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EMDB EMD-74422 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-09-16 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-09-16 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9ZMM _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-12-10 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'CryoEM structure of Ku heterodimer bound to N7 nucleosome' EMD-74422 'associated EM volume' EMDB . 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_citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'DNA-PK driven nucleosome unwrapping enables NHEJ in chromatin' _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-026-77534-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lu, W.' 1 ? primary 'Vogt, A.' 2 ? primary 'Lees-Miller, S.P.' 3 ? primary 'He, Y.' 4 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer syn 'DNA (154-mer)' 47768.418 1 ? ? ? ? 2 polymer syn 'DNA (154-mer)' 47306.152 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H3' 11859.927 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H4' 9990.770 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H2A' 24946.154 2 ? ? ? ? 6 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repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining) ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;GATCGCTATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACA GCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; I ? 2 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGATAGCGATC ; J ? 3 'polypeptide(L)' no no ;VKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHA KRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;VKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHA KRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; E,A ? 4 'polypeptide(L)' no no ;KRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGR TLYGFGG ; ;KRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGR TLYGFGG ; F,B ? 5 'polypeptide(L)' no no ;GKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHL QLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPV YLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPK ; ;GKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHL QLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPV YLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPK ; G,C ? 6 'polypeptide(L)' no no ;KKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGEL AKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;KKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGEL AKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; H,D ? 7 'polypeptide(L)' no no ;KYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDN PGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKA GDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVIS VGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGF KPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPP GFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPK VEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDY ; ;KYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDN PGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKA GDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVIS VGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGF KPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPP GFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPK VEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDY ; K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;NKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVHRHLML PDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDISLQFFL PFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKIERHSI HWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDIVPFSK VDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKRANPQV GVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTTKIPNP RFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIE ; ;NKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVHRHLML PDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDISLQFFL PFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKIERHSI HWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDIVPFSK VDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKRANPQV GVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTTKIPNP RFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIE ; L ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name water _pdbx_entity_nonpoly.comp_id HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 DG n 1 2 DA n 1 3 DT n 1 4 DC n 1 5 DG n 1 6 DC n 1 7 DT n 1 8 DA n 1 9 DT n 1 10 DC n 1 11 DG n 1 12 DG n 1 13 DA n 1 14 DT n 1 15 DG n 1 16 DT n 1 17 DA n 1 18 DT n 1 19 DA n 1 20 DT n 1 21 DA n 1 22 DT n 1 23 DC n 1 24 DT n 1 25 DG n 1 26 DA n 1 27 DC n 1 28 DA n 1 29 DC n 1 30 DG n 1 31 DT n 1 32 DG n 1 33 DC n 1 34 DC n 1 35 DT n 1 36 DG n 1 37 DG n 1 38 DA n 1 39 DG n 1 40 DA n 1 41 DC n 1 42 DT n 1 43 DA n 1 44 DG n 1 45 DG n 1 46 DG n 1 47 DA n 1 48 DG n 1 49 DT n 1 50 DA n 1 51 DA n 1 52 DT n 1 53 DC n 1 54 DC n 1 55 DC n 1 56 DC n 1 57 DT n 1 58 DT n 1 59 DG n 1 60 DG n 1 61 DC n 1 62 DG n 1 63 DG n 1 64 DT n 1 65 DT n 1 66 DA n 1 67 DA n 1 68 DA n 1 69 DA n 1 70 DC n 1 71 DG n 1 72 DC n 1 73 DG n 1 74 DG n 1 75 DG n 1 76 DG n 1 77 DG n 1 78 DA n 1 79 DC n 1 80 DA n 1 81 DG n 1 82 DC n 1 83 DG n 1 84 DC n 1 85 DG n 1 86 DT n 1 87 DA n 1 88 DC n 1 89 DG n 1 90 DT n 1 91 DG n 1 92 DC n 1 93 DG n 1 94 DT n 1 95 DT n 1 96 DT n 1 97 DA n 1 98 DA n 1 99 DG n 1 100 DC n 1 101 DG n 1 102 DG n 1 103 DT n 1 104 DG n 1 105 DC n 1 106 DT n 1 107 DA n 1 108 DG n 1 109 DA n 1 110 DG n 1 111 DC n 1 112 DT n 1 113 DG n 1 114 DT n 1 115 DC n 1 116 DT n 1 117 DA n 1 118 DC n 1 119 DG n 1 120 DA n 1 121 DC n 1 122 DC n 1 123 DA n 1 124 DA n 1 125 DT n 1 126 DT n 1 127 DG n 1 128 DA n 1 129 DG n 1 130 DC n 1 131 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.7007 ? 30701 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0439 ? 3465 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0057 ? 2845 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 27.5995 ? 5346 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 9ZMM _struct.title 'CryoEM structure of Ku heterodimer bound to N7 nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ZMM _struct_keywords.text 'Complex, DNA repair, NHEJ, Nucleosome, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 8 ? 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