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K ARG 209 NH2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9WWL _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9WWL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9WWL _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9WWL _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 32261 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.668 ? 44268 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.749 ? 5431 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 5090 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 5323 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9WWL _struct.title 'Cryo-EM structure of transcription activation complex with DevR from Mycobacterium tuberculosis' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9WWL _struct_keywords.text 'bacterial RNA polymerase, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 1 ? J N N 8 ? K N N 8 ? L N N 9 ? M N N 9 ? N N N 10 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RPOA_MYCTU P9WGZ1 ? 1 ;MLISQRPTLSEDVLTDNRSQFVIEPLEPGFGYTLGNSLRRTLLSSIPGAAVTSIRIDGVLHEFTTVPGVKEDVTEIILNL KSLVVSSEEDEPVTMYLRKQGPGEVTAGDIVPPAGVTVHNPGMHIATLNDKGKLEVELVVERGRGYVPAVQNRASGAEIG RIPVDSIYSPVLKVTYKVDATRVEQRTDFDKLILDVETKNSISPRDALASAGKTLVELFGLARELNVEAEGIEIGPSPAE ADHIASFALPIDDLDLTVRSYNCLKREGVHTVGELVARTESDLLDIRNFGQKSIDEVKIKLHQLGLSLKDSPPSFDPSEV AGYDVATGTWSTEGAYDEQDYAETEQL ; 1 2 UNP RPOB_MYCTU P9WGY9 ? 2 ;MLEGCILADSRQSKTAASPSPSRPQSSSNNSVPGAPNRVSFAKLREPLEVPGLLDVQTDSFEWLIGSPRWRESAAERGDV NPVGGLEEVLYELSPIEDFSGSMSLSFSDPRFDDVKAPVDECKDKDMTYAAPLFVTAEFINNNTGEIKSQTVFMGDFPMM TEKGTFIINGTERVVVSQLVRSPGVYFDETIDKSTDKTLHSVKVIPSRGAWLEFDVDKRDTVGVRIDRKRRQPVTVLLKA LGWTSEQIVERFGFSEIMRSTLEKDNTVGTDEALLDIYRKLRPGEPPTKESAQTLLENLFFKEKRYDLARVGRYKVNKKL GLHVGEPITSSTLTEEDVVATIEYLVRLHEGQTTMTVPGGVEVPVETDDIDHFGNRRLRTVGELIQNQIRVGMSRMERVV RERMTTQDVEAITPQTLINIRPVVAAIKEFFGTSQLSQFMDQNNPLSGLTHKRRLSALGPGGLSRERAGLEVRDVHPSHY GRMCPIETPEGPNIGLIGSLSVYARVNPFGFIETPYRKVVDGVVSDEIVYLTADEEDRHVVAQANSPIDADGRFVEPRVL VRRKAGEVEYVPSSEVDYMDVSPRQMVSVATAMIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPLVRSEAPLVGTGMELRAAIDAGD VVVAEESGVIEEVSADYITVMHDNGTRRTYRMRKFARSNHGTCANQCPIVDAGDRVEAGQVIADGPCTDDGEMALGKNLL VAIMPWEGHNYEDAIILSNRLVEEDVLTSIHIEEHEIDARDTKLGAEEITRDIPNISDEVLADLDERGIVRIGAEVRDGD ILVGKVTPKGETELTPEERLLRAIFGEKAREVRDTSLKVPHGESGKVIGIRVFSREDEDELPAGVNELVRVYVAQKRKIS DGDKLAGRHGNKGVIGKILPVEDMPFLADGTPVDIILNTHGVPRRMNIGQILETHLGWCAHSGWKVDAAKGVPDWAARLP DELLEAQPNAIVSTPVFDGAQEAELQGLLSCTLPNRDGDVLVDADGKAMLFDGRSGEPFPYPVTVGYMYIMKLHHLVDDK IHARSTGPYSMITQQPLGGKAQFGGQRFGEMECWAMQAYGAAYTLQELLTIKSDDTVGRVKVYEAIVKGENIPEPGIPES FKVLLKELQSLCLNVEVLSSDGAAIELREGEDEDLERAAANLGINLSRNESASVEDLA ; 1 3 UNP RPOC_MYCTU P9WGY7 ? 3 ;MLDVNFFDELRIGLATAEDIRQWSYGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCEKIFGPTRDWECYCGKYKRVRFKGIICERCGV EVTRAKVRRERMGHIELAAPVTHIWYFKGVPSRLGYLLDLAPKDLEKIIYFAAYVITSVDEEMRHNELSTLEAEMAVERK AVEDQRDGELEARAQKLEADLAELEAEGAKADARRKVRDGGEREMRQIRDRAQRELDRLEDIWSTFTKLAPKQLIVDENL YRELVDRYGEYFTGAMGAESIQKLIENFDIDAEAESLRDVIRNGKGQKKLRALKRLKVVAAFQQSGNSPMGMVLDAVPVI PPELRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLIDLGAPEIIVNNEKRMLQESVDALFDNGRRGRPVTGPGNRPLK SLSDLLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKLMALELFKPFVMKRLVDLNHAQNIKSAKRMVERQR PQVWDVLEEVIAEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPMLVEGKAIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHLPLSAEAQAEARILML SSNNILSPASGRPLAMPRLDMVTGLYYLTTEVPGDTGEYQPASGDHPETGVYSSPAEAIMAADRGVLSVRAKIKVRLTQL RPPVEIEAELFGHSGWQPGDAWMAETTLGRVMFNELLPLGYPFVNKQMHKKVQAAIINDLAERYPMIVVAQTVDKLKDAG FYWATRSGVTVSMADVLVPPRKKEILDHYEERADKVEKQFQRGALNHDERNEALVEIWKEATDEVGQALREHYPDDNPII TIVDSGATGNFTQTRTLAGMKGLVTNPKGEFIPRPVKSSFREGLTVLEYFINTHGARKGLADTALRTADSGYLTRRLVDV SQDVIVREHDCQTERGIVVELAERAPDGTLIRDPYIETSAYARTLGTDAVDEAGNVIVERGQDLGDPEIDALLAAGITQV KVRSVLTCATSTGVCATCYGRSMATGKLVDIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHQGGVGEDITGGLPRVQELFEARVP RGKAPIADVTGRVRLEDGERFYKITIVPDDGGEEVVYDKISKRQRLRVFKHEDGSERVLSDGDHVEVGQQLMEGSADPHE VLRVQGPREVQIHLVREVQEVYRAQGVSIHDKHIEVIVRQMLRRVTIIDSGSTEFLPGSLIDRAEFEAENRRVVAEGGEP AAGRPVLMGITKASLATDSWLSAASFQETTRVLTDAAINCRSDKLNGLKENVIIGKLIPAGTGINRYRNIAVQPTEEARA AAYTIPSYEDQYYSPDFGAATGAAVPLDDYGYSDYR ; 1 4 UNP SIGA_MYCTU P9WGI1 ? 4 ;MAATKASTATDEPVKRTATKSPAASASGAKTGAKRTAAKSASGSPPAKRATKPAARSVKPASAPQDTTTSTIPKRKTRAA AKSAAAKAPSARGHATKPRAPKDAQHEAATDPEDALDSVEELDAEPDLDVEPGEDLDLDAADLNLDDLEDDVAPDADDDL DSGDDEDHEDLEAEAAVAPGQTADDDEEIAEPTEKDKASGDFVWDEDESEALRQARKDAELTASADSVRAYLKQIGKVAL LNAEEEVELAKRIEAGLYATQLMTELSERGEKLPAAQRRDMMWICRDGDRAKNHLLEANLRLVVSLAKRYTGRGMAFLDL IQEGNLGLIRAVEKFDYTKGYKFSTYATWWIRQAITRAMADQARTIRIPVHMVEVINKLGRIQRELLQDLGREPTPEELA KEMDITPEKVLEIQQYAREPISLDQTIGDEGDSQLGDFIEDSEAVVAVDAVSFTLLQDQLQSVLDTLSEREAGVVRLRFG LTDGQPRTLDEIGQVYGVTRERIRQIESKTMSKLRHPSRSQVLRDYLD ; 1 5 PDB 9WWL 9WWL ? 5 ? 1 6 PDB 9WWL 9WWL ? 6 ? 1 7 UNP RPOZ_MYCTU P9WGY5 ? 7 ;MSISQSDASLAAVPAVDQFDPSSGASGGYDTPLGITNPPIDELLDRVSSKYALVIYAAKRARQINDYYNQLGEGILEYVG PLVEPGLQEKPLSIALREIHADLLEHTEGE ; 1 8 UNP DEVR_MYCTU P9WMF9 ? 8 ;MVKVFLVDDHEVVRRGLVDLLGADPELDVVGEAGSVAEAMARVPAARPDVAVLDVRLPDGNGIELCRDLLSRMPDLRCLI LTSYTSDEAMLDAILAGASGYVVKDIKGMELARAVKDVGAGRSLLDNRAAAALMAKLRGAAEKQDPLSGLTDQERTLLGL LSEGLTNKQIADRMFLAEKTVKNYVSRLLAKLGMERRTQAAVFATELKRSRPPGDGP ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9WWL A 1 ? 347 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog113 hydrog ? ? F DG 99 N2 ? ? ? 1_555 G DC 26 O2 ? ? O DG 26 P DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog114 hydrog ? ? F DG 99 O6 ? ? ? 1_555 G DC 26 N4 ? ? O DG 26 P DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog115 hydrog ? ? F DT 100 N3 ? ? ? 1_555 G DA 25 N1 ? ? O DT 27 P DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog116 hydrog ? ? F DT 100 O4 ? ? ? 1_555 G DA 25 N6 ? ? O DT 27 P DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog117 hydrog ? ? F DT 114 N3 ? ? ? 1_555 G DA 11 N1 ? ? O DT 41 P DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog118 hydrog ? ? F DT 114 O4 ? ? ? 1_555 G DA 11 N6 ? ? O DT 41 P DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog119 hydrog ? ? F DC 115 N3 ? ? ? 1_555 G DG 10 N1 ? ? O DC 42 P DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog120 hydrog ? ? F DC 115 N4 ? ? ? 1_555 G DG 10 O6 ? ? O DC 42 P DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog121 hydrog ? ? F DC 115 O2 ? ? ? 1_555 G DG 10 N2 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 SG ? 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P 62 ? 1 F DG 63 1_555 G DC 62 1_555 F DG 64 1_555 G DC 61 1_555 -0.639 -1.196 3.366 1.091 7.009 31.918 -3.325 1.323 3.019 12.552 -1.954 32.676 7 OO_DG-10DG-9:DC61DC62_PP O -10 ? P 62 ? O -9 ? P 61 ? 1 F DG 64 1_555 G DC 61 1_555 F DG 65 1_555 G DC 60 1_555 -0.372 -0.959 3.134 -0.351 4.850 27.630 -3.047 0.690 2.931 10.056 0.728 28.046 8 OO_DG-9DG-8:DC60DC61_PP O -9 ? P 61 ? O -8 ? P 60 ? 1 F DG 65 1_555 G DC 60 1_555 F DA 66 1_555 G DT 59 1_555 0.416 -0.874 3.115 1.061 7.750 28.168 -3.282 -0.612 2.794 15.548 -2.129 29.213 9 OO_DG-8DA-7:DT59DC60_PP O -8 ? P 60 ? O -7 ? P 59 ? 1 F DA 66 1_555 G DT 59 1_555 F DC 67 1_555 G DG 58 1_555 0.496 -1.134 3.179 -0.689 1.496 28.346 -2.643 -1.163 3.104 3.052 1.405 28.393 10 OO_DA-7DC-6:DG58DT59_PP O -7 ? P 59 ? O -6 ? P 58 ? 1 F DC 67 1_555 G DG 58 1_555 F DT 68 1_555 G DA 57 1_555 -0.513 -1.175 3.137 3.929 2.869 30.986 -2.678 1.640 2.933 5.329 -7.297 31.357 11 OO_DC-6DT-5:DA57DG58_PP O -6 ? P 58 ? O -5 ? 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