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_refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 1.97 _refine.ls_d_res_low 1.97 _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work 129343 _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs 100.000 _refine.ls_percent_reflns_R_free 0.000 _refine.ls_R_factor_all 0.345 _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.3450 _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work 0.345 _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details NONE _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_work ? _refine.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_free ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.050 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B 2.910 _refine.overall_SU_ML 0.074 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall 0.8380 _refine.pdbx_average_fsc_work 0.8380 _refine.pdbx_average_fsc_free 0.0000 # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 0.011 695 ? r_bond_refined_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.000 0.016 522 ? r_bond_other_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.956 1.761 935 ? r_angle_refined_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.347 1.719 1209 ? r_angle_other_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.602 5.000 88 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.318 10.000 96 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.018 10.000 44 ? r_dihedral_angle_6_deg ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 0.200 75 ? r_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 0.020 904 ? r_gen_planes_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.001 0.020 196 ? r_gen_planes_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.191 0.200 79 ? r_nbd_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.196 0.200 373 ? r_symmetry_nbd_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.188 0.200 354 ? r_nbtor_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.080 0.200 403 ? r_symmetry_nbtor_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.119 0.200 17 ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.123 0.200 29 ? r_symmetry_nbd_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.204 0.200 148 ? r_nbd_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.085 0.200 16 ? r_symmetry_xyhbond_nbd_refined ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.337 2.684 355 ? r_mcbond_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.335 2.693 356 ? r_mcbond_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 2.345 4.798 442 ? r_mcangle_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 2.345 4.808 443 ? r_mcangle_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.987 3.011 340 ? r_scbond_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.976 2.994 339 ? r_scbond_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.523 5.403 493 ? r_scangle_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.519 5.413 494 ? r_scangle_other ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.068 26.861 750 ? r_lrange_it ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.098 26.917 750 ? r_lrange_other ? ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.wR_factor_all _refine_ls_shell.wR_factor_obs _refine_ls_shell.wR_factor_R_free _refine_ls_shell.wR_factor_R_work _refine_ls_shell.pdbx_R_complete _refine_ls_shell.correlation_coeff_Fo_to_Fc _refine_ls_shell.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free _refine_ls_shell.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_work _refine_ls_shell.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_free _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.pdbx_phase_error _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free 'ELECTRON MICROSCOPY' 1.965 2.016 9646 . 0 9646 100.0000 . 0.727 . . 0.727 . . . . . 0.727 . . . . . 20 . 0.602 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.016 2.072 9313 . 0 9313 100.0000 . 0.482 . . 0.482 . . . . . 0.482 . . . . . 20 . 0.687 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.072 2.132 9005 . 0 9005 100.0000 . 0.447 . . 0.447 . . . . . 0.447 . . . . . 20 . 0.733 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.132 2.197 8840 . 0 8840 100.0000 . 0.425 . . 0.425 . . . . . 0.425 . . . . . 20 . 0.760 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.197 2.269 8569 . 0 8569 100.0000 . 0.392 . . 0.392 . . . . . 0.392 . . . . . 20 . 0.797 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.269 2.349 8242 . 0 8242 100.0000 . 0.356 . . 0.356 . . . . . 0.356 . . . . . 20 . 0.841 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.349 2.438 8014 . 0 8014 100.0000 . 0.334 . . 0.334 . . . . . 0.334 . . . . . 20 . 0.863 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.438 2.537 7591 . 0 7591 100.0000 . 0.315 . . 0.315 . . . . . 0.315 . . . . . 20 . 0.872 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.537 2.650 7408 . 0 7408 100.0000 . 0.307 . . 0.307 . . . . . 0.307 . . . . . 20 . 0.888 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.650 2.779 7046 . 0 7046 100.0000 . 0.290 . . 0.290 . . . . . 0.290 . . . . . 20 . 0.906 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.779 2.929 6657 . 0 6657 100.0000 . 0.282 . . 0.282 . . . . . 0.282 . . . . . 20 . 0.921 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.929 3.107 6312 . 0 6312 100.0000 . 0.265 . . 0.265 . . . . . 0.265 . . . . . 20 . 0.931 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.107 3.321 5838 . 0 5838 100.0000 . 0.263 . . 0.263 . . . . . 0.263 . . . . . 20 . 0.942 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.321 3.587 5549 . 0 5549 100.0000 . 0.261 . . 0.261 . . . . . 0.261 . . . . . 20 . 0.946 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.587 3.929 5140 . 0 5140 100.0000 . 0.264 . . 0.264 . . . . . 0.264 . . . . . 20 . 0.946 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.929 4.391 4576 . 0 4576 100.0000 . 0.265 . . 0.265 . . . . . 0.265 . . . . . 20 . 0.946 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 4.391 5.069 4027 . 0 4027 100.0000 . 0.271 . . 0.271 . . . . . 0.271 . . . . . 20 . 0.951 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 5.069 6.205 3461 . 0 3461 100.0000 . 0.292 . . 0.292 . . . . . 0.292 . . . . . 20 . 0.933 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 6.205 8.759 2654 . 0 2654 100.0000 . 0.420 . . 0.420 . . . . . 0.420 . . . . . 20 . 0.871 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 8.759 102.700 1455 . 0 1455 100.0000 . 1.023 . . 1.023 . . . . . 1.023 . . . . . 20 . 0.889 . . # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 ? 2 given 0.998729 -0.050412 0 6.4501 0.050412 0.998729 0 -6.1327 0 0 1 -9.597 ? 3 given 0.999682 -0.025214 0 3.1864 0.025214 0.999682 0 -3.107 0 0 1 -4.7985 ? 4 given 0.999682 0.025214 0 -3.107 -0.025214 0.999682 0 3.1864 0 0 1 4.7985 ? 5 given 0.998729 0.050412 0 -6.1327 -0.050412 0.998729 0 6.4501 0 0 1 9.597 ? # _struct.entry_id 9THN _struct.title 'TAF15 amyloid filament fold B variant 2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9THN _struct_keywords.text 'Amyloid Neurodegeneration Frontotemporal lobar degeneration, PROTEIN FIBRIL' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN FIBRIL' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code RBP56_HUMAN _struct_ref.pdbx_db_accession Q92804 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQSGYSQSYGGYENQKQSSYSQ QPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHT QDDRRDVSRYGEDNRGYGGSQGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFDGKEFHGNIIKVSFATR RPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYG GERGYRGRGGRGGDRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSGYGGDRSGGYGGDRSGGGYGG DRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9THN A 1 ? 592 ? Q92804 1 ? 592 ? 1 592 2 1 9THN C 1 ? 592 ? Q92804 1 ? 592 ? 1 592 3 1 9THN E 1 ? 592 ? Q92804 1 ? 592 ? 1 592 4 1 9THN G 1 ? 592 ? Q92804 1 ? 592 ? 1 592 5 1 9THN I 1 ? 592 ? Q92804 1 ? 592 ? 1 592 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? 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