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EMDB EMD-65338 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-02-11 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-02-11 ? 3 'Additional map' 1 0 2026-02-11 1 4 'Additional map' 1 0 2026-02-11 2 5 FSC 1 0 2026-02-11 ? 6 'Half map' 1 0 2026-02-11 1 7 'Half map' 1 0 2026-02-11 2 8 Image 1 0 2026-02-11 ? 9 Mask 1 0 2026-02-11 1 10 'Primary map' 1 0 2026-02-11 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 FSC repository 'Initial release' ? ? 6 6 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 8 8 Image repository 'Initial release' ? ? 9 9 Mask repository 'Initial release' ? ? 10 10 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9VTP _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-07-11 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Target DNA-bound type I-F3 TniQ-Cascade of Vibrio parahaemolyticus in partial R-loop state' _pdbx_database_related.db_id EMD-65338 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email tomoyuki.numata94@agr.kyushu-u.ac.jp _pdbx_contact_author.name_first Tomoyuki _pdbx_contact_author.name_last Numata _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4244-8829 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ishihara, K.' 1 0009-0005-1754-7533 'Numata, T.' 2 0000-0002-4244-8829 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nucleic Acids Res.' _citation.journal_id_ASTM NARHAD _citation.journal_id_CSD 0389 _citation.journal_id_ISSN 1362-4962 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 54 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title ;Sequential structural rearrangements at the PAM-distal site of a type I-F3 CRISPR-Cas effector enabling RNA-guided DNA transposition. ; _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/nar/gkaf1415 _citation.pdbx_database_id_PubMed 41495894 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ishihara, K.' 1 ? primary 'Matsumoto, S.' 2 ? primary 'Gerle, C.' 3 0000-0002-7265-2804 primary 'Gopalasingam, C.C.' 4 ? primary 'Shigematsu, H.' 5 ? primary 'Shirai, T.' 6 ? primary 'Numata, T.' 7 0000-0002-4244-8829 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'crRNA from Vibrio parahaemolyticus' 19405.658 1 ? ? ? ? 2 polymer syn 'Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300' 23027.676 1 ? ? ? ? 3 polymer syn 'Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300' 23224.912 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Type I-F CRISPR-associated protein Csy3' 39455.414 6 ? ? ? ? 5 polymer man 'CRISPR-associated protein Csy2' 71108.406 1 ? ? ? 'Chain g corresponds to an unassignable region of the Cas8/5 helical bundle in chain G (residues 326-389).' 6 polymer man 'CRISPR-associated protein, Csy4 family' 22919.000 1 ? ? ? ? 7 polymer man TniQ 47357.113 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polyribonucleotide no no CUGAUAAUGAGAUACCACAAGCUCAAGCAGAUGCUAACAGGUGAACUGCCGAAUAGGUAG CUGAUAAUGAGAUACCACAAGCUCAAGCAGAUGCUAACAGGUGAACUGCCGAAUAGGUAG 1 ? 2 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT) ; CAGCCGCTTCATCATTCAGCCTGTTAGCATCTGCTTGAGCCTGTGGTATCCGGGTGTTTACGTAAGACTCTGCTT 2 ? 3 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) ; AAGCAGAGTCTTACGTAAACACCCGGATACCACAGGCTCAAGCAGATGCTAACAGGCTGAATGATGAAGCGGCTG 3 ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MKLPNGLSYMKSIEASDVIFLVNWPDGRKTPLPYTSRVALGMKEGSKSAYKYDGQIDADVTAYSLAQGNPHEIDFCCVPY GAESIECEFSVSFASSLRKPFKCSDPEVKRTLVQLIKLYEEKVGWEELANRFLENICNGRWLWRNNECTYSTSIGIKPWP WEDEKAISPFHDIRKNYAGTNHFRDHKDWDNLIKLITDAFSQPNGLCIFEVSATFRLGTNAPIYPSQVFKDSVKGEKNRI YQSTDVDGESSPILGCYKTGAAIATIDDWYPDADKPIRISHYGAHREDVYCYRHPNTGKDLFTLLEKADQYLEQLQATDV LPDEMINDLHFIVANLIKGGLLQQKGT ; ;MKLPNGLSYMKSIEASDVIFLVNWPDGRKTPLPYTSRVALGMKEGSKSAYKYDGQIDADVTAYSLAQGNPHEIDFCCVPY GAESIECEFSVSFASSLRKPFKCSDPEVKRTLVQLIKLYEEKVGWEELANRFLENICNGRWLWRNNECTYSTSIGIKPWP WEDEKAISPFHDIRKNYAGTNHFRDHKDWDNLIKLITDAFSQPNGLCIFEVSATFRLGTNAPIYPSQVFKDSVKGEKNRI YQSTDVDGESSPILGCYKTGAAIATIDDWYPDADKPIRISHYGAHREDVYCYRHPNTGKDLFTLLEKADQYLEQLQATDV LPDEMINDLHFIVANLIKGGLLQQKGT ; A,B,C,D,E,F ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MATLAEILDNKTDDLNKDLRRAFRPLSAPVDISDTPIEALTILVNLTDRVIEQKNLLDRQKCKDKLRDEKWWANCFRTVK YRQSHNPKFPDIRANGVIRAAPVGHLPACMLSSSKLPQNSWAYANDSSQMNKSCFLTSEFIWNGDVHCLGQLLTELEHPL WNVLRKLGCYVKTAKYISKELALIPPLEINTSLVRNYLAQISLPNNEDSYISLSPVVSQSMQEDCYQVLSEHYRFSAITR FSRATNMGTLAMSCGGKFKMIRSLPPIEKYQHHHLDSVNWLTKRSVRAIRDYTESSVWVISPNKLALRKKSIIGDIKMML SQWLR(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)KYLLLPNLRISGASAMNTSVSIGIPSMMAFYGFVHAFQRNVQTANPNFKIESFAVCIHNIHVENRGLTREWVPNT KGQITAPATRDDWQCDVAVSLILRCSHYSQLIPRDFIRLLPGRIARGKVTVSISDIKHLGRCLSLADAIKAIPVETGRWL SLNNEVTLNSIQDVIDELKNNKLQTVNCIGYHRLETPCEKRGSLHGYKHAFVETILGIIKFLTISENTNPSQYFWQYHYS KQGPILLPRSVSDETS ; ;MATLAEILDNKTDDLNKDLRRAFRPLSAPVDISDTPIEALTILVNLTDRVIEQKNLLDRQKCKDKLRDEKWWANCFRTVK YRQSHNPKFPDIRANGVIRAAPVGHLPACMLSSSKLPQNSWAYANDSSQMNKSCFLTSEFIWNGDVHCLGQLLTELEHPL WNVLRKLGCYVKTAKYISKELALIPPLEINTSLVRNYLAQISLPNNEDSYISLSPVVSQSMQEDCYQVLSEHYRFSAITR FSRATNMGTLAMSCGGKFKMIRSLPPIEKYQHHHLDSVNWLTKRSVRAIRDYTESSVWVISPNKLALRKKSIIGDIKMML SQWLRXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXKYLLLPNLRIS GASAMNTSVSIGIPSMMAFYGFVHAFQRNVQTANPNFKIESFAVCIHNIHVENRGLTREWVPNTKGQITAPATRDDWQCD VAVSLILRCSHYSQLIPRDFIRLLPGRIARGKVTVSISDIKHLGRCLSLADAIKAIPVETGRWLSLNNEVTLNSIQDVID ELKNNKLQTVNCIGYHRLETPCEKRGSLHGYKHAFVETILGIIKFLTISENTNPSQYFWQYHYSKQGPILLPRSVSDETS ; G ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MDWHYRTITFLPEYRNNEAIAAKCIKELHRFNYKYETRSIGVSFPLWGQETVGRKITFVSTNKMELDFLISRRYFVQMTK LGYFSISTTQTVPDDCSYVLFKRAHSIDKGTFAGRARELKRLERRALERGEIFDPIAYSKTTSHAFQSYHSLEEDSSSGN KFRLNIQMKERSGTVGTGKFSSYGLGNTDNSLQVVPLI ; ;MDWHYRTITFLPEYRNNEAIAAKCIKELHRFNYKYETRSIGVSFPLWGQETVGRKITFVSTNKMELDFLISRRYFVQMTK LGYFSISTTQTVPDDCSYVLFKRAHSIDKGTFAGRARELKRLERRALERGEIFDPIAYSKTTSHAFQSYHSLEEDSSSGN KFRLNIQMKERSGTVGTGKFSSYGLGNTDNSLQVVPLI ; H ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GPRISEFMVQMMLLQRPKSYPDESLESFFIRVANKNGYNDVHWFLVAVKRYLLDIDPRKFQTFPTDICCINPYSSKKHSI SRTHALHHLSQLTFNEPVDLLGIALNRNQMQFSPSTTALIRGAEVIPRSLLRKGAIPCCPCCLGEHGYASYRWHFSGYEY CHEHDVKLIERCSCGAIYDYRYAGLSGVCTECGENISASQENHEPKATRIASWLAGDDVKPLPDVPLSYRWGFMHWWSQI SSSCKTRNNGEFLAFWEHWPNSFHKLIGKEIDFNFEYCVLSKNDLRVKDILGKILFSSIQLPDRNFRSNIILKEMFQYIE THLWDDNGKLANLRMNMLEICVLLNCSREQVTSMIEQGLLPPNRQLGKREILIVTEYAFYLGDVYCLWLSEFQSDEFNRS FYLSRW ; ;GPRISEFMVQMMLLQRPKSYPDESLESFFIRVANKNGYNDVHWFLVAVKRYLLDIDPRKFQTFPTDICCINPYSSKKHSI SRTHALHHLSQLTFNEPVDLLGIALNRNQMQFSPSTTALIRGAEVIPRSLLRKGAIPCCPCCLGEHGYASYRWHFSGYEY CHEHDVKLIERCSCGAIYDYRYAGLSGVCTECGENISASQENHEPKATRIASWLAGDDVKPLPDVPLSYRWGFMHWWSQI SSSCKTRNNGEFLAFWEHWPNSFHKLIGKEIDFNFEYCVLSKNDLRVKDILGKILFSSIQLPDRNFRSNIILKEMFQYIE THLWDDNGKLANLRMNMLEICVLLNCSREQVTSMIEQGLLPPNRQLGKREILIVTEYAFYLGDVYCLWLSEFQSDEFNRS FYLSRW ; I,J ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name 'MAGNESIUM ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 C n 1 2 U n 1 3 G n 1 4 A n 1 5 U n 1 6 A n 1 7 A n 1 8 U n 1 9 G n 1 10 A n 1 11 G n 1 12 A n 1 13 U n 1 14 A n 1 15 C n 1 16 C n 1 17 A n 1 18 C n 1 19 A n 1 20 A n 1 21 G n 1 22 C n 1 23 U n 1 24 C n 1 25 A n 1 26 A n 1 27 G n 1 28 C n 1 29 A n 1 30 G n 1 31 A n 1 32 U n 1 33 G n 1 34 C n 1 35 U n 1 36 A n 1 37 A n 1 38 C n 1 39 A n 1 40 G n 1 41 G n 1 42 U n 1 43 G n 1 44 A n 1 45 A n 1 46 C n 1 47 U n 1 48 G n 1 49 C n 1 50 C n 1 51 G 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ASN J 391 TYR J 395 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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A U 13 O4 ? ? ? 1_555 B DA 48 N6 ? ? 1 U 13 2 DA 48 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A C 15 N3 ? ? ? 1_555 B DG 46 N1 ? ? 1 C 15 2 DG 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A C 15 N4 ? ? ? 1_555 B DG 46 O6 ? ? 1 C 15 2 DG 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A C 15 O2 ? ? ? 1_555 B DG 46 N2 ? ? 1 C 15 2 DG 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A C 16 N3 ? ? ? 1_555 B DG 45 N1 ? ? 1 C 16 2 DG 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A C 16 N4 ? ? ? 1_555 B DG 45 O6 ? ? 1 C 16 2 DG 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A C 16 O2 ? ? ? 1_555 B DG 45 N2 ? ? 1 C 16 2 DG 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? A A 17 N1 ? ? ? 1_555 B DT 44 N3 ? ? 1 A 17 2 DT 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? A A 17 N6 ? ? ? 1_555 B DT 44 O4 ? ? 1 A 17 2 DT 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? A C 18 N3 ? ? ? 1_555 B DG 43 N1 ? ? 1 C 18 2 DG 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? A C 18 N4 ? ? ? 1_555 B DG 43 O6 ? ? 1 C 18 2 DG 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? A C 18 O2 ? ? ? 1_555 B DG 43 N2 ? ? 1 C 18 2 DG 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? A A 19 N1 ? ? ? 1_555 B DT 42 N3 ? ? 1 A 19 2 DT 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? A A 19 N6 ? ? ? 1_555 B DT 42 O4 ? ? 1 A 19 2 DT 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? A G 21 N1 ? ? ? 1_555 B DC 40 N3 ? ? 1 G 21 2 DC 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? A G 21 N2 ? ? ? 1_555 B DC 40 O2 ? ? 1 G 21 2 DC 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? A G 21 O6 ? ? ? 1_555 B DC 40 N4 ? ? 1 G 21 2 DC 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? A C 22 N3 ? ? ? 1_555 B DG 39 N1 ? ? 1 C 22 2 DG 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? A C 22 N4 ? ? ? 1_555 B DG 39 O6 ? ? 1 C 22 2 DG 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? A C 22 O2 ? ? ? 1_555 B DG 39 N2 ? ? 1 C 22 2 DG 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? A U 23 N3 ? ? ? 1_555 B DA 38 N1 ? ? 1 U 23 2 DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? A U 23 O4 ? ? ? 1_555 B DA 38 N6 ? ? 1 U 23 2 DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? A C 24 N3 ? ? ? 1_555 B DG 37 N1 ? ? 1 C 24 2 DG 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? A C 24 N4 ? ? ? 1_555 B DG 37 O6 ? ? 1 C 24 2 DG 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? A C 24 O2 ? ? ? 1_555 B DG 37 N2 ? ? 1 C 24 2 DG 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? A A 25 N1 ? ? ? 1_555 B DT 36 N3 ? ? 1 A 25 2 DT 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? A A 25 N6 ? ? ? 1_555 B DT 36 O4 ? ? 1 A 25 2 DT 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? A G 27 N1 ? ? ? 1_555 B DC 34 N3 ? ? 1 G 27 2 DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? A G 27 N2 ? ? ? 1_555 B DC 34 O2 ? ? 1 G 27 2 DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? A G 27 O6 ? ? ? 1_555 B DC 34 N4 ? ? 1 G 27 2 DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? A C 28 N3 ? ? ? 1_555 B DG 33 N1 ? ? 1 C 28 2 DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? A C 28 N4 ? ? ? 1_555 B DG 33 O6 ? ? 1 C 28 2 DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? A C 28 O2 ? ? ? 1_555 B DG 33 N2 ? ? 1 C 28 2 DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? A A 29 N1 ? ? ? 1_555 B DT 32 N3 ? ? 1 A 29 2 DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? A A 29 N6 ? ? ? 1_555 B DT 32 O4 ? ? 1 A 29 2 DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? A G 30 N1 ? ? ? 1_555 B DC 31 N3 ? ? 1 G 30 2 DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? A G 30 N2 ? ? ? 1_555 B DC 31 O2 ? ? 1 G 30 2 DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? A G 30 O6 ? ? ? 1_555 B DC 31 N4 ? ? 1 G 30 2 DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? A A 31 N1 ? ? ? 1_555 B DT 30 N3 ? ? 1 A 31 2 DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? A A 31 N6 ? ? ? 1_555 B DT 30 O4 ? ? 1 A 31 2 DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? A G 33 N1 ? ? ? 1_555 B DC 28 N3 ? ? 1 G 33 2 DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? A G 33 N2 ? ? ? 1_555 B DC 28 O2 ? ? 1 G 33 2 DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? A G 33 O6 ? ? ? 1_555 B DC 28 N4 ? ? 1 G 33 2 DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? A C 34 N3 ? ? ? 1_555 B DG 27 N1 ? ? 1 C 34 2 DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? A C 34 N4 ? ? ? 1_555 B DG 27 O6 ? ? 1 C 34 2 DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? A C 34 O2 ? ? ? 1_555 B DG 27 N2 ? ? 1 C 34 2 DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? A U 35 N3 ? ? ? 1_555 B DA 26 N1 ? ? 1 U 35 2 DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? A U 35 O4 ? ? ? 1_555 B DA 26 N6 ? ? 1 U 35 2 DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? A A 37 N1 ? ? ? 1_555 B DT 24 N3 ? ? 1 A 37 2 DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? A A 37 N6 ? ? ? 1_555 B DT 24 O4 ? ? 1 A 37 2 DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? A C 46 N3 ? ? ? 1_555 A G 60 N1 ? ? 1 C 46 1 G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? A C 46 N4 ? ? ? 1_555 A G 60 O6 ? ? 1 C 46 1 G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? A C 46 O2 ? ? ? 1_555 A G 60 N2 ? ? 1 C 46 1 G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? A U 47 N3 ? ? ? 1_555 A A 59 N1 ? ? 1 U 47 1 A 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? A U 47 O4 ? ? ? 1_555 A A 59 N6 ? ? 1 U 47 1 A 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? A G 48 N1 ? ? ? 1_555 A U 58 O2 ? ? 1 G 48 1 U 58 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog65 hydrog ? ? A G 48 O6 ? ? ? 1_555 A U 58 N3 ? ? 1 G 48 1 U 58 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog66 hydrog ? ? A C 49 N3 ? ? ? 1_555 A G 57 N1 ? ? 1 C 49 1 G 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog67 hydrog ? ? A C 49 N4 ? ? ? 1_555 A G 57 O6 ? ? 1 C 49 1 G 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog68 hydrog ? ? A C 49 O2 ? ? ? 1_555 A G 57 N2 ? ? 1 C 49 1 G 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog69 hydrog ? ? A C 50 N3 ? ? ? 1_555 A G 56 N1 ? ? 1 C 50 1 G 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog70 hydrog ? ? A C 50 N4 ? ? ? 1_555 A G 56 O6 ? ? 1 C 50 1 G 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog71 hydrog ? ? A C 50 O2 ? ? ? 1_555 A G 56 N2 ? ? 1 C 50 1 G 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog72 hydrog ? ? A G 51 N2 ? ? ? 1_555 A A 55 N7 ? ? 1 G 51 1 A 55 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog73 hydrog ? ? B DG 53 N1 ? ? ? 1_555 C DC 23 N3 ? ? 2 DG 53 3 DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog74 hydrog ? ? B DG 53 N2 ? ? ? 1_555 C DC 23 O2 ? ? 2 DG 53 3 DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog75 hydrog ? ? B DG 53 O6 ? ? ? 1_555 C DC 23 N4 ? ? 2 DG 53 3 DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog76 hydrog ? ? B DG 54 N1 ? ? ? 1_555 C DC 22 N3 ? ? 2 DG 54 3 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog77 hydrog ? ? B DG 54 N2 ? ? ? 1_555 C DC 22 O2 ? ? 2 DG 54 3 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog78 hydrog ? ? B DG 54 O6 ? ? ? 1_555 C DC 22 N4 ? ? 2 DG 54 3 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog79 hydrog ? ? B DT 55 N3 ? ? ? 1_555 C DA 21 N1 ? ? 2 DT 55 3 DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog80 hydrog ? ? B DT 55 O4 ? ? ? 1_555 C DA 21 N6 ? ? 2 DT 55 3 DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog81 hydrog ? ? B DG 56 N1 ? ? ? 1_555 C DC 20 N3 ? ? 2 DG 56 3 DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog82 hydrog ? ? B DG 56 N2 ? ? ? 1_555 C DC 20 O2 ? ? 2 DG 56 3 DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog83 hydrog ? ? B DG 56 O6 ? ? ? 1_555 C DC 20 N4 ? ? 2 DG 56 3 DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 89 J . ? PHE 89 G PRO 90 J ? PRO 90 G 1 -4.21 2 TRP 259 L . ? TRP 252 I PRO 260 L ? PRO 253 I 1 -4.07 3 LEU 301 L . ? LEU 294 I PRO 302 L ? PRO 295 I 1 -5.78 4 LYS 220 M . ? 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AF2 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE2 5 6 ? anti-parallel AE2 6 7 ? anti-parallel AE2 7 8 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LYS D 102 ? 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"C1'" "H1'" sing N N 253 DG N9 C8 sing Y N 254 DG N9 C4 sing Y N 255 DG C8 N7 doub Y N 256 DG C8 H8 sing N N 257 DG N7 C5 sing Y N 258 DG C5 C6 sing N N 259 DG C5 C4 doub Y N 260 DG C6 O6 doub N N 261 DG C6 N1 sing N N 262 DG N1 C2 sing N N 263 DG N1 H1 sing N N 264 DG C2 N2 sing N N 265 DG C2 N3 doub N N 266 DG N2 H21 sing N N 267 DG N2 H22 sing N N 268 DG N3 C4 sing N N 269 DT OP3 P sing N N 270 DT OP3 HOP3 sing N N 271 DT P OP1 doub N N 272 DT P OP2 sing N N 273 DT P "O5'" sing N N 274 DT OP2 HOP2 sing N N 275 DT "O5'" "C5'" sing N N 276 DT "C5'" "C4'" sing N N 277 DT "C5'" "H5'" sing N N 278 DT "C5'" "H5''" sing N N 279 DT "C4'" "O4'" sing N N 280 DT "C4'" "C3'" sing N N 281 DT "C4'" "H4'" sing N N 282 DT "O4'" "C1'" sing N N 283 DT "C3'" "O3'" sing N N 284 DT "C3'" "C2'" sing N N 285 DT "C3'" "H3'" sing N N 286 DT "O3'" "HO3'" sing N N 287 DT "C2'" "C1'" sing N N 288 DT "C2'" "H2'" sing N N 289 DT "C2'" "H2''" sing N N 290 DT "C1'" N1 sing N N 291 DT "C1'" "H1'" sing N N 292 DT N1 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N N 334 G N7 C5 sing Y N 335 G C5 C6 sing N N 336 G C5 C4 doub Y N 337 G C6 O6 doub N N 338 G C6 N1 sing N N 339 G N1 C2 sing N N 340 G N1 H1 sing N N 341 G C2 N2 sing N N 342 G C2 N3 doub N N 343 G N2 H21 sing N N 344 G N2 H22 sing N N 345 G N3 C4 sing N N 346 GLN N CA sing N N 347 GLN N H sing N N 348 GLN N H2 sing N N 349 GLN CA C sing N N 350 GLN CA CB sing N N 351 GLN CA HA sing N N 352 GLN C O doub N N 353 GLN C OXT sing N N 354 GLN CB CG sing N N 355 GLN CB HB2 sing N N 356 GLN CB HB3 sing N N 357 GLN CG CD sing N N 358 GLN CG HG2 sing N N 359 GLN CG HG3 sing N N 360 GLN CD OE1 doub N N 361 GLN CD NE2 sing N N 362 GLN NE2 HE21 sing N N 363 GLN NE2 HE22 sing N N 364 GLN OXT HXT sing N N 365 GLU N CA sing N N 366 GLU N H sing N N 367 GLU N H2 sing N N 368 GLU CA C sing N N 369 GLU CA CB sing N N 370 GLU CA HA sing N N 371 GLU C O doub N N 372 GLU C OXT sing N N 373 GLU CB CG sing N N 374 GLU CB HB2 sing N N 375 GLU CB HB3 sing N N 376 GLU CG CD sing N N 377 GLU CG HG2 sing N N 378 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N N 549 SER OG HG sing N N 550 SER OXT HXT sing N N 551 THR N CA sing N N 552 THR N H sing N N 553 THR N H2 sing N N 554 THR CA C sing N N 555 THR CA CB sing N N 556 THR CA HA sing N N 557 THR C O doub N N 558 THR C OXT sing N N 559 THR CB OG1 sing N N 560 THR CB CG2 sing N N 561 THR CB HB sing N N 562 THR OG1 HG1 sing N N 563 THR CG2 HG21 sing N N 564 THR CG2 HG22 sing N N 565 THR CG2 HG23 sing N N 566 THR OXT HXT sing N N 567 TRP N CA sing N N 568 TRP N H sing N N 569 TRP N H2 sing N N 570 TRP CA C sing N N 571 TRP CA CB sing N N 572 TRP CA HA sing N N 573 TRP C O doub N N 574 TRP C OXT sing N N 575 TRP CB CG sing N N 576 TRP CB HB2 sing N N 577 TRP CB HB3 sing N N 578 TRP CG CD1 doub Y N 579 TRP CG CD2 sing Y N 580 TRP CD1 NE1 sing Y N 581 TRP CD1 HD1 sing N N 582 TRP CD2 CE2 doub Y N 583 TRP CD2 CE3 sing Y N 584 TRP NE1 CE2 sing Y N 585 TRP NE1 HE1 sing N N 586 TRP CE2 CZ2 sing Y N 587 TRP CE3 CZ3 doub Y N 588 TRP CE3 HE3 sing N N 589 TRP CZ2 CH2 doub Y N 590 TRP CZ2 HZ2 sing N N 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