data_A1COJ # _chem_comp.id A1COJ _chem_comp.name "(4M)-3-ethyl-4-[(4S)-3-{4-[2-(2-oxopyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}-6,7-dihydroimidazo[1,2-a]pyrimidin-1(5H)-yl]benzonitrile" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C27 H29 N5 O2" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2025-08-21 _chem_comp.pdbx_modified_date 2026-08-21 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 455.551 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code A1COJ _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 9Q4E _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site RCSB _chem_comp.pdbx_pcm ? # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal A1COJ C1 C1 C 0 1 N N N N N N -21.306 -42.461 -19.457 -2.959 1.921 2.342 C1 A1COJ 1 A1COJ C2 C2 C 0 1 N N N N N N -20.570 -42.638 -20.766 -4.060 0.867 2.210 C2 A1COJ 2 A1COJ C3 C3 C 0 1 Y N N N N N -20.006 -41.356 -21.318 -4.768 1.042 0.891 C3 A1COJ 3 A1COJ C4 C4 C 0 1 Y N N N N N -20.879 -40.315 -21.616 -5.926 1.784 0.827 C4 A1COJ 4 A1COJ C5 C5 C 0 1 Y N N N N N -20.410 -39.109 -22.128 -6.582 1.947 -0.397 C5 A1COJ 5 A1COJ C6 C6 C 0 1 N N N N N N -21.325 -38.038 -22.430 -7.787 2.718 -0.469 C6 A1COJ 6 A1COJ N1 N1 N 0 1 N N N N N N -22.001 -37.158 -22.718 -8.742 3.330 -0.525 N1 A1COJ 7 A1COJ C7 C7 C 0 1 Y N N N N N -19.054 -38.934 -22.350 -6.060 1.354 -1.551 C7 A1COJ 8 A1COJ C8 C8 C 0 1 Y N N N N N -18.179 -39.955 -22.063 -4.902 0.614 -1.478 C8 A1COJ 9 A1COJ C9 C9 C 0 1 Y N N N N N -18.641 -41.161 -21.549 -4.248 0.459 -0.260 C9 A1COJ 10 A1COJ N2 N2 N 0 1 N N N N N N -17.660 -42.180 -21.267 -3.071 -0.287 -0.191 N2 A1COJ 11 A1COJ C10 C10 C 0 1 N N N N N N -16.957 -42.838 -22.252 -1.782 0.204 -0.350 C10 A1COJ 12 A1COJ C11 C11 C 0 1 N N N N N N -16.100 -43.712 -21.648 -0.918 -0.818 -0.228 C11 A1COJ 13 A1COJ C12 C12 C 0 1 Y N N N N N -15.120 -44.625 -22.276 0.555 -0.729 -0.326 C12 A1COJ 14 A1COJ C13 C13 C 0 1 Y N N N N N -13.779 -44.396 -21.970 1.144 -0.011 -1.369 C13 A1COJ 15 A1COJ C14 C14 C 0 1 Y N N N N N -12.780 -45.177 -22.510 2.517 0.071 -1.457 C14 A1COJ 16 A1COJ C15 C15 C 0 1 Y N N N N N -13.097 -46.198 -23.388 3.315 -0.560 -0.512 C15 A1COJ 17 A1COJ O1 O1 O 0 1 N N N N N N -12.015 -46.911 -23.850 4.668 -0.477 -0.602 O1 A1COJ 18 A1COJ C16 C16 C 0 1 N N N N N N -12.089 -47.522 -25.141 5.428 -1.149 0.404 C16 A1COJ 19 A1COJ C17 C17 C 0 1 N N N N N N -12.708 -48.888 -24.955 6.921 -0.944 0.137 C17 A1COJ 20 A1COJ N3 N3 N 0 1 N N N N N N -11.899 -49.982 -25.465 7.253 0.475 0.284 N3 A1COJ 21 A1COJ C18 C18 C 0 1 N N N N N N -12.285 -50.756 -26.640 7.675 1.101 1.543 C18 A1COJ 22 A1COJ C19 C19 C 0 1 N N N N N N -11.390 -51.984 -26.571 7.489 2.620 1.331 C19 A1COJ 23 A1COJ C20 C20 C 0 1 N N N N N N -10.227 -51.571 -25.700 7.605 2.740 -0.207 C20 A1COJ 24 A1COJ C21 C21 C 0 1 N N N N N N -10.743 -50.395 -24.910 7.216 1.371 -0.718 C21 A1COJ 25 A1COJ O2 O2 O 0 1 N N N N N N -10.223 -49.904 -23.908 6.913 1.118 -1.865 O2 A1COJ 26 A1COJ C22 C22 C 0 1 Y N N N N N -14.429 -46.445 -23.712 2.733 -1.274 0.527 C22 A1COJ 27 A1COJ C23 C23 C 0 1 Y N N N N N -15.445 -45.652 -23.164 1.360 -1.356 0.626 C23 A1COJ 28 A1COJ N4 N4 N 0 1 N N N N N N -16.238 -43.543 -20.263 -1.649 -1.972 0.009 N4 A1COJ 29 A1COJ C24 C24 C 0 1 N N N N N N -15.521 -44.251 -19.197 -1.173 -3.347 0.190 C24 A1COJ 30 A1COJ C25 C25 C 0 1 N N N N N N -16.277 -44.184 -17.891 -2.320 -4.286 -0.217 C25 A1COJ 31 A1COJ C26 C26 C 0 1 N N N N N N -16.932 -42.832 -17.713 -3.593 -3.894 0.535 C26 A1COJ 32 A1COJ N5 N5 N 0 1 N N N N N N -17.578 -42.210 -18.873 -3.940 -2.495 0.265 N5 A1COJ 33 A1COJ C27 C27 C 0 1 N N N N N N -17.206 -42.616 -20.040 -2.983 -1.630 0.050 C27 A1COJ 34 A1COJ H1 H1 H 0 1 N N N N N N -21.688 -43.434 -19.116 -2.446 1.794 3.295 H1 A1COJ 35 A1COJ H2 H2 H 0 1 N N N N N N -20.618 -42.053 -18.702 -2.244 1.805 1.527 H2 A1COJ 36 A1COJ H3 H3 H 0 1 N N N N N N -22.147 -41.767 -19.600 -3.402 2.916 2.297 H3 A1COJ 37 A1COJ H4 H4 H 0 1 N N N N N N -19.741 -43.343 -20.606 -3.617 -0.128 2.255 H4 A1COJ 38 A1COJ H5 H5 H 0 1 N N N N N N -21.270 -43.057 -21.504 -4.774 0.984 3.025 H5 A1COJ 39 A1COJ H6 H6 H 0 1 N N N N N N -21.938 -40.445 -21.447 -6.326 2.240 1.720 H6 A1COJ 40 A1COJ H7 H7 H 0 1 N N N N N N -18.686 -38.000 -22.747 -6.565 1.477 -2.497 H7 A1COJ 41 A1COJ H8 H8 H 0 1 N N N N N N -17.122 -39.819 -22.239 -4.498 0.155 -2.369 H8 A1COJ 42 A1COJ H9 H9 H 0 1 N N N N N N -17.065 -42.689 -23.316 -1.518 1.234 -0.540 H9 A1COJ 43 A1COJ H10 H10 H 0 1 N N N N N N -13.518 -43.592 -21.298 0.524 0.479 -2.105 H10 A1COJ 44 A1COJ H11 H11 H 0 1 N N N N N N -11.749 -44.992 -22.248 2.974 0.626 -2.264 H11 A1COJ 45 A1COJ H12 H12 H 0 1 N N N N N N -12.714 -46.913 -25.811 5.175 -0.742 1.383 H12 A1COJ 46 A1COJ H13 H13 H 0 1 N N N N N N -11.081 -47.620 -25.570 5.198 -2.214 0.382 H13 A1COJ 47 A1COJ H14 H14 H 0 1 N N N N N N -12.869 -49.050 -23.879 7.501 -1.528 0.851 H14 A1COJ 48 A1COJ H15 H15 H 0 1 N N N N N N -13.676 -48.902 -25.477 7.157 -1.269 -0.876 H15 A1COJ 49 A1COJ H16 H16 H 0 1 N N N N N N -13.346 -51.041 -26.591 7.048 0.756 2.365 H16 A1COJ 50 A1COJ H17 H17 H 0 1 N N N N N N -12.100 -50.187 -27.563 8.722 0.874 1.745 H17 A1COJ 51 A1COJ H18 H18 H 0 1 N N N N N N -11.929 -52.831 -26.121 6.506 2.944 1.674 H18 A1COJ 52 A1COJ H19 H19 H 0 1 N N N N N N -11.040 -52.265 -27.575 8.279 3.183 1.827 H19 A1COJ 53 A1COJ H20 H20 H 0 1 N N N N N N -9.934 -52.392 -25.029 6.920 3.500 -0.583 H20 A1COJ 54 A1COJ H21 H21 H 0 1 N N N N N N -9.365 -51.276 -26.317 8.630 2.974 -0.494 H21 A1COJ 55 A1COJ H22 H22 H 0 1 N N N N N N -14.679 -47.250 -24.387 3.357 -1.763 1.260 H22 A1COJ 56 A1COJ H23 H23 H 0 1 N N N N N N -16.476 -45.834 -23.427 0.908 -1.908 1.436 H23 A1COJ 57 A1COJ H24 H24 H 0 1 N N N N N N -15.398 -45.305 -19.486 -0.305 -3.526 -0.445 H24 A1COJ 58 A1COJ H25 H25 H 0 1 N N N N N N -14.531 -43.790 -19.063 -0.910 -3.514 1.234 H25 A1COJ 59 A1COJ H26 H26 H 0 1 N N N N N N -17.053 -44.963 -17.884 -2.492 -4.204 -1.290 H26 A1COJ 60 A1COJ H27 H27 H 0 1 N N N N N N -15.577 -44.357 -17.061 -2.053 -5.313 0.031 H27 A1COJ 61 A1COJ H28 H28 H 0 1 N N N N N N -17.701 -42.943 -16.934 -4.412 -4.536 0.213 H28 A1COJ 62 A1COJ H29 H29 H 0 1 N N N N N N -16.154 -42.138 -17.363 -3.433 -4.025 1.605 H29 A1COJ 63 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal A1COJ C1 C2 SING N N 1 A1COJ C2 C3 SING N N 2 A1COJ C3 C4 DOUB Y N 3 A1COJ C4 C5 SING Y N 4 A1COJ C5 C6 SING N N 5 A1COJ C6 N1 TRIP N N 6 A1COJ C5 C7 DOUB Y N 7 A1COJ C7 C8 SING Y N 8 A1COJ C8 C9 DOUB Y N 9 A1COJ C9 N2 SING N N 10 A1COJ N2 C10 SING N N 11 A1COJ C10 C11 DOUB N N 12 A1COJ C11 C12 SING N N 13 A1COJ C12 C13 DOUB Y N 14 A1COJ C13 C14 SING Y N 15 A1COJ C14 C15 DOUB Y N 16 A1COJ C15 O1 SING N N 17 A1COJ O1 C16 SING N N 18 A1COJ C16 C17 SING N N 19 A1COJ C17 N3 SING N N 20 A1COJ N3 C18 SING N N 21 A1COJ C18 C19 SING N N 22 A1COJ C19 C20 SING N N 23 A1COJ C20 C21 SING N N 24 A1COJ C21 O2 DOUB N N 25 A1COJ C15 C22 SING Y N 26 A1COJ C22 C23 DOUB Y N 27 A1COJ C11 N4 SING N N 28 A1COJ N4 C24 SING N N 29 A1COJ C24 C25 SING N N 30 A1COJ C25 C26 SING N N 31 A1COJ C26 N5 SING N N 32 A1COJ N5 C27 DOUB N N 33 A1COJ C3 C9 SING Y N 34 A1COJ N2 C27 SING N N 35 A1COJ C12 C23 SING Y N 36 A1COJ N4 C27 SING N N 37 A1COJ N3 C21 SING N N 38 A1COJ C1 H1 SING N N 39 A1COJ C1 H2 SING N N 40 A1COJ C1 H3 SING N N 41 A1COJ C2 H4 SING N N 42 A1COJ C2 H5 SING N N 43 A1COJ C4 H6 SING N N 44 A1COJ C7 H7 SING N N 45 A1COJ C8 H8 SING N N 46 A1COJ C10 H9 SING N N 47 A1COJ C13 H10 SING N N 48 A1COJ C14 H11 SING N N 49 A1COJ C16 H12 SING N N 50 A1COJ C16 H13 SING N N 51 A1COJ C17 H14 SING N N 52 A1COJ C17 H15 SING N N 53 A1COJ C18 H16 SING N N 54 A1COJ C18 H17 SING N N 55 A1COJ C19 H18 SING N N 56 A1COJ C19 H19 SING N N 57 A1COJ C20 H20 SING N N 58 A1COJ C20 H21 SING N N 59 A1COJ C22 H22 SING N N 60 A1COJ C23 H23 SING N N 61 A1COJ C24 H24 SING N N 62 A1COJ C24 H25 SING N N 63 A1COJ C25 H26 SING N N 64 A1COJ C25 H27 SING N N 65 A1COJ C26 H28 SING N N 66 A1COJ C26 H29 SING N N 67 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor A1COJ SMILES ACDLabs 14.52 "N#Cc1ccc(c(CC)c1)N1C=C(N2CCCN=C12)c1ccc(OCCN2CCCC2=O)cc1" A1COJ InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C27H29N5O2/c1-2-21-17-20(18-28)6-11-24(21)32-19-25(31-14-4-12-29-27(31)32)22-7-9-23(10-8-22)34-16-15-30-13-3-5-26(30)33/h6-11,17,19H,2-5,12-16H2,1H3" A1COJ InChIKey InChI 1.06 YLDOVHFBTXINOI-UHFFFAOYSA-N A1COJ SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CCc1cc(ccc1N2C=C(N3CCCN=C23)c4ccc(OCCN5CCCC5=O)cc4)C#N" A1COJ SMILES CACTVS 3.385 "CCc1cc(ccc1N2C=C(N3CCCN=C23)c4ccc(OCCN5CCCC5=O)cc4)C#N" A1COJ SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 3.1.0.0 "CCc1cc(ccc1N2C=C(N3C2=NCCC3)c4ccc(cc4)OCCN5CCCC5=O)C#N" A1COJ SMILES "OpenEye OEToolkits" 3.1.0.0 "CCc1cc(ccc1N2C=C(N3C2=NCCC3)c4ccc(cc4)OCCN5CCCC5=O)C#N" # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier A1COJ "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs 14.52 "(4M)-3-ethyl-4-[(4S)-3-{4-[2-(2-oxopyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}-6,7-dihydroimidazo[1,2-a]pyrimidin-1(5H)-yl]benzonitrile" A1COJ "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 3.1.0.0 "3-ethyl-4-[3-[4-[2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl]-6,7-dihydro-5~{H}-imidazo[1,2-a]pyrimidin-1-yl]benzenecarbonitrile" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site A1COJ "Create component" 2025-08-21 RCSB A1COJ "Initial release" 2026-08-26 RCSB #