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_refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.436 ? 48801 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 24.400 ? 13874 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.030 ? 5566 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3717 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9W6F _struct.title 'Cryo-EM structure of a stacked human nucleosome core particle trimer assembled with DNA truncated at SHL-4.5' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9W6F _struct_keywords.text 'Nucleosome, chromatin, cryo-EM, Nucleosome stacking, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? 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THR N 88 ILE N 89 AB3 1 THR M 101 ? ILE M 102 ? THR M 101 ILE M 102 AB3 2 LEU P 97 ? TYR P 98 ? LEU P 97 TYR P 98 AB4 1 ARG O 83 ? PHE O 84 ? ARG O 83 PHE O 84 AB4 2 THR P 80 ? VAL P 81 ? THR P 80 VAL P 81 AB5 1 THR O 118 ? ILE O 119 ? THR O 118 ILE O 119 AB5 2 ARG P 45 ? ILE P 46 ? ARG P 45 ILE P 46 AB6 1 ARG Q 42 ? VAL Q 43 ? ARG Q 42 VAL Q 43 AB6 2 THR R 88 ? ILE R 89 ? THR R 88 ILE R 89 AB7 1 ARG Q 77 ? ILE Q 78 ? ARG Q 77 ILE Q 78 AB7 2 GLY R 53 ? ILE R 54 ? GLY R 53 ILE R 54 AB8 1 ARG U 83 ? PHE U 84 ? ARG U 83 PHE U 84 AB8 2 THR V 80 ? VAL V 81 ? THR V 80 VAL V 81 AB9 1 THR U 118 ? ILE U 119 ? THR U 118 ILE U 119 AB9 2 ARG V 45 ? ILE V 46 ? ARG V 45 ILE V 46 AC1 1 THR V 96 ? TYR V 98 ? THR V 96 TYR V 98 AC1 2 VAL AA 100 ? ILE AA 102 ? VAL a 100 ILE a 102 AC2 1 ARG W 42 ? VAL W 43 ? ARG W 42 VAL W 43 AC2 2 THR X 88 ? ILE X 89 ? THR X 88 ILE X 89 AC3 1 ARG W 77 ? ILE W 78 ? ARG W 77 ILE W 78 AC3 2 GLY X 53 ? ILE X 54 ? GLY X 53 ILE X 54 AC4 1 THR W 101 ? ILE W 102 ? 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J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 I DT 2 1_555 J DA 118 1_555 I DC 3 1_555 J DG 117 1_555 -0.538 -0.617 3.317 -0.867 1.103 36.546 -1.137 0.737 3.310 1.759 1.382 36.572 2 II_DT-44DC-43:DG43DA44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 I DC 3 1_555 J DG 117 1_555 I DG 4 1_555 J DC 116 1_555 0.722 -0.963 3.157 0.722 0.930 31.746 -1.923 -1.192 3.143 1.699 -1.319 31.767 3 II_DC-43DG-42:DC42DG43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? J 42 ? 1 I DG 4 1_555 J DC 116 1_555 I DA 5 1_555 J DT 115 1_555 0.016 -0.564 3.205 -2.030 2.768 42.365 -1.051 -0.222 3.160 3.822 2.804 42.497 4 II_DG-42DA-41:DT41DC42_JJ I -42 ? J 42 ? I -41 ? J 41 ? 1 I DA 5 1_555 J DT 115 1_555 I DC 6 1_555 J DG 114 1_555 0.282 -1.283 3.405 1.595 0.540 31.466 -2.467 -0.211 3.393 0.995 -2.939 31.509 5 II_DA-41DC-40:DG40DT41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? J 40 ? 1 I DC 6 1_555 J DG 114 1_555 I DT 7 1_555 J DA 113 1_555 -0.304 -1.121 3.450 1.789 2.073 33.218 -2.314 0.841 3.356 3.619 -3.123 33.328 6 II_DC-40DT-39:DA39DG40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DT 7 1_555 J DA 113 1_555 I DA 8 1_555 J DT 112 1_555 0.160 -0.574 3.104 3.948 -0.448 40.727 -0.774 0.183 3.112 -0.642 -5.656 40.912 7 II_DT-39DA-38:DT38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DA 8 1_555 J DT 112 1_555 I DG 9 1_555 J DC 111 1_555 0.711 -0.618 3.608 -1.419 0.722 26.881 -1.530 -1.925 3.549 1.551 3.049 26.927 8 II_DA-38DG-37:DC37DT38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 9 1_555 J DC 111 1_555 I DG 10 1_555 J DC 110 1_555 -0.460 -1.283 3.140 -1.204 1.562 36.070 -2.279 0.580 3.097 2.520 1.943 36.123 9 II_DG-37DG-36:DC36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DG 10 1_555 J DC 110 1_555 I DG 11 1_555 J DC 109 1_555 -0.264 1.891 3.457 0.410 -2.825 38.070 3.261 0.458 3.311 -4.323 -0.628 38.173 10 II_DG-36DG-35:DC35DC36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DG 11 1_555 J DC 109 1_555 I DA 12 1_555 J DT 108 1_555 -0.369 2.271 3.586 -0.931 -0.587 39.806 3.408 0.424 3.561 -0.861 1.367 39.821 11 II_DG-35DA-34:DT34DC35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? 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J 24 ? 1 I DT 22 1_555 J DA 98 1_555 I DT 23 1_555 J DA 97 1_555 -0.712 0.292 3.470 -5.172 3.681 33.685 -0.132 0.328 3.548 6.283 8.828 34.261 22 II_DT-24DT-23:DA23DA24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DT 23 1_555 J DA 97 1_555 I DG 24 1_555 J DC 96 1_555 1.377 0.070 3.327 -1.137 3.740 33.775 -0.484 -2.540 3.269 6.410 1.949 33.994 23 II_DT-23DG-22:DC22DA23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DG 24 1_555 J DC 96 1_555 I DG 25 1_555 J DC 95 1_555 0.088 0.050 3.208 -2.730 3.477 31.821 -0.522 -0.640 3.177 6.303 4.950 32.119 24 II_DG-22DG-21:DC21DC22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DG 25 1_555 J DC 95 1_555 I DC 26 1_555 J DG 94 1_555 0.150 -1.414 3.280 -0.329 6.810 28.985 -4.114 -0.358 2.878 13.374 0.646 29.759 25 II_DG-21DC-20:DG20DC21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 26 1_555 J DG 94 1_555 I DG 27 1_555 J DC 93 1_555 0.314 -1.612 2.840 0.485 9.020 31.722 -4.075 -0.487 2.312 16.098 -0.865 32.951 26 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? 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J 14 ? 1 I DA 32 1_555 J DT 88 1_555 I DA 33 1_555 J DT 87 1_555 -1.010 1.915 3.319 -5.604 2.042 42.965 2.384 0.797 3.501 2.772 7.607 43.358 32 II_DA-14DA-13:DT13DT14_JJ I -14 ? J 14 ? I -13 ? J 13 ? 1 I DA 33 1_555 J DT 87 1_555 I DA 34 1_555 J DT 86 1_555 -0.258 0.958 3.364 -6.013 5.628 37.527 0.715 -0.401 3.465 8.621 9.211 38.389 33 II_DA-13DA-12:DT12DT13_JJ I -13 ? J 13 ? I -12 ? J 12 ? 1 I DA 34 1_555 J DT 86 1_555 I DC 35 1_555 J DG 85 1_555 0.725 -0.508 3.186 -7.974 5.480 28.377 -2.038 -2.939 2.742 10.789 15.700 29.949 34 II_DA-12DC-11:DG11DT12_JJ I -12 ? J 12 ? I -11 ? J 11 ? 1 I DC 35 1_555 J DG 85 1_555 I DG 36 1_555 J DC 84 1_555 1.102 -0.397 3.107 -2.552 6.514 33.569 -1.622 -2.242 2.892 11.128 4.360 34.269 35 II_DC-11DG-10:DC10DG11_JJ I -11 ? J 11 ? I -10 ? J 10 ? 1 I DG 36 1_555 J DC 84 1_555 I DC 37 1_555 J DG 83 1_555 -0.008 -0.555 3.173 0.790 5.435 34.631 -1.702 0.126 3.052 9.059 -1.316 35.051 36 II_DG-10DC-9:DG9DC10_JJ I -10 ? J 10 ? I -9 ? J 9 ? 1 I DC 37 1_555 J DG 83 1_555 I DG 38 1_555 J DC 82 1_555 0.727 -0.400 3.052 1.718 4.867 33.994 -1.385 -0.980 3.000 8.265 -2.918 34.372 37 II_DC-9DG-8:DC8DG9_JJ I -9 ? J 9 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DG 38 1_555 J DC 82 1_555 I DG 39 1_555 J DC 81 1_555 0.755 -0.533 3.392 3.912 -0.032 34.138 -0.897 -0.637 3.455 -0.055 -6.636 34.355 38 II_DG-8DG-7:DC7DC8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? J 7 ? 1 I DG 39 1_555 J DC 81 1_555 I DG 40 1_555 J DC 80 1_555 -0.542 -0.290 3.244 1.229 -1.093 38.423 -0.306 0.973 3.232 -1.660 -1.867 38.457 39 II_DG-7DG-6:DC6DC7_JJ I -7 ? J 7 ? I -6 ? J 6 ? 1 I DG 40 1_555 J DC 80 1_555 I DG 41 1_555 J DC 79 1_555 -0.020 1.159 3.660 1.942 -0.704 37.609 1.896 0.312 3.633 -1.091 -3.010 37.664 40 II_DG-6DG-5:DC5DC6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? J 5 ? 1 I DG 41 1_555 J DC 79 1_555 I DG 42 1_555 J DC 78 1_555 -0.496 1.872 3.603 0.600 -3.120 39.899 3.122 0.799 3.446 -4.563 -0.878 40.020 41 II_DG-5DG-4:DC4DC5_JJ I -5 ? J 5 ? I -4 ? J 4 ? 1 I DG 42 1_555 J DC 78 1_555 I DA 43 1_555 J DT 77 1_555 -2.121 2.005 3.609 -5.538 -0.034 37.584 3.086 2.447 3.870 -0.052 8.539 37.976 42 II_DG-4DA-3:DT3DC4_JJ I -4 ? J 4 ? I -3 ? J 3 ? 1 I DA 43 1_555 J DT 77 1_555 I DC 44 1_555 J DG 76 1_555 0.779 0.242 3.361 -9.366 2.603 32.260 -0.007 -2.872 3.032 4.558 16.397 33.655 43 II_DA-3DC-2:DG2DT3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 I DC 44 1_555 J DG 76 1_555 I DA 45 1_555 J DT 75 1_555 0.340 0.328 3.291 -2.332 5.813 35.122 -0.316 -0.897 3.273 9.539 3.827 35.658 44 II_DC-2DA-1:DT1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? J 1 ? 1 I DA 45 1_555 J DT 75 1_555 I DG 46 1_555 J DC 74 1_555 0.694 -1.275 3.089 -3.019 4.056 29.948 -3.174 -1.876 2.814 7.778 5.790 30.363 45 II_DA-1DG0:DC0DT1_JJ I -1 ? J 1 ? I 0 ? J 0 ? 1 I DG 46 1_555 J DC 74 1_555 I DC 47 1_555 J DG 73 1_555 1.030 -0.571 3.359 1.382 3.760 35.624 -1.480 -1.470 3.319 6.122 -2.251 35.841 46 II_DG0DC1:DG-1DC0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? 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J -6 ? 1 I DA 52 1_555 J DT 68 1_555 I DC 53 1_555 J DG 67 1_555 -0.202 2.819 3.586 -5.525 -7.855 42.482 4.582 -0.275 3.044 -10.678 7.510 43.505 52 II_DA6DC7:DG-7DT-6_JJ I 6 ? J -6 ? I 7 ? J -7 ? 1 I DC 53 1_555 J DG 67 1_555 I DG 54 1_555 J DC 66 1_555 -0.545 2.223 3.684 -2.560 1.309 35.493 3.418 0.466 3.790 2.142 4.191 35.606 53 II_DC7DG8:DC-8DG-7_JJ I 7 ? J -7 ? I 8 ? J -8 ? 1 I DG 54 1_555 J DC 66 1_555 I DT 55 1_555 J DA 65 1_555 -0.708 -0.241 3.246 -3.912 4.440 29.373 -1.384 0.561 3.240 8.645 7.617 29.950 54 II_DG8DT9:DA-9DC-8_JJ I 8 ? J -8 ? I 9 ? J -9 ? 1 I DT 55 1_555 J DA 65 1_555 I DG 56 1_555 J DC 64 1_555 2.240 -0.040 2.921 -1.089 7.378 36.233 -0.941 -3.663 2.793 11.710 1.729 36.968 55 II_DT9DG10:DC-10DA-9_JJ I 9 ? J -9 ? I 10 ? J -10 ? 1 I DG 56 1_555 J DC 64 1_555 I DC 57 1_555 J DG 63 1_555 0.244 -0.712 3.351 1.891 4.449 32.802 -2.006 -0.105 3.237 7.825 -3.327 33.146 56 II_DG10DC11:DG-11DC-10_JJ I 10 ? J -10 ? I 11 ? 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