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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.926 ? 4319 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.658 ? 1141 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.052 ? 461 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.009 ? 565 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9Z1N _struct.title 'Structure of KP.3 spike in complex with Nanosota-9B (local refinement)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9Z1N _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, entry, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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PHE A 368 ? VAL B 364 PHE B 368 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 380 ? LEU A 384 ? SER B 380 LEU B 384 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 402 ? VAL A 404 ? ASN B 402 VAL B 404 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 414 ? ASN A 419 ? ASN B 414 ASN B 419 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 498 ? HIS A 501 ? GLY B 498 HIS B 501 5 ? 4 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP B 62 ? GLU B 65 ? ASP E 62 GLU E 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS B 87 ? THR B 91 ? LYS E 87 THR E 91 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 333 SG ? ? ? 1_555 A CYS 358 SG ? ? B CYS 333 B CYS 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 376 SG ? ? ? 1_555 A CYS 429 SG ? ? B CYS 376 B CYS 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 388 SG ? ? ? 1_555 A CYS 521 SG ? ? B CYS 388 B CYS 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 477 SG ? ? ? 1_555 A CYS 484 SG ? ? B CYS 477 B CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 22 SG ? ? ? 1_555 B CYS 96 SG ? ? E CYS 22 E CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 50 SG ? ? ? 1_555 B CYS 104 SG ? ? E CYS 50 E CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 333 ? CYS A 358 ? CYS B 333 ? 1_555 CYS B 358 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS A 376 ? CYS A 429 ? CYS B 376 ? 1_555 CYS B 429 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS A 388 ? CYS A 521 ? CYS B 388 ? 1_555 CYS B 521 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS A 477 ? CYS A 484 ? CYS B 477 ? 1_555 CYS B 484 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS B 22 ? CYS B 96 ? CYS E 22 ? 1_555 CYS E 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS B 50 ? CYS B 104 ? CYS E 50 ? 1_555 CYS E 104 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLU A 321 ? 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ALA E 33 GLN E 39 AA7 5 GLU B 46 ? ILE B 51 ? GLU E 46 ILE E 51 AA7 6 THR B 58 ? TYR B 60 ? THR E 58 TYR E 60 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N GLU A 321 ? N GLU B 321 O ASN A 536 ? O ASN B 536 AA1 2 3 N VAL A 535 ? N VAL B 535 O GLY A 546 ? O GLY B 546 AA2 1 2 N ILE A 355 ? N ILE B 355 O VAL A 392 ? O VAL B 392 AA2 2 3 N PHE A 397 ? N PHE B 397 O VAL A 506 ? O VAL B 506 AA2 3 4 O LEU A 509 ? O LEU B 509 N CYS A 429 ? N CYS B 429 AA3 1 2 N TYR A 450 ? N TYR B 450 O GLU A 489 ? O GLU B 489 AA4 1 2 N TYR A 470 ? N TYR B 470 O TYR A 485 ? O TYR B 485 AA5 1 2 N GLY A 562 ? N GLY B 562 O ALA A 571 ? O ALA B 571 AA6 1 2 N SER B 7 ? N SER E 7 O SER B 21 ? O SER E 21 AA6 2 3 N LEU B 18 ? N LEU E 18 O MET B 83 ? O MET E 83 AA6 3 4 O TYR B 80 ? O TYR E 80 N SER B 71 ? N SER E 71 AA7 1 2 N GLY B 10 ? N GLY E 10 O THR B 126 ? O THR E 126 AA7 2 3 O VAL B 125 ? O VAL E 125 N ALA B 92 ? N ALA E 92 AA7 3 4 O ALA B 97 ? O ALA E 97 N GLY B 35 ? N GLY E 35 AA7 4 5 N ARG B 38 ? N ARG E 38 O GLU B 46 ? O GLU E 46 AA7 5 6 N CYS B 50 ? N CYS E 50 O TYR B 59 ? O TYR E 59 # _pdbx_entry_details.entry_id 9Z1N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CA B CYS 388 ? ? 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