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_citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title ;The deubiquitinating enzyme Otu1 releases substrates from the conserved initiation complex of the Cdc48/p97 ATPase for proteasomal degradation. ; _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41598-026-42811-6 _citation.pdbx_database_id_PubMed 41795027 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Li, H.' 1 ? primary 'Guan, H.' 2 ? primary 'Rapoport, T.A.' 3 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Transitional endoplasmic reticulum ATPase' 89435.828 6 3.6.4.6 ? ? ? 2 polymer man 'Nuclear protein localization protein 4 homolog' 68202.016 1 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.767 ? 38752 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.565 ? 3902 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.047 ? 4314 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 5064 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9YRC _struct.title 'p97Ufd1-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9YRC _struct_keywords.text 'p97, VCP, AAA+ ATPase, TRANSLOCASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLOCASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 5 ? L N N 5 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 5 ? Q N N 6 ? R N N 6 ? S N N 6 ? T N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP TERA_HUMAN P55072 ? 1 ;MASGADSKGDDLSTAILKQKNRPNRLIVDEAINEDNSVVSLSQPKMDELQLFRGDTVLLKGKKRREAVCIVLSDDTCSDE KIRMNRVVRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPIDDTVEGITGNLFEVYLKPYFLEAYRPIRKGDIFLVRGGMRA VEFKVVETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRG ILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKREKTHGEV ERRIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVA NETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIG GLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEANVR EIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRLD QLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAM EVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGGAGPSQGSGGGTGGSVYTEDN DDDLYG ; 1 2 UNP NPL4_HUMAN Q8TAT6 ? 2 ;MAESIIIRVQSPDGVKRITATKRETAATFLKKVAKEFGFQNNGFSVYINRNKTGEITASSNKSLNLLKIKHGDLLFLFPS SLAGPSSEMETSVPPGFKVFGAPNVVEDEIDQYLSKQDGKIYRSRDPQLCRHGPLGKCVHCVPLEPFDEDYLNHLEPPVK HMSFHAYIRKLTGGADKGKFVALENISCKIKSGCEGHLPWPNGICTKCQPSAITLNRQKYRHVDNIMFENHTVADRFLDF WRKTGNQHFGYLYGRYTEHKDIPLGIRAEVAAIYEPPQIGTQNSLELLEDPKAEVVDEIAAKLGLRKVGWIFTDLVSEDT RKGTVRYSRNKDTYFLSSEECITAGDFQNKHPNMCRLSPDGHFGSKFVTAVATGGPDNQVHFEGYQVSNQCMALVRDECL LPCKDAPELGYAKESSSEQYVPDVFYKDVDKFGNEITQLARPLPVEYLIIDITTTFPKDPVYTFSISQNPFPIENRDVLG ETQDFHSLATYLSQNTSSVFLDTISDFHLLLFLVTNEVMPLQDSISLLLEAVRTRNEELAQTWKRSEQWATIEQLCSTVG GQLPGLHEYGAVGGSTHTATAAMWACQHCTFMNQPGTGHCEMCSLPRT ; 1 3 UNP UFD1_HUMAN Q92890 ? 3 ;MFSFNMFDHPIPRVFQNRFSTQYRCFSVSMLAGPNDRSDVEKGGKIIMPPSALDQLSRLNITYPMLFKLTNKNSDRMTHC GVLEFVADEGICYLPHWMMQNLLLEEGGLVQVESVNLQVATYSKFQPQSPDFLDITNPKAVLENALRNFACLTTGDVIAI NYNEKIYELRVMETKPDKAVSIIECDMNVDFDAPLGYKEPERQVQHEESTEGEADHSGYAGELGFRAFSGSGNRLDGKKK GVEPSPSPIKPGDIKRGIPNYEFKLGKITFIRNSRPLVKKVEEDEAGGRFVAFSGEGQSLRKKGRKP ; 1 4 UNP RL40A_YEAST P0CH08 ? 4 MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9YRC A 1 ? 806 ? P55072 1 ? 806 ? 1 806 2 1 9YRC B 1 ? 806 ? P55072 1 ? 806 ? 1 806 3 1 9YRC C 1 ? 806 ? P55072 1 ? 806 ? 1 806 4 1 9YRC D 1 ? 806 ? P55072 1 ? 806 ? 1 806 5 1 9YRC E 1 ? 806 ? P55072 1 ? 806 ? 1 806 6 1 9YRC F 1 ? 806 ? P55072 1 ? 806 ? 1 806 7 2 9YRC G 1 ? 608 ? Q8TAT6 1 ? 608 ? 1 608 8 3 9YRC H 1 ? 307 ? Q92890 1 ? 307 ? 1 307 9 4 9YRC I 1 ? 76 ? P0CH08 1 ? 76 ? 1 76 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9YRC GLN A 578 ? UNP P55072 GLU 578 conflict 578 1 2 9YRC GLN B 578 ? UNP P55072 GLU 578 conflict 578 2 3 9YRC GLN C 578 ? UNP P55072 GLU 578 conflict 578 3 4 9YRC GLN D 578 ? UNP P55072 GLU 578 conflict 578 4 5 9YRC GLN E 578 ? UNP P55072 GLU 578 conflict 578 5 6 9YRC GLN F 578 ? UNP P55072 GLU 578 conflict 578 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support immunoprecipitation _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'IP experiments verifies the hexameric assembly of p97.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 CYS A 209 ? 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SER A 748 ARG A 766 1 ? 19 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY B 202 ? ILE B 206 ? GLY B 202 ILE B 206 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 ARG B 210 ? GLU B 221 ? ARG B 210 GLU B 221 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU B 221 ? HIS B 226 ? GLU B 221 HIS B 226 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 HIS B 226 ? ILE B 233 ? HIS B 226 ILE B 233 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY B 250 ? GLU B 261 ? GLY B 250 GLU B 261 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN B 270 ? MET B 275 ? ASN B 270 MET B 275 5 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY B 280 ? ASN B 296 ? GLY B 280 ASN B 296 1 ? 17 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU B 305 ? ILE B 309 ? GLU B 305 ILE B 309 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY B 318 ? ASP B 333 ? GLY B 318 ASP B 333 1 ? 16 HELX_P HELX_P39 AE3 ARG B 349 ? ILE B 353 ? ARG B 349 ILE B 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP B 354 ? ARG B 358 ? ASP B 354 ARG B 358 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP B 373 ? THR B 385 ? ASP B 373 THR B 385 1 ? 13 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP B 395 ? THR B 403 ? ASP B 395 THR B 403 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 AE7 GLY B 408 ? LYS B 425 ? GLY B 408 LYS B 425 1 ? 18 HELX_P HELX_P44 AE8 LYS B 426 ? ILE B 430 ? LYS B 426 ILE B 430 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP B 438 ? LEU B 445 ? ASP B 438 LEU B 445 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 AF1 THR B 448 ? SER B 459 ? THR B 448 SER B 459 1 ? 12 HELX_P HELX_P47 AF2 THR B 475 ? ILE B 479 ? THR B 475 ILE B 479 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 LEU B 482 ? HIS B 499 ? LEU B 482 HIS B 499 1 ? 18 HELX_P HELX_P49 AF4 HIS B 499 ? GLY B 507 ? HIS B 499 GLY B 507 1 ? 9 HELX_P HELX_P50 AF5 GLY B 523 ? CYS B 535 ? GLY B 523 CYS B 535 1 ? 13 HELX_P HELX_P51 AF6 GLY B 544 ? LEU B 548 ? GLY B 544 LEU B 548 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 AF7 GLY B 553 ? ALA B 569 ? GLY B 553 ALA B 569 1 ? 17 HELX_P HELX_P53 AF8 GLN B 578 ? ILE B 582 ? GLN B 578 ILE B 582 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 AF9 GLY B 591 ? ASP B 609 ? GLY B 591 ASP B 609 1 ? 19 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP B 630 ? ARG B 635 ? ASP B 630 ARG B 635 5 ? 6 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP B 649 ? LEU B 661 ? ASP B 649 LEU B 661 1 ? 13 HELX_P HELX_P57 AG3 ASP B 671 ? THR B 679 ? ASP B 671 THR B 679 1 ? 9 HELX_P HELX_P58 AG4 SER B 683 ? GLN B 714 ? SER B 683 GLN B 714 1 ? 32 HELX_P HELX_P59 AG5 ARG B 732 ? ALA B 743 ? ARG B 732 ALA B 743 1 ? 12 HELX_P HELX_P60 AG6 SER B 748 ? GLY B 767 ? SER B 748 GLY B 767 1 ? 20 HELX_P HELX_P61 AG7 GLY C 202 ? ILE C 206 ? GLY C 202 ILE C 206 5 ? 5 HELX_P HELX_P62 AG8 CYS C 209 ? HIS C 226 ? CYS C 209 HIS C 226 1 ? 18 HELX_P HELX_P63 AG9 HIS C 226 ? GLY C 234 ? HIS C 226 GLY C 234 1 ? 9 HELX_P HELX_P64 AH1 GLY C 250 ? THR C 262 ? GLY C 250 THR C 262 1 ? 13 HELX_P HELX_P65 AH2 ASN C 270 ? ILE C 274 ? ASN C 270 ILE C 274 5 ? 5 HELX_P HELX_P66 AH3 GLU C 281 ? ASN C 296 ? GLU C 281 ASN C 296 1 ? 16 HELX_P HELX_P67 AH4 GLU C 305 ? ALA C 310 ? GLU C 305 ALA C 310 1 ? 6 HELX_P HELX_P68 AH5 GLY C 318 ? GLY C 334 ? GLY C 318 GLY C 334 1 ? 17 HELX_P HELX_P69 AH6 ARG C 349 ? ILE C 353 ? ARG C 349 ILE C 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P70 AH7 ASP C 354 ? ARG C 358 ? ASP C 354 ARG C 358 5 ? 5 HELX_P HELX_P71 AH8 ASP C 373 ? THR C 385 ? 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