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TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLSAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; E,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MITGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKR KTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MITGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKR KTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; G,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;GKAPVDPECTAKVGKAHVYCEGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGKMGQHSLVACSGNL NKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNT ; ;GKAPVDPECTAKVGKAHVYCEGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGKMGQHSLVACSGNL NKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNT ; P ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC) ; ;GGGGTGGTCGCTGTTCAATACAATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGTCAGTAGGGAGTAATCCCCTTGGCG GTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGGGAGACACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACC GGGATTCTCCAGGATGGCCGCGTATAGAGTCCAGTCC ; M ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) ; GGACTGGACTCTATACGCGGCCATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTGTCTCC K ? 8 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC) ; ;CTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTACTGACCAGGCA CGTGTCAGATATATACATCCTGTGATTGTATTGAACAGCGACCACCCC ; L ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSSGRENLYFQGNAMDIKMTQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLAD GVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTATYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRAGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSMEVQLQQ SGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSL TSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSS ; ;MGSSHHHHHHSSGRENLYFQGNAMDIKMTQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLAD GVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTATYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRAGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSMEVQLQQ SGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSL TSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSS ; J,I ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 GLY n 1 4 ARG n 1 5 GLY n 1 6 LYS n 1 7 GLY n 1 8 GLY n 1 9 LYS n 1 10 VAL n 1 11 LYS n 1 12 GLY n 1 13 LYS n 1 14 ALA n 1 15 LYS n 1 16 SER n 1 17 ARG n 1 18 SER n 1 19 ASN n 1 20 ARG n 1 21 ALA n 1 22 GLY n 1 23 LEU n 1 24 GLN n 1 25 PHE n 1 26 PRO n 1 27 VAL n 1 28 GLY n 1 29 ARG n 1 30 ILE n 1 31 HIS n 1 32 ARG n 1 33 LEU n 1 34 LEU n 1 35 ARG n 1 36 LYS n 1 37 GLY n 1 38 ASN n 1 39 TYR n 1 40 ALA n 1 41 GLU n 1 42 ARG n 1 43 VAL n 1 44 GLY n 1 45 ALA n 1 46 GLY n 1 47 ALA n 1 48 PRO n 1 49 VAL n 1 50 TYR n 1 51 LEU n 1 52 ALA n 1 53 ALA n 1 54 VAL n 1 55 MET n 1 56 GLU n 1 57 TYR n 1 58 LEU n 1 59 ALA n 1 60 ALA n 1 61 GLU n 1 62 VAL n 1 63 LEU n 1 64 GLU n 1 65 LEU n 1 66 ALA n 1 67 GLY n 1 68 ASN n 1 69 ALA n 1 70 ALA n 1 71 ARG n 1 72 ASP n 1 73 ASN n 1 74 LYS n 1 75 LYS n 1 76 THR n 1 77 ARG n 1 78 ILE n 1 79 ILE n 1 80 PRO n 1 81 ARG n 1 82 HIS n 1 83 LEU n 1 84 GLN n 1 85 LEU n 1 86 ALA n 1 87 ILE n 1 88 ARG n 1 89 ASN n 1 90 ASP n 1 91 GLU n 1 92 GLU n 1 93 LEU n 1 94 ASN n 1 95 LYS n 1 96 LEU n 1 97 LEU n 1 98 SER n 1 99 GLY n 1 100 VAL n 1 101 THR n 1 102 ILE n 1 103 ALA n 1 104 GLN n 1 105 GLY n 1 106 GLY n 1 107 VAL n 1 108 LEU n 1 109 PRO n 1 110 ASN n 1 111 ILE n 1 112 GLN n 1 113 ALA n 1 114 VAL n 1 115 LEU n 1 116 LEU n 1 117 PRO n 1 118 LYS n 1 119 LYS n 1 120 THR n 1 121 GLU n 1 122 LYS n 1 123 LYS n 1 124 ALA n 2 1 GLY n 2 2 MET n 2 3 ILE n 2 4 PRO n 2 5 PRO n 2 6 LYS n 2 7 THR n 2 8 SER n 2 9 GLY n 2 10 LYS n 2 11 ALA n 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.571 ? 25816 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 26.681 ? 4882 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 2881 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 2210 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9ZQ9 _struct.title 'Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ZQ9 _struct_keywords.text 'DNA damage binding protein, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 8 ? M N N 9 ? N N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H2A_DROME P84051 ? 1 ;MSGRGKGGKVKGKAKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTEKKA ; 1 2 UNP H2B_DROME P02283 ? 2 ;PPKTSGKAAKKAGKAQKNITKTDKKKKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 2 3 UNP H3_DROME P02299 ? 3 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 4 UNP H4_DROME P84040 ? 4 ;TGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 5 UNP PARP2_HUMAN Q9UGN5 ? 5 ;GKAPVDPECTAKVGKAHVYCEGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGKMGQHSLVACSGNL NKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNT ; 90 6 PDB 9ZQ9 9ZQ9 ? 6 ? 1 7 PDB 9ZQ9 9ZQ9 ? 7 ? 1 8 PDB 9ZQ9 9ZQ9 ? 8 ? 1 9 PDB 9ZQ9 9ZQ9 ? 9 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9ZQ9 A 1 ? 124 ? 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'expression tag' 2 12 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 14-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 16 ? 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ASP G 26 ILE G 31 5 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 THR G 32 ? GLY G 44 ? THR G 32 GLY G 44 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU G 51 ? ALA G 78 ? LEU G 51 ALA G 78 1 ? 28 HELX_P HELX_P32 AD5 THR G 84 ? GLN G 95 ? THR G 84 GLN G 95 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN H 27 ? ILE H 31 ? ASN H 27 ILE H 31 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 THR H 32 ? GLY H 43 ? THR H 32 GLY H 43 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU H 51 ? ALA H 78 ? LEU H 51 ALA H 78 1 ? 28 HELX_P HELX_P36 AD9 THR H 84 ? GLN H 95 ? THR H 84 GLN H 95 1 ? 12 HELX_P HELX_P37 AE1 CYS I 9 ? VAL I 13 ? CYS P 98 VAL P 102 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN I 79 ? LYS I 96 ? ASN P 168 LYS P 185 1 ? 18 HELX_P HELX_P39 AE3 ASN I 98 ? PHE I 105 ? ASN P 187 PHE P 194 5 ? 8 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU M 103 ? THR M 107 ? GLU J 103 THR J 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 THR M 182 ? THR M 184 ? THR J 182 THR J 184 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 GLU M 216 ? LYS M 219 ? GLU J 216 LYS J 219 5 ? 4 HELX_P HELX_P43 AE7 LYS M 228 ? SER M 231 ? 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THR I 241 SER I 245 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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