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'Fujiyoshi, Y.' 3 0000-0002-8070-1493 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structural Insights into Biased Signaling at the Chemokine Receptor CCR7' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Tsutsumi, N.' 1 0000-0002-3617-7145 primary 'Nishikawa, K.' 2 ? primary 'Fujiyoshi, Y.' 3 0000-0002-8070-1493 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'C-C motif chemokine 19' 10189.768 1 ? ? ? 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The 3C protease scar and a short linker at the N-terminus.' 4 polymer man 'Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1' 48640.371 2 3.6.5.- ? ? ;chimeric protein with molecule 5 Gg2-Galpha(i)1 single chain fusion assigned a different chain ID for residue numbering,chimeric protein with molecule 5 Gg2-Galpha(i)1 single chain fusion assigned a different chain ID for residue numbering ; 5 polymer man 'Antibody fragment scFv16' 27340.482 1 ? ? ? ? 6 non-polymer syn CHOLESTEROL 386.654 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;Beta-chemokine exodus-3,CK beta-11,Epstein-Barr virus-induced molecule 1 ligand chemokine,EBI1 ligand chemokine,ELC,Macrophage inflammatory protein 3 beta,MIP-3-beta,Small-inducible cytokine A19 ; 2 ;C-C CKR-7,CC-CKR-7,CCR-7,BLR2,CDw197,Epstein-Barr virus-induced G-protein coupled receptor 1,EBI1,EBV-induced G-protein coupled receptor 1,MIP-3 beta receptor ; 3 'Transducin beta chain 1' 4 'G gamma-I,Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GTNDAEDCCLSVTQKPIPGYIVRNFHYLLIKDGCRVPAVVFTTLRGRQLCAPPDQPWVERIIQRLQRTSAKMKRRSSGSG SGSAAALEVLFQ ; ;GTNDAEDCCLSVTQKPIPGYIVRNFHYLLIKDGCRVPAVVFTTLRGRQLCAPPDQPWVERIIQRLQRTSAKMKRRSSGSG SGSAAALEVLFQ ; L ? 2 'polypeptide(L)' no no ;DYKDDDDGSQDEVTDDYIGDNTTVDYTLFESLCSKKDVRNFKAWFLPIMYSIICFVGLLGNGLVVLTYIYFKRLKTMTDT YLLNLAVADILFLLTLPFWAYSAAKSWVFGVHFCKLIFAIYKMSFFSGMLLLLCISIDRYVAIVQAVSAHRHRARVLLIS KLSCVGIWILATVLSIPELLYSDLQRSSSEQAMRCSLITEHVEAFITIQVAQMVIGFLVPLLAMSFCYLVIIRTLLQARN FERNKAIKVIIAVVVVFIVFQLPYNGVVLAQTVANFNITSSTCELSKQLNIAYDVTYSLACVRCCVNPFLYAFIGVKFRN DLFKLFKDLGCLSQEQLRQWSSCRHIRRSSMSVEAETTTTFSPSRGSSGGGGSGGGGSSGVFTLEDFVGDWEQTAAYNLD 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PNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRV SCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWNGSSGGGGSGGGGSSGVSGWRLFKKIS ; ;GPGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQ DGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDN QIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFF PNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRV SCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWNGSSGGGGSGGGGSSGVSGWRLFKKIS ; B ? 4 'polypeptide(L)' no no ;ASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAILGSAGSAGSAG CTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKNTIVKQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSII AIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRI AQPNYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGAQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEMNR MHASMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAAAYIQCQFEDLNKRKDTKEIYTH FTCSTDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF ; ;ASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAILGSAGSAGSAG CTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKNTIVKQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSII AIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRI AQPNYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGAQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEMNR MHASMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAAAYIQCQFEDLNKRKDTKEIYTH FTCSTDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF ; C,A ? 5 'polypeptide(L)' no no ;DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLF LQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCR SSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFG AGTKLELKGSLEVLFQ ; ;DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLF LQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCR SSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFG AGTKLELKGSLEVLFQ ; D ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 6 _pdbx_entity_nonpoly.name CHOLESTEROL _pdbx_entity_nonpoly.comp_id CLR # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 THR n 1 3 ASN n 1 4 ASP n 1 5 ALA n 1 6 GLU n 1 7 ASP n 1 8 CYS n 1 9 CYS n 1 10 LEU n 1 11 SER n 1 12 VAL n 1 13 THR n 1 14 GLN n 1 15 LYS n 1 16 PRO n 1 17 ILE n 1 18 PRO n 1 19 GLY n 1 20 TYR n 1 21 ILE n 1 22 VAL n 1 23 ARG n 1 24 ASN n 1 25 PHE n 1 26 HIS n 1 27 TYR n 1 28 LEU n 1 29 LEU n 1 30 ILE n 1 31 LYS n 1 32 ASP n 1 33 GLY n 1 34 CYS n 1 35 ARG n 1 36 VAL n 1 37 PRO n 1 38 ALA n 1 39 VAL n 1 40 VAL n 1 41 PHE n 1 42 THR n 1 43 THR n 1 44 LEU n 1 45 ARG n 1 46 GLY n 1 47 ARG n 1 48 GLN n 1 49 LEU n 1 50 CYS n 1 51 ALA n 1 52 PRO n 1 53 PRO n 1 54 ASP n 1 55 GLN n 1 56 PRO n 1 57 TRP n 1 58 VAL n 1 59 GLU n 1 60 ARG n 1 61 ILE n 1 62 ILE n 1 63 GLN n 1 64 ARG n 1 65 LEU n 1 66 GLN n 1 67 ARG n 1 68 THR n 1 69 SER n 1 70 ALA n 1 71 LYS n 1 72 MET n 1 73 LYS n 1 74 ARG n 1 75 ARG n 1 76 SER n 1 77 SER n 1 78 GLY n 1 79 SER n 1 80 GLY n 1 81 SER n 1 82 GLY n 1 83 SER n 1 84 ALA n 1 85 ALA n 1 86 ALA n 1 87 LEU n 1 88 GLU n 1 89 VAL n 1 90 LEU n 1 91 PHE n 1 92 GLN n 2 1 ASP n 2 2 TYR n 2 3 LYS n 2 4 ASP n 2 5 ASP n 2 6 ASP n 2 7 ASP n 2 8 GLY n 2 9 SER n 2 10 GLN n 2 11 ASP n 2 12 GLU n 2 13 VAL n 2 14 THR n 2 15 ASP n 2 16 ASP n 2 17 TYR n 2 18 ILE n 2 19 GLY n 2 20 ASP n 2 21 ASN n 2 22 THR n 2 23 THR n 2 24 VAL n 2 25 ASP n 2 26 TYR n 2 27 THR n 2 28 LEU n 2 29 PHE n 2 30 GLU n 2 31 SER n 2 32 LEU n 2 33 CYS n 2 34 SER n 2 35 LYS n 2 36 LYS n 2 37 ASP n 2 38 VAL n 2 39 ARG n 2 40 ASN n 2 41 PHE n 2 42 LYS n 2 43 ALA n 2 44 TRP n 2 45 PHE n 2 46 LEU n 2 47 PRO n 2 48 ILE n 2 49 MET n 2 50 TYR n 2 51 SER n 2 52 ILE n 2 53 ILE n 2 54 CYS n 2 55 PHE n 2 56 VAL n 2 57 GLY n 2 58 LEU n 2 59 LEU n 2 60 GLY n 2 61 ASN n 2 62 GLY n 2 63 LEU n 2 64 VAL n 2 65 VAL n 2 66 LEU n 2 67 THR n 2 68 TYR n 2 69 ILE n 2 70 TYR n 2 71 PHE n 2 72 LYS n 2 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ALA D 28 PHE D 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 SER F 53 ? GLY F 56 ? SER D 53 GLY D 56 5 ? 4 HELX_P HELX_P31 AD4 ARG F 87 ? THR F 91 ? ARG D 87 THR D 91 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 8 SG ? ? ? 1_555 A CYS 34 SG ? ? L CYS 8 L CYS 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 9 SG ? ? ? 1_555 A CYS 50 SG ? ? L CYS 9 L CYS 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 33 SG ? ? ? 1_555 B CYS 283 SG ? ? R CYS 48 R CYS 298 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 114 SG ? ? ? 1_555 B CYS 195 SG ? ? R CYS 129 R CYS 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf5 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? D CYS 22 D CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 159 SG ? ? ? 1_555 F CYS 229 SG ? ? D CYS 147 D CYS 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 8 ? CYS A 34 ? CYS L 8 ? 1_555 CYS L 34 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS A 9 ? CYS A 50 ? CYS L 9 ? 1_555 CYS L 50 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS B 33 ? CYS B 283 ? CYS R 48 ? 1_555 CYS R 298 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS B 114 ? CYS B 195 ? CYS R 129 ? 1_555 CYS R 210 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS F 22 ? CYS F 96 ? CYS D 22 ? 1_555 CYS D 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS F 159 ? CYS F 229 ? CYS D 147 ? 1_555 CYS D 217 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 235 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id F _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 223 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id D _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 236 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 F _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 224 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 D _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -1.34 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB1 5 6 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 PHE A 25 ? LEU A 28 ? PHE L 25 LEU L 28 AA1 2 ALA A 38 ? THR A 42 ? ALA L 38 THR L 42 AA1 3 GLN A 48 ? ALA A 51 ? GLN L 48 ALA L 51 AA2 1 SER B 182 ? GLN B 185 ? SER R 197 GLN R 200 AA2 2 ARG B 194 ? LEU B 197 ? ARG R 209 LEU R 212 AA3 1 THR C 55 ? ARG C 57 ? THR B 49 ARG B 51 AA3 2 PHE C 340 ? ILE C 343 ? PHE B 334 ILE B 337 AA3 3 VAL C 332 ? GLY C 335 ? VAL B 326 GLY B 329 AA3 4 CYS C 322 ? VAL C 325 ? CYS B 316 VAL B 319 AA4 1 ILE C 63 ? TRP C 68 ? ILE B 57 TRP B 62 AA4 2 LEU C 74 ? SER C 79 ? LEU B 68 SER B 73 AA4 3 LYS C 83 ? ASP C 88 ? LYS B 77 ASP B 82 AA4 4 LYS C 94 ? PRO C 99 ? LYS B 88 PRO B 93 AA5 1 VAL C 105 ? TYR C 110 ? VAL B 99 TYR B 104 AA5 2 TYR C 116 ? GLY C 121 ? TYR B 110 GLY B 115 AA5 3 CYS C 126 ? ASN C 130 ? CYS B 120 ASN B 124 AA5 4 ARG C 139 ? LEU C 144 ? ARG B 133 LEU B 138 AA6 1 LEU C 151 ? PHE C 156 ? LEU B 145 PHE B 150 AA6 2 GLN C 161 ? SER C 166 ? GLN B 155 SER B 160 AA6 3 THR C 170 ? ASP C 175 ? THR B 164 ASP B 169 AA6 4 GLN C 180 ? THR C 186 ? GLN B 174 THR B 180 AA7 1 VAL C 192 ? LEU C 197 ? VAL B 186 LEU B 191 AA7 2 LEU C 203 ? ALA C 208 ? LEU B 197 ALA B 202 AA7 3 ALA C 213 ? ASP C 217 ? ALA B 207 ASP B 211 AA7 4 CYS C 223 ? PHE C 227 ? CYS B 217 PHE B 221 AA8 1 ILE C 234 ? PHE C 239 ? ILE B 228 PHE B 233 AA8 2 ALA C 245 ? SER C 250 ? ALA B 239 SER B 244 AA8 3 CYS C 255 ? ASP C 259 ? CYS B 249 ASP B 253 AA8 4 GLU C 265 ? TYR C 269 ? GLU B 259 TYR B 263 AA9 1 ILE C 278 ? PHE C 283 ? ILE B 272 PHE B 277 AA9 2 LEU C 289 ? TYR C 294 ? LEU B 283 TYR B 288 AA9 3 CYS C 299 ? ASP C 303 ? CYS B 293 ASP B 297 AA9 4 ARG C 309 ? LEU C 313 ? ARG B 303 LEU B 307 AB1 1 VAL E 263 ? PHE E 269 ? VAL A 185 PHE A 191 AB1 2 LEU E 272 ? ASP E 278 ? LEU A 194 ASP A 200 AB1 3 VAL E 112 ? LEU E 117 ? VAL A 34 LEU A 39 AB1 4 ALA E 298 ? ALA E 304 ? ALA A 220 ALA A 226 AB1 5 SER E 341 ? ASN E 347 ? SER A 263 ASN A 269 AB1 6 ILE E 397 ? PHE E 401 ? ILE A 319 PHE A 323 AB2 1 ARG F 18 ? SER F 23 ? ARG D 18 SER D 23 AB2 2 THR F 78 ? MET F 83 ? THR D 78 MET D 83 AB2 3 PHE F 68 ? ASP F 73 ? PHE D 68 ASP D 73 AB3 1 ILE F 58 ? TYR F 60 ? ILE D 58 TYR D 60 AB3 2 LEU F 45 ? ILE F 51 ? LEU D 45 ILE D 51 AB3 3 GLY F 33 ? GLN F 39 ? GLY D 33 GLN D 39 AB3 4 MET F 93 ? SER F 99 ? MET D 93 SER D 99 AB3 5 PHE F 110 ? TRP F 111 ? PHE D 110 TRP D 111 AB4 1 THR F 141 ? GLN F 142 ? THR D 129 GLN D 130 AB4 2 VAL F 155 ? ARG F 160 ? VAL D 143 ARG D 148 AB4 3 ALA F 211 ? ILE F 216 ? ALA D 199 ILE D 204 AB4 4 PHE F 203 ? SER F 208 ? PHE D 191 SER D 196 AB5 1 SER F 146 ? PRO F 148 ? SER D 134 PRO D 136 AB5 2 THR F 243 ? GLU F 246 ? THR D 231 GLU D 234 AB5 3 VAL F 226 ? MET F 230 ? VAL D 214 MET D 218 AB5 4 TYR F 175 ? GLN F 179 ? TYR D 163 GLN D 167 AB5 5 GLN F 186 ? TYR F 190 ? GLN D 174 TYR D 178 AB5 6 ASN F 194 ? LEU F 195 ? ASN D 182 LEU D 183 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N HIS A 26 ? N HIS L 26 O VAL A 40 ? O VAL L 40 AA1 2 3 N VAL A 39 ? N VAL L 39 O ALA A 51 ? O ALA L 51 AA2 1 2 N ASP B 183 ? N ASP R 198 O SER B 196 ? O SER R 211 AA3 1 2 N LEU C 56 ? N LEU B 50 O LEU C 341 ? O LEU B 335 AA3 2 3 O LYS C 342 ? O LYS B 336 N THR C 334 ? N THR B 328 AA3 3 4 O GLY C 335 ? O GLY B 329 N CYS C 322 ? N CYS B 316 AA4 1 2 N ALA C 65 ? N ALA B 59 O ALA C 78 ? O ALA B 72 AA4 2 3 N LEU C 75 ? N LEU B 69 O TRP C 87 ? O TRP B 81 AA4 3 4 N LEU C 84 ? N LEU B 78 O ILE C 98 ? O ILE B 92 AA5 1 2 N MET C 106 ? N MET B 100 O GLY C 120 ? O GLY B 114 AA5 2 3 N VAL C 117 ? N VAL B 111 O TYR C 129 ? O TYR B 123 AA5 3 4 N ILE C 128 ? N ILE B 122 O SER C 141 ? O SER B 135 AA6 1 2 N ARG C 155 ? N ARG B 149 O VAL C 163 ? O VAL B 157 AA6 2 3 N ILE C 162 ? N ILE B 156 O TRP C 174 ? O TRP B 168 AA6 3 4 N LEU C 173 ? N LEU B 167 O THR C 183 ? O THR B 177 AA7 1 2 N MET C 193 ? N MET B 187 O GLY C 207 ? O GLY B 201 AA7 2 3 N SER C 206 ? N SER B 200 O LYS C 214 ? O LYS B 208 AA7 3 4 N LEU C 215 ? N LEU B 209 O GLN C 225 ? O GLN B 219 AA8 1 2 N ASN C 235 ? N ASN B 229 O GLY C 249 ? O GLY B 243 AA8 2 3 N PHE C 246 ? N PHE B 240 O PHE C 258 ? O PHE B 252 AA8 3 4 N CYS C 255 ? N CYS B 249 O TYR C 269 ? O TYR B 263 AA9 1 2 N SER C 282 ? N SER B 276 O LEU C 291 ? O LEU B 285 AA9 2 3 N ALA C 292 ? N ALA B 286 O ASN C 300 ? O ASN B 294 AA9 3 4 N CYS C 299 ? N CYS B 293 O LEU C 313 ? O LEU B 307 AB1 1 2 N VAL E 263 ? N VAL A 185 O ASP E 278 ? O ASP A 200 AB1 2 3 O LYS E 275 ? O LYS A 197 N VAL E 112 ? N VAL A 34 AB1 3 4 N LEU E 117 ? N LEU A 39 O ILE E 300 ? O ILE A 222 AB1 4 5 N PHE E 301 ? N PHE A 223 O PHE E 345 ? O PHE A 267 AB1 5 6 N LEU E 344 ? N LEU A 266 O TYR E 398 ? O TYR A 320 AB2 1 2 N ARG F 18 ? N ARG D 18 O MET F 83 ? O MET D 83 AB2 2 3 O PHE F 80 ? O PHE D 80 N SER F 71 ? N SER D 71 AB3 1 2 O TYR F 59 ? O TYR D 59 N TYR F 50 ? N TYR D 50 AB3 2 3 O GLU F 46 ? O GLU D 46 N ARG F 38 ? N ARG D 38 AB3 3 4 N GLN F 39 ? N GLN D 39 O MET F 93 ? O MET D 93 AB3 4 5 N ARG F 98 ? N ARG D 98 O PHE F 110 ? O PHE D 110 AB4 1 2 N THR F 141 ? N THR D 129 O ARG F 160 ? O ARG D 148 AB4 2 3 N CYS F 159 ? N CYS D 147 O PHE F 212 ? O PHE D 200 AB4 3 4 O ALA F 211 ? O ALA D 199 N SER F 208 ? N SER D 196 AB5 1 2 N VAL F 147 ? N VAL D 135 O LYS F 244 ? O LYS D 232 AB5 2 3 O THR F 243 ? O THR D 231 N TYR F 227 ? N TYR D 215 AB5 3 4 O VAL F 226 ? O VAL D 214 N GLN F 179 ? N GLN D 167 AB5 4 5 N LEU F 178 ? N LEU D 166 O GLN F 186 ? O GLN D 174 AB5 5 6 N TYR F 190 ? N TYR D 178 O ASN F 194 ? O ASN D 182 # _pdbx_entry_details.entry_id 9XHH _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 OG _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 SER _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 160 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 OD1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 ASP _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 162 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.18 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER R 121 ? ? -172.48 -174.05 2 1 HIS R 167 ? ? -97.13 37.31 3 1 GLU R 205 ? ? 71.65 -9.34 4 1 ASP B 162 ? ? -97.89 31.01 5 1 ASP B 290 ? ? -97.07 37.57 6 1 ALA A 41 ? ? 59.74 -169.16 7 1 ASN A 256 ? ? -94.35 48.91 8 1 LYS A 257 ? ? 51.97 11.65 9 1 LYS A 330 ? ? -69.74 6.73 10 1 SER D 99 ? ? -162.75 115.72 11 1 MET D 180 ? ? 71.95 -7.85 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9XHH _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value 60 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 . . . CCL19-CCR7-Gi ? ? AlphaFold 'in silico model' ? ? 2 1 7JHJ ? ? scFv16 ? ? 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B SER 349 70 1 Y 1 R SER 365 ? B SER 350 71 1 Y 1 R MET 366 ? B MET 351 72 1 Y 1 R SER 367 ? B SER 352 73 1 Y 1 R VAL 368 ? B VAL 353 74 1 Y 1 R GLU 369 ? B GLU 354 75 1 Y 1 R ALA 370 ? B ALA 355 76 1 Y 1 R GLU 371 ? B GLU 356 77 1 Y 1 R THR 372 ? B THR 357 78 1 Y 1 R THR 373 ? B THR 358 79 1 Y 1 R THR 374 ? B THR 359 80 1 Y 1 R THR 375 ? B THR 360 81 1 Y 1 R PHE 376 ? B PHE 361 82 1 Y 1 R SER 377 ? B SER 362 83 1 Y 1 R PRO 378 ? B PRO 363 84 1 Y 1 R SER 379 ? B SER 364 85 1 Y 1 R ARG 380 ? B ARG 365 86 1 Y 1 R GLY 381 ? B GLY 366 87 1 Y 1 R SER 382 ? B SER 367 88 1 Y 1 R SER 383 ? B SER 368 89 1 Y 1 R GLY 384 ? B GLY 369 90 1 Y 1 R GLY 385 ? B GLY 370 91 1 Y 1 R GLY 386 ? B GLY 371 92 1 Y 1 R GLY 387 ? B GLY 372 93 1 Y 1 R SER 388 ? B SER 373 94 1 Y 1 R GLY 389 ? B GLY 374 95 1 Y 1 R GLY 390 ? B GLY 375 96 1 Y 1 R GLY 391 ? B GLY 376 97 1 Y 1 R GLY 392 ? B GLY 377 98 1 Y 1 R SER 393 ? B SER 378 99 1 Y 1 R SER 394 ? B SER 379 100 1 Y 1 R GLY 395 ? B GLY 380 101 1 Y 1 R VAL 396 ? 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N N 116 CLR C18 H182 sing N N 117 CLR C18 H183 sing N N 118 CLR C19 H191 sing N N 119 CLR C19 H192 sing N N 120 CLR C19 H193 sing N N 121 CLR C20 C21 sing N N 122 CLR C20 C22 sing N N 123 CLR C20 H20 sing N N 124 CLR C21 H211 sing N N 125 CLR C21 H212 sing N N 126 CLR C21 H213 sing N N 127 CLR C22 C23 sing N N 128 CLR C22 H221 sing N N 129 CLR C22 H222 sing N N 130 CLR C23 C24 sing N N 131 CLR C23 H231 sing N N 132 CLR C23 H232 sing N N 133 CLR C24 C25 sing N N 134 CLR C24 H241 sing N N 135 CLR C24 H242 sing N N 136 CLR C25 C26 sing N N 137 CLR C25 C27 sing N N 138 CLR C25 H25 sing N N 139 CLR C26 H261 sing N N 140 CLR C26 H262 sing N N 141 CLR C26 H263 sing N N 142 CLR C27 H271 sing N N 143 CLR C27 H272 sing N N 144 CLR C27 H273 sing N N 145 CLR O1 H1 sing N N 146 CYS N CA sing N N 147 CYS N H sing N N 148 CYS N H2 sing N N 149 CYS CA C sing N N 150 CYS CA CB sing N N 151 CYS CA HA sing N N 152 CYS C O doub N N 153 CYS C OXT sing N N 154 CYS CB SG sing N N 155 CYS CB HB2 sing N N 156 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