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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.434 ? 14004 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.280 ? 3756 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 1584 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1824 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9ZHH _struct.title ;Cryo-EM structure of IGFBP7 dodecamer. The 3D refinement was focused on the central part of the dodecamer, which contains 12 IgC2 domains. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ZHH _struct_keywords.text 'IGFBP7, cell adhesion' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL ADHESION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code IBP7_HUMAN _struct_ref.pdbx_db_accession Q16270 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MERPSLRALLLGAAGLLLLLLPLSSSSSSDTCGPCEPASCPPLPPLGCLLGETRDACGCCPMCARGEGEPCGGGGAGRGY CAPGMECVKSRKRRKGKAGAAAGGPGVSGVCVCKSRYPVCGSDGTTYPSGCQLRAASQRAESRGEKAITQVSKGTCEQGP SIVTPPKDIWNVTGAQVYLSCEVIGIPTPVLIWNKVKRGHYGVQRTELLPGDRDNLAIQTRGGPEKHEVTGWVLVSPLSK EDAGEYECHASNSQGQASASAKITVVDALHEIPVKKGEGAEL ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9ZHH A 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 2 1 9ZHH G 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 3 1 9ZHH B 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 4 1 9ZHH H 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 5 1 9ZHH C 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 6 1 9ZHH I 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 7 1 9ZHH D 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 8 1 9ZHH J 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 9 1 9ZHH E 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 10 1 9ZHH K 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 11 1 9ZHH F 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 12 1 9ZHH L 1 ? 282 ? Q16270 1 ? 282 ? 1 282 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 12-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 209 ? ARG A 213 ? LEU A 209 ARG A 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 239 ? ALA A 243 ? SER A 239 ALA A 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU B 209 ? ARG B 213 ? LEU G 209 ARG G 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 SER B 239 ? ALA B 243 ? SER G 239 ALA G 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 SER C 239 ? ALA C 243 ? SER B 239 ALA B 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 LEU D 209 ? ARG D 213 ? LEU H 209 ARG H 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 SER D 239 ? ALA D 243 ? SER H 239 ALA H 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 LEU E 209 ? ARG E 213 ? LEU C 209 ARG C 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 SER E 239 ? ALA E 243 ? SER C 239 ALA C 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 LEU F 209 ? ARG F 213 ? LEU I 209 ARG I 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 SER F 239 ? ALA F 243 ? SER I 239 ALA I 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 SER G 239 ? ALA G 243 ? SER D 239 ALA D 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 LEU H 209 ? ARG H 213 ? LEU J 209 ARG J 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 SER H 239 ? ALA H 243 ? SER J 239 ALA J 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 SER I 239 ? ALA I 243 ? SER E 239 ALA E 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU J 209 ? ARG J 213 ? LEU K 209 ARG K 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 SER J 239 ? ALA J 243 ? SER K 239 ALA K 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 SER K 239 ? ALA K 243 ? SER F 239 ALA F 243 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 LEU L 209 ? ARG L 213 ? LEU L 209 ARG L 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 SER L 239 ? ALA L 243 ? SER L 239 ALA L 243 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 181 SG ? ? ? 1_555 A CYS 248 SG ? ? A CYS 181 A CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 181 SG ? ? ? 1_555 B CYS 248 SG ? ? G CYS 181 G CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 181 SG ? ? ? 1_555 C CYS 248 SG ? ? B CYS 181 B CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 181 SG ? ? ? 1_555 D CYS 248 SG ? ? H CYS 181 H CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 181 SG ? ? ? 1_555 E CYS 248 SG ? ? C CYS 181 C CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 181 SG ? ? ? 1_555 F CYS 248 SG ? ? I CYS 181 I CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf7 disulf ? ? G CYS 181 SG ? ? ? 1_555 G CYS 248 SG ? ? D CYS 181 D CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf8 disulf ? ? H CYS 181 SG ? ? ? 1_555 H CYS 248 SG ? ? J CYS 181 J CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf9 disulf ? ? I CYS 181 SG ? ? ? 1_555 I CYS 248 SG ? ? E CYS 181 E CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf10 disulf ? ? J CYS 181 SG ? ? ? 1_555 J CYS 248 SG ? ? K CYS 181 K CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf11 disulf ? ? K CYS 181 SG ? ? ? 1_555 K CYS 248 SG ? ? F CYS 181 F CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf12 disulf ? ? L CYS 181 SG ? ? ? 1_555 L CYS 248 SG ? ? L CYS 181 L CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 181 ? CYS A 248 ? CYS A 181 ? 1_555 CYS A 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS B 181 ? CYS B 248 ? CYS G 181 ? 1_555 CYS G 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS C 181 ? CYS C 248 ? CYS B 181 ? 1_555 CYS B 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS D 181 ? CYS D 248 ? CYS H 181 ? 1_555 CYS H 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS E 181 ? CYS E 248 ? CYS C 181 ? 1_555 CYS C 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS F 181 ? CYS F 248 ? CYS I 181 ? 1_555 CYS I 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS G 181 ? CYS G 248 ? CYS D 181 ? 1_555 CYS D 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS H 181 ? CYS H 248 ? CYS J 181 ? 1_555 CYS J 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 9 CYS I 181 ? CYS I 248 ? CYS E 181 ? 1_555 CYS E 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS J 181 ? CYS J 248 ? CYS K 181 ? 1_555 CYS K 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 11 CYS K 181 ? CYS K 248 ? CYS F 181 ? 1_555 CYS F 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS L 181 ? CYS L 248 ? CYS L 181 ? 1_555 CYS L 248 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ILE 186 A . ? ILE 186 A PRO 187 A ? PRO 187 A 1 -1.60 2 SER 236 A . ? SER 236 A PRO 237 A ? PRO 237 A 1 -4.62 3 ILE 186 B . ? ILE 186 G PRO 187 B ? PRO 187 G 1 -1.67 4 SER 236 B . ? SER 236 G PRO 237 B ? PRO 237 G 1 -5.85 5 ILE 186 C . ? ILE 186 B PRO 187 C ? PRO 187 B 1 -1.64 6 SER 236 C . ? SER 236 B PRO 237 C ? PRO 237 B 1 -5.13 7 ILE 186 D . ? ILE 186 H PRO 187 D ? PRO 187 H 1 -1.51 8 SER 236 D . ? SER 236 H PRO 237 D ? PRO 237 H 1 -5.56 9 ILE 186 E . ? ILE 186 C PRO 187 E ? PRO 187 C 1 -1.64 10 SER 236 E . ? SER 236 C PRO 237 E ? PRO 237 C 1 -5.17 11 ILE 186 F . ? ILE 186 I PRO 187 F ? PRO 187 I 1 -1.99 12 SER 236 F . ? SER 236 I PRO 237 F ? PRO 237 I 1 -5.81 13 ILE 186 G . ? ILE 186 D PRO 187 G ? PRO 187 D 1 -2.29 14 SER 236 G . ? SER 236 D PRO 237 G ? PRO 237 D 1 -5.21 15 ILE 186 H . ? ILE 186 J PRO 187 H ? PRO 187 J 1 -1.01 16 SER 236 H . ? SER 236 J PRO 237 H ? PRO 237 J 1 -3.68 17 ILE 186 I . ? ILE 186 E PRO 187 I ? PRO 187 E 1 -1.59 18 SER 236 I . ? SER 236 E PRO 237 I ? PRO 237 E 1 -4.78 19 ILE 186 J . ? ILE 186 K PRO 187 J ? PRO 187 K 1 -1.47 20 SER 236 J . ? SER 236 K PRO 237 J ? PRO 237 K 1 -5.68 21 ILE 186 K . ? ILE 186 F PRO 187 K ? PRO 187 F 1 -2.10 22 SER 236 K . ? SER 236 F PRO 237 K ? PRO 237 F 1 -5.37 23 ILE 186 L . ? ILE 186 L PRO 187 L ? PRO 187 L 1 -1.10 24 SER 236 L . ? SER 236 L PRO 237 L ? PRO 237 L 1 -3.65 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 8 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 8 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 8 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 8 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 8 ? AC3 ? 6 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 5 ? 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