data_6G4 # _chem_comp.id 6G4 _chem_comp.name "4-oxononanoyl lysine" _chem_comp.type "peptide linking" _chem_comp.pdbx_type ATOMP _chem_comp.formula "C15 H28 N2 O4" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id Lys _chem_comp.pdbx_synonyms Nepsilon _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2016-05-12 _chem_comp.pdbx_modified_date 2024-09-27 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 300.394 _chem_comp.one_letter_code K _chem_comp.three_letter_code 6G4 _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 5g4c _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site EBI _chem_comp.pdbx_pcm N # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal 6G4 N N1 N 0 1 N N N N N N -18.044 -14.782 -40.510 6.922 1.446 -0.816 N 6G4 1 6G4 CA C1 C 0 1 N N S N N N -18.215 -15.665 -39.351 6.813 0.369 0.177 CA 6G4 2 6G4 C C2 C 0 1 N N N N N N -19.651 -15.478 -38.959 7.992 -0.560 0.042 C 6G4 3 6G4 CB C3 C 0 1 N N N N N N -17.247 -15.250 -38.253 5.519 -0.413 -0.057 CB 6G4 4 6G4 CG C4 C 0 1 N N N N N N -15.947 -14.740 -38.866 4.318 0.500 0.203 CG 6G4 5 6G4 CD C5 C 0 1 N N N N N N -14.772 -14.946 -37.919 3.024 -0.281 -0.032 CD 6G4 6 6G4 CE C6 C 0 1 N N N N N N -13.485 -14.368 -38.496 1.823 0.631 0.228 CE 6G4 7 6G4 NZ N2 N 0 1 N N N N N N -12.444 -15.174 -37.880 0.584 -0.117 0.003 NZ 6G4 8 6G4 O1 O1 O 0 1 N N N N N N -20.348 -14.758 -39.711 8.630 -0.581 -0.984 O1 6G4 9 6G4 O11 O2 O 0 1 N N N N N N -7.679 -15.628 -38.323 -4.312 -1.297 -0.367 O11 6G4 10 6G4 C5 C7 C 0 1 N N N N N N -7.863 -15.827 -37.136 -4.359 -0.138 -0.029 C5 6G4 11 6G4 C6 C8 C 0 1 N N N N N N -6.820 -16.546 -36.318 -5.692 0.538 0.161 C6 6G4 12 6G4 C7 C9 C 0 1 N N N N N N -5.452 -15.929 -36.580 -6.816 -0.457 -0.135 C7 6G4 13 6G4 C8 C10 C 0 1 N N N N N N -4.374 -16.724 -35.854 -8.169 0.229 0.058 C8 6G4 14 6G4 C9 C11 C 0 1 N N N N N N -2.985 -16.158 -36.121 -9.293 -0.766 -0.238 C9 6G4 15 6G4 C10 C12 C 0 1 N N N N N N -1.945 -16.927 -35.336 -10.646 -0.079 -0.045 C10 6G4 16 6G4 C4 C13 C 0 1 N N N N N N -9.141 -15.366 -36.483 -3.084 0.631 0.202 C4 6G4 17 6G4 C3 C14 C 0 1 N N N N N N -10.322 -16.035 -37.172 -1.883 -0.281 -0.058 C3 6G4 18 6G4 C1 C15 C 0 1 N N N N N N -11.127 -15.005 -37.926 -0.608 0.488 0.173 C1 6G4 19 6G4 O2 O3 O 0 1 N N N N N N -10.579 -14.092 -38.525 -0.655 1.652 0.512 O2 6G4 20 6G4 O3 O4 O 0 1 N Y N N N N -20.450 -16.513 -39.196 8.333 -1.365 1.061 O3 6G4 21 6G4 H1 H1 H 0 1 N N N N N N -17.102 -14.844 -40.841 6.934 1.073 -1.753 H1 6G4 22 6G4 H2 H2 H 0 1 N N N N N N -18.672 -15.061 -41.237 6.177 2.118 -0.703 H2 6G4 23 6G4 H4 H4 H 0 1 N N N N N N -18.033 -16.713 -39.633 6.802 0.798 1.179 H4 6G4 24 6G4 H5 H5 H 0 1 N N N N N N -17.702 -14.451 -37.649 5.490 -0.767 -1.087 H5 6G4 25 6G4 H6 H6 H 0 1 N N N N N N -17.031 -16.117 -37.611 5.481 -1.265 0.622 H6 6G4 26 6G4 H7 H7 H 0 1 N N N N N N -15.753 -15.285 -39.801 4.347 0.854 1.233 H7 6G4 27 6G4 H8 H8 H 0 1 N N N N N N -16.049 -13.666 -39.082 4.356 1.352 -0.476 H8 6G4 28 6G4 H9 H9 H 0 1 N N N N N N -14.991 -14.448 -36.963 2.995 -0.636 -1.062 H9 6G4 29 6G4 H10 H10 H 0 1 N N N N N N -14.635 -16.024 -37.748 2.986 -1.133 0.647 H10 6G4 30 6G4 H11 H11 H 0 1 N N N N N N -13.465 -14.470 -39.591 1.852 0.985 1.258 H11 6G4 31 6G4 H12 H12 H 0 1 N N N N N N -13.374 -13.308 -38.224 1.861 1.483 -0.451 H12 6G4 32 6G4 H13 H13 H 0 1 N N N N N N -12.762 -15.961 -37.351 0.621 -1.048 -0.268 H13 6G4 33 6G4 H15 H15 H 0 1 N N N N N N -7.065 -16.454 -35.250 -5.779 0.888 1.189 H15 6G4 34 6G4 H16 H16 H 0 1 N N N N N N -6.802 -17.609 -36.600 -5.769 1.386 -0.520 H16 6G4 35 6G4 H17 H17 H 0 1 N N N N N N -5.248 -15.941 -37.661 -6.729 -0.808 -1.164 H17 6G4 36 6G4 H18 H18 H 0 1 N N N N N N -5.445 -14.891 -36.217 -6.738 -1.305 0.545 H18 6G4 37 6G4 H19 H19 H 0 1 N N N N N N -4.572 -16.689 -34.773 -8.256 0.580 1.086 H19 6G4 38 6G4 H20 H20 H 0 1 N N N N N N -4.407 -17.768 -36.199 -8.247 1.077 -0.623 H20 6G4 39 6G4 H21 H21 H 0 1 N N N N N N -2.761 -16.237 -37.195 -9.207 -1.116 -1.267 H21 6G4 40 6G4 H22 H22 H 0 1 N N N N N N -2.960 -15.101 -35.818 -9.216 -1.614 0.442 H22 6G4 41 6G4 H23 H23 H 0 1 N N N N N N -0.948 -16.508 -35.538 -10.724 0.769 -0.726 H23 6G4 42 6G4 H24 H24 H 0 1 N N N N N N -2.165 -16.848 -34.261 -11.447 -0.788 -0.256 H24 6G4 43 6G4 H25 H25 H 0 1 N N N N N N -1.966 -17.985 -35.638 -10.733 0.271 0.983 H25 6G4 44 6G4 H26 H26 H 0 1 N N N N N N -9.230 -14.274 -36.578 -3.046 1.483 -0.477 H26 6G4 45 6G4 H27 H27 H 0 1 N N N N N N -9.131 -15.642 -35.418 -3.055 0.985 1.232 H27 6G4 46 6G4 H28 H28 H 0 1 N N N N N N -10.961 -16.516 -36.416 -1.921 -1.134 0.621 H28 6G4 47 6G4 H29 H29 H 0 1 N N N N N N -9.951 -16.795 -37.876 -1.913 -0.636 -1.088 H29 6G4 48 6G4 H30 H30 H 0 1 N N N N N N -21.142 -16.250 -39.791 9.096 -1.944 0.927 H30 6G4 49 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal 6G4 N CA SING N N 1 6G4 O1 C DOUB N N 2 6G4 CA C SING N N 3 6G4 CA CB SING N N 4 6G4 CG CB SING N N 5 6G4 CG CD SING N N 6 6G4 O2 C1 DOUB N N 7 6G4 CE CD SING N N 8 6G4 CE NZ SING N N 9 6G4 O11 C5 DOUB N N 10 6G4 C1 NZ SING N N 11 6G4 C1 C3 SING N N 12 6G4 C3 C4 SING N N 13 6G4 C5 C4 SING N N 14 6G4 C5 C6 SING N N 15 6G4 C7 C6 SING N N 16 6G4 C7 C8 SING N N 17 6G4 C9 C8 SING N N 18 6G4 C9 C10 SING N N 19 6G4 C O3 SING N N 20 6G4 N H1 SING N N 21 6G4 N H2 SING N N 22 6G4 CA H4 SING N N 23 6G4 CB H5 SING N N 24 6G4 CB H6 SING N N 25 6G4 CG H7 SING N N 26 6G4 CG H8 SING N N 27 6G4 CD H9 SING N N 28 6G4 CD H10 SING N N 29 6G4 CE H11 SING N N 30 6G4 CE H12 SING N N 31 6G4 NZ H13 SING N N 32 6G4 C6 H15 SING N N 33 6G4 C6 H16 SING N N 34 6G4 C7 H17 SING N N 35 6G4 C7 H18 SING N N 36 6G4 C8 H19 SING N N 37 6G4 C8 H20 SING N N 38 6G4 C9 H21 SING N N 39 6G4 C9 H22 SING N N 40 6G4 C10 H23 SING N N 41 6G4 C10 H24 SING N N 42 6G4 C10 H25 SING N N 43 6G4 C4 H26 SING N N 44 6G4 C4 H27 SING N N 45 6G4 C3 H28 SING N N 46 6G4 C3 H29 SING N N 47 6G4 O3 H30 SING N N 48 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 6G4 InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C15H28N2O4/c1-2-3-4-7-12(18)9-10-14(19)17-11-6-5-8-13(16)15(20)21/h13H,2-11,16H2,1H3,(H,17,19)(H,20,21)/t13-/m0/s1" 6G4 InChIKey InChI 1.03 DRLGGTGYYIGHGQ-ZDUSSCGKSA-N 6G4 SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[C@H](N)C(O)=O" 6G4 SMILES CACTVS 3.385 "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[CH](N)C(O)=O" 6G4 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.5 "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[C@@H](C(=O)O)N" 6G4 SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.5 "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCCC(C(=O)O)N" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 6G4 _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.5 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "(2~{S})-2-azanyl-6-(4-oxidanylidenenonanoylamino)hexanoic acid" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site 6G4 "Create component" 2016-05-12 EBI 6G4 "Other modification" 2016-06-07 EBI 6G4 "Initial release" 2017-05-03 RCSB 6G4 "Other modification" 2019-04-12 EBI 6G4 "Modify synonyms" 2021-03-01 PDBE 6G4 "Modify PCM" 2024-09-27 PDBE # _pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1 _pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id 6G4 _pdbx_chem_comp_synonyms.name Nepsilon _pdbx_chem_comp_synonyms.provenance ? _pdbx_chem_comp_synonyms.type ? #