data_9AJ # _chem_comp.id 9AJ _chem_comp.name "2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one" _chem_comp.type NON-POLYMER _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C37 H44 N8 O4" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2017-04-14 _chem_comp.pdbx_modified_date 2018-02-23 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 664.796 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code 9AJ _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 5VFI _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal 9AJ C4 C1 C 0 1 Y N N 22.550 8.927 9.679 -7.459 -2.246 0.671 C4 9AJ 1 9AJ C14 C2 C 0 1 N N N 23.130 10.072 5.744 -6.119 1.362 -0.754 C14 9AJ 2 9AJ C5 C3 C 0 1 Y N N 22.264 10.208 10.194 -8.816 -1.919 0.829 C5 9AJ 3 9AJ C6 C4 C 0 1 N N N 22.007 10.913 11.492 -10.101 -2.456 1.418 C6 9AJ 4 9AJ C11 C5 C 0 1 Y N N 22.152 11.051 9.183 -9.030 -0.712 0.248 C11 9AJ 5 9AJ C7 C6 C 0 1 N N N 22.021 12.429 11.166 -11.222 -1.628 0.755 C7 9AJ 6 9AJ C8 C7 C 0 1 N N N 23.395 13.042 11.439 -12.363 -1.363 1.740 C8 9AJ 7 9AJ C9 C8 C 0 1 N N N 20.904 13.183 11.872 -11.743 -2.323 -0.505 C9 9AJ 8 9AJ C10 C9 C 0 1 N N N 21.797 12.431 9.617 -10.487 -0.318 0.398 C10 9AJ 9 9AJ C13 C10 C 0 1 N N N 22.276 10.911 6.647 -7.569 0.955 -1.015 C13 9AJ 10 9AJ C3 C11 C 0 1 Y N N 22.647 9.058 8.318 -6.877 -1.210 0.006 C3 9AJ 11 9AJ O47 O1 O 0 1 N N N 17.605 4.405 0.536 2.685 2.901 1.351 O47 9AJ 12 9AJ C46 C12 C 0 1 N N N 18.576 4.866 1.149 1.715 2.483 0.740 C46 9AJ 13 9AJ C26 C13 C 0 1 N N N 19.769 5.228 0.432 1.316 1.135 0.887 C26 9AJ 14 9AJ N27 N1 N 0 1 N N N 19.695 4.989 -0.949 2.030 0.275 1.731 N27 9AJ 15 9AJ C28 C14 C 0 1 Y N N 20.725 5.022 -1.870 3.374 0.008 1.479 C28 9AJ 16 9AJ N33 N2 N 0 1 Y N N 21.878 5.589 -1.650 4.070 -0.715 2.342 N33 9AJ 17 9AJ C32 C15 C 0 1 Y N N 22.843 5.601 -2.555 5.345 -0.991 2.144 C32 9AJ 18 9AJ C31 C16 C 0 1 Y N N 22.659 5.071 -3.847 6.004 -0.529 1.014 C31 9AJ 19 9AJ N34 N3 N 0 1 N N N 23.724 5.146 -4.806 7.357 -0.828 0.812 N34 9AJ 20 9AJ C39 C17 C 0 1 N N S 23.290 5.271 -6.238 8.165 0.399 0.759 C39 9AJ 21 9AJ C41 C18 C 0 1 N N N 22.496 6.573 -6.396 7.961 1.199 2.047 C41 9AJ 22 9AJ C38 C19 C 0 1 N N N 24.492 5.331 -7.193 9.643 0.028 0.617 C38 9AJ 23 9AJ N37 N4 N 0 1 N N N 25.462 4.250 -6.915 9.829 -0.774 -0.601 N37 9AJ 24 9AJ C42 C20 C 0 1 N N N 26.611 4.292 -7.865 11.248 -1.087 -0.813 C42 9AJ 25 9AJ C45 C21 C 0 1 N N N 26.316 3.986 -9.353 11.551 -1.811 -2.132 C45 9AJ 26 9AJ O44 O2 O 0 1 N N N 26.695 2.626 -9.046 12.487 -2.632 -1.421 O44 9AJ 27 9AJ C43 C22 C 0 1 N N N 27.481 3.008 -7.907 11.696 -2.437 -0.239 C43 9AJ 28 9AJ C36 C23 C 0 1 N N N 25.962 4.434 -5.532 9.021 -2.001 -0.549 C36 9AJ 29 9AJ C35 C24 C 0 1 N N N 24.815 4.187 -4.549 7.543 -1.630 -0.406 C35 9AJ 30 9AJ C30 C25 C 0 1 Y N N 21.422 4.505 -4.133 5.303 0.235 0.083 C30 9AJ 31 9AJ C29 C26 C 0 1 Y N N 20.437 4.522 -3.163 3.967 0.500 0.321 C29 9AJ 32 9AJ C25 C27 C 0 1 N N N 20.853 5.759 1.076 0.228 0.681 0.198 C25 9AJ 33 9AJ N48 N5 N 0 1 N N N 18.535 5.030 2.482 1.024 3.309 -0.067 N48 9AJ 34 9AJ C49 C28 C 0 1 N N N 17.357 4.698 3.311 1.446 4.705 -0.205 C49 9AJ 35 9AJ C50 C29 C 0 1 N N N 19.631 5.539 3.132 -0.059 2.867 -0.756 C50 9AJ 36 9AJ C24 C30 C 0 1 N N N 20.782 5.935 2.485 -0.472 1.571 -0.646 C24 9AJ 37 9AJ C20 C31 C 0 1 Y N N 21.962 6.451 3.236 -1.657 1.101 -1.405 C20 9AJ 38 9AJ C19 C32 C 0 1 Y N N 23.244 5.965 2.944 -1.576 0.853 -2.779 C19 9AJ 39 9AJ C18 C33 C 0 1 Y N N 24.343 6.414 3.640 -2.698 0.416 -3.450 C18 9AJ 40 9AJ N17 N6 N 0 1 Y N N 24.265 7.305 4.619 -3.840 0.230 -2.815 N17 9AJ 41 9AJ C21 C34 C 0 1 Y N N 21.872 7.377 4.296 -2.879 0.889 -0.765 C21 9AJ 42 9AJ C22 C35 C 0 1 N N N 20.540 7.977 4.648 -3.022 1.135 0.715 C22 9AJ 43 9AJ O23 O3 O 0 1 N N N 19.947 7.558 5.860 -3.447 2.481 0.935 O23 9AJ 44 9AJ C16 C36 C 0 1 Y N N 23.067 7.759 4.975 -3.963 0.453 -1.515 C16 9AJ 45 9AJ N15 N7 N 0 1 N N N 22.994 8.655 5.995 -5.191 0.242 -0.892 N15 9AJ 46 9AJ C2 C37 C 0 1 N N N 22.835 8.114 7.272 -5.491 -0.995 -0.430 C2 9AJ 47 9AJ O1 O4 O 0 1 N N N 22.776 6.884 7.558 -4.658 -1.881 -0.378 O1 9AJ 48 9AJ N12 N8 N 0 1 Y N N 22.396 10.404 8.012 -7.863 -0.275 -0.273 N12 9AJ 49 9AJ H1 H1 H 0 1 N N N 22.670 8.017 10.248 -6.969 -3.145 1.015 H1 9AJ 50 9AJ H2 H2 H 0 1 N N N 24.182 10.355 5.894 -5.839 2.141 -1.463 H2 9AJ 51 9AJ H3 H3 H 0 1 N N N 22.841 10.273 4.702 -6.041 1.763 0.257 H3 9AJ 52 9AJ H4 H4 H 0 1 N N N 21.028 10.619 11.899 -10.217 -3.512 1.176 H4 9AJ 53 9AJ H5 H5 H 0 1 N N N 22.795 10.672 12.220 -10.111 -2.312 2.499 H5 9AJ 54 9AJ H6 H6 H 0 1 N N N 23.583 13.055 12.523 -11.975 -0.833 2.610 H6 9AJ 55 9AJ H7 H7 H 0 1 N N N 24.170 12.442 10.940 -13.128 -0.756 1.256 H7 9AJ 56 9AJ H8 H8 H 0 1 N N N 23.421 14.071 11.050 -12.797 -2.311 2.056 H8 9AJ 57 9AJ H9 H9 H 0 1 N N N 21.081 13.169 12.958 -12.477 -1.684 -0.996 H9 9AJ 58 9AJ H10 H10 H 0 1 N N N 20.883 14.224 11.517 -10.913 -2.512 -1.185 H10 9AJ 59 9AJ H11 H11 H 0 1 N N N 19.940 12.701 11.652 -12.211 -3.268 -0.231 H11 9AJ 60 9AJ H12 H12 H 0 1 N N N 22.450 13.171 9.131 -10.601 0.410 1.201 H12 9AJ 61 9AJ H13 H13 H 0 1 N N N 20.747 12.655 9.377 -10.868 0.087 -0.539 H13 9AJ 62 9AJ H14 H14 H 0 1 N N N 22.615 11.957 6.610 -8.237 1.748 -0.679 H14 9AJ 63 9AJ H15 H15 H 0 1 N N N 21.227 10.854 6.322 -7.714 0.782 -2.081 H15 9AJ 64 9AJ H16 H16 H 0 1 N N N 18.789 4.768 -1.310 1.588 -0.136 2.490 H16 9AJ 65 9AJ H17 H17 H 0 1 N N N 23.800 6.030 -2.296 5.882 -1.584 2.870 H17 9AJ 66 9AJ H18 H18 H 0 1 N N N 22.651 4.418 -6.510 7.857 1.001 -0.096 H18 9AJ 67 9AJ H19 H19 H 0 1 N N N 21.627 6.557 -5.722 8.175 0.565 2.907 H19 9AJ 68 9AJ H20 H20 H 0 1 N N N 23.140 7.428 -6.144 8.634 2.057 2.052 H20 9AJ 69 9AJ H21 H21 H 0 1 N N N 22.151 6.668 -7.436 6.929 1.547 2.100 H21 9AJ 70 9AJ H22 H22 H 0 1 N N N 24.995 6.302 -7.073 10.241 0.936 0.549 H22 9AJ 71 9AJ H23 H23 H 0 1 N N N 24.132 5.230 -8.227 9.958 -0.551 1.485 H23 9AJ 72 9AJ H25 H25 H 0 1 N N N 27.225 5.197 -7.748 11.916 -0.255 -0.590 H25 9AJ 73 9AJ H26 H26 H 0 1 N N N 26.972 4.500 -10.071 10.700 -2.366 -2.525 H26 9AJ 74 9AJ H27 H27 H 0 1 N N N 25.267 4.118 -9.655 12.018 -1.170 -2.880 H27 9AJ 75 9AJ H28 H28 H 0 1 N N N 27.379 2.350 -7.031 12.292 -2.345 0.669 H28 9AJ 76 9AJ H29 H29 H 0 1 N N N 28.548 3.177 -8.116 10.883 -3.156 -0.139 H29 9AJ 77 9AJ H30 H30 H 0 1 N N N 26.775 3.720 -5.336 9.166 -2.571 -1.466 H30 9AJ 78 9AJ H31 H31 H 0 1 N N N 26.338 5.461 -5.409 9.329 -2.603 0.306 H31 9AJ 79 9AJ H32 H32 H 0 1 N N N 24.438 3.162 -4.677 6.945 -2.538 -0.338 H32 9AJ 80 9AJ H33 H33 H 0 1 N N N 25.181 4.317 -3.520 7.228 -1.051 -1.274 H33 9AJ 81 9AJ H34 H34 H 0 1 N N N 21.233 4.059 -5.098 5.791 0.608 -0.805 H34 9AJ 82 9AJ H35 H35 H 0 1 N N N 19.448 4.154 -3.392 3.393 1.089 -0.380 H35 9AJ 83 9AJ H36 H36 H 0 1 N N N 21.741 6.038 0.528 -0.092 -0.346 0.296 H36 9AJ 84 9AJ H37 H37 H 0 1 N N N 17.575 4.922 4.366 2.325 4.882 0.415 H37 9AJ 85 9AJ H38 H38 H 0 1 N N N 16.495 5.296 2.980 1.689 4.910 -1.247 H38 9AJ 86 9AJ H39 H39 H 0 1 N N N 17.123 3.628 3.204 0.638 5.363 0.116 H39 9AJ 87 9AJ H40 H40 H 0 1 N N N 19.590 5.634 4.207 -0.599 3.547 -1.398 H40 9AJ 88 9AJ H41 H41 H 0 1 N N N 23.371 5.229 2.163 -0.646 1.002 -3.308 H41 9AJ 89 9AJ H42 H42 H 0 1 N N N 25.314 6.022 3.377 -2.642 0.222 -4.511 H42 9AJ 90 9AJ H43 H43 H 0 1 N N N 20.672 9.068 4.703 -3.760 0.448 1.128 H43 9AJ 91 9AJ H44 H44 H 0 1 N N N 19.841 7.733 3.835 -2.061 0.973 1.204 H44 9AJ 92 9AJ H45 H45 H 0 1 N N N 19.115 8.001 5.975 -3.560 2.710 1.868 H45 9AJ 93 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal 9AJ C45 O44 SING N N 1 9AJ C45 C42 SING N N 2 9AJ O44 C43 SING N N 3 9AJ C43 C42 SING N N 4 9AJ C42 N37 SING N N 5 9AJ C38 N37 SING N N 6 9AJ C38 C39 SING N N 7 9AJ N37 C36 SING N N 8 9AJ C41 C39 SING N N 9 9AJ C39 N34 SING N N 10 9AJ C36 C35 SING N N 11 9AJ N34 C35 SING N N 12 9AJ N34 C31 SING N N 13 9AJ C30 C31 DOUB Y N 14 9AJ C30 C29 SING Y N 15 9AJ C31 C32 SING Y N 16 9AJ C29 C28 DOUB Y N 17 9AJ C32 N33 DOUB Y N 18 9AJ C28 N33 SING Y N 19 9AJ C28 N27 SING N N 20 9AJ N27 C26 SING N N 21 9AJ C26 C25 DOUB N N 22 9AJ C26 C46 SING N N 23 9AJ O47 C46 DOUB N N 24 9AJ C25 C24 SING N N 25 9AJ C46 N48 SING N N 26 9AJ N48 C50 SING N N 27 9AJ N48 C49 SING N N 28 9AJ C24 C50 DOUB N N 29 9AJ C24 C20 SING N N 30 9AJ C19 C20 DOUB Y N 31 9AJ C19 C18 SING Y N 32 9AJ C20 C21 SING Y N 33 9AJ C18 N17 DOUB Y N 34 9AJ C21 C22 SING N N 35 9AJ C21 C16 DOUB Y N 36 9AJ N17 C16 SING Y N 37 9AJ C22 O23 SING N N 38 9AJ C16 N15 SING N N 39 9AJ C14 N15 SING N N 40 9AJ C14 C13 SING N N 41 9AJ N15 C2 SING N N 42 9AJ C13 N12 SING N N 43 9AJ C2 O1 DOUB N N 44 9AJ C2 C3 SING N N 45 9AJ N12 C3 SING Y N 46 9AJ N12 C11 SING Y N 47 9AJ C3 C4 DOUB Y N 48 9AJ C11 C10 SING N N 49 9AJ C11 C5 DOUB Y N 50 9AJ C10 C7 SING N N 51 9AJ C4 C5 SING Y N 52 9AJ C5 C6 SING N N 53 9AJ C7 C8 SING N N 54 9AJ C7 C6 SING N N 55 9AJ C7 C9 SING N N 56 9AJ C4 H1 SING N N 57 9AJ C14 H2 SING N N 58 9AJ C14 H3 SING N N 59 9AJ C6 H4 SING N N 60 9AJ C6 H5 SING N N 61 9AJ C8 H6 SING N N 62 9AJ C8 H7 SING N N 63 9AJ C8 H8 SING N N 64 9AJ C9 H9 SING N N 65 9AJ C9 H10 SING N N 66 9AJ C9 H11 SING N N 67 9AJ C10 H12 SING N N 68 9AJ C10 H13 SING N N 69 9AJ C13 H14 SING N N 70 9AJ C13 H15 SING N N 71 9AJ N27 H16 SING N N 72 9AJ C32 H17 SING N N 73 9AJ C39 H18 SING N N 74 9AJ C41 H19 SING N N 75 9AJ C41 H20 SING N N 76 9AJ C41 H21 SING N N 77 9AJ C38 H22 SING N N 78 9AJ C38 H23 SING N N 79 9AJ C42 H25 SING N N 80 9AJ C45 H26 SING N N 81 9AJ C45 H27 SING N N 82 9AJ C43 H28 SING N N 83 9AJ C43 H29 SING N N 84 9AJ C36 H30 SING N N 85 9AJ C36 H31 SING N N 86 9AJ C35 H32 SING N N 87 9AJ C35 H33 SING N N 88 9AJ C30 H34 SING N N 89 9AJ C29 H35 SING N N 90 9AJ C25 H36 SING N N 91 9AJ C49 H37 SING N N 92 9AJ C49 H38 SING N N 93 9AJ C49 H39 SING N N 94 9AJ C50 H40 SING N N 95 9AJ C19 H41 SING N N 96 9AJ C18 H42 SING N N 97 9AJ C22 H43 SING N N 98 9AJ C22 H44 SING N N 99 9AJ O23 H45 SING N N 100 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 9AJ SMILES ACDLabs 12.01 "c7c1CC(C)(C)Cc1n8CCN(c6nccc(C=2C=C(C(=O)N(C=2)C)Nc5ncc(N3CCN(CC3C)C4COC4)cc5)c6CO)C(c78)=O" 9AJ InChI InChI 1.03 ;InChI=1S/C37H44N8O4/c1-23-18-42(27-21-49-22-27)9-10-43(23)26-5-6-33(39-17-26)40-30-13-25(19-41(4)35(30)47)28-7-8-38-34(29(28)20-46)45-12-11-44-31(36(45)48)14-24-15-37(2,3)16-32(24)44/h5-8,13-14,17,19,23,27,46H,9-12,15-16,18,20-22H2,1-4H3,(H,39,40)/t23-/m0/s1 ; 9AJ InChIKey InChI 1.03 WNEODWDFDXWOLU-QHCPKHFHSA-N 9AJ SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "C[C@H]1CN(CCN1c2ccc(NC3=CC(=CN(C)C3=O)c4ccnc(N5CCn6c7CC(C)(C)Cc7cc6C5=O)c4CO)nc2)C8COC8" 9AJ SMILES CACTVS 3.385 "C[CH]1CN(CCN1c2ccc(NC3=CC(=CN(C)C3=O)c4ccnc(N5CCn6c7CC(C)(C)Cc7cc6C5=O)c4CO)nc2)C8COC8" 9AJ SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "C[C@H]1CN(CCN1c2ccc(nc2)NC3=CC(=CN(C3=O)C)c4ccnc(c4CO)N5CCn6c(cc7c6CC(C7)(C)C)C5=O)C8COC8" 9AJ SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "CC1CN(CCN1c2ccc(nc2)NC3=CC(=CN(C3=O)C)c4ccnc(c4CO)N5CCn6c(cc7c6CC(C7)(C)C)C5=O)C8COC8" # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier 9AJ "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 12.01 "2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one" 9AJ "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "10-[3-(hydroxymethyl)-4-[1-methyl-5-[[5-[(2~{S})-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl]amino]-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl]pyridin-2-yl]-4,4-dimethyl-1,10-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),7-dien-9-one" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site 9AJ "Create component" 2017-04-14 RCSB 9AJ "Initial release" 2018-02-28 RCSB #