data_8Q1
#
_chem_comp.id 8Q1
_chem_comp.name "S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate"
_chem_comp.type NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C23 H45 N2 O8 P S"
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_chem_comp.formula_weight 540.651
_chem_comp.one_letter_code ?
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_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 5USR
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_chem_comp.pdbx_processing_site RCSB
_chem_comp.pdbx_pcm Y
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
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_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
8Q1 O4 O1 O 0 1 N Y N N N N -36.895 -2.617 -25.605 4.079 -0.495 0.416 O4 8Q1 1
8Q1 C16 C1 C 0 1 N N N N N N -47.448 5.919 -27.839 17.687 1.547 0.920 C16 8Q1 2
8Q1 O3 O2 O 0 1 N N N N N N -30.241 -6.965 -36.203 -9.952 2.445 -1.479 O3 8Q1 3
8Q1 C15 C2 C 0 1 N N N N N N -46.675 4.825 -27.134 16.282 1.533 1.526 C15 8Q1 4
8Q1 C14 C3 C 0 1 N N N N N N -45.280 4.676 -27.728 15.275 1.077 0.469 C14 8Q1 5
8Q1 C13 C4 C 0 1 N N N N N N -44.454 3.654 -26.954 13.870 1.063 1.074 C13 8Q1 6
8Q1 O2 O3 O 0 1 N N N N N N -28.303 -5.653 -35.436 -9.060 4.349 -0.083 O2 8Q1 7
8Q1 C12 C5 C 0 1 N N N N N N -42.986 3.750 -27.348 12.863 0.606 0.017 C12 8Q1 8
8Q1 C11 C6 C 0 1 N N N N N N -42.092 2.951 -26.407 11.458 0.592 0.623 C11 8Q1 9
8Q1 C10 C7 C 0 1 N N N N N N -42.033 1.478 -26.796 10.451 0.136 -0.435 C10 8Q1 10
8Q1 C9 C8 C 0 1 N N N N N N -40.878 0.793 -26.074 9.047 0.122 0.171 C9 8Q1 11
8Q1 C8 C9 C 0 1 N N N N N N -40.671 -0.638 -26.554 8.040 -0.335 -0.887 C8 8Q1 12
8Q1 C7 C10 C 0 1 N N N N N N -39.258 -1.115 -26.235 6.635 -0.349 -0.281 C7 8Q1 13
8Q1 C6 C11 C 0 1 N N N N N N -39.198 -2.637 -26.178 5.628 -0.805 -1.339 C6 8Q1 14
8Q1 C1 C12 C 0 1 N N N N N N -37.769 -3.109 -26.299 4.244 -0.819 -0.742 C1 8Q1 15
8Q1 C28 C13 C 0 1 N N N N N N -29.795 -5.401 -32.696 -8.392 0.438 0.339 C28 8Q1 16
8Q1 C29 C14 C 0 1 N N N N N N -29.780 -6.159 -31.376 -8.194 -0.246 1.693 C29 8Q1 17
8Q1 C30 C15 C 0 1 N N N N N N -28.783 -7.305 -31.446 -6.948 0.322 2.375 C30 8Q1 18
8Q1 C31 C16 C 0 1 N N N N N N -29.382 -5.192 -30.272 -9.418 0.007 2.576 C31 8Q1 19
8Q1 C32 C17 C 0 1 N N R N N N -31.182 -6.709 -31.104 -8.019 -1.752 1.483 C32 8Q1 20
8Q1 C34 C18 C 0 1 N N N N N N -31.179 -7.796 -30.062 -6.899 -1.995 0.505 C34 8Q1 21
8Q1 C37 C19 C 0 1 N N N N N N -31.545 -8.215 -27.691 -4.551 -1.859 -0.130 C37 8Q1 22
8Q1 C38 C20 C 0 1 N N N N N N -32.057 -7.329 -26.562 -3.217 -1.480 0.516 C38 8Q1 23
8Q1 C39 C21 C 0 1 N N N N N N -33.139 -6.408 -27.075 -2.109 -1.628 -0.495 C39 8Q1 24
8Q1 C42 C22 C 0 1 N N N N N N -35.452 -6.133 -27.727 0.240 -1.492 -1.130 C42 8Q1 25
8Q1 C43 C23 C 0 1 N N N N N N -36.292 -5.467 -26.643 1.574 -1.113 -0.484 C43 8Q1 26
8Q1 N36 N1 N 0 1 N N N N N N -31.020 -7.430 -28.792 -5.628 -1.714 0.852 N36 8Q1 27
8Q1 N41 N2 N 0 1 N N N N N N -34.365 -6.915 -27.171 -0.837 -1.347 -0.147 N41 8Q1 28
8Q1 O27 O4 O 0 1 N N N N N N -30.086 -6.290 -33.772 -8.556 1.844 0.535 O27 8Q1 29
8Q1 O33 O5 O 0 1 N N N N N N -31.725 -7.231 -32.323 -9.231 -2.305 0.967 O33 8Q1 30
8Q1 O35 O6 O 0 1 N N N N N N -31.323 -8.963 -30.392 -7.142 -2.444 -0.596 O35 8Q1 31
8Q1 O40 O7 O 0 1 N N N N N N -32.877 -5.257 -27.381 -2.361 -2.001 -1.621 O40 8Q1 32
8Q1 P24 P1 P 0 1 N N N N N N -29.793 -5.846 -35.293 -8.786 2.878 -0.677 P24 8Q1 33
8Q1 S44 S1 S 0 1 N N N N N N -37.384 -4.306 -27.391 2.905 -1.291 -1.698 S44 8Q1 34
8Q1 O1 O8 O 0 1 N Y N N N N -29.703 -5.305 -36.436 -7.475 2.911 -1.611 O1 8Q1 35
8Q1 H1 H1 H 0 1 N N N N N N -48.450 6.007 -27.393 18.404 1.872 1.674 H1 8Q1 36
8Q1 H2 H2 H 0 1 N N N N N N -46.913 6.874 -27.730 17.946 0.544 0.581 H2 8Q1 37
8Q1 H3 H3 H 0 1 N N N N N N -47.543 5.671 -28.907 17.711 2.235 0.075 H3 8Q1 38
8Q1 H4 H4 H 0 1 N N N N N N -46.587 5.077 -26.067 16.258 0.846 2.372 H4 8Q1 39
8Q1 H5 H5 H 0 1 N N N N N N -47.216 3.874 -27.243 16.023 2.536 1.866 H5 8Q1 40
8Q1 H6 H6 H 0 1 N N N N N N -45.369 4.347 -28.774 15.299 1.764 -0.377 H6 8Q1 41
8Q1 H7 H7 H 0 1 N N N N N N -44.770 5.650 -27.693 15.534 0.074 0.129 H7 8Q1 42
8Q1 H8 H8 H 0 1 N N N N N N -44.553 3.849 -25.876 13.846 0.375 1.920 H8 8Q1 43
8Q1 H9 H9 H 0 1 N N N N N N -44.824 2.643 -27.179 13.611 2.066 1.414 H9 8Q1 44
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8Q1 H11 H11 H 0 1 N N N N N N -42.866 3.360 -28.370 12.888 1.294 -0.829 H11 8Q1 46
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8Q1 H21 H21 H 0 1 N N N N N N -38.572 -0.756 -27.016 6.610 -1.036 0.564 H21 8Q1 56
8Q1 H22 H22 H 0 1 N N N N N N -38.951 -0.706 -25.261 6.376 0.654 0.058 H22 8Q1 57
8Q1 H23 H23 H 0 1 N N N N N N -39.790 -3.055 -27.006 5.652 -0.118 -2.184 H23 8Q1 58
8Q1 H24 H24 H 0 1 N N N N N N -39.614 -2.981 -25.220 5.887 -1.808 -1.678 H24 8Q1 59
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8Q1 H27 H27 H 0 1 N N N N N N -28.779 -7.847 -30.489 -7.117 1.369 2.626 H27 8Q1 62
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8Q1 H30 H30 H 0 1 N N N N N N -29.365 -5.722 -29.308 -10.292 -0.469 2.130 H30 8Q1 65
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8Q1 H36 H36 H 0 1 N N N N N N -32.467 -7.961 -25.761 -3.260 -0.446 0.859 H36 8Q1 71
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8Q1 H40 H40 H 0 1 N N N N N N -36.876 -6.231 -26.109 1.531 -0.079 -0.141 H40 8Q1 75
8Q1 H41 H41 H 0 1 N N N N N N -35.632 -4.947 -25.933 1.766 -1.770 0.365 H41 8Q1 76
8Q1 H42 H42 H 0 1 N N N N N N -30.522 -6.586 -28.590 -5.426 -1.416 1.753 H42 8Q1 77
8Q1 H43 H43 H 0 1 N N N N N N -34.539 -7.848 -26.856 -0.635 -1.050 0.754 H43 8Q1 78
8Q1 H44 H44 H 0 1 N N N N N N -31.860 -8.167 -32.235 -9.506 -1.928 0.119 H44 8Q1 79
8Q1 H45 H45 H 0 1 N N N N N N -29.965 -5.928 -37.103 -6.671 3.187 -1.150 H45 8Q1 80
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
8Q1 O3 P24 DOUB N N 1
8Q1 O2 P24 SING N N 2
8Q1 P24 O27 SING N N 3
8Q1 O27 C28 SING N N 4
8Q1 C28 C29 SING N N 5
8Q1 O33 C32 SING N N 6
8Q1 C30 C29 SING N N 7
8Q1 C29 C32 SING N N 8
8Q1 C29 C31 SING N N 9
8Q1 C32 C34 SING N N 10
8Q1 O35 C34 DOUB N N 11
8Q1 C34 N36 SING N N 12
8Q1 N36 C37 SING N N 13
8Q1 C16 C15 SING N N 14
8Q1 C14 C15 SING N N 15
8Q1 C14 C13 SING N N 16
8Q1 C42 N41 SING N N 17
8Q1 C42 C43 SING N N 18
8Q1 C37 C38 SING N N 19
8Q1 S44 C43 SING N N 20
8Q1 S44 C1 SING N N 21
8Q1 O40 C39 DOUB N N 22
8Q1 C12 C13 SING N N 23
8Q1 C12 C11 SING N N 24
8Q1 N41 C39 SING N N 25
8Q1 C39 C38 SING N N 26
8Q1 C10 C11 SING N N 27
8Q1 C10 C9 SING N N 28
8Q1 C8 C7 SING N N 29
8Q1 C8 C9 SING N N 30
8Q1 C1 C6 SING N N 31
8Q1 C1 O4 DOUB N N 32
8Q1 C7 C6 SING N N 33
8Q1 P24 O1 SING N N 34
8Q1 C16 H1 SING N N 35
8Q1 C16 H2 SING N N 36
8Q1 C16 H3 SING N N 37
8Q1 C15 H4 SING N N 38
8Q1 C15 H5 SING N N 39
8Q1 C14 H6 SING N N 40
8Q1 C14 H7 SING N N 41
8Q1 C13 H8 SING N N 42
8Q1 C13 H9 SING N N 43
8Q1 O2 H10 SING N N 44
8Q1 C12 H11 SING N N 45
8Q1 C12 H12 SING N N 46
8Q1 C11 H13 SING N N 47
8Q1 C11 H14 SING N N 48
8Q1 C10 H15 SING N N 49
8Q1 C10 H16 SING N N 50
8Q1 C9 H17 SING N N 51
8Q1 C9 H18 SING N N 52
8Q1 C8 H19 SING N N 53
8Q1 C8 H20 SING N N 54
8Q1 C7 H21 SING N N 55
8Q1 C7 H22 SING N N 56
8Q1 C6 H23 SING N N 57
8Q1 C6 H24 SING N N 58
8Q1 C28 H25 SING N N 59
8Q1 C28 H26 SING N N 60
8Q1 C30 H27 SING N N 61
8Q1 C30 H28 SING N N 62
8Q1 C30 H29 SING N N 63
8Q1 C31 H30 SING N N 64
8Q1 C31 H31 SING N N 65
8Q1 C31 H32 SING N N 66
8Q1 C32 H33 SING N N 67
8Q1 C37 H34 SING N N 68
8Q1 C37 H35 SING N N 69
8Q1 C38 H36 SING N N 70
8Q1 C38 H37 SING N N 71
8Q1 C42 H38 SING N N 72
8Q1 C42 H39 SING N N 73
8Q1 C43 H40 SING N N 74
8Q1 C43 H41 SING N N 75
8Q1 N36 H42 SING N N 76
8Q1 N41 H43 SING N N 77
8Q1 O33 H44 SING N N 78
8Q1 O1 H45 SING N N 79
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
8Q1 SMILES ACDLabs 12.01 "O=C(CCCCCCCCCCC)SCCNC(CCNC(C(C(COP(=O)(O)O)(C)C)O)=O)=O"
8Q1 InChI InChI 1.03 "InChI=1S/C23H45N2O8PS/c1-4-5-6-7-8-9-10-11-12-13-20(27)35-17-16-24-19(26)14-15-25-22(29)21(28)23(2,3)18-33-34(30,31)32/h21,28H,4-18H2,1-3H3,(H,24,26)(H,25,29)(H2,30,31,32)/t21-/m0/s1"
8Q1 InChIKey InChI 1.03 MVHUOSAYFQKAMT-NRFANRHFSA-N
8Q1 SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CCCCCCCCCCCC(=O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[C@H](O)C(C)(C)CO[P](O)(O)=O"
8Q1 SMILES CACTVS 3.385 "CCCCCCCCCCCC(=O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[CH](O)C(C)(C)CO[P](O)(O)=O"
8Q1 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "CCCCCCCCCCCC(=O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[C@@H](C(C)(C)COP(=O)(O)O)O"
8Q1 SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "CCCCCCCCCCCC(=O)SCCNC(=O)CCNC(=O)C(C(C)(C)COP(=O)(O)O)O"
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
8Q1 "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01 "S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate"
8Q1 "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] dodecanethioate"
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
8Q1 "Create component" 2017-02-28 RCSB
8Q1 "Other modification" 2017-02-28 RCSB
8Q1 "Initial release" 2017-06-21 RCSB
8Q1 "Modify synonyms" 2020-06-05 PDBE
8Q1 "Modify PCM" 2024-09-27 PDBE
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id 8Q1
_pdbx_chem_comp_synonyms.name "S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine"
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance ?
_pdbx_chem_comp_synonyms.type ?
#
loop_
_pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id
_pdbx_chem_comp_pcm.type
_pdbx_chem_comp_pcm.category
_pdbx_chem_comp_pcm.position
_pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession
1 8Q1 SER None Lipid/lipid-like "Amino-acid side chain" "Any position" O1 CB ? ?
2 8Q1 SER None Lipid/lipid-like "Amino-acid side chain" "Any position" P24 OG ? ?
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