data_9V9H # _entry.id 9V9H # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.414 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9V9H pdb_00009v9h 10.2210/pdb9v9h/pdb WWPDB D_1300059796 ? ? EMDB EMD-64872 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-06-10 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-06-10 ? 3 Image 1 0 2026-06-10 ? 4 'Primary map' 1 0 2026-06-10 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 Image repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9V9H _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-05-30 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB ;Low-resolution EM map of the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex, used as a template for fitting high-resolution cPRC1-bound nucleosome density maps ; EMD-64867 'consensus EM volume' EMDB 'Constituent EM map: Focused refinement of NCP_1 in the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex' EMD-64857 'focused EM volume' EMDB 'Constituent EM map: Focused refinement of RNF2&BMI1 bounded NCP_1 in the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex' EMD-64860 'focused EM volume' EMDB 'Constituent EM map: Focused refinement of NCP_2 in the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex' EMD-64863 'focused EM volume' EMDB 'Constituent EM map: Focused refinement of RNF2&BMI1 bounded NCP_2 in the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex' EMD-64864 'focused EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex' EMD-64872 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email huangjing@shsmu.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Jing _pdbx_contact_author.name_last Huang _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-0481-8702 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Yu, Y.' 1 0009-0005-3856-5802 'Cai, D.' 2 ? 'Zhang, Y.Z.' 3 0000-0002-2746-0096 'Huang, J.' 4 0000-0002-0481-8702 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structural mechanisms of PRC1-mediated interplay between gene repression and activation' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Yu, Y.' 1 0009-0005-3856-5802 primary 'Cai, D.' 2 ? primary 'Zhang, Y.Z.' 3 0000-0002-2746-0096 primary 'Huang, J.' 4 0000-0002-0481-8702 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Histone H3.1' 15437.167 4 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Histone H4' 11394.426 4 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Histone H2A type 1-H' 13935.305 4 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Histone H2B type 1-C/E/F/G/I' 13937.213 4 ? ? ? ? 5 polymer nat 'DNA (276-MER)' 85179.109 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'DNA (276-MER)' 85290.156 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Polycomb complex protein BMI-1' 37006.062 2 ? ? ? ? 8 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase RING2' 37706.371 2 2.3.2.27 ? ? ? 9 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 8 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'H2A-clustered histone 12,Histone H2A/s' 4 'Histone H2B.1 A,Histone H2B.a,H2B/a,Histone H2B.g,H2B/g,Histone H2B.h,H2B/h,Histone H2B.k,H2B/k,Histone H2B.l,H2B/l' 7 'Polycomb group RING finger protein 4,RING finger protein 51' 8 ;Huntingtin-interacting protein 2-interacting protein 3,HIP2-interacting protein 3,Protein DinG,RING finger protein 1B,RING1b,RING finger protein 2,RING finger protein BAP-1,RING-type E3 ubiquitin transferase RING2 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E,K,M ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F,Q,R ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAK ; C,G,L,O ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H,N,P ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA) ; ;TATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAG CGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAA TTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCC CTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGA ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) ; ;TCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGGAGAATCCCGGTGCCG AGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAG GGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATA ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MHRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIVY KLVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANGSNEDRGEVADEDKRIITDDEIISLSIEFFDQNRLDRKVNKDKEKSKEEVND KRYLRCPAAMTVMHLRKFLRSKMDIPNTFQIDVMYEEEPLKDYYTLMDIAYIYTWRRNGPLPLKYRVRPTCKRMKISHQR DGLTNAGELESDSGSDKANSPAGGIPSTSSCLPSPSTPVQSPHPQFPHISSTMNGTSNSPSGNHQSSFANRPRKSSVNGS SATSSG ; ;MHRTTRIKITELNPHLMCVLCGGYFIDATTIIECLHSFCKTCIVRYLETSKYCPICDVQVHKTRPLLNIRSDKTLQDIVY KLVPGLFKNEMKRRRDFYAAHPSADAANGSNEDRGEVADEDKRIITDDEIISLSIEFFDQNRLDRKVNKDKEKSKEEVND KRYLRCPAAMTVMHLRKFLRSKMDIPNTFQIDVMYEEEPLKDYYTLMDIAYIYTWRRNGPLPLKYRVRPTCKRMKISHQR DGLTNAGELESDSGSDKANSPAGGIPSTSSCLPSPSTPVQSPHPQFPHISSTMNGTSNSPSGNHQSSFANRPRKSSVNGS SATSSG ; S,U ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITAL RSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSRDEYEAHQERVLARINKHNNQQALSHSIEEGLKIQAMNRLQRGK KQQIENGSGAEDNGDSSHCSNASTHSNQEAGPSNKRTKTSDDSGLELDNNNAAMAIDPVMDGASEIELVFRPHPTLMEKD DSAQTRYIKTSGNATVDHLSKYLAVRLALEELRSKGESNQMNLDTASEKQYTIYIATASGQFTVLNGSFSLELVSEKYWK VNKPMELYYAPTKEHK ; ;MSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITAL RSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSRDEYEAHQERVLARINKHNNQQALSHSIEEGLKIQAMNRLQRGK KQQIENGSGAEDNGDSSHCSNASTHSNQEAGPSNKRTKTSDDSGLELDNNNAAMAIDPVMDGASEIELVFRPHPTLMEKD DSAQTRYIKTSGNATVDHLSKYLAVRLALEELRSKGESNQMNLDTASEKQYTIYIATASGQFTVLNGSFSLELVSEKYWK VNKPMELYYAPTKEHK ; T,V ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 PRO n 1 68 PHE n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 ARG n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 76 ALA n 1 77 GLN n 1 78 ASP n 1 79 PHE n 1 80 LYS n 1 81 THR n 1 82 ASP n 1 83 LEU n 1 84 ARG n 1 85 PHE n 1 86 GLN n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 ALA n 1 90 VAL n 1 91 MET n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 GLN n 1 95 GLU n 1 96 ALA n 1 97 CYS n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 TYR n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 GLY n 1 104 LEU n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ASP n 1 108 THR n 1 109 ASN n 1 110 LEU n 1 111 CYS n 1 112 ALA n 1 113 ILE n 1 114 HIS n 1 115 ALA n 1 116 LYS n 1 117 ARG n 1 118 VAL n 1 119 THR n 1 120 ILE n 1 121 MET n 1 122 PRO n 1 123 LYS n 1 124 ASP n 1 125 ILE n 1 126 GLN n 1 127 LEU n 1 128 ALA n 1 129 ARG n 1 130 ARG n 1 131 ILE n 1 132 ARG n 1 133 GLY n 1 134 GLU n 1 135 ARG n 1 136 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 VAL n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5117 ? 40119 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0355 ? 4588 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0030 ? 3154 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 29.2436 ? 7654 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9V9H _struct.title 'Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9V9H _struct_keywords.text 'nucleosome modification, transcriptional regulation, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 1 ? L N N 3 ? M N N 1 ? N N N 4 ? O N N 3 ? P N N 4 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? 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'DG-DC PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 SG ? 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X ZN . ? S ZN 402 ? 1_555 SG ? S CYS 56 ? S CYS 56 ? 1_555 111.9 ? 11 ND1 ? S HIS 36 ? S HIS 36 ? 1_555 ZN ? X ZN . ? S ZN 402 ? 1_555 SG ? S CYS 56 ? S CYS 56 ? 1_555 164.3 ? 12 SG ? S CYS 53 ? S CYS 53 ? 1_555 ZN ? X ZN . ? S ZN 402 ? 1_555 SG ? S CYS 56 ? S CYS 56 ? 1_555 112.0 ? 13 SG ? T CYS 51 ? T CYS 51 ? 1_555 ZN ? Y ZN . ? T ZN 401 ? 1_555 SG ? T CYS 54 ? T CYS 54 ? 1_555 109.7 ? 14 SG ? T CYS 51 ? T CYS 51 ? 1_555 ZN ? Y ZN . ? T ZN 401 ? 1_555 SG ? T CYS 72 ? T CYS 72 ? 1_555 105.9 ? 15 SG ? T CYS 54 ? T CYS 54 ? 1_555 ZN ? Y ZN . ? T ZN 401 ? 1_555 SG ? T CYS 72 ? T CYS 72 ? 1_555 111.5 ? 16 SG ? T CYS 51 ? T CYS 51 ? 1_555 ZN ? Y ZN . ? T ZN 401 ? 1_555 SG ? T CYS 75 ? T CYS 75 ? 1_555 112.1 ? 17 SG ? T CYS 54 ? T CYS 54 ? 1_555 ZN ? Y ZN . ? T ZN 401 ? 1_555 SG ? T CYS 75 ? T CYS 75 ? 1_555 106.1 ? 18 SG ? T CYS 72 ? T CYS 72 ? 1_555 ZN ? Y ZN . ? T ZN 401 ? 1_555 SG ? T CYS 75 ? T CYS 75 ? 1_555 111.7 ? 19 SG ? T CYS 67 ? T CYS 67 ? 1_555 ZN ? Z ZN . ? 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V CYS 54 ? 1_555 107.4 ? 38 SG ? V CYS 51 ? V CYS 51 ? 1_555 ZN ? CA ZN . ? V ZN 401 ? 1_555 SG ? V CYS 72 ? V CYS 72 ? 1_555 108.1 ? 39 SG ? V CYS 54 ? V CYS 54 ? 1_555 ZN ? CA ZN . ? V ZN 401 ? 1_555 SG ? V CYS 72 ? V CYS 72 ? 1_555 114.8 ? 40 SG ? V CYS 51 ? V CYS 51 ? 1_555 ZN ? CA ZN . ? V ZN 401 ? 1_555 SG ? V CYS 75 ? V CYS 75 ? 1_555 113.1 ? 41 SG ? V CYS 54 ? V CYS 54 ? 1_555 ZN ? CA ZN . ? V ZN 401 ? 1_555 SG ? V CYS 75 ? V CYS 75 ? 1_555 104.0 ? 42 SG ? V CYS 72 ? V CYS 72 ? 1_555 ZN ? CA ZN . ? V ZN 401 ? 1_555 SG ? V CYS 75 ? V CYS 75 ? 1_555 109.6 ? 43 SG ? V CYS 67 ? V CYS 67 ? 1_555 ZN ? DA ZN . ? V ZN 402 ? 1_555 ND1 ? V HIS 69 ? V HIS 69 ? 1_555 85.7 ? 44 SG ? V CYS 67 ? V CYS 67 ? 1_555 ZN ? DA ZN . ? V ZN 402 ? 1_555 SG ? V CYS 87 ? V CYS 87 ? 1_555 111.7 ? 45 ND1 ? V HIS 69 ? V HIS 69 ? 1_555 ZN ? DA ZN . ? V ZN 402 ? 1_555 SG ? V CYS 87 ? V CYS 87 ? 1_555 120.0 ? 46 SG ? V CYS 67 ? V CYS 67 ? 1_555 ZN ? DA ZN . ? V ZN 402 ? 1_555 SG ? V CYS 90 ? V CYS 90 ? 1_555 112.2 ? 47 ND1 ? V HIS 69 ? V HIS 69 ? 1_555 ZN ? DA ZN . ? V ZN 402 ? 1_555 SG ? V CYS 90 ? V CYS 90 ? 1_555 113.4 ? 48 SG ? V CYS 87 ? V CYS 87 ? 1_555 ZN ? DA ZN . ? V ZN 402 ? 1_555 SG ? V CYS 90 ? V CYS 90 ? 1_555 111.3 ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AB1 1 2 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB5 1 2 ? parallel AB6 1 2 ? parallel AB7 1 2 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB9 1 2 ? parallel AC1 1 2 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 84 ? PHE A 85 ? ARG A 83 PHE A 84 AA1 2 THR B 81 ? VAL B 82 ? THR B 80 VAL B 81 AA2 1 THR A 119 ? ILE A 120 ? THR A 118 ILE A 119 AA2 2 ARG B 46 ? ILE B 47 ? ARG B 45 ILE B 46 AA3 1 THR B 97 ? TYR B 99 ? THR B 96 TYR B 98 AA3 2 VAL G 101 ? ILE G 103 ? VAL G 100 ILE G 102 AA4 1 ARG C 43 ? VAL C 44 ? ARG C 42 VAL C 43 AA4 2 THR D 89 ? ILE D 90 ? THR D 88 ILE D 89 AA5 1 VAL C 101 ? ILE C 103 ? VAL C 100 ILE C 102 AA5 2 THR F 97 ? TYR F 99 ? THR F 96 TYR F 98 AA6 1 ARG E 84 ? PHE E 85 ? ARG E 83 PHE E 84 AA6 2 THR F 81 ? VAL F 82 ? THR F 80 VAL F 81 AA7 1 THR E 119 ? ILE E 120 ? THR E 118 ILE E 119 AA7 2 ARG F 46 ? ILE F 47 ? ARG F 45 ILE F 46 AA8 1 ARG G 43 ? VAL G 44 ? ARG G 42 VAL G 43 AA8 2 THR H 89 ? ILE H 90 ? THR H 88 ILE H 89 AA9 1 ARG G 78 ? ILE G 79 ? ARG G 77 ILE G 78 AA9 2 GLY H 54 ? ILE H 55 ? GLY H 53 ILE H 54 AB1 1 ARG K 84 ? PHE K 85 ? ARG K 83 PHE K 84 AB1 2 THR Q 81 ? VAL Q 82 ? THR Q 80 VAL Q 81 AB2 1 THR K 119 ? ILE K 120 ? THR K 118 ILE K 119 AB2 2 ARG Q 46 ? ILE Q 47 ? ARG Q 45 ILE Q 46 AB3 1 ARG L 43 ? VAL L 44 ? ARG L 42 VAL L 43 AB3 2 THR P 89 ? ILE P 90 ? THR P 88 ILE P 89 AB4 1 ARG L 78 ? ILE L 79 ? ARG L 77 ILE L 78 AB4 2 GLY P 54 ? ILE P 55 ? GLY P 53 ILE P 54 AB5 1 VAL L 101 ? ILE L 103 ? VAL L 100 ILE L 102 AB5 2 THR Q 97 ? TYR Q 99 ? THR Q 96 TYR Q 98 AB6 1 ARG M 84 ? PHE M 85 ? ARG M 83 PHE M 84 AB6 2 THR R 81 ? VAL R 82 ? THR R 80 VAL R 81 AB7 1 THR M 119 ? ILE M 120 ? THR M 118 ILE M 119 AB7 2 ARG R 46 ? ILE R 47 ? ARG R 45 ILE R 46 AB8 1 GLY N 54 ? ILE N 55 ? GLY N 53 ILE N 54 AB8 2 ARG O 78 ? ILE O 79 ? ARG O 77 ILE O 78 AB9 1 THR N 89 ? ILE N 90 ? THR N 88 ILE N 89 AB9 2 ARG O 43 ? VAL O 44 ? ARG O 42 VAL O 43 AC1 1 VAL O 101 ? THR O 102 ? VAL O 100 THR O 101 AC1 2 THR R 97 ? LEU R 98 ? THR R 96 LEU R 97 AC2 1 SER S 37 ? CYS S 39 ? SER S 37 CYS S 39 AC2 2 ALA S 28 ? ILE S 31 ? ALA S 28 ILE S 31 AC2 3 ILE S 69 ? ARG S 70 ? ILE S 69 ARG S 70 AC3 1 MET T 50 ? CYS T 51 ? MET T 50 CYS T 51 AC3 2 ASP T 56 ? MET T 57 ? ASP T 56 MET T 57 AC4 1 ARG T 70 ? CYS T 72 ? ARG T 70 CYS T 72 AC4 2 THR T 61 ? THR T 64 ? THR T 61 THR T 64 AC4 3 LEU T 100 ? ARG T 101 ? LEU T 100 ARG T 101 AC5 1 SER U 37 ? CYS U 39 ? SER U 37 CYS U 39 AC5 2 ALA U 28 ? ILE U 31 ? ALA U 28 ILE U 31 AC5 3 ILE U 69 ? SER U 71 ? ILE U 69 SER U 71 AC6 1 ARG V 70 ? CYS V 72 ? ARG V 70 CYS V 72 AC6 2 THR V 61 ? THR V 63 ? THR V 61 THR V 63 AC6 3 ARG V 101 ? PRO V 102 ? ARG V 101 PRO V 102 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 84 ? 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