data_A1D5E # _chem_comp.id A1D5E _chem_comp.name "(2~{S},4~{R})-4-(2-azanylethylcarbamoyloxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid" _chem_comp.type "L-peptide linking" _chem_comp.pdbx_type ATOMP _chem_comp.formula "C8 H15 N3 O4" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id PRO _chem_comp.pdbx_synonyms "4-((((2-AMINOETHYL)AMINO)CARBONYL)OXY)-L-PROLINE, (4R)-" _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2024-01-04 _chem_comp.pdbx_modified_date 2024-06-28 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 217.222 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code A1D5E _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 8XIP _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site PDBC # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal A1D5E CB C1 C 0 1 N N N N N N 142.265 106.278 80.166 1.822 -0.702 -0.419 CB A1D5E 1 A1D5E CG C2 C 0 1 N N R N N N 142.554 105.022 80.395 0.655 0.299 -0.295 CG A1D5E 2 A1D5E CD C3 C 0 1 N N N N N N 142.689 104.923 81.980 1.137 1.352 0.726 CD A1D5E 3 A1D5E CA C4 C 0 1 N N S N Y N 143.014 107.158 81.362 2.910 -0.171 0.538 CA A1D5E 4 A1D5E C C5 C 0 1 N N N N Y Y 142.176 108.490 81.633 4.280 -0.382 -0.054 C A1D5E 5 A1D5E C72 C6 C 0 1 N N N N N N 143.765 104.692 78.339 -1.723 0.122 -0.204 C72 A1D5E 6 A1D5E C75 C7 C 0 1 N N N N N N 145.417 106.646 78.278 -4.159 0.082 -0.219 C75 A1D5E 7 A1D5E C76 C8 C 0 1 N N N N N N 146.689 106.845 77.418 -5.289 -0.748 0.394 C76 A1D5E 8 A1D5E N N1 N 0 1 N N N Y Y N 143.087 106.371 82.459 2.619 1.281 0.666 N A1D5E 9 A1D5E N74 N2 N 0 1 N N N N N N 144.466 105.779 77.588 -2.867 -0.454 0.215 N74 A1D5E 10 A1D5E N77 N3 N 0 1 N N N N N N 147.860 106.948 78.266 -6.584 -0.210 -0.041 N77 A1D5E 11 A1D5E O O1 O 0 1 N N N N Y Y 142.537 109.498 81.166 4.851 0.534 -0.597 O A1D5E 12 A1D5E O71 O2 O 0 1 N N N N N N 143.800 104.671 79.770 -0.535 -0.372 0.195 O71 A1D5E 13 A1D5E O73 O3 O 0 1 N N N N N N 143.175 103.827 77.738 -1.763 1.086 -0.942 O73 A1D5E 14 A1D5E HB3 H1 H 0 1 N N N N N N 142.642 106.581 79.178 1.501 -1.698 -0.111 HB3 A1D5E 15 A1D5E HB2 H2 H 0 1 N N N N N N 141.176 106.431 80.206 2.196 -0.724 -1.442 HB2 A1D5E 16 A1D5E HG2 H3 H 0 1 N N N N N N 141.755 104.339 80.071 0.456 0.769 -1.258 HG2 A1D5E 17 A1D5E HD2 H4 H 0 1 N N N N N N 141.732 104.619 82.429 0.792 2.345 0.439 HD2 A1D5E 18 A1D5E HD3 H5 H 0 1 N N N N N N 143.470 104.199 82.255 0.784 1.100 1.726 HD3 A1D5E 19 A1D5E HA H6 H 0 1 N N N N Y N 144.010 107.443 80.993 2.836 -0.662 1.509 HA A1D5E 20 A1D5E H8 H8 H 0 1 N N N N N N 145.697 106.186 79.237 -4.225 0.038 -1.306 H8 A1D5E 21 A1D5E H9 H9 H 0 1 N N N N N N 144.948 107.624 78.463 -4.251 1.118 0.108 H9 A1D5E 22 A1D5E H10 H10 H 0 1 N N N N N N 146.587 107.767 76.827 -5.197 -1.784 0.067 H10 A1D5E 23 A1D5E H11 H11 H 0 1 N N N N N N 146.806 105.987 76.740 -5.223 -0.703 1.482 H11 A1D5E 24 A1D5E H H12 H 0 1 N N N Y Y N 144.017 106.372 82.827 3.034 1.660 1.505 H A1D5E 25 A1D5E H14 H14 H 0 1 N N N N N N 144.284 105.912 76.614 -2.835 -1.224 0.804 H14 A1D5E 26 A1D5E H15 H15 H 0 1 N N N N N N 148.673 107.076 77.698 -7.347 -0.742 0.351 H15 A1D5E 27 A1D5E H16 H16 H 0 1 N N N N N N 147.758 107.729 78.882 -6.667 0.768 0.194 H16 A1D5E 28 A1D5E OXT O4 O 0 1 N Y N N Y Y 140.923 108.464 82.481 4.865 -1.587 0.023 OXT A1D5E 29 A1D5E HXT H7 H 0 1 N Y N N Y Y 140.557 109.339 82.532 5.744 -1.675 -0.371 HXT A1D5E 30 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal A1D5E C76 N77 SING N N 1 A1D5E C76 C75 SING N N 2 A1D5E N74 C75 SING N N 3 A1D5E N74 C72 SING N N 4 A1D5E O73 C72 DOUB N N 5 A1D5E C72 O71 SING N N 6 A1D5E O71 CG SING N N 7 A1D5E CB CG SING N N 8 A1D5E CB CA SING N N 9 A1D5E CG CD SING N N 10 A1D5E O C DOUB N N 11 A1D5E CA C SING N N 12 A1D5E CA N SING N N 13 A1D5E CD N SING N N 14 A1D5E CB HB3 SING N N 15 A1D5E CB HB2 SING N N 16 A1D5E CG HG2 SING N N 17 A1D5E CD HD2 SING N N 18 A1D5E CD HD3 SING N N 19 A1D5E CA HA SING N N 20 A1D5E C75 H8 SING N N 21 A1D5E C75 H9 SING N N 22 A1D5E C76 H10 SING N N 23 A1D5E C76 H11 SING N N 24 A1D5E N H SING N N 25 A1D5E N74 H14 SING N N 26 A1D5E N77 H15 SING N N 27 A1D5E N77 H16 SING N N 28 A1D5E C OXT SING N N 29 A1D5E OXT HXT SING N N 30 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor A1D5E InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C8H15N3O4/c9-1-2-10-8(14)15-5-3-6(7(12)13)11-4-5/h5-6,11H,1-4,9H2,(H,10,14)(H,12,13)/t5-,6+/m1/s1" A1D5E InChIKey InChI 1.06 JPXWXGCURGFPEP-RITPCOANSA-N A1D5E SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "NCCNC(=O)O[C@H]1CN[C@@H](C1)C(O)=O" A1D5E SMILES CACTVS 3.385 "NCCNC(=O)O[CH]1CN[CH](C1)C(O)=O" A1D5E SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C1[C@H](CN[C@@H]1C(=O)O)OC(=O)NCCN" A1D5E SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C1C(CNC1C(=O)O)OC(=O)NCCN" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id A1D5E _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "(2~{S},4~{R})-4-(2-azanylethylcarbamoyloxy)pyrrolidine-2-carboxylic acid" # _pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1 _pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id A1D5E _pdbx_chem_comp_synonyms.name "4-((((2-AMINOETHYL)AMINO)CARBONYL)OXY)-L-PROLINE, (4R)-" _pdbx_chem_comp_synonyms.provenance PUBCHEM _pdbx_chem_comp_synonyms.type ? # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site A1D5E "Create component" 2024-01-04 PDBC A1D5E "Initial release" 2024-07-03 RCSB #