data_A1H52
#
_chem_comp.id A1H52
_chem_comp.name "7.10 monoacylglycerol (R-form)"
_chem_comp.type non-polymer
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C20 H38 O4"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms "[(2R)-2,3-bis(oxidanyl)propyl] (E)-heptadec-7-enoate"
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 2024-03-11
_chem_comp.pdbx_modified_date 2024-03-29
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 342.513
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code A1H52
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 8RQP
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site PDBE
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
A1H52 O1 O1 O 0 1 N N N N N N -9.348 5.304 25.171 10.872 2.362 -0.489 O1 A1H52 1
A1H52 C1 C1 C 0 1 N N N N N N -8.627 4.913 26.329 9.586 2.386 0.134 C1 A1H52 2
A1H52 C2 C2 C 0 1 N N R N N N -8.241 5.994 27.334 8.775 1.171 -0.322 C2 A1H52 3
A1H52 O2 O2 O 0 1 N N N N N N -8.550 5.830 28.650 9.401 -0.024 0.149 O2 A1H52 4
A1H52 C3 C3 C 0 1 N N N N N N -6.929 6.654 26.932 7.357 1.262 0.245 C3 A1H52 5
A1H52 O3 O3 O 0 1 N N N N N N -6.160 6.712 28.162 6.554 0.174 -0.283 O3 A1H52 6
A1H52 C4 C4 C 0 1 N N N N N N -4.958 7.295 28.121 5.275 0.110 0.120 C4 A1H52 7
A1H52 O4 O4 O 0 1 N N N N N N -4.580 7.961 27.182 4.841 0.935 0.888 O4 A1H52 8
A1H52 C5 C5 C 0 1 N N N N N N -4.149 6.842 29.306 4.381 -0.993 -0.386 C5 A1H52 9
A1H52 C6 C6 C 0 1 N N N N N N -3.121 7.821 29.825 2.985 -0.836 0.222 C6 A1H52 10
A1H52 C7 C7 C 0 1 N N N N N N -1.872 7.865 28.967 2.077 -1.955 -0.292 C7 A1H52 11
A1H52 C8 C8 C 0 1 N N N N N N -1.219 9.240 28.961 0.682 -1.799 0.316 C8 A1H52 12
A1H52 C9 C9 C 0 1 N N N N N N -0.530 9.619 30.269 -0.227 -2.918 -0.197 C9 A1H52 13
A1H52 C10 C10 C 0 1 N N N N N N -0.806 11.040 30.654 -1.601 -2.764 0.401 C10 A1H52 14
A1H52 C11 C11 C 0 1 N N N N N N -1.343 11.423 31.799 -2.651 -2.691 -0.379 C11 A1H52 15
A1H52 C12 C12 C 0 1 N N N N N N -1.683 12.833 32.156 -4.025 -2.537 0.220 C12 A1H52 16
A1H52 C13 C13 C 0 1 N N N N N N -0.689 13.520 33.098 -4.707 -1.306 -0.378 C13 A1H52 17
A1H52 C14 C14 C 0 1 N N N N N N -1.111 14.936 33.465 -6.102 -1.149 0.230 C14 A1H52 18
A1H52 C15 C15 C 0 1 N N N N N N 0.011 15.862 33.910 -6.785 0.083 -0.369 C15 A1H52 19
A1H52 C16 C16 C 0 1 N N N N N N 0.697 15.528 35.226 -8.180 0.239 0.239 C16 A1H52 20
A1H52 C17 C17 C 0 1 N N N N N N 1.746 14.425 35.193 -8.862 1.471 -0.359 C17 A1H52 21
A1H52 C18 C18 C 0 1 N N N N N N 2.575 14.350 36.471 -10.257 1.627 0.249 C18 A1H52 22
A1H52 C19 C19 C 0 1 N N N N N N 1.836 14.765 37.737 -10.939 2.859 -0.350 C19 A1H52 23
A1H52 C20 C20 C 0 1 N N N N N N 2.623 14.526 39.007 -12.335 3.015 0.258 C20 A1H52 24
A1H52 H1 H1 H 0 1 N N N N N N -9.523 4.540 24.634 11.441 3.104 -0.245 H1 A1H52 25
A1H52 H2 H2 H 0 1 N N N N N N -9.243 4.175 26.864 9.707 2.357 1.217 H2 A1H52 26
A1H52 H3 H3 H 0 1 N N N N N N -7.696 4.436 25.989 9.063 3.299 -0.149 H3 A1H52 27
A1H52 H4 H4 H 0 1 N N N N N N -8.949 6.785 27.045 8.731 1.153 -1.411 H4 A1H52 28
A1H52 H5 H5 H 0 1 N N N N N N -8.246 6.583 29.143 9.475 -0.075 1.112 H5 A1H52 29
A1H52 H6 H6 H 0 1 N N N N N N -6.406 6.051 26.175 7.396 1.192 1.332 H6 A1H52 30
A1H52 H7 H7 H 0 1 N N N N N N -7.107 7.665 26.537 6.912 2.215 -0.042 H7 A1H52 31
A1H52 H8 H8 H 0 1 N N N N N N -4.849 6.623 30.126 4.312 -0.935 -1.472 H8 A1H52 32
A1H52 H9 H9 H 0 1 N N N N N N -3.621 5.921 29.019 4.796 -1.958 -0.099 H9 A1H52 33
A1H52 H11 H10 H 0 1 N N N N N N -2.837 7.525 30.846 3.054 -0.894 1.308 H11 A1H52 34
A1H52 H10 H11 H 0 1 N N N N N N -3.570 8.825 29.846 2.570 0.130 -0.065 H10 A1H52 35
A1H52 H13 H12 H 0 1 N N N N N N -2.143 7.598 27.935 2.009 -1.898 -1.378 H13 A1H52 36
A1H52 H12 H13 H 0 1 N N N N N N -1.150 7.133 29.357 2.493 -2.921 -0.004 H12 A1H52 37
A1H52 H14 H14 H 0 1 N N N N N N -0.467 9.260 28.158 0.750 -1.857 1.403 H14 A1H52 38
A1H52 H15 H15 H 0 1 N N N N N N -1.997 9.989 28.753 0.266 -0.833 0.029 H15 A1H52 39
A1H52 H16 H16 H 0 1 N N N N N N -0.895 8.957 31.068 -0.295 -2.861 -1.284 H16 A1H52 40
A1H52 H17 H17 H 0 1 N N N N N N 0.556 9.487 30.150 0.189 -3.884 0.090 H17 A1H52 41
A1H52 H18 H18 H 0 1 N N N N N N -0.547 11.810 29.942 -1.720 -2.714 1.474 H18 A1H52 42
A1H52 H19 H19 H 0 1 N N N N N N -1.552 10.658 32.533 -2.532 -2.741 -1.451 H19 A1H52 43
A1H52 H20 H20 H 0 1 N N N N N N -1.732 13.418 31.226 -4.619 -3.425 -0.000 H20 A1H52 44
A1H52 H21 H21 H 0 1 N N N N N N -2.670 12.834 32.642 -3.940 -2.417 1.300 H21 A1H52 45
A1H52 H22 H22 H 0 1 N N N N N N -0.610 12.926 34.020 -4.113 -0.419 -0.158 H22 A1H52 46
A1H52 H23 H23 H 0 1 N N N N N N 0.293 13.562 32.604 -4.793 -1.426 -1.458 H23 A1H52 47
A1H52 H24 H24 H 0 1 N N N N N N -1.591 15.385 32.583 -6.696 -2.036 0.009 H24 A1H52 48
A1H52 H25 H25 H 0 1 N N N N N N -1.841 14.870 34.286 -6.017 -1.029 1.310 H25 A1H52 49
A1H52 H26 H26 H 0 1 N N N N N N 0.780 15.855 33.123 -6.191 0.970 -0.148 H26 A1H52 50
A1H52 H27 H27 H 0 1 N N N N N N -0.410 16.874 34.002 -6.870 -0.038 -1.449 H27 A1H52 51
A1H52 H28 H28 H 0 1 N N N N N N 1.188 16.444 35.587 -8.774 -0.648 0.019 H28 A1H52 52
A1H52 H29 H29 H 0 1 N N N N N N -0.083 15.224 35.940 -8.094 0.359 1.319 H29 A1H52 53
A1H52 H30 H30 H 0 1 N N N N N N 1.236 13.461 35.049 -8.268 2.358 -0.139 H30 A1H52 54
A1H52 H31 H31 H 0 1 N N N N N N 2.423 14.611 34.347 -8.948 1.350 -1.439 H31 A1H52 55
A1H52 H32 H32 H 0 1 N N N N N N 2.915 13.312 36.598 -10.851 0.740 0.028 H32 A1H52 56
A1H52 H33 H33 H 0 1 N N N N N N 3.447 15.009 36.352 -10.172 1.748 1.329 H33 A1H52 57
A1H52 H34 H34 H 0 1 N N N N N N 1.605 15.838 37.668 -10.346 3.746 -0.129 H34 A1H52 58
A1H52 H35 H35 H 0 1 N N N N N N 0.899 14.192 37.796 -11.025 2.738 -1.429 H35 A1H52 59
A1H52 H37 H36 H 0 1 N N N N N N 2.028 14.848 39.874 -12.928 2.128 0.038 H37 A1H52 60
A1H52 H36 H37 H 0 1 N N N N N N 2.854 13.454 39.099 -12.249 3.136 1.338 H36 A1H52 61
A1H52 H38 H38 H 0 1 N N N N N N 3.560 15.101 38.971 -12.821 3.892 -0.168 H38 A1H52 62
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
A1H52 O1 C1 SING N N 1
A1H52 C1 C2 SING N N 2
A1H52 C3 C2 SING N N 3
A1H52 C3 O3 SING N N 4
A1H52 O4 C4 DOUB N N 5
A1H52 C2 O2 SING N N 6
A1H52 C4 O3 SING N N 7
A1H52 C4 C5 SING N N 8
A1H52 C8 C7 SING N N 9
A1H52 C8 C9 SING N N 10
A1H52 C7 C6 SING N N 11
A1H52 C5 C6 SING N N 12
A1H52 C9 C10 SING N N 13
A1H52 C10 C11 DOUB N E 14
A1H52 C11 C12 SING N N 15
A1H52 C12 C13 SING N N 16
A1H52 C13 C14 SING N N 17
A1H52 C14 C15 SING N N 18
A1H52 C15 C16 SING N N 19
A1H52 C17 C16 SING N N 20
A1H52 C17 C18 SING N N 21
A1H52 C18 C19 SING N N 22
A1H52 C19 C20 SING N N 23
A1H52 O1 H1 SING N N 24
A1H52 C1 H2 SING N N 25
A1H52 C1 H3 SING N N 26
A1H52 C2 H4 SING N N 27
A1H52 O2 H5 SING N N 28
A1H52 C3 H6 SING N N 29
A1H52 C3 H7 SING N N 30
A1H52 C5 H8 SING N N 31
A1H52 C5 H9 SING N N 32
A1H52 C6 H11 SING N N 33
A1H52 C6 H10 SING N N 34
A1H52 C7 H13 SING N N 35
A1H52 C7 H12 SING N N 36
A1H52 C8 H14 SING N N 37
A1H52 C8 H15 SING N N 38
A1H52 C9 H16 SING N N 39
A1H52 C9 H17 SING N N 40
A1H52 C10 H18 SING N N 41
A1H52 C11 H19 SING N N 42
A1H52 C12 H20 SING N N 43
A1H52 C12 H21 SING N N 44
A1H52 C13 H22 SING N N 45
A1H52 C13 H23 SING N N 46
A1H52 C14 H24 SING N N 47
A1H52 C14 H25 SING N N 48
A1H52 C15 H26 SING N N 49
A1H52 C15 H27 SING N N 50
A1H52 C16 H28 SING N N 51
A1H52 C16 H29 SING N N 52
A1H52 C17 H30 SING N N 53
A1H52 C17 H31 SING N N 54
A1H52 C18 H32 SING N N 55
A1H52 C18 H33 SING N N 56
A1H52 C19 H34 SING N N 57
A1H52 C19 H35 SING N N 58
A1H52 C20 H37 SING N N 59
A1H52 C20 H36 SING N N 60
A1H52 C20 H38 SING N N 61
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
A1H52 InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C20H38O4/c1-2-3-4-5-6-7-8-9-10-11-12-13-14-15-16-20(23)24-18-19(22)17-21/h10-11,19,21-22H,2-9,12-18H2,1H3/b11-10+/t19-/m1/s1"
A1H52 InChIKey InChI 1.06 XTALOCBNHVPVKU-GNISGLHKSA-N
A1H52 SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "CCCCCCCCC/C=C/CCCCCC(=O)OC[C@H](O)CO"
A1H52 SMILES CACTVS 3.385 "CCCCCCCCCC=CCCCCCC(=O)OC[CH](O)CO"
A1H52 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CCCCCCCCC/C=C/CCCCCC(=O)OC[C@@H](CO)O"
A1H52 SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CCCCCCCCCC=CCCCCCC(=O)OCC(CO)O"
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id A1H52
_pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier "[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propyl] (~{E})-heptadec-7-enoate"
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id A1H52
_pdbx_chem_comp_synonyms.name "[(2R)-2,3-bis(oxidanyl)propyl] (E)-heptadec-7-enoate"
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance PDB
_pdbx_chem_comp_synonyms.type ?
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
A1H52 "Create component" 2024-03-11 PDBE
A1H52 "Initial release" 2024-04-03 RCSB
#