 ? B LYS 32 66 1 Y 1 E ALA 33 ? B ALA 33 67 1 Y 1 E LYS 34 ? B LYS 34 68 1 Y 1 E ILE 35 ? B ILE 35 69 1 Y 1 E GLU 36 ? B GLU 36 70 1 Y 1 E ALA 37 ? B ALA 37 71 1 Y 1 E LYS 38 ? B LYS 38 72 1 Y 1 E LYS 39 ? B LYS 39 73 1 Y 1 E ALA 40 ? B ALA 40 74 1 Y 1 E LYS 41 ? B LYS 41 75 1 Y 1 E GLU 42 ? B GLU 42 76 1 Y 1 E LYS 43 ? B LYS 43 77 1 Y 1 E GLN 44 ? B GLN 44 78 1 Y 1 E ASP 45 ? B ASP 45 79 1 Y 1 E SER 46 ? B SER 46 80 1 Y 1 E LYS 47 ? B LYS 47 81 1 Y 1 E THR 48 ? B THR 48 82 1 Y 1 E LYS 49 ? B LYS 49 83 1 Y 1 E ASP 50 ? B ASP 50 84 1 Y 1 E THR 51 ? B THR 51 85 1 Y 1 E ASP 52 ? B ASP 52 86 1 Y 1 E LYS 53 ? B LYS 53 87 1 Y 1 E LYS 54 ? B LYS 54 88 1 Y 1 Y SER 436 ? D SER 436 89 1 Y 1 Y ALA 437 ? D ALA 437 90 1 Y 1 Y ALA 438 ? D ALA 438 91 1 Y 1 Y THR 439 ? D THR 439 92 1 Y 1 Y ALA 440 ? D ALA 440 93 1 Y 1 Y THR 441 ? D THR 441 94 1 Y 1 Y ASN 442 ? D ASN 442 95 1 Y 1 Y TYR 443 ? D TYR 443 96 1 Y 1 Y GLN 444 ? D GLN 444 97 1 Y 1 Y GLN 445 ? D GLN 445 98 1 Y 1 Y LEU 446 ? D LEU 446 99 1 Y 1 Y ARG 447 ? D ARG 447 100 1 Y 1 Y ARG 448 ? D ARG 448 101 1 Y 1 Y ASN 449 ? 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G CYS 1 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 ASN H2 H N N 51 ASN HA H N N 52 ASN HB2 H N N 53 ASN HB3 H N N 54 ASN HD21 H N N 55 ASN HD22 H N N 56 ASN HXT H N N 57 ASP N N N N 58 ASP CA C N S 59 ASP C C N N 60 ASP O O N N 61 ASP CB C N N 62 ASP CG C N N 63 ASP OD1 O N N 64 ASP OD2 O N N 65 ASP OXT O N N 66 ASP H H N N 67 ASP H2 H N N 68 ASP HA H N N 69 ASP HB2 H N N 70 ASP HB3 H N N 71 ASP HD2 H N N 72 ASP HXT H N N 73 CYS N N N N 74 CYS CA C N R 75 CYS C C N N 76 CYS O O N N 77 CYS CB C N N 78 CYS SG S N N 79 CYS OXT O N N 80 CYS H H N N 81 CYS H2 H N N 82 CYS HA H N N 83 CYS HB2 H N N 84 CYS HB3 H N N 85 CYS HG H N N 86 CYS HXT H N N 87 GLN N N N N 88 GLN CA C N S 89 GLN C C N N 90 GLN O O N N 91 GLN CB C N N 92 GLN CG C N N 93 GLN CD C N N 94 GLN OE1 O N N 95 GLN NE2 N N N 96 GLN OXT O N N 97 GLN H H N N 98 GLN H2 H N N 99 GLN HA H N N 100 GLN HB2 H N N 101 GLN HB3 H N N 102 GLN HG2 H N N 103 GLN HG3 H N N 104 GLN HE21 H N N 105 GLN HE22 H N N 106 GLN HXT H N N 107 GLU N N N N 108 GLU CA C N S 109 GLU C C N N 110 GLU O O N N 111 GLU CB C N N 112 GLU CG C N N 113 GLU CD C N N 114 GLU OE1 O N N 115 GLU OE2 O N N 116 GLU OXT O N N 117 GLU H H N N 118 GLU H2 H N N 119 GLU HA H N N 120 GLU HB2 H N N 121 GLU HB3 H N N 122 GLU HG2 H N N 123 GLU HG3 H N N 124 GLU HE2 H N N 125 GLU HXT H N N 126 GLY N N N N 127 GLY CA C N N 128 GLY C C N N 129 GLY O O N N 130 GLY OXT O N N 131 GLY H H N N 132 GLY H2 H N N 133 GLY HA2 H N N 134 GLY HA3 H N N 135 GLY HXT H N N 136 HIS N N N N 137 HIS CA C N S 138 HIS C C N N 139 HIS O O N N 140 HIS CB C N N 141 HIS CG C Y N 142 HIS ND1 N Y N 143 HIS CD2 C Y N 144 HIS CE1 C Y N 145 HIS NE2 N Y N 146 HIS OXT O N N 147 HIS H H N N 148 HIS H2 H N N 149 HIS HA H N N 150 HIS HB2 H N N 151 HIS HB3 H N N 152 HIS HD1 H N N 153 HIS HD2 H N N 154 HIS HE1 H N N 155 HIS HE2 H N N 156 HIS HXT H N N 157 ILE N N N N 158 ILE CA C N S 159 ILE C C N N 160 ILE O O N N 161 ILE CB C N S 162 ILE CG1 C N N 163 ILE CG2 C N N 164 ILE CD1 C N N 165 ILE OXT O N N 166 ILE H H N N 167 ILE H2 H N N 168 ILE HA H N N 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A final round of multi-class particle picking was performed in DeepFinder followed by manual curation of the final particle positions. ; _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method 'Manual picking and Deep-learning based particle picking' _em_volume_selection.num_tomograms 183 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 6103 _em_volume_selection.reference_model 'Data-driven, Iteratively improved' # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Danish Council for Independent Research' Denmark 0106-00010A 1 'Chan Zuckerberg Initiative' 'United States' 2021-234620 2 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'in silico model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name AlphaFold _pdbx_initial_refinement_model.accession_code ? # _atom_sites.entry_id 9SLF _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #