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(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC) ; ;TCTAGGTGACCATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTAC GCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGATAGGC ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) ; ;GCCTATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGC GTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGATGGTCACCTAGA ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MFLLRLHTEGRAEAARVQEQDLRQWGLTGIHLRSYQLEGVNWLAQRFHCQNGCILGDEMGLGKTCQTIALFIYLAGRLND EGPFLILCPLSVLSNWKEEMQRFAPGLSCVTYAGDKEERACLQQDLKQESRFHVLLTTYEICLKDASFLKSFPWSVLVVD EAHRLKNQSSLLHKTLSEFSVVFSLLLTGTPIQNSLQELYSLLSFVEPDLFSKEEVGDFIQRYQDIEKESESASELHKLL QPFLLRRVKAEVATELPKKTEVVIYHGMSALQKKYYKAILMKDLDAFENETAKKVKLQNILSQLRKCVDHPYLFDGVEPE PFEVGDHLTEASGKLHLLDKLLAFLYSGGHRVLLFSQMTQMLDILQDYMDYRGYSYERVDGSVRGEERHLAIKNFGQQPI FVFLLSTRAGGVGMNLTAADTVIFVDSDFNPQNDLQAAARAHRIGQNKSVKVIRLIGRDTVEEIVYRKAASKLQLTNMII EGGHFTLGAQKPAADADLQLSEILKFGLDKLLASEGSTMDEIDLESILGETKDGQWVSDALPAAEGGSRDQEEGKNHMYL FEGKDYSKEPSKEDRKSFEQLVNLQKTLLEKASQEGRSLRNKGSVLIPGLVEGSTKRKRVLSPEELEDRQKKRQEAAAKR RRLIEEKKRQKEEAEHKKKMAWWESNNYQSFCLPSEESEPEDLENGEESSAELDYQDPDATSLKYVSGDVTHPQAGAEDA 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IKMAALEEGLKKIFLAAKKKKASVHLPRIGHATKGFNWYGTERLIRKHLAARGIPTYIYYFPRSKAHHHHHH ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 PRO n 1 68 PHE n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 ARG n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.2917 ? 28072 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0722 ? 3150 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0161 ? 2551 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 23.0254 ? 8242 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9T4V _struct.title 'Activation intermediate of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9T4V _struct_keywords.text 'ALC1, CHD1L, chromatin remodeler, DNA damage response, nucleosome, poly(ADP-ribose), DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 3 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 1 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 9T4V 9T4V ? 5 ? 1 6 PDB 9T4V 9T4V ? 6 ? 1 7 UNP CHD1L_HUMAN Q86WJ1 ? 7 ;FLLRLHTEGRAEAARVQEQDLRQWGLTGIHLRSYQLEGVNWLAQRFHCQNGCILGDEMGLGKTCQTIALFIYLAGRLNDE GPFLILCPLSVLSNWKEEMQRFAPGLSCVTYAGDKEERACLQQDLKQESRFHVLLTTYEICLKDASFLKSFPWSVLVVDE AHRLKNQSSLLHKTLSEFSVVFSLLLTGTPIQNSLQELYSLLSFVEPDLFSKEEVGDFIQRYQDIEKESESASELHKLLQ PFLLRRVKAEVATELPKKTEVVIYHGMSALQKKYYKAILMKDLDAFENETAKKVKLQNILSQLRKCVDHPYLFDGVEPEP FEVGDHLTEASGKLHLLDKLLAFLYSGGHRVLLFSQMTQMLDILQDYMDYRGYSYERVDGSVRGEERHLAIKNFGQQPIF VFLLSTRAGGVGMNLTAADTVIFVDSDFNPQNDLQAAARAHRIGQNKSVKVIRLIGRDTVEEIVYRKAASKLQLTNMIIE GGHFTLGAQKPAADADLQLSEILKFGLDKLLASEGSTMDEIDLESILGETKDGQWVSDALPAAEGGSRDQEEGKNHMYLF EGKDYSKEPSKEDRKSFEQLVNLQKTLLEKASQEGRSLRNKGSVLIPGLVEGSTKRKRVLSPEELEDRQKKRQEAAAKRR RLIEEKKRQKEEAEHKKKMAWWESNNYQSFCLPSEESEPEDLENGEESSAELDYQDPDATSLKYVSGDVTHPQAGAEDAL IVHCVDDSGHWGRGGLFTALEKRSAEPRKIYELAGKMKDLSLGGVLLFPVDDKESRNKGQDLLALIVAQHRDRSNVLSGI KMAALEEGLKKIFLAAKKKKASVHLPRIGHATKGFNWYGTERLIRKHLAARGIPTYIYYFPRSK ; 16 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9T4V A 2 ? 136 ? 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'initiating methionine' 0 1 1 9T4V ALA A 103 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 2 1 9T4V ALA A 111 ? UNP P84233 CYS 111 'engineered mutation' 110 3 3 9T4V ARG C 100 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 4 3 9T4V SER C 124 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 5 4 9T4V MET D 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 6 4 9T4V THR D 30 ? UNP P02281 SER 33 conflict 29 7 5 9T4V MET E 1 ? UNP P84233 ? ? 'initiating methionine' 0 8 5 9T4V ALA E 103 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 9 5 9T4V ALA E 111 ? UNP P84233 CYS 111 'engineered mutation' 110 10 7 9T4V ARG G 100 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 11 7 9T4V SER G 124 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 12 8 9T4V MET H 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 13 8 9T4V THR H 30 ? UNP P02281 SER 33 conflict 29 14 11 9T4V MET K 1 ? UNP Q86WJ1 ? ? 'initiating methionine' 15 15 11 9T4V ALA K 866 ? UNP Q86WJ1 ? ? 'expression tag' 880 16 11 9T4V HIS K 867 ? UNP Q86WJ1 ? ? 'expression tag' 881 17 11 9T4V HIS K 868 ? UNP Q86WJ1 ? ? 'expression tag' 882 18 11 9T4V HIS K 869 ? UNP Q86WJ1 ? ? 'expression tag' 883 19 11 9T4V HIS K 870 ? UNP Q86WJ1 ? ? 'expression tag' 884 20 11 9T4V HIS K 871 ? UNP Q86WJ1 ? ? 'expression tag' 885 21 11 9T4V HIS K 872 ? UNP Q86WJ1 ? ? 'expression tag' 886 22 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 11-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? 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J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 I DC 14 1_555 J DG 147 1_555 I DA 15 1_555 J DT 146 1_555 -0.390 1.582 3.503 7.437 -1.002 35.866 2.663 1.696 3.315 -1.605 -11.916 36.617 2 II_DC-70DA-69:DT69DG70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 I DA 15 1_555 J DT 146 1_555 I DG 16 1_555 J DC 145 1_555 0.774 0.855 2.598 -10.872 14.934 33.801 -0.225 -2.288 2.408 23.623 17.199 38.390 3 II_DA-69DG-68:DC68DT69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 I DG 16 1_555 J DC 145 1_555 I DA 17 1_555 J DT 144 1_555 -1.067 0.905 3.330 -0.352 -9.077 46.759 1.847 1.294 3.120 -11.311 0.438 47.585 4 II_DG-68DA-67:DT67DC68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? J 67 ? 1 I DA 17 1_555 J DT 144 1_555 I DA 18 1_555 J DT 143 1_555 0.562 -0.613 2.885 -1.947 -4.977 25.420 -0.139 -1.731 2.899 -11.153 4.363 25.967 5 II_DA-67DA-66:DT66DT67_JJ I -67 ? J 67 ? I -66 ? J 66 ? 1 I DA 18 1_555 J DT 143 1_555 I DT 19 1_555 J DA 142 1_555 0.150 -0.447 3.436 -2.740 -15.267 38.680 1.119 -0.525 3.356 -22.002 3.949 41.563 6 II_DA-66DT-65:DA65DT66_JJ I -66 ? J 66 ? 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J 28 ? 1 I DT 56 1_555 J DA 105 1_555 I DC 57 1_555 J DG 104 1_555 -0.080 0.302 3.876 -0.169 0.157 39.618 0.424 0.095 3.878 0.232 0.250 39.618 42 II_DT-28DC-27:DG27DA28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 57 1_555 J DG 104 1_555 I DT 58 1_555 J DA 103 1_555 -1.079 0.575 3.411 -2.009 -15.561 30.766 3.434 1.505 2.863 -27.222 3.514 34.449 43 II_DC-27DT-26:DA26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DT 58 1_555 J DA 103 1_555 I DA 59 1_555 J DT 102 1_555 0.425 2.191 2.937 6.826 -13.791 47.248 3.450 -0.093 2.289 -16.697 -8.264 49.554 44 II_DT-26DA-25:DT25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DA 59 1_555 J DT 102 1_555 I DG 60 1_555 J DC 101 1_555 0.192 0.553 3.104 -8.530 -3.457 30.701 1.584 -1.784 2.871 -6.352 15.673 32.019 45 II_DA-25DG-24:DC24DT25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DG 60 1_555 J DC 101 1_555 I DC 61 1_555 J DG 100 1_555 0.012 -1.123 3.481 1.598 4.707 33.255 -2.743 0.252 3.292 8.167 -2.773 33.614 46 II_DG-24DC-23:DG23DC24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DC 61 1_555 J DG 100 1_555 I DA 62 1_555 J DT 99 1_555 -0.536 -0.432 2.872 -6.046 10.187 35.920 -1.818 0.145 2.707 15.991 9.491 37.761 47 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DA 62 1_555 J DT 99 1_555 I DC 63 1_555 J DG 98 1_555 -0.072 -1.265 3.233 -4.197 3.142 33.917 -2.623 -0.518 3.093 5.346 7.141 34.308 48 II_DA-22DC-21:DG21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DC 63 1_555 J DG 98 1_555 I DC 64 1_555 J DG 97 1_555 -1.425 -1.222 3.525 -3.676 8.093 29.142 -4.037 1.939 3.228 15.632 7.101 30.440 49 II_DC-21DC-20:DG20DG21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 64 1_555 J DG 97 1_555 I DG 65 1_555 J DC 96 1_555 -0.576 -1.732 3.631 -1.614 2.193 25.370 -4.607 0.800 3.501 4.974 3.661 25.513 50 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 65 1_555 J DC 96 1_555 I DC 66 1_555 J DG 95 1_555 -0.244 0.322 3.079 -1.017 0.609 37.146 0.429 0.255 3.089 0.955 1.596 37.165 51 II_DG-19DC-18:DG18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? 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