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C ILE 585 CD1 2217 1 Y 1 C ASP 637 ? CG ? C ASP 586 CG 2218 1 Y 1 C ASP 637 ? OD1 ? C ASP 586 OD1 2219 1 Y 1 C ASP 637 ? OD2 ? C ASP 586 OD2 2220 1 Y 1 C PHE 638 ? CG ? C PHE 587 CG 2221 1 Y 1 C PHE 638 ? CD1 ? C PHE 587 CD1 2222 1 Y 1 C PHE 638 ? CD2 ? C PHE 587 CD2 2223 1 Y 1 C PHE 638 ? CE1 ? C PHE 587 CE1 2224 1 Y 1 C PHE 638 ? CE2 ? C PHE 587 CE2 2225 1 Y 1 C PHE 638 ? CZ ? C PHE 587 CZ 2226 1 Y 1 C SER 640 ? OG ? C SER 589 OG 2227 1 Y 1 C LEU 641 ? CG ? C LEU 590 CG 2228 1 Y 1 C LEU 641 ? CD1 ? C LEU 590 CD1 2229 1 Y 1 C LEU 641 ? CD2 ? C LEU 590 CD2 2230 1 Y 1 C GLU 642 ? CG ? C GLU 591 CG 2231 1 Y 1 C GLU 642 ? CD ? C GLU 591 CD 2232 1 Y 1 C GLU 642 ? OE1 ? C GLU 591 OE1 2233 1 Y 1 C GLU 642 ? OE2 ? C GLU 591 OE2 2234 1 Y 1 C LEU 643 ? CG ? C LEU 592 CG 2235 1 Y 1 C LEU 643 ? CD1 ? C LEU 592 CD1 2236 1 Y 1 C LEU 643 ? CD2 ? C LEU 592 CD2 2237 1 Y 1 C TYR 644 ? CG ? C TYR 593 CG 2238 1 Y 1 C TYR 644 ? CD1 ? C TYR 593 CD1 2239 1 Y 1 C TYR 644 ? CD2 ? C TYR 593 CD2 2240 1 Y 1 C TYR 644 ? CE1 ? C TYR 593 CE1 2241 1 Y 1 C TYR 644 ? CE2 ? C TYR 593 CE2 2242 1 Y 1 C TYR 644 ? CZ ? C TYR 593 CZ 2243 1 Y 1 C TYR 644 ? OH ? C TYR 593 OH # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9ZUD _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9ZUD _struct.title ;EBV gB trimer with "deD" mutations (intermediate-1 conformation) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9ZUD _struct_keywords.text ;gB, glycoprotein B, herpesvirus, stabilization, stabilizing mutations, viral entry, vaccine, antigen, EBV, Epstein-Barr virus, postfusion, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, VIRAL PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? 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ASP C 637 TYR C 644 1 ? 8 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 51 SG ? ? ? 1_555 A CYS 477 SG ? ? A CYS 51 A CYS 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.060 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 68 SG ? ? ? 1_555 A CYS 433 SG ? ? A CYS 68 A CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 295 SG ? ? ? 1_555 A CYS 342 SG ? ? A CYS 295 A CYS 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 476 SG ? ? ? 1_555 C CYS 583 SG ? ? A CYS 527 C CYS 634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 500 SG ? ? ? 1_555 A CYS 537 SG ? ? A CYS 551 A CYS 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf6 disulf ? ? A CYS 583 SG ? ? ? 1_555 B CYS 476 SG ? ? A CYS 634 B CYS 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 51 SG ? ? ? 1_555 B CYS 477 SG ? ? B CYS 51 B CYS 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 68 SG ? ? ? 1_555 B CYS 433 SG ? ? B CYS 68 B CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 295 SG ? ? ? 1_555 B CYS 342 SG ? ? B CYS 295 B CYS 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 500 SG ? ? ? 1_555 B CYS 537 SG ? ? B CYS 551 B CYS 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 583 SG ? ? ? 1_555 C CYS 476 SG ? ? B CYS 634 C CYS 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 51 SG ? ? ? 1_555 C CYS 477 SG ? ? C CYS 51 C CYS 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 68 SG ? ? ? 1_555 C CYS 433 SG ? ? C CYS 68 C CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 295 SG ? ? ? 1_555 C CYS 342 SG ? ? C CYS 295 C CYS 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 500 SG ? ? ? 1_555 C CYS 537 SG ? ? C CYS 551 C CYS 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? covale1 covale one ? A ASN 76 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 76 A NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 290 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 290 A NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 329 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 329 A NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 348 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 348 A NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 395 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 395 A NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.490 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 512 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 563 A NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 329 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 329 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.491 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 348 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 348 B NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? B ASN 512 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 563 B NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.495 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 76 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 76 C NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 329 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 329 C NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? C ASN 348 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 348 C NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? C ASN 395 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? C ASN 395 C NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.495 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? C ASN 512 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 563 C NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? 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NAG C 701 ? 1_555 ASN C 329 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 11 NAG N . ? ASN C 348 ? NAG C 702 ? 1_555 ASN C 348 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 12 NAG O . ? ASN C 76 ? NAG C 703 ? 1_555 ASN C 76 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 13 NAG P . ? ASN C 395 ? NAG C 704 ? 1_555 ASN C 395 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 14 NAG Q . ? ASN C 512 ? NAG C 705 ? 1_555 ASN C 563 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 15 CYS A 51 ? CYS A 477 ? CYS A 51 ? 1_555 CYS A 528 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 16 CYS A 68 ? CYS A 433 ? CYS A 68 ? 1_555 CYS A 484 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 17 CYS A 295 ? CYS A 342 ? CYS A 295 ? 1_555 CYS A 342 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 18 CYS A 476 ? CYS C 583 ? CYS A 527 ? 1_555 CYS C 634 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 19 CYS A 500 ? CYS A 537 ? CYS A 551 ? 1_555 CYS A 588 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 20 CYS A 583 ? CYS B 476 ? CYS A 634 ? 1_555 CYS B 527 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 21 CYS B 51 ? CYS B 477 ? CYS B 51 ? 1_555 CYS B 528 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 22 CYS B 68 ? CYS B 433 ? CYS B 68 ? 1_555 CYS B 484 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 23 CYS B 295 ? CYS B 342 ? CYS B 295 ? 1_555 CYS B 342 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 24 CYS B 500 ? CYS B 537 ? CYS B 551 ? 1_555 CYS B 588 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 25 CYS B 583 ? CYS C 476 ? CYS B 634 ? 1_555 CYS C 527 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 26 CYS C 51 ? CYS C 477 ? CYS C 51 ? 1_555 CYS C 528 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 27 CYS C 68 ? CYS C 433 ? CYS C 68 ? 1_555 CYS C 484 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 28 CYS C 295 ? CYS C 342 ? CYS C 295 ? 1_555 CYS C 342 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 29 CYS C 500 ? CYS C 537 ? CYS C 551 ? 1_555 CYS C 588 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id SER _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 217 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id A _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id SER _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 217 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id A _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 218 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 218 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 3.63 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? 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