data_A1MIO # _chem_comp.id A1MIO _chem_comp.name "~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-azanyl-5-(7-methoxy-5-methyl-1-benzothiophen-2-yl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]prop-2-enamide" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_type HETAIN _chem_comp.formula "C24 H25 N5 O5 S" _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ? _chem_comp.pdbx_synonyms ? _chem_comp.pdbx_formal_charge 0 _chem_comp.pdbx_initial_date 2026-07-23 _chem_comp.pdbx_modified_date 2026-10-09 _chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N _chem_comp.pdbx_release_status REL _chem_comp.pdbx_replaced_by ? _chem_comp.pdbx_replaces ? _chem_comp.formula_weight 495.551 _chem_comp.one_letter_code ? _chem_comp.three_letter_code A1MIO _chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ? _chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina _chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N _chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 43ZV _chem_comp.pdbx_subcomponent_list ? _chem_comp.pdbx_processing_site PDBJ _chem_comp.pdbx_pcm ? _chem_comp.pdbx_comp_type ? # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.alt_atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.charge _chem_comp_atom.pdbx_align _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag _chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag _chem_comp_atom.model_Cartn_x _chem_comp_atom.model_Cartn_y _chem_comp_atom.model_Cartn_z _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id _chem_comp_atom.pdbx_ordinal A1MIO C04 C1 C 0 1 Y N N N N N -18.877 10.569 14.740 0.391 4.955 -1.074 C04 A1MIO 1 A1MIO C06 C2 C 0 1 Y N N N N N -18.575 8.758 13.292 0.867 2.749 -0.623 C06 A1MIO 2 A1MIO C07 C3 C 0 1 Y N N N N N -17.306 9.229 12.943 -0.512 2.480 -0.599 C07 A1MIO 3 A1MIO C08 C4 C 0 1 Y N N N N N -16.790 8.320 11.986 -0.644 1.044 -0.315 C08 A1MIO 4 A1MIO C09 C5 C 0 1 Y N N N N N -15.447 8.461 11.263 -1.902 0.279 -0.190 C09 A1MIO 5 A1MIO C10 C6 C 0 1 Y N N N N N -14.253 7.749 11.668 -2.153 -0.868 -0.823 C10 A1MIO 6 A1MIO C11 C7 C 0 1 Y N N N N N -13.135 8.138 10.749 -3.458 -1.439 -0.546 C11 A1MIO 7 A1MIO C13 C8 C 0 1 Y N N N N N -10.848 8.052 9.915 -5.287 -3.003 -0.664 C13 A1MIO 8 A1MIO C16 C9 C 0 1 Y N N N N N -12.564 9.449 8.848 -5.483 -1.056 0.724 C16 A1MIO 9 A1MIO O17 O1 O 0 1 N N N N N N -13.052 10.347 7.876 -6.204 -0.295 1.589 O17 A1MIO 10 A1MIO C02 C10 C 0 1 Y N N N N N -16.878 10.434 13.560 -1.408 3.533 -0.823 C02 A1MIO 11 A1MIO C12 C11 C 0 1 Y N N N N N -11.800 7.627 10.847 -4.036 -2.629 -1.045 C12 A1MIO 12 A1MIO C14 C12 C 0 1 N N N N N N -9.387 7.542 9.992 -5.884 -4.276 -1.207 C14 A1MIO 13 A1MIO C15 C13 C 0 1 Y N N N N N -11.244 8.962 8.886 -6.020 -2.223 0.220 C15 A1MIO 14 A1MIO C18 C14 C 0 1 N N N N N N -12.154 11.382 7.438 -7.510 -0.764 1.932 C18 A1MIO 15 A1MIO C19 C15 C 0 1 Y N N N N N -13.537 9.036 9.753 -4.194 -0.653 0.344 C19 A1MIO 16 A1MIO C21 C16 C 0 1 Y N N N N N -17.750 7.324 11.787 0.618 0.558 -0.192 C21 A1MIO 17 A1MIO C23 C17 C 0 1 N N R N N N -20.048 6.815 12.660 2.975 1.417 -0.313 C23 A1MIO 18 A1MIO C25 C18 C 0 1 N N R N N N -20.724 5.768 10.544 4.662 -0.119 0.082 C25 A1MIO 19 A1MIO C26 C19 C 0 1 N N N N N N -19.830 5.347 9.371 4.802 -1.506 0.713 C26 A1MIO 20 A1MIO C28 C20 C 0 1 N N N N N N -17.920 3.587 9.417 4.850 -3.832 -0.013 C28 A1MIO 21 A1MIO C29 C21 C 0 1 N N N N N N -17.452 2.118 9.311 4.794 -4.857 -1.066 C29 A1MIO 22 A1MIO C30 C22 C 0 1 N N N N N N -16.566 1.441 10.010 4.896 -6.144 -0.747 C30 A1MIO 23 A1MIO C32 C23 C 0 1 N N S N N N -20.994 7.046 10.444 4.828 0.969 1.160 C32 A1MIO 24 A1MIO C34 C24 C 0 1 N N R N N N -20.966 7.523 12.059 3.502 1.766 1.102 C34 A1MIO 25 A1MIO N01 N1 N 0 1 N N N N N N -15.592 10.985 13.231 -2.775 3.316 -0.808 N01 A1MIO 26 A1MIO N03 N2 N 0 1 Y N N N N N -17.662 11.071 14.448 -0.913 4.744 -1.060 N03 A1MIO 27 A1MIO N05 N3 N 0 1 Y N N N N N -19.328 9.440 14.171 1.267 3.997 -0.864 N05 A1MIO 28 A1MIO N22 N4 N 0 1 Y N N N N N -18.803 7.601 12.598 1.519 1.571 -0.375 N22 A1MIO 29 A1MIO N27 N5 N 0 1 N N N N N N -19.469 3.920 9.447 4.746 -2.527 -0.336 N27 A1MIO 30 A1MIO O24 O2 O 0 1 N N N N N N -19.857 5.523 11.833 3.347 0.032 -0.479 O24 A1MIO 31 A1MIO O31 O3 O 0 1 N N N N N N -17.282 4.410 9.660 4.989 -4.161 1.150 O31 A1MIO 32 A1MIO O33 O4 O 0 1 N N N N N N -22.325 7.307 9.958 5.937 1.816 0.850 O33 A1MIO 33 A1MIO O35 O5 O 0 1 N N N N N N -22.322 7.257 12.524 3.744 3.169 1.224 O35 A1MIO 34 A1MIO S20 S1 S 0 1 Y N N N N N -15.152 9.464 9.897 -3.256 0.757 0.816 S20 A1MIO 35 A1MIO H041 H1 H 0 0 N N N N N N -19.504 11.088 15.450 0.752 5.953 -1.271 H041 A1MIO 36 A1MIO H101 H2 H 0 0 N N N N N N -14.180 7.055 12.493 -1.442 -1.334 -1.489 H101 A1MIO 37 A1MIO H121 H3 H 0 0 N N N N N N -11.534 6.927 11.625 -3.479 -3.247 -1.734 H121 A1MIO 38 A1MIO H141 H4 H 0 0 N N N N N N -9.287 6.622 9.397 -5.631 -5.106 -0.548 H141 A1MIO 39 A1MIO H142 H5 H 0 0 N N N N N N -8.709 8.311 9.595 -6.968 -4.174 -1.264 H142 A1MIO 40 A1MIO H143 H6 H 0 0 N N N N N N -9.127 7.330 11.040 -5.484 -4.469 -2.203 H143 A1MIO 41 A1MIO H151 H7 H 0 0 N N N N N N -10.531 9.276 8.138 -7.013 -2.530 0.515 H151 A1MIO 42 A1MIO H181 H8 H 0 0 N N N N N N -12.655 12.008 6.685 -8.118 -0.838 1.031 H181 A1MIO 43 A1MIO H183 H9 H 0 0 N N N N N N -11.864 12.004 8.298 -7.432 -1.745 2.400 H183 A1MIO 44 A1MIO H182 H10 H 0 0 N N N N N N -11.256 10.925 6.996 -7.975 -0.065 2.628 H182 A1MIO 45 A1MIO H211 H11 H 0 0 N N N N N N -17.669 6.486 11.111 0.872 -0.470 0.019 H211 A1MIO 46 A1MIO H231 H12 H 0 0 N N N N N N -20.298 6.559 13.700 3.457 2.040 -1.067 H231 A1MIO 47 A1MIO H251 H13 H 0 0 N N N N N N -21.620 5.131 10.580 5.414 0.012 -0.696 H251 A1MIO 48 A1MIO H262 H14 H 0 0 N N N N N N -18.910 5.949 9.390 5.756 -1.573 1.235 H262 A1MIO 49 A1MIO H261 H15 H 0 0 N N N N N N -20.368 5.529 8.429 3.988 -1.667 1.420 H261 A1MIO 50 A1MIO H291 H16 H 0 0 N N N N N N -17.935 1.550 8.530 4.670 -4.565 -2.098 H291 A1MIO 51 A1MIO H302 H17 H 0 0 N N N N N N -16.375 0.403 9.779 4.855 -6.897 -1.520 H302 A1MIO 52 A1MIO H301 H18 H 0 0 N N N N N N -16.030 1.923 10.814 5.019 -6.437 0.285 H301 A1MIO 53 A1MIO H321 H19 H 0 0 N N N N N N -20.237 7.625 9.895 4.958 0.516 2.143 H321 A1MIO 54 A1MIO H341 H20 H 0 0 N N N N N N -20.758 8.603 12.083 2.808 1.424 1.870 H341 A1MIO 55 A1MIO H011 H21 H 0 0 N N N N N N -15.449 11.829 13.747 -3.123 2.426 -0.642 H011 A1MIO 56 A1MIO H012 H22 H 0 0 N N N N N N -14.877 10.326 13.465 -3.385 4.054 -0.965 H012 A1MIO 57 A1MIO H271 H23 H 0 0 N N N N N N -20.162 3.203 9.514 4.635 -2.265 -1.263 H271 A1MIO 58 A1MIO H331 H24 H 0 0 N N N N N N -22.465 8.245 9.906 6.087 2.519 1.496 H331 A1MIO 59 A1MIO H351 H25 H 0 0 N N N N N N -22.397 7.500 13.439 4.075 3.437 2.093 H351 A1MIO 60 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal A1MIO C02 N01 SING N N 1 A1MIO N03 C02 DOUB Y N 2 A1MIO C04 N03 SING Y N 3 A1MIO N05 C04 DOUB Y N 4 A1MIO C06 N05 SING Y N 5 A1MIO C07 C06 DOUB Y N 6 A1MIO C08 C07 SING Y N 7 A1MIO C10 C09 DOUB Y N 8 A1MIO C11 C10 SING Y N 9 A1MIO C13 C12 DOUB Y N 10 A1MIO C14 C13 SING N N 11 A1MIO C15 C13 SING Y N 12 A1MIO C16 C15 DOUB Y N 13 A1MIO O17 C16 SING N N 14 A1MIO C18 O17 SING N N 15 A1MIO C12 C11 SING Y N 16 A1MIO C19 C11 DOUB Y N 17 A1MIO S20 C19 SING Y N 18 A1MIO C09 C08 SING N N 19 A1MIO C21 C08 DOUB Y N 20 A1MIO N22 C21 SING Y N 21 A1MIO C23 N22 SING N N 22 A1MIO O24 C23 SING N N 23 A1MIO C25 O24 SING N N 24 A1MIO N27 C26 SING N N 25 A1MIO C28 N27 SING N N 26 A1MIO C30 C29 DOUB N N 27 A1MIO C29 C28 SING N N 28 A1MIO O31 C28 DOUB N N 29 A1MIO C26 C25 SING N N 30 A1MIO C32 C25 SING N N 31 A1MIO O33 C32 SING N N 32 A1MIO C34 C32 SING N N 33 A1MIO O35 C34 SING N N 34 A1MIO C02 C07 SING Y N 35 A1MIO C06 N22 SING Y N 36 A1MIO C09 S20 SING Y N 37 A1MIO C16 C19 SING Y N 38 A1MIO C23 C34 SING N N 39 A1MIO C04 H041 SING N N 40 A1MIO C10 H101 SING N N 41 A1MIO C12 H121 SING N N 42 A1MIO C14 H141 SING N N 43 A1MIO C14 H142 SING N N 44 A1MIO C14 H143 SING N N 45 A1MIO C15 H151 SING N N 46 A1MIO C18 H181 SING N N 47 A1MIO C18 H183 SING N N 48 A1MIO C18 H182 SING N N 49 A1MIO C21 H211 SING N N 50 A1MIO C23 H231 SING N N 51 A1MIO C25 H251 SING N N 52 A1MIO C26 H262 SING N N 53 A1MIO C26 H261 SING N N 54 A1MIO C29 H291 SING N N 55 A1MIO C30 H302 SING N N 56 A1MIO C30 H301 SING N N 57 A1MIO C32 H321 SING N N 58 A1MIO C34 H341 SING N N 59 A1MIO N01 H011 SING N N 60 A1MIO N01 H012 SING N N 61 A1MIO N27 H271 SING N N 62 A1MIO O33 H331 SING N N 63 A1MIO O35 H351 SING N N 64 # loop_ _pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id _pdbx_chem_comp_descriptor.type _pdbx_chem_comp_descriptor.program _pdbx_chem_comp_descriptor.program_version _pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor A1MIO InChI InChI 1.06 "InChI=1S/C24H25N5O5S/c1-4-17(30)26-8-15-19(31)20(32)24(34-15)29-9-13(18-22(25)27-10-28-23(18)29)16-7-12-5-11(2)6-14(33-3)21(12)35-16/h4-7,9-10,15,19-20,24,31-32H,1,8H2,2-3H3,(H,26,30)(H2,25,27,28)/t15-,19-,20-,24-/m1/s1" A1MIO InChIKey InChI 1.06 VTVHDOPGGCZHGL-OHNGDYGOSA-N A1MIO SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "COc1cc(C)cc2cc(sc12)c3cn([C@@H]4O[C@H](CNC(=O)C=C)[C@@H](O)[C@H]4O)c5ncnc(N)c35" A1MIO SMILES CACTVS 3.385 "COc1cc(C)cc2cc(sc12)c3cn([CH]4O[CH](CNC(=O)C=C)[CH](O)[CH]4O)c5ncnc(N)c35" A1MIO SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "Cc1cc2cc(sc2c(c1)OC)c3cn(c4c3c(ncn4)N)[C@H]5[C@@H]([C@@H]([C@H](O5)CNC(=O)C=C)O)O" A1MIO SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "Cc1cc2cc(sc2c(c1)OC)c3cn(c4c3c(ncn4)N)C5C(C(C(O5)CNC(=O)C=C)O)O" # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id A1MIO _pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME" _pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits" _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7 _pdbx_chem_comp_identifier.identifier "~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-azanyl-5-(7-methoxy-5-methyl-1-benzothiophen-2-yl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]prop-2-enamide" # loop_ _pdbx_chem_comp_audit.comp_id _pdbx_chem_comp_audit.action_type _pdbx_chem_comp_audit.date _pdbx_chem_comp_audit.processing_site A1MIO "Create component" 2026-07-23 PDBJ A1MIO "Initial release" 2026-10-14 RCSB #